Допомога - Пошук - Користувачі - Календар
MolDynGrid
Розподілені обчислення в Україні | Распределенные вычисления в Украине > Інші проекти розподілених обчислень > Медико-біологічні
Alien
MolDynGrid Virtual Laboratory

QUOTE
Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена у вересні 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, які потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Мета створення ВО полягає в розробці ефективної інфраструктури для проведення in silico розрахунків молекулярної динаміки (МД) біологічних макромолекул (білків, нуклеїнових кислот та їхніх комплексів) у водно-іонному оточенні в часовому інтервалі до 100 нс. MolDynGrid є частиною проекту розвитку Грід-сегменту Національної академії наук України з обчислювальними кластерами Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститутів молекулярної біології і генетики (ІМБіГ), клітинної біології і генетичної інженерії (ІКБГІ), теоретичної фізики (ІТФ) та ін. Використання ресурсів ВО MolDynGrid є вільним та безкоштовним для зареєстрованих членів за умови дотримання правил користування.
http://moldyngrid.org

QUOTE
публикации 2010 года:
(Show/Hide)

1. А. Salnikov, I. Sliusar, O. Sudakov, O. Savytskyi, A. Kornelyuk.
VIRTUAL LABORATORY MOLDYNGRID AS A PART OF SCIENTIFIC INFRASTRUCTURE FOR BIOMOLECULAR SIMULATIONS.
International Journal of Computing, 2010, Vol. 9, Issue 4, рр. 294-300.
2. А.О.Сальников, О.О.Судаков, О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MolDynGrid ДЛЯ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІОПОЛІМЕРІВ.
Медична інформатика та інженерія - Т. 3, № 1, c.24 - 32, (2010).
3. S.O. Yesylevskyy, O.V. Savytskyi, K.A. Odynets, A.I. Kornelyuk.
"Interdomain compactization in human tyrosyl-tRNA synthetase studied by the hierarchical rotations technique".
Submitted to Biophys. Chem.
4. O. Savytskyi, R. Nikolaenko and A. Kornelyuk,
"Molecular dynamics simulation of mutant tyrosyl-tRNA synthetase accociated with Charcot-Marie-Tooth neuropathy reveals the stabilization of enzyme dimer interface,"
Proceedings of Workshop Physical Chemistry of Biointerfaces, CIC biomaGUNE, 19-24 July 2010, Donostia - San Sebastian, Spain, p. 21.
5. Корнелюк О.І.
ГРІД-ТЕХНОЛОГІЇ І КОМП’ЮТЕРНИЙ ДИЗАЙН НОВИХ ЛІКАРСЬКИХ ПРЕПАРАТІВ.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.151.
6. О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ПІДВИЩЕННЯ ЕФЕКТИВНОСТІ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІЛКІВ В ГРІД-СЕРЕДОВИЩІ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MOLDYNGRID.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.152.
7. Є.А. Слюсар, Ю.В. Бойко.
Підсистема зберігання даних у відкритій інтероперабельній грід-інфраструктурі для біомедичних досліджень.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.153.
8. А.О. Сальніков, Ю.В. Бойко.
Методики інтеграції віртуальної лабораторії MolDynGrid в грід-інфраструктуру НАН України.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.154.

публикации 2009 года:
(Show/Hide)

9. А.О. Сальніков, О.О. Судаков, О.І. Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ АВТОМАТИЗАЦІЇ РОБОТИ З ВЕЛИКИМИ ОБ'ЄМАМИ ДАНИХ В ГРІД.
Медична інформатика та інженерія - Т. 1, № 3, c.22-30 (2009).
10. A.O. Salnikov, I.A. Sliusar, O.O. Sudakov, O.V. Savytskyi, A.I. Kornelyuk.
MolDynGrid Virtual Laboratory as a part of Ukrainian Academic Grid infrastructure.
Proceedings of the 5-th IEEE Workshop IDAACS 2009, 21-23 September 2009, Rende (Cosenza), Italy, pp. 237-240.



(Show/Hide)

nikelong
Alien,

Спасибо.
И какой проект РВ мы помогали считать?

ЗЫ: ваш сайт?
Alien


Мы пока работаем в рамках академического грида - http://grid.bitp.kiev.ua
Список наших серверов Украины - http://gridmon.bitp.kiev.ua, но настроены пока 5-6 кластеров, для GROMACS (IMBG, KNU, ISMA, KPI, MAO, ICBGE).
Сайт лаборатории - https://moldyngrid.org (в процессе разработки, но расчетный блок готов)
Список пользователей https://grid.org.ua/voms/?vo=moldyngrid
Сертификаты - https://ca.ugrid.org/valids.php
Презентация на рабочем совещании по УАГ'09 - https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG_ITF'09.ppt
Новости MolDynGrid - https://moldyngrid.org/forum/index.php?showtopic=24

К сожалению, на данный момент "домашние пользователи" не могут предоставить свои ресурсы для нашего украинского проекта, но у меня давно интерес к этому.
На данный момент мы под управлением NorduGrid middleware, скоро попробуем засертефицировать и под gLite. Это даст возможность участвовать в EGEE проектах.
Правда мы и тут уже зарегистрированы - https://cic.gridops.org/index.php?section=v...=moldyngrid.org

Я здесь редко общался, но зарегистрирован давно =)
Alien
(nikelong @ Jan 12 2010, 03:41) *

И какой проект РВ мы помогали считать?

