Допомога - Пошук - Користувачі - Календар
FightMalaria@Home
Розподілені обчислення в Україні | Распределенные вычисления в Украине > Інші проекти розподілених обчислень > Медико-біологічні
1, 2
nikelong

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 19 Июля 2012 Капитан - Rilian
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.ucd.ie/fmah/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
О проекте: FightMalaria@Home
Цель:
Открытие новых соединений для противомалярийных препаратов.

К сведению:
Каждые 45 секунд от малярии, в мире умирает один ребенок. Это заболевание наиболее распространено в бедных странах, где оно заражает 216 миллионов людей и убивает 650 тысяч каждый год, в основном африканских детей в возрасте до 5 лет. Малярия и дальше продолжает развивать устойчивость к доступным медикаментам. Поэтому нам нужно срочное открытие новых препаратов, для замены существующих. Важно, что эти новые лекарства должны быть ориентированы на новые белки у паразита. Проект FightMalaria@Home направлен на поиск новых соединений.

Возможности:
Геном малярии был упорядочен, в следствии чего была выявлена протеома. Экспрессия белка была подтверждена на различных этапах жизненного цикла этой структуры. Многочисленные кристаллические структуры целевых белков также доступны, а остаток был смоделирован, используя доступные структурные шаблоны. Большие научно-исследовательские организации GSK, Novartis уже опробовали миллионы соединений и обнаружили около 19 000 хитов(кандидатов), которые выглядят многообещающе в перспективности лечения малярии. Но они не знают, какой целевой белок ингибирует эти соединения.
Изучение и разработка новых лекарств будут существенно ускоренны, зная целевой белок для каждого из этих хитов.

Проблема:
Мы планируем закрепить каждую из 18924 хитов в структуры каждой из 5363 белков малярийного паразита. Вычислительная мощность, необходима огромная.

Решение:
Мы стремимся использовать добровольно пожертвованные вычислительные мощности персональных компьютеров в мире. Большинство компьютеров используют только малую часть доступной мощности процессора для ежедневной работы. Мы запустили сервер BOINC, который позволяет распределять задания между волонтерами. Обработка заданий будет осуществляться в фоновом режиме. При подключении 1000 компьютеров таким образом, мы сможем достичь мощности эквивалентной суперкомпьютерам.

Различия между проектами GO Fight Against Malaria(WCG) и FightMalaria@Home

Проект GO Fight Against Malaria во главе с Алексом Перрименом(Alex Perryman) из института Скриппса, направлен на поиск новых низкомолекулярных ингибиторов известных белковых соединений. Их замысел состоит в том, чтобы сосредоточиться на мутациях, которые были уже найдены в установленных соединениях для препаратов от малярии. Для этого проекта GFAM необходимо закрепить миллионы мелких молекул в нескольких белковых структурах рецептора.

Мы делаем нечто совсем другое. Мы берем небольшие составные хиты соединения, которые уже были найдены и которые могут убить малярию, и пытаемся выяснить, с какими белками эти соединения нужно связывать. Крупные фармацевтические компании обработали более 3 млн. соединений и обнаружили 18924(хитов) которые эффективны против малярии. Но выяснить, где эти соединения связываются с паразитом или как они работают, будет сложно. Мы надеемся сделать это, состыковывая каждый хит(18924) с каждой структурой белка(5363).

Главное преимущество, которое мы имеем перед проекту GFAM, состоит в том, что мы ЗНАЕМ, что соединения которые мы используем, уже работают против малярии. Если мы выясним, какой белок они подавляют, то это откроет целую область исследований:
- что белок делает (биохимия)?
- на что это похоже (кристаллография рентгена)?
- мы можем найти лучшие ингибиторы (лекарственная химия)?
- или одного лидерство достаточно, что бы вылечить болезнь(клиническая фармакология)?

Основным недостатком является то, что мы никогда не сможем охватить весь протеом. Некоторые белки естественно не упорядочены и останутся непрозрачными к кристаллографии или моделированию. Но мы постараемся сделать лучшую попытку. У нас уже есть структуры(рентгеновские или моделированные) для 1426 из 5363 белков (26%), и мы будем продолжать делать моделирования более сложных белков. Если бы мы пробовали это только с одной частью соединений(1426), то мы имели бы шансы на успех 1:4. Но поскольку мы попробуем это почти 19 000 раз, у нас должны быть довольно хорошие шансы на успех.

