FiND@Home (FightNeglectedDiseases@Home) - «Боремся с забытыми болезнями дома»



Организаторы проекта:

Лаборатория комплексных и адаптивных систем из Университетского колледжа Дублина, Ирландия

Официальный сайт проекта - http://findah.ucd.ie/index.php

Описание целей и задач проекта FightNeglectedDiseases@Home

Текущей целью проекта FiND@Home является поиск целевых белков для новых противомалярийных препаратов в рамках подпроекта FightMalaria@Home.

Переоценить актуальность борьбы с малярией сложно. Страшная статистика такова: малярия убивает одного ребенка каждые 45 секунд. Заболевание наиболее распространено в бедных странах Африки, где ежегодно поражает до 216 млн. человек и убивает 650 тысяч из них, в основном - детей в возрасте до 5 лет (данные Всемирной организации здравоохранения – ВОЗ). Проблема усугубляется тем, что возбудитель заболевания - малярийный плазмодий Plasmodium falciparum, который передается с укусами малярийных комаров, стремительно приспосабливается к имеющимся лекарственным препаратам. Поэтому очень важно не прекращать поиск новых лекарственных средств, ориентированных на «выключение» новых белков в клетках организма паразита.

Геном малярийного плазмодия успешно секвенирован, его протеом (набор белков) известен. Доступны модели кристаллических структур многих целевых белков Plasmodium falciparum, а оставшиеся без таковых - могут быть смоделированы с использованием имеющихся структурных шаблонов. Крупные научно-исследовательские организации (GSK, Novartis) уже опробовали миллионы соединений и отсеяли из них 19 тысяч «хитов» - потенциально эффективных лекарственных молекул, которые показывают многообещающую активность в отношении малярийного плазмодия (MMV). Но они еще не знают, какие целевые белки плазмодия ингибируется этими соединениями. Разработка новых лекарственных средств будет значительно ускорена, если будет известен целевой белок для каждого из обнаруженных «хитов».

Исследователи в рамках проекта FiND@Home планируют провести молекулярное моделирование докинга (стыковки) каждого из обнаруженных 18924 хитов-соединений с каждым из 5363 белков, содержащихся в малярийном плазмодии. Требуемая для выполнения этой задачи вычислительная мощь поистине колоссальна и организаторам проекта крайне необходимы компьютерные ресурсы участников распределенных вычислений со всего мира, использующих BOINC-платформу для помощи научным исследованиям.

Результаты проекта FightMalaria@Home: полная база полученных результатов доступна на данном сайте - http://chemware.ucd.ie/FiNDaH/Malaria.php

Добавить проект в BOINC-менеджере можно по ссылке - http://findah.ucd.ie/

Ссылка на команду Ukraine в статистике проекта FiND@Home - http://findah.ucd.ie/team_display.php?teamid=21

Задания коротенькие - считаются по две минуты, заданий на сервере море.

все разобрали и пишут проджект андер майнтенанс

Проект ожил, чтобы сообщить об окончании исследований. Грустно, но оптимистично.

Расчетные данные подпроекта FightMalaria@Home теперь будут доступны в Интернете

Вот по этой ссылке - http://chemware.ucd.ie/FiNDaH/Malaria.php

Реализован очень удобный поиск по лигандам и рецепторам, с выдачей всех полученных результатов, чтобы заинтересованные исследователи со всего мира уже более целенаправленно искали новые противомалярийные препараты.

Пока на представленном сайте доступны первые 400 соединений (перспективных лекарственных молекул) из пакета MMV400 (MalariaBox), которые по базе можно посмотреть на эффективность связывания с белками малярийного плазмодия. Завершаются последние расчеты для оставшихся 19 тыс. соединений из MMV19K, которые позже будут добавлены на сайт.

По результатам проведенных расчетов готовится статья, на которую понадобится чуть больше времени, чем ожидалось. Как закончат - сообщат отдельно.

Выражают большую признательность всем участникам проекта. Надеются, что результаты будут полезны и приведут к появлению новых эффективных лекарств, а также - к открытию новых перспективных целевых белков малярийного плазмодия, которые можно использовать для создания таковых.



ЗЫ: На мой взгляд, образцово показательный проект, хотя мы почти и не успели поучаствовать - припозднились... Зато все результаты максимально открыты и доступны - пользуйся на здоровье.

Надеюсь, будет продолжение в виде новых исследований. Поэтому пока в завершенные переносить не буду.

Запустили 3 192 552 новых WU!

Надо бы поднять команду в статистике, пока не прикрыли лавочку! Мы пока на 28 месте

14-Jan-15 02:26:31 | FiND@Home | Scheduler request completed: got 80 new tasks



Computing status

Work #
Tasks ready to send 755
Tasks in progress 104,894

Фсьо - задания просчитаны, подняли с камрадами Ukraine до 24-го места, с чем команду и поздравляю!

странно, у меня есть 10к в єтом проекте. может страничка проекта тут єто дубликат старой теми?

Перед созданием темы, я пытался найти похожую по ключевым словам, но не преуспел.

Еще подкинули заданьев - захомячился, считаю
Надо команду пропампить, пока есть такая возможность!

Новая огромная партия заданий - 8,310,176 WUs!

хе-хе, один компик 2010года (односокетный) даёт 30k в сутки

похоже, разные задания ОЧЕНЬ разного времени счёта



-------------

любопытно, 0,36% от этих 8,310,176 WUs уже капнуло мне (при том, что задействованы откровенно скромные мощности). Думается, в этом проекте на данный момент нет мастодонтов, подключенных к гектару ветряков ))

Останавливают сервер до следующей недели. В понедельник пойдет раздача оставшихся 3 млн. заданий.

У них там оказывается случилась авария базы данных, но уже пофиксили - идет обещанная раздача 3 млн. тасков!

долевое участие

В этот раз я пас - уступаю свою долю

Координатор проекта сообщил, что вскоре нас ожидает мега-пачка новых заданий - на 60 млн. штук!
Он как раз подчищает базу данных для ее загрузки. Говорит, что ему нравится, чем мы тут занимаемся. Честно признается, что результаты проекта являются частью защиты его научной степени PhD (это докторская степень в западной высшей школе). Сейчас же он готовится сосредоточиться на поиске лекарств (в лабораторных условиях) от Rhodococcus equi - внутриклеточной бактерии-паразита, вызывающей туберкулез у жеребят. Но проект закрывать не планирует.

Перед обещанными 60 млн. WU, попросили просчитать 5,610,195 заданий.

Завдання то 6, то 16, то 26, то 36 хвилин рахуються. Причому, прогрес-бар абсолютно неадекватний. І ще й завдань накачало як із переляку, а дедлайн 1 день.