скорее информацией и советами на вашем портале и его аналоге с доменом .ru.
мне конечно интересна идея использования ресурсов, особенно GPU акселерация для громакса, но боюсь тут будет много проблем
Наша лаборатория занимается проектами по аналогии: Folding@Home, Docking@home, Proteins@home.
Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена у вересні 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, які потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Мета створення ВО полягає в розробці ефективної інфраструктури для проведення in silico розрахунків молекулярної динаміки (МД) біологічних макромолекул (білків, нуклеїнових кислот та їхніх комплексів) у водно-іонному оточенні в часовому інтервалі до 100 нс. MolDynGrid є частиною проекту розвитку Грід-сегменту Національної академії наук України з обчислювальними кластерами Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститутів молекулярної біології і генетики (ІМБіГ), клітинної біології і генетичної інженерії (ІКБГІ), теоретичної фізики (ІТФ) та ін.
http://moldyngrid.org

Спасибо за то, что поддерживаете ученых!
Rilian
Круто!

И когда планируется запуск "Второго украинского проекта" где смогут подключатсья "домашние" юзеры?
Death
riliane, ti videl trebovanija k sertifikacii pod glite? oni po tolshine kak voina i mir ))) i do sih por neponyatno 4to shitat na superkomputere v kpi. zachem eshe i domashnie uzeri?
Alien
(Death @ Jan 17 2010, 11:21) *

riliane, ti videl trebovanija k sertifikacii pod glite? oni po tolshine kak voina i mir ))) i do sih por neponyatno 4to shitat na superkomputere v kpi. zachem eshe i domashnie uzeri?

это вопрос ко мне? =) мы работаем над этим. Все есть, кроме самой сертификации ROC-ом. Это скорее политический вопрос.
не понятно что мы считаем на кластерах? не понял вопроса.
КПИ кластера, как и всех ресурсов вместе взятых, которые нам доступны - не хватает.
с инфинибендом у нас в громаксе классная параллелизация, а он стоит не на многих кластерах.
При 1 Гбитном есернете мы не используем более 2-3 узлов, а при инфинибенде прирост очень классный, я лично использовал 96 ядер (8ми ядерные узлы). (можно в презентации глянуть).
Мы не хотим ограничивать себя в маленьком времени... До грида и больших ресурсов мы проводили расчеты в пределах одного сервера до 5-10 нс, средних по величине объектов. Теперь я делаю по 100 нс, минимум. Благодаря этому я определил, что разгонный участок оказывается в первых 50 нс, для моего объекта. Разгонные участки нельзя использовать для большинства анализов, много погрешностей. Все траектории на картинках были поставлены на динамику при одинаковых параметрах симуляции, кроме 0, там другой алгоритм термостата - берендсен.

(Rilian @ Jan 17 2010, 11:11) *

Круто!

И когда планируется запуск "Второго украинского проекта" где смогут подключатсья "домашние" юзеры?

спасибо)
на самом деле вся проблема в нехватке рук, мы бы этим занялись, но не хочется распыляться пока что...
nikelong
Alien,
А у вас есть форум?

Я так, бегло прошелся по твоим ссылкам, и ничего подобного не нашел.

У меня родилась идея: мы создадим отдельный основной подфорум "MolDynGrid".

Покрайней мере с нашей стороны форумчанам будет интересно пообщатся напрямую с создателями проекта. Ну и тематика нашего форума подходящая.
Alien
(nikelong @ Jan 21 2010, 01:31) *

Alien,
А у вас есть форум?

Да, есть..я давал ссылку на него. https://moldyngrid.org/forum/ У нас пока чаще общение ведется по имейл или ICQ. так что имхо, лучше здесь.

(nikelong @ Jan 21 2010, 01:31) *

У меня родилась идея: мы создадим отдельный основной подфорум "MolDynGrid".
Покрайней мере с нашей стороны форумчанам будет интересно пообщатся напрямую с создателями проекта. Ну и тематика нашего форума подходящая.