Я был бы рад, если бы нам удалось найти хотя бы одну новую цель в борьбе с малярией, так как это может быть Ахиллесова пята для болезни и путем её излечения. Новые препараты, разработанные из этого проекта открытой науки, будут направлены на новые цели, для того что бы у паразита не было возможности адаптироваться к препаратам. Как и все лекарства, они также в конечном счете потерпят неудачу, но по крайней мере мы попытаемся найти новые препараты быстрее, чем паразит сможет развить сопротивление. Борьба продолжается...


Промежуточные результаты

(Show/Hide)

We have collected the experiments into groups, each aimed at a separate paper to be submitted to an open-access journal in the near future.
A - Docking of MalariaBox compounds against the P. fal. proteome (MMV_400) - Exp=A,Ap,1p,2p,4p,6p
B - Using vHTS to find the malarial targets of repurposed drugs (NPC) - Exp=8p-11p
C - FightMalaria@Home – using vHTS to find targets for hit compounds (MMV_full) - Exp=B,Bp,3p,5p,7p,12p-15p
D - FightMalaria@Home update – the effect of flexible active sites on vHTS (all) - Exp=16p-44p
E - Using BOINC to identify novel antimalarial compounds (ZINC, CycloPs) - Exp=45p-47p

Progress report - over 20 million results so far:
A - 61% - 1,328,976 results
B - 60% - 9,002,545 results
C - 7% - 10,111,084 results
D - 0%
E - 0%

20,442,605 results in total!

Progress has slowed as we're now docking larger molecules with more rotatable bonds. (2 Oct 2012)
-
This is lower than previous % completions as we've added 950 models (18% of the proteome) to the list of receptors we're searching against. We now cover 44% of the proteome in 3D, which is quite substantial. (30 Nov 2012)
Death
Donate spare CPU time

If you would like to join the BOINC community who are donating screensaver CPU time, then please go here:
{link to be added when BOINC goes live}

If you would like to get involved with the development of the BOINC server, then please contact Anthony Chubb (below).

nikelong
Энд, ВТФ?
Death
когда настроят боинк дадуд ссылку на него.
Rilian
http://boinc.ucd.ie/fmah/

Ukraine http://boinc.ucd.ie/fmah/team_display.php?teamid=21

About FightMalaria@Home
FightMalaria@Home is a research project that uses donated CPU time to perform docking simulations on malaria proteins. You can participate by downloading and running a free program on your computer.

PLEASE NOTE: FightMalaria@Home is still in testing. Although you may join the project, there may not be a constant supply of tasks until the launch day (23rd July). The server may also be unavailable up until this time.

By participating in this project you are agreeing to our terms of use.

FMAH is based in UCD CASL

Project Homepage - http://www.fight-malaria.org/
re_SET
+1 koc.gif
Death
пока даунлоад не включили
Rilian
FM@H up and running
We have just fired off the first 144,000 docking runs.

If you'd like to see the details behind the 1,000,000,000 docking runs planned, please go to the 'Idea' page on our website:
http://www.fight-malaria.org/index.php?opt...d=99&Itemid=108

After the first 94 million docking runs, we'll have achieved our first major milestone.

We may have a small delay next week between experiments, then it's all systems go.

Thanks again for your your help with this.

ciao,
Ant
Death
Имя Всего очков В среднем за день Страна
1) Death 1,076 98.24 Ukraine
Bel
Интересный проект вырисовывается. Сделаем проектом месяца для суперкомпьютера? smile.gif
Death
я абортнул 1500 вушек.

Computing status

Work #
Tasks ready to send 1,096
Tasks in progress 35,264

врядли что-то будет свободно завтра
Rilian
если бы в нем были таски то можно было бы.

а так он больше смахивает пока что на тестовый проект
Rilian
Переподключите проектexcl.gif!!

Update
Hi everyone,
We have a few updates:

1. We have regenerated our signing keys but due to a technical problem they will not be distributed automatically. Please detach and reattach to the project in order to receive new workunits. We apologise for the inconvenience and will ensure that it does not happen again.