Идея классная, постараюсь делиться новостями с передовой =)
Все желающие познакомится с академическими распределенными вычислениями советую зайти сюда -
Рабочее совещание ''Украинский академический грид - 2009
http://grid.nas.gov.ua/index.php?option=co...mid=182&lang=ru

Почитать презентации, к примеру в ГАО НАНУ (Главная астрономическая обсерватория), уже как год ведутся расчеты на ГПУ кластере (до этого использовали активней ПЛИСы, если не ошибаюсь). Был там, стоят ГТХ 280, есть планы у нас с ними покупать Ферми, но что касается биологических вычислений, тут еще остаются проблемы с GROMACS и NAMD.


Я планирую закупить в отдел 3д вижен нВидиа очки, есть опыт просмотра стерео молекул и т.д? Интересно насколько удобней рассматривать.
Sergyg
Молодцы, вы превзошли ожидания многих из нас cool2.gif

После ознакомления с презентацией появились такие мысли:

Основная часть ваших работ велась на кластере из 32 Оптеронов. На сегодня 1шт. Intel i7 способна на многое, да и КвардКоре и Феном довольно сильны.
Но, по всей видимости, ваши программы "общаются" именно с кластером, виртуально одной машинкой rilian.gif и перейти к схеме удаленных РВ, где нужно ещё засунуть алгоритмы в клиента, написать софт для сервера рассылки/приема заданий - большая ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ работа. Не говоря о том, что нужно как-то "разрезать" одну большую задачу на множество маленьких заданий.
Но, с другой стороны, если вы это осилите, думаю, получите заметное ускорение своей работы.
Многие пользователи могут выделить вашему клиенту более 2 Гб ОЗУ и даже более, если потребуется. (я вообще оч удивляюсь, что многие клиенты потребляют мало памяти, наверняка это из моральных соображений и в ущерб производительности). Хотя та же Rosetta@home требует много памяти на процесс и я вполне понимаю, почему так.
Хотя, может уже не стоит связываться с ЦПУ, т.к. имеем ГПУ. (Ферми, очевидно, будет мощной штукой с её производительностью в вычислениях двойной точности и серьёзно переработанной архитектурой).
Тем более, что Folding@home давно применяют Gromacs для ГПУ, вот только они там используют какой-то Brooks - вроде бы как давно устаревший и оттого довольно таки медленный. Но и они (почему-то?) не могут перейти на более эффективные алгоритмы (может, оттого, что трудно делать одинаковые задания для АМД и Нвидии? тогда нужно целиться на DirectCompute или OpenCl, ну или же CUDA с прицелом на Ферми. Но нужно где-то брать специалистов по этим делам idontno.gif или самим...)

Знакомы ли вы с методологией проекта Rosetta@home+Fold-it ? (имхо, они (зачем-то?) убрали с сайта анимацию своих достижений в симуляции фолдинга и вообще мало делятся результатами, но моему имху кажется, что ихний подход эффективнее, чем у Folding@home. Правда, мне так и не удалось углубиться, в чем основные отличия, вроде, как минимум, в бОльшей детализации у Folding@home. (но так ли она нужна?)

Также - я не силён в суперкомпьютерах, но сильно удивился, что в вашем тесте вышло, что кластер на основе (уже) очень слабых Ксеон2,33ГГц выдавали производительность на процессор - в 3 раза бОльшую, чем Ксеон3,2ГГц - за счет большей полосы пропускания между узлами. Просто интересно - это особенность используемых алгоритмов или общеизвестный факт, что 1Гбит сети оказывается явно недостаточно.

А 3Д-очки - думаю, вы оцените их пользу. Может, даже "другими глазами" посмотрите на казалось бы знакомые модели молекул.

(ну в презентации допущено 5 описок и 1 неясность на ровном месте, но это уже не имеет значения, если она была проанализирована целевой аудиторией)
Death
1. КПИ кластера, как и всех ресурсов вместе взятых, которые нам доступны - не хватает.

2. И когда планируется запуск "Второго украинского проекта" где смогут подключатсья "домашние" юзеры?

3. мы бы этим занялись, но не хочется распыляться пока что...



NUFF SAID
Tamagoch
основная проблема РВ - параллелизация задач
т.е., разбиение основной задачи на подзадачи еще до начала вычислений

кластер выполняет именно параллельные вычисления, т.е. решает одну задачу, создавая несколько одновременно выполняемых вычислительных потоков, именно потому кластерные вычисления не совместимы с привычной нам распределенной моделью

(это что я вспомнил из своей дипломной работы shuffle.gif)
Alien
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

Основная часть ваших работ велась на кластере из 32 Оптеронов.

нет, это не совсем так.
До развития Грид инфраструктуры и создании лаборатории MolDynGrid, расчеты велись локально на некоторых кластерах, включая и в Институте Кибернетики НАНУ.
Да, мы считали на ИМБГ-овском кластере раньше, но не более 10 нс. Он маломощный, как ты заметил.. Сейчас на нем считают или мелкие задачи или проводим анализ траекторий молекулярной динамики (МД).
За последний год, наши объекты исследований мы считаем на 32 ядрах и выше, на кластерах с инфинибенд. Благодаря меньшим задержкам эффект параллелизации значительно выше, относительно 1Gbit Ethernet.
Более свежую презентацию можно глянуть здесь, но тут тоже далеко не вся информация.
https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG_Gr...eports-2009.rar (видео ролик - первый слайд презентации)
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

На сегодня 1шт. Intel i7 способна на многое, да и КвардКоре и Феном довольно сильны.

мы на квадрах и считаем на кластерах ИСМ-ы и КПИ. (Xeon E5345 и Xeon E5440)
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

Но, по всей видимости, ваши программы "общаются" именно с кластером, виртуально одной машинкой rilian.gif и перейти к схеме удаленных РВ, где нужно ещё засунуть алгоритмы в клиента, написать софт для сервера рассылки/приема заданий - большая ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ работа. Не говоря о том, что нужно как-то "разрезать" одну большую задачу на множество маленьких заданий.
Но, с другой стороны, если вы это осилите, думаю, получите заметное ускорение своей работы.

да, работы много, но судя по фолдинг.хоуму - реальна для громакса.

(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

Многие пользователи могут выделить вашему клиенту более 2 Гб ОЗУ и даже более, если потребуется. (я вообще оч удивляюсь, что многие клиенты потребляют мало памяти, наверняка это из моральных соображений и в ущерб производительности).

Нашим объектам с головой хватает по 512 мб\на ядро. А в целом на проект используется 600 мб, но из-за параллелизации по узлам кушается больше.
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

Хотя, может уже не стоит связываться с ЦПУ, т.к. имеем ГПУ. (Ферми, очевидно, будет мощной штукой с её производительностью в вычислениях двойной точности и серьёзно переработанной архитектурой).
Тем более, что Folding@home давно применяют Gromacs для ГПУ, вот только они там используют какой-то Brooks - вроде бы как давно устаревший и оттого довольно таки медленный. Но и они (почему-то?) не могут перейти на более эффективные алгоритмы (может, оттого, что трудно делать одинаковые задания для АМД и Нвидии? тогда нужно целиться на DirectCompute или OpenCl, ну или же CUDA с прицелом на Ферми. Но нужно где-то брать специалистов по этим делам idontno.gif или самим...)

мне очень интересна ГПУ акселерация, но судя по патчам для громакса от создателей Folding@home, они не поддерживают ряд алгоритмов, которые необходимы нам, для получения корректных результатов. Сложность еще в том, что в Folding@home считают очень маленькие объекты в пределах нескольких а.о., у нас же
комплексы большие и достигают около 10 тысяч атомов, только самого белка.
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

Знакомы ли вы с методологией проекта Rosetta@home+Fold-it ?

знаком, но уверен, что в меньшей степени чем вы.
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

Также - я не силён в суперкомпьютерах, но сильно удивился, что в вашем тесте вышло, что кластер на основе (уже) очень слабых Ксеон2,33ГГц выдавали производительность на процессор - в 3 раза бОльшую, чем Ксеон3,2ГГц - за счет большей полосы пропускания между узлами. Просто интересно - это особенность используемых алгоритмов или общеизвестный факт, что 1Гбит сети оказывается явно недостаточно.

это скорее мой недочет, просто те кому предназначалась презентация знакомы с архитектурами данных кластеров.
Ксеон 2,33ГГц - 4х ядерный процессор
Ксеон 3,2ГГц - 2х ядерный.
Еще хотел бы отметить, что по графику Ксеон 3,2ГГц, менее мощный чем АМД 2.0, на самом деле на кластере ICBGE сейчас софтовые проблемы и Интел не проявил себя в полных силах. Так что я думаю АМД проигрывает. Но результат в графике отображает реальное состояние на данный момент.
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

А 3Д-очки - думаю, вы оцените их пользу. Может, даже "другими глазами" посмотрите на казалось бы знакомые модели молекул.

да =)
(Sergyg @ Jan 21 2010, 12:26) *

(ну в презентации допущено 5 описок и 1 неясность на ровном месте, но это уже не имеет значения, если она была проанализирована целевой аудиторией)

в скриншотах?
насчет неясностей, тут уж сорри, она предназначалась для другой целевой аудиторией, как уже заметили. Поэтому я здесь и могу ответить на любые вопросы.
Alien
(Death @ Jan 21 2010, 12:32) *

1. КПИ кластера, как и всех ресурсов вместе взятых, которые нам доступны - не хватает.
2. И когда планируется запуск "Второго украинского проекта" где смогут подключатсья "домашние" юзеры?
3. мы бы этим занялись, но не хочется распыляться пока что...
NUFF SAID

Прежде чем начать заниматься каким-то делом, сперва нужно понять что ты хочешь получить в итоге.
Нехватка мощностей это не задача номер 1 для нас, как и любого Института академии.