2. We are having issues with a small percentage (less than 1%) of Windows computers and a very small percentage of Linux computers. We are working to release new app versions in order to address these problems.

3. We have limited the number of tasks in progress per computer to 20 per CPU core. Although this has not been an issue for some, we have had a large number of aborted tasks as a result of sending too much work to each node.

Thanks for your your help.
Kevin

23 Jul 2012
Rilian
Computing status
Work #
Tasks ready to send 15,538
Tasks in progress 27,481
Bel
Launching on 30th July
We are still doing a few final tests of the BOINC server. Then on 30th July we plan to officially launch the project. Thanks to those who have already signed up! We're able to do over 30,000 docking calculations per day, so testing is going well. super.gif
Bel
Test experiment A is finished!
"We have the first set of 144000 data points to sift through from our 'control' experiment. The system seems to be working well. The next batch of 1.2 million docking calculations is in the queue and ready to go. "
Rilian
Sat Jul 28 16:54:41 2012 | fightmalaria@home | Computation for task vina_20373_1343480243.286858-1118-PF14_0077_1.pdbqt-265-MMV665827_0.pdbqt-4-_0 finished
Sat Jul 28 16:54:41 2012 | fightmalaria@home | Starting task vina_20373_1343480244.719091-1127-PFB0660w_1.pdbqt-265-MMV665827_0.pdbqt-4-_0 using vina version 200 in slot 1
Sat Jul 28 16:54:42 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:43 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:43 2012 | fightmalaria@home | Started upload of vina_20373_1343480243.286858-1118-PF14_0077_1.pdbqt-265-MMV665827_0.pdbqt-4-_0_0
Sat Jul 28 16:54:44 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:45 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:46 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:46 2012 | fightmalaria@home | Finished upload of vina_20373_1343480243.286858-1118-PF14_0077_1.pdbqt-265-MMV665827_0.pdbqt-4-_0_0
Sat Jul 28 16:54:47 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:48 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:49 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Sat Jul 28 16:54:50 2012 | fightmalaria@home | app reporting negative CPU: -1.998364
Death
в десьять раз больше ву.

и даунлоад лежит
Rilian
Валидатор выключен
Bel
Server down
The BOINC server will be down for maintenance for a while. We're installing new apps for all OSs, and new shorter work units.
------------
Отакої. sad.gif
Кстати, малярия у всех нормально работает или с глюками? У меня к примеру выдает ошибки на 7-8 секунде расчета.
Надеюсь после этого апдейта заработает как надо.
Bel
Hi everyone,
We're still having problems with the server. However, the good news is research IT have agreed to provide us with two far better servers. We hope to move the project to these over the weekend but it will likely be Wednesday before we are back up and running. We will not be sending new workunits until then.
Thanks for you patience,
Kevin
Bel
(rpisarev @ Aug 20 2012, 08:08) *

Bel - какие есть предложения? smile.gif

Да нет. Я просто узнавалsmile.gif Здесь каждый считает что хочет)
Я к примеру буду переходить на FightMalaria@Home когда проект заработает уже стабильно. Считать нужно будет немного меньше чем в WCG-GFAM, ну и по идеи проект должен будет дать уже результат, судя по описанию принципов работы проекта на офф-сайте. ИМХО. Не агитирую. smile.gif
Rilian
Bel, откуда информация что этот проект будет успешнее WCG GFAM ?

2) прдлагаю тебе оформить шапку проекта в fm@h
Bel
(Rilian @ Aug 20 2012, 13:33) *

Bel, откуда информация что этот проект будет успешнее WCG GFAM ?