Для нас, как и любого ученого важны международные контакты, сотрудничество и обмен опытом, результатами которых должны стать статьи в престижных журналах, патенты и финансирование.
Я не считаю, как и любой из вас, что наша страна занимает сегодня в мире 1е место по науке. Но хочу отметить, что у нас огромнейший потенциал, которому не хвает финансирования и высокого уровня практики.
Мне приходится тратить в 10тки раз больше времени на обучение и то благодаря долгих поисков информации в интернете. А когда находишь нужную статью, за нее еще нужно заплатить 35 долларов. Конечно же есть закупленные аккаунты, но пока доступа через них к журналам по нашему направлению - нет. Такого абсурда в цивилизованных странах нету.

Исходя из всего этого, ставить задачу по использованию лишь десктоп грида (или на первых началах), мы просто не продвинимся никуда. А если не учитывать аспекты безопасности, то тем более. У нас есть отделы которые занимаются в биохим военных областях, для многих пользователей безопасность к доступу важна.

Скоро мы будем продвигаться на европейские ресурсы. Мы могли этим заняться еще год назад, но не хотели (до создания веб-портала).
Объясню почему, выпрашивать ресурсы при этом не быть для них интересными - считаю некорректно с этической точки зрения. Чтоб нас считали полноправными партнерами мы планируем предоставить доступ пользователям их институтов, через наш удобный веб-интерфейс и чтоб была возможность пользоваться у них еще и нашими кластерами, а нам ихними. Вот тогда это будет правильно и нас будут уважать, как партнеров на международной арене. А просто "паразитировать" на их серверах, думаю это не для нас.
Alien
(Tamagoch @ Jan 21 2010, 20:31) *

основная проблема РВ - параллелизация задач
т.е., разбиение основной задачи на подзадачи еще до начала вычислений

кластер выполняет именно параллельные вычисления, т.е. решает одну задачу, создавая несколько одновременно выполняемых вычислительных потоков, именно потому кластерные вычисления не совместимы с привычной нам распределенной моделью

(это что я вспомнил из своей дипломной работы shuffle.gif)

у громакса есть такая штука как Domain Decomposition благодаря которому разбиваются на подзадачи.
http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/...macs/index.html
Sergyg
(видео ролик - первый слайд презентации)

Мы тоже мыслим онологично smile.gif Вот интро: http://upload.com.ua/get/901331349/
только конечная цель там немного другая, хотя тоже сети. (этим вот и зарабатываю на кусочек хлеба, т.е. создание ролика, а не то, что там рекламирываеццо)

...и 1 неясность на ровном месте, но это уже не имеет значения...

ещё раз прочитал то место, у вас все правильно, это я - читал ночью smile.gif

я вот как раз все время не понимал, почему в Folding@home такие мелкие молекулы считаются? как бы в жизни более актуальны более крупные и сложноустроенные. (как раз Rosetta@home работает с бОльшими, но, повторюсь, вроде как отдельные атомы там не видны, т.е. используются какие-то оптимизации для уменьшения детализации и соотв ускорения). А у вас таки очень немаленькие молекулы.
Но я должен признаться, что курса молекулярной биологии у нас не было, да и цикл Креббса я мог держать в голове не более 1 недели. Т.е. ваши исследования мудрёны 6e047365df22.gif
Alien
(Sergyg @ Jan 22 2010, 21:41) *

(видео ролик - первый слайд презентации)

Мы тоже мыслим онологично smile.gif Вот интро: http://upload.com.ua/get/901331349/
только конечная цель там немного другая, хотя тоже сети. (этим вот и зарабатываю на кусочек хлеба, т.е. создание ролика, а не то, что там рекламирываеццо)

симпотно, даже догадываюсь как и в чем было сделано =)
я тоже планировал сперва подзарабатывать на визуализации научных результатов..
(Sergyg @ Jan 22 2010, 21:41) *

я вот как раз все время не понимал, почему в Folding@home такие мелкие молекулы считаются? как бы в жизни более актуальны более крупные и сложноустроенные. (как раз Rosetta@home работает с бОльшими, но, повторюсь, вроде как отдельные атомы там не видны, т.е. используются какие-то оптимизации для уменьшения детализации и соотв ускорения). А у вас таки очень немаленькие молекулы.
Но я должен признаться, что курса молекулярной биологии у нас не было, и цикл Креббса я мог держать в голове не более 1 недели. Вот.

все зависит от тематики отдела.. У Панды одни у нас другие, некоторые вообще занимаются мембранными белками, а это в несколько раз больше и медленнее считается...

Насчет отдельных атомов, то ты несовсем правильно понял. Есть координаты ввиде цифр, которые идут на расчеты, а есть визуализация уже посчитанных результатов. Одни и теже координаты визуализировать можно по разному принципу, к примеру на атомарном уровне, по вандерваальсовским радиусам, по вторичной структуре.. Тоесть к расчетам это не имеет особо отношений.

Death
а архив.орг не помогает? что за платные статьи, просвети плз.
Death
и да, на егее щас собирают доклады - вы что-нить послали?
Alien
мы пока не участники егее, для этого нужен жлайт, пока не сертифицированный.. Скоро обратимся в Польшу за помощью.
Их проект заканчивается через пару месяцев, скорее всего будут отчитываться те, кто участвовал и получал финансирование.
а архив.орг не помогает? что за платные статьи, просвети плз.

к примеру через сайнс директ, доступ к статьям физкем, компьютейшенал кемистри и т.д.
Death
ну я кол 4 пейперс не читал, мне лень, но если есть наработки почему бы не послать? они будут отбирать участников для орального доклада по присланным бумажным докладам. вроде так.

или послать нечего?
Alien
Насчет егее доклада, я этой информацией не владею, но узнаю.

А что касается есть ли что предоставить, то есть и предоставляли и нас приглашали на выступление в Италию, 2009 год...

Salnikov A.O. , Sliusar I.A., Sudakov O.O. , Savytskyi O.V., Kornelyuk O.I.
"MolDynGrid Virtual Laboratory as a part of Ukrainian Academic Grid infrastructure"
Proceedings of IEEE International Workshop on Intelligent Data Acquisition and Advanced Computing Systems: Technology and Applications. – 2009. –P.237-240.
https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG/IDAACS_2009.rar
https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG/ID...ynGrid_upd.pptx

Salnikov A.O., Sliusar I.A., Sudakov O.O., Boyko Yu.V. and Kornelyuk O.I.
IMPLEMENTING THE FILE STORAGE SYSTEM IN THE UKRAINIAN ACADEMIC GRID INFRASTRUCTURE
21st International CODATA Conference Scientific Information for Society - from Today to the Future, 2008
http://www.codata.org/08conf/abstracts/Sal...GE%20SYSTEM.htm
https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG/CO...rid_Storage.ppt

R. Nikolaenko, F. Tereschenko, A. Savitsky, A. Kornelyuk
“Molecular dynamics simulation of human tyrosyl-tRNA synthetase and its mutant forms associated with Charcot-Marie-Tooth neuropathy.”
Polish – Ukrainian research collaboration meeting, Warsaw, International Institute of Molecular and Cell Biology, May 14, 2009
Это тоже связано с MolDynGrid.


Вот сейчас недавно наши приехали из Нидерландов, конференция связана с http://www.enmr.eu будем заключать с ними сотрудничество. Они очень заинтересовались нашей лабораторией, даже не подозревали, что такое может быть в нашей стране. Они только планируют сделать нечто подобное ввиде удобного веб-интерфейса под Грид инфраструктуру.
Alien
Ну вот, сегодня исторический день для лаборатории MolDynGrid, первый зарубежный пользователь, из Нидерландов добавлен в состав нашей VO.
User's DN and CA:/O=dutchgrid/O=users/O=universiteit-utrecht/OU=chem/CN=Nuno Loureiro Ferreira
осталось перевести портал на английский язык =)
nikelong
Поздравляю с расширением!
Rilian
Круто! Я рад что наша наука развивается smile.gif
Alien
Спасибо, ребята... В честь этой новости выложу схему посещаемости к нам из мира, за последние 10 месяцев.
Это при том, что мы не рекламировали себя и не приглашали, особо. Хотели сперва все нормально доделать.


Ukraine, Poland, United States, Netherlands, Italy, Norway, France, Romania, Russia, Finland
Rilian
QUOTE(Alien @ Jan 22 2010, 17:08) *

У нас есть отделы которые занимаются в биохим военных областях, для многих пользователей безопасность к доступу важна.

а что они считают если биологическое оружие запрещено??
Alien
(Rilian @ Jan 26 2010, 01:13) *

а что они считают если биологическое оружие запрещено??

Это не обязательно оружие, но объект с повышенным уровнем доступа. В данном случае они у нас не считают и врядле связаны с теоретическими вычислениями..скорее экспериментаторы.
Что касается вычислений, то при том же поиске лиганда, потенциального лекарственного препарата, таким же методом можно найти оружие массового поражения =)
Если о добрых целях, то перед тем как утвердить лиганд на эксперимент с животными или людьми, нужно сперва проверить на безопасность, работая с человеческими белками. Практически невозможно перебрать все сегодня, поэтому и возникают побочные эффекты (если речь о драг дизайне, поиске ингибиторов).
Возможно плохо объяснил последнюю часть, но я знаком с процессом поиска лекарственных препаратов, методом компьютерных вычислений..если будут вопросы - спрашивайте, постараюсь ответить.
Rilian
То есть военные также считают докинг (в своих добрых целях) ?