2) прдлагаю тебе оформить шапку проекта в fm@h

Почти оформил. Потом еще переведу новость о различиях между GFAM и FightMalaria.
LSA
В мене на калькуляторах XP SP2 (x32) були глюки Error while computing.
Встановив FrameWork 3.5 - запрацювало.
Bel
Сервер уже работает, обновление прошло успешно. Админы подготовили 1.5 млн заданий к отправке. Время на выполнение около минуты, глюки исправили. В течении следующей недели еще немного оптимизируют проект. Можно кранчить! koc.gif
Bel
Еще одна новость: показатель процента завершения проекта прикручен не будет, как к примеру в SIMAP. Но админы будут сообщать о завершении этапов, которых насчитывается 30. К всему этому, будут опубликованы новости о результатах этапов - какие задачи считаются, хиты и т.д.
ЗЫ: LSA, на чем малярию кранчиш, а то смотрю газу не плохо поддал? smile.gif
LSA
QA90 інженерник. 8 ядер + HT
Bel
Сегодня команда поднялась на 20 место! Впереди еще 8 команд, которые можем спокойно сейчас обходить. Лучший ппд по 50тыс. у Team Musketeers и SETI.Germany. У нас пока 7-8к. в день и кранчат только 3 человека. Собственно предложение: так как проект только запустили и у конкурентов не так много человек в команде, может залупиться и вытянуть команду на 1 место?! Хоть в одном проекте будем первые! smile.gif К примеру как TSC! Russia в Rosetta@Home.
Понимаю, что формат суперкомпьютера может кому поднадоел, но если сделать рывок - можно спокойно догнать 2 лидеров проекта. Тем более на поддержание ппд на уровне топов на данный момент, нужно человек 10-15.
Rilian
QUOTE(Bel @ Sep 17 2012, 18:10) *

Сегодня команда поднялась на 20 место! Впереди еще 8 команд, которые можем спокойно сейчас обходить. Лучший ппд по 50тыс. у Team Musketeers и SETI.Germany. У нас пока 7-8к. в день и кранчат только 3 человека. Собственно предложение: так как проект только запустили и у конкурентов не так много человек в команде, может залупиться и вытянуть команду на 1 место?! Хоть в одном проекте будем первые! smile.gif К примеру как TSC! Russia в Rosetta@Home.
Понимаю, что формат суперкомпьютера может кому поднадоел, но если сделать рывок - можно спокойно догнать 2 лидеров проекта. Тем более на поддержание ппд на уровне топов на данный момент, нужно человек 10-15.

ну проголосуем через полмесяца.

я лично с малярией борюсь в ВЦГ. там более надежно в плане того что результаты будут изучены и выложены куда следует
LSA
15 Hardware Canucks 2 5,769 243,714 Canada Computer type
16 Team Starfire World BOINC 3 4,842 243,258 International None
17 Ukraine 12 9,220 243,164 Ukraine National
гарно пливем
Bel
Уже на 15 месте! koc.gif
Bel
We have collected the experiments into groups, each aimed at a separate paper to be submitted to an open-access journal in the near future.
A - Docking of MalariaBox compounds against the P. fal. proteome (MMV_400) - Exp=A,Ap,1p,2p,4p,6p
B - Using vHTS to find the malarial targets of repurposed drugs (NPC) - Exp=8p-11p
C - FightMalaria@Home – using vHTS to find targets for hit compounds (MMV_full) - Exp=B,Bp,3p,5p,7p,12p-15p
D - FightMalaria@Home update – the effect of flexible active sites on vHTS (all) - Exp=16p-44p
E - Using BOINC to identify novel antimalarial compounds (ZINC, CycloPs) - Exp=45p-47p

We have over 4 million results thus far, and % completion is as follows:
A - 78%
B - 20%
C - 1%
D - 0%
E - 0%

Progress has slowed as we're now docking larger molecules with more rotatable bonds.
Rilian
інтересно!

если бы я не боролся с малярией на ВЦГ, то я бы подключился сюда smile.gif
Bel
Команда на 13 месте! koc.gif
Polish National Team - единоличные лидеры проекта. Сливают просто фантастически, как для такого проекта, порядка ~ 1-2 млн. очей в день. cool2.gif
Сервер уже почистили, задания стали поступать. LSA, Woldemar Olesk, go закранчивать проект обратно и тянуть команду на высшие позиции! smile.gif
re_SET
Ну я спецом один фен пока выделю... koc.gif koc.gif koc.gif
Bel
Hi everyone,
We are currently working on a new credit system which will ensure that everyone is awarded a fair amount of credit. The current system is failing as some users are receiving far more credits than others for the same amount of work.