не понимаю что могут считать военные кроме оружия? не лекарство же от гриппа?
Tamagoch
позже можно будет переделать этот топик в интервью и на главную smile.gif
Alien
QUOTE(Rilian @ Jan 26 2010, 01:31) *

То есть военные также считают докинг (в своих добрых целях) ?

не понимаю что могут считать военные кроме оружия? не лекарство же от гриппа?

еще раз повторю, что я не знаю чтоб кто-то из военных считал докинг, но это вполне вероятно, особенно зарубежом. И как правило не военные считают, а делают заказ в НИИ, по какому-то направлению, а вся мозаика исследований уже может находится у тех же военных, как у заказчиков.
Хотя стоит заметить, что специалистов достаточно мало в направлении докинга, тем более в нашей стране. Причин несколько, сложновато оствоить химикам\физикам\биологам комьютерные\информационные технологии + нужны большие мощностя, чтоб обработать базу данных лигандов состоящая из 8 млн. структур. это нужно подобрать к хотя бы 50 рецепторам (целевой фермент).
Сложно уместить текст в пару строчек, при том что не знаю ваших знаний в этой области.. Возможно вы бы тезисно написали о том, что знаете\поняли, а я бы рассказал на базе этого весь процесс производства попорядку на понятном языке.

Tamagoch, лучше или удалить или перенести в другой топик. Будет неочень хорошо, если на непонятки с военными выйдут через MolDynGrid )
Alien
Привет всем.

Не хочется выделять в отдельную тему, хоть и было бы более логично.
Поскольку не получит большой популярности и касается нас непосредственно - выложу сюда.
Написана статья, коллегами зарубежом.
Хочется отметить, что Украина участвует в этом проекте, представляет ее 2 человека, оба сотрудники нашего отдела, включая меня. =)
Похвастаться научными результатами с ними пока не можем, недавно получили доступ, зато успели в статистику войти и Украину попипарить в престижной публикации.


P.S. Обращаю так же внимание, что главный автор статьи Nuno Loureiro-Ferreira, является участником нашей виртуальной лаборатории MolDynGrid.

QUOTE
Я́дерный магни́тный резона́нс (ЯМР) — резонансное поглощение электромагнитной энергии веществом, содержащим ядра с ненулевым спином во внешнем магнитном поле, обусловленное переориентацией магнитных моментов ядер
Death
дай ссылку на архив
Alien
могу дать тебе, но не для общественности пока ибо мне ее дали как участнику их лаборатории на комментарий перед печатью.
Пишите в ЛС.
Alien
Выложу пару видео своей 100 нс динамики фермента тирозил-тРНК синтетазы (контакт 2-го С-модуля с поверхностью 2х N-модулей) и его линкера (образование альфа-спирали).


huangdi
И на чем вся эта красота была посчитана? На теслах? awesome.png
Gelo
QUOTE(huangdi @ Sep 12 2010, 09:40) *

И на чем вся эта красота была посчитана? На теслах? awesome.png


в столбик val.gif sarcastic.gif
Alien
QUOTE(huangdi @ Sep 12 2010, 09:40) *

И на чем вся эта красота была посчитана? На теслах? awesome.png

не, на ЦПУ. ГПУ пока нельзя использовать для серьезный расчетов (в моем случае)... Точнее ПО пока не дописано нормально. Вопрос времени.
Считалось месяц на 36 ядрах, при условии наличия инфинибенда. Такого типа траекторий у меня около 30 штук, уже частично проанализировал. Скоро статьи будут публиковаться.
Статистика большая, до этого считались по одной траектории до 10 нс. Распределенные вычисление решают много проблем.
Alien
У нас вышла новая статья

А. Salnikov, I. Sliusar, O. Sudakov, O. Savytskyi, A. Kornelyuk.
VIRTUAL LABORATORY MOLDYNGRID AS A PART OF SCIENTIFIC INFRASTRUCTURE FOR BIOMOLECULAR SIMULATIONS.
International Journal of Computing, 2010, Vol. 9, Issue 4, рр. 294-300.

ftp://ftp.univ.kiev.ua/incoming/upload/Al...GRID_VL_CIS.rar

Часть публикаций я выложил за 2010 год в шапке темы. Постепенно буду пополнять, включая прошлые года.

Death
http://arxiv.org/find/all/1/all:+MOLDYNGRID/0/1/0/all/0/1

No matches were found for your search: all:MOLDYNGRID

а чо так?
Alien
наверное потому что журналы платные и бумажные.
в скопусе индексируется.
Rilian
Вы в таком участвуете ?

http://www.google.com/events/sciencefair/how.html

Alien
там вроде до 18 лет =(
Rilian
Alien, посмотри, возможно вам будет такое интересно

http://www.hpcwire.com/offthewire/DEGISCO-...-115283274.html

BUDAPEST, Feb. 4 -- The EU-funded DEGISCO project aimed at setting up Desktop Grids for International Scientific Collaboration, has released the first version of a Desktop Grids for eScience Road Map on January 31, 2011.

The document, produced for the International Desktop Grid Federation (IDGF) is comprised of two parts. The first part constitutes a bird view of all the relevant topics to be considered when setting up a Desktop Grid infrastructure. This management part is addressed to political stakeholders and the general public. The second part offers a detailed and step-by-step description in five chapters of all the challenges and issues to be solved including relevant links to background information and practical examples. This technical part is aimed at Desktop Grid operators, scientific users, the academic user community, legal experts, and volunteer computing organisations.

DEGISCO is a two-year project that was launched on June 1, 2010. The main objective is to expand European Distributed Computing Infrastructures into ICPC countries by supporting the creation of new Desktop Grids for e-Science in those countries and in Europe and by interconnecting them using the EDGeS bridge technology. DEGISCO will support applications on this expanded infrastructure, and disseminate, promote and provide training about this expanded infrastructure and its usage.

One of the dissemination tasks in the project is the production of a Road Map for parties that want to set up a Desktop Grid infrastructure. The newly issued first version of this Road Map will serve as a basis for a consultation round among the interested parties and stakeholders. The DEGISCO project partners expect to collect a large amount of useful feedback through the answers to the questions of the survey that accompanies the first Road Map version. This will help the project team to produce a revised second version of the Road Map by June 2011. As such, the Road Map document should be seen as a process that will amount to a real guide for setting up a Desktop Grid infrastructure in a diverse range of environments.

The chosen procedure will guarantee that all stakeholders and interested parties are continuously and actively involved in the evolution of the DEGISCO Road Map process. The interaction between the Road Map editors and readers will provide a fruitful basis for permanent collaboration in order to create a realistic and comprehensive guide for Desktop Grid Computing to help eScience. The ultimate goal indeed is to support eScience research and projects with a sustainable, economic, high-performance but environment-friendly computing infrastructure.

About DEGISCO

The DEGISCO project is a European project led by MTA SZTAKI. DEGISCO is supported by a Grant from the European Commission's FP7 IST Capacities Programme under grant agreement RI-261561.

-----

Source: DEGISCO
Alien
Rilian, пока что малоактуально, но спасибо.

Вышла в свет наша первая научная публикация в хорошем журнале (Biophysical Chemistry, Impact Factor: 2.276 ).
Имеется ввиду биоинформатика используя молдингрид.
ftp://ftp.univ.kiev.ua/incoming/upload/Al...s_technique.pdf

Сейчас пишем продолжение, исследование методом мол. динамики в громаксе.
Rilian
http://gpuscience.com/articles/integrated-...ual-laboratory/

Integrated tools for molecular dynamics simulation data analysis in the MolDynGrid virtual laboratory
19 December, 2011

Existing molecular modeling software and different techniques of molecular dynamics trajectories analysis were evaluated in terms of subsequent integration into the MolDynGrid virtual laboratory services. GROMACS 4 molecular dynamics package contains the most comprehensive set of analytical programs, thus the standard analytical tools in MolDynGrid were based on this software. G_correlation tool was ported to GPU which dramatically increased its productivity. Scripting capabilities of VMD software were used for certain non-standard analysis techniques, while complex and computationally intensive techniques were implemented using Pteros molecular modeling library. Parallel execution of analytical programs was implemented in MolDynGrid by a set of internally developed scripts.

CONCLUSIONS
MolDynGrid virtual laboratory has grown into the unique service complex for performing MD simulations in Grid environment. It provides powerful facilities for running the resource-intensive biomolecular simulations and performing state-of-the-art analysis of MD trajectories. Analytical capabilities currently include the full set of standard GROMACS tools as well as selfdeveloped scripts, i.e. contacts analysis script (CAS) executed in VMD, the framework for recourse-intensive non-standard analysis based on the Pteros library and distributed parallel execution of analytical jobs by means of DAS. Currently MolDynGrid participates in the GPU Test Drive project providing the porting of g_correlation tool into CUDA.


Savytskyi, O. V.; Sliusar, I. A.; Yesylevskyy, S. O.; Stirenko, S. G.; Kornelyuk, A. I.; , ”Integrated tools for molecular dynamics simulation data analysis in the MolDynGrid virtual laboratory,” Intelligent Data Acquisition and Advanced Computing Systems (IDAACS), 2011 IEEE 6th International Conference on , vol.1, no., pp.208-211, 15-17 Sept. 2011

[doi: 10.1109/IDAACS.2011.6072742]

Tags: CUDA, distributed computing, featured, grid computing, Molecular Dynamics
Alien
Ага, сегодня ночью заметил, что нас в новость кто-то добавил)
хотя может бот, но картинка та выбрана не просто так из всех.. человек явно добавлял.
.
Invision Power Board © 2001-2019 Invision Power Services, Inc.