To fix this we will predefine the amount of credit for each workunit. The amount will be based on a multiple regression of previous results from my own trusted hosts. It will likely be ready early next week.
Thanks to everyone who has pointed out these problems.
Kevin

------------
Работают сейчас над новой системой начисления очей...
wolka
(Bel @ Oct 15 2012, 21:12) *

Команда на 13 месте! koc.gif
Polish National Team - единоличные лидеры проекта. Сливают просто фантастически, как для такого проекта, порядка ~ 1-2 млн. очей в день. cool2.gif
Сервер уже почистили, задания стали поступать. LSA, Woldemar Olesk, go закранчивать проект обратно и тянуть команду на высшие позиции! smile.gif


Были и на 12-й позии, но круглосуточная работа меня укатала.

был бы клиент под солярис и спарки, я бы укатал всех )
Bel
Вчера прекратили выдачу заданий. Временно! Обещают скоро запустить сервер. telephone.gif
Bel
koc.gif Сервер работает. Есть задания.
-----------------------------------------------------
"Мы вернулись в онлайн. Теперь, мы используем дополнительный сервер для базы данных результатов, который должен повысить производительность основного сервера."
Bel
Progress report - over 20 million results so far:
A - 61% - 1,328,976 results
B - 60% - 9,002,545 results
C - 7% - 10,111,084 results
D - 0%
E - 0%

20,442,605 results in total!

This is lower than previous % completions as we've added 950 models (18% of the proteome) to the list of receptors we're searching against. We now cover 44% of the proteome in 3D, which is quite substantial.
Bel
В течении ближайших 5 дней, админы попытаются прикрутить счётчик процента завершения проекта.
tiss
Ну как - прикрутили? Мне заданий хватит на первое место выйти?
Bel
tiss, пока еще не прикрутили. Ждемс...
В среднем на серваке находится готовых к отправке ~ 55 000 вью. В обработке находится в среднем ~ 170 000 - 180 000. Выгребай что есть smile.gif
-----
Из новостей: сейчас считается эксперимент №5 из этого списка http://www.fight-malaria.org/index.php?opt...d=99&Itemid=108. Таблица будет обновлятся в ходе дальнейших исследований. Появилась некоторая избыточность в рассчетах, поэтому о финише говорить пока рано. Также Кевин(один из организаторов проекта) сообщает, что уже скоро можно будет ожидать первый промежуточный доклад о результатах проделанной работы.
tiss
у мну выхлоп где-то тыщ 20 в день. больше вряд ли выжму
tiss
Чёт у них пломалось

10.01.2013 10:31:26 | fightmalaria@home | update requested by user
10.01.2013 10:31:30 | fightmalaria@home | Fetching scheduler list
10.01.2013 10:31:45 | fightmalaria@home | Master file download succeeded
10.01.2013 10:31:50 | fightmalaria@home | Sending scheduler request: Requested by user.
10.01.2013 10:31:50 | fightmalaria@home | Reporting 600 completed tasks, requesting new tasks for CPU

Куча заданий вывалилась с ошибкой. До этого была одна ошибка на 10 тыщ заданий
Bel
Новая команда в проекте - CHARITY TEAM CONTEST.
http://boinc.ucd.ie/fmah/forum_thread.php?id=69
http://boincstats.com/ru/stats/136/user/list/0/0/229/0
Аж приятно смотреть на эту вакханалию =) Заданий выгребли кучу, готовых к отправке штут 50 крутится в среднем каждую секунду. Боюсь на ночь остнусь на сухпайке. koc.gif
tiss
Таааак... Перед выходными у ЛХЦ задания кончились. Ну теперь вся моща сюда переключится! koc.gif
Bel
(tiss @ Jan 25 2013, 16:46) *

Таааак... Перед выходными у ЛХЦ задания кончились. Ну теперь вся моща сюда переключится! koc.gif

Тисс, переключайся на вцг или симап. Все задания выгребли CHARITY TEAM CONTEST, которые собрали тучу кранчеров под свое знамя. А сервер пока не такой мощный, что б генерить на такое кол-во народу достаточно заданий. koc.gif
Уже день 5-ый на симапе сижу, а с малярии штук 10 за день только выхватываю...
.
Invision Power Board © 2001-2019 Invision Power Services, Inc.