The status page has been updated.
Experiment 41: 69% Completed
http://fightaidsathome.scripps.edu/status
прімерно осталось меньше 2 месяцев до окончанія єксперімента 41
Розподілені обчислення в Україні | Распределенные вычисления в Украине > Основні проекти розподілених обчислень > World Community Grid
The FightAIDS@Home project adds new modeling tool
Summary
The FightAIDS@Home team is adding a new modeling tool to further advance the World Community Grid simulations. In future, project volunteers might notice one of two tools being used, depending on the specific work unit being processed.
The FightAIDS@Home project depends on the computational power of volunteers all over the globe, but until now, the calculations have all used the same molecular simulation tool, a program called AutoDock, developed at the Olson Lab of The Scripps Research Institute. AutoDock is a great tool and has provided years of dependable service. However, the researchers now need to perform certain types of simulations which are more effective on a different modeling program, also developed by Scripps and known as Vina. While Vina may be more accurate in certain 'positive control' experiments and performs significantly faster than AutoDock, AutoDock can be more accurate in certain cases. Each provides complimentary types of data that is helpful to the project's researchers.
The Scripps and World Community Grid teams have recently completed the technical integration necessary to make Vina “grid-enabled” so that it can be used for certain calculations within the FightAIDS@Home project. Therefore, new work units will be allocated to either AutoDock or Vina, depending on the nature of the work and what the researchers determine to be the most appropriate tool for such work.
For volunteers, nothing changes – the procedure for contributing run time to the project is exactly the same, and no decisions or modifications are necessary. The only difference you may notice is a new Vina screensaver, which will display when you are processing a Vina work unit:
Summary
The FightAIDS@Home team is adding a new modeling tool to further advance the World Community Grid simulations. In future, project volunteers might notice one of two tools being used, depending on the specific work unit being processed.
The FightAIDS@Home project depends on the computational power of volunteers all over the globe, but until now, the calculations have all used the same molecular simulation tool, a program called AutoDock, developed at the Olson Lab of The Scripps Research Institute. AutoDock is a great tool and has provided years of dependable service. However, the researchers now need to perform certain types of simulations which are more effective on a different modeling program, also developed by Scripps and known as Vina. While Vina may be more accurate in certain 'positive control' experiments and performs significantly faster than AutoDock, AutoDock can be more accurate in certain cases. Each provides complimentary types of data that is helpful to the project's researchers.
The Scripps and World Community Grid teams have recently completed the technical integration necessary to make Vina “grid-enabled” so that it can be used for certain calculations within the FightAIDS@Home project. Therefore, new work units will be allocated to either AutoDock or Vina, depending on the nature of the work and what the researchers determine to be the most appropriate tool for such work.
For volunteers, nothing changes – the procedure for contributing run time to the project is exactly the same, and no decisions or modifications are necessary. The only difference you may notice is a new Vina screensaver, which will display when you are processing a Vina work unit:
Вот получил сегодня странные задания
Их у меня только 2 , обратил на них внимание случаной из-за из короткого названия
FAHV_ x3VQD_ IN_ FBP_ 0046627_ 0674_ 1--
FAHV_ x3VQD_ IN_ FBP_ 0046627_ 0786_ 1--
И самое интересное что у них выполнение задания стоит по 46 минут
Щас запустил их на выполение посмотрим за который час посчитает
Их у меня только 2 , обратил на них внимание случаной из-за из короткого названия
FAHV_ x3VQD_ IN_ FBP_ 0046627_ 0674_ 1--
FAHV_ x3VQD_ IN_ FBP_ 0046627_ 0786_ 1--
И самое интересное что у них выполнение задания стоит по 46 минут
Щас запустил их на выполение посмотрим за который час посчитает
MAGADAN, это то же самое что FAAH но на рассчетном ядре VINA
MAGADAN, выше про это как раз и написано. В зависимости от эксперимента или условий, иногда лучший результат дает Автодок, иногда Вина.
В итоге видно что их цель не тупо перебрать Н миллионов белков, а найти лучший результат.
Что очень обнадеживает и вселяет уверенность что проект на правильном пути!
В итоге видно что их цель не тупо перебрать Н миллионов белков, а найти лучший результат.
Что очень обнадеживает и вселяет уверенность что проект на правильном пути!
Всем привет
Ну теперь точно всем хватит заданий +1835 дней это же более 5 лет считать 
Ну теперь точно всем хватит заданий +1835 дней это же более 5 лет считать
Hello,
The November 18, 2013, issue of the FAAH Newsletter has just been posted:
http://fightaidsathome.scripps.edu/
Enjoy!
Sincerely,
Dan
Research Associate, Dept. of Integrative Structural and Computational Biology
The Scripps Research Institute
The November 18, 2013, issue of the FAAH Newsletter has just been posted:
http://fightaidsathome.scripps.edu/
Enjoy!
Sincerely,
Dan
Research Associate, Dept. of Integrative Structural and Computational Biology
The Scripps Research Institute
Project Update, March 19, 2014
Hello!
I have updated the status website, so there are updated completion percentages and experiment listings. Some time ago, I split the staus page so that scrolling is more tolerable.
Just to throw out a few numbers:
- Some rough calculations estimate that all AD Vina work on WCG (if all dockings were finished now) make up more than 95+% of all FAAH dockings.
- In the last two weeks, we have been receiving approximately 300 (Vina) batches a day, which equates to approximately 3 million dockings per day. (This may fluctuate, of course, but within the last 2 weeks definitely impressive.)
Thank you, Crunchers!
Dan
Hello!
I have updated the status website, so there are updated completion percentages and experiment listings. Some time ago, I split the staus page so that scrolling is more tolerable.
Just to throw out a few numbers:
- Some rough calculations estimate that all AD Vina work on WCG (if all dockings were finished now) make up more than 95+% of all FAAH dockings.
- In the last two weeks, we have been receiving approximately 300 (Vina) batches a day, which equates to approximately 3 million dockings per day. (This may fluctuate, of course, but within the last 2 weeks definitely impressive.)
Thank you, Crunchers!
Dan
Обновили на своем официальном сайте данные по проводимым в рамках проекта FightAIDS@home экспериментам по декабрь 2014 г.
Отчитались о проделанной работе. Из важного - почти закончили все необходимые вычисления, теперь концентрируются на обработке и анализе полученных результатов. 
FightAIDS@Home - Phase 2
https://secure.worldcommunitygrid.org/resea...ahb/overview.do
Стартовала 2 фаза.
https://secure.worldcommunitygrid.org/resea...ahb/overview.do
Стартовала 2 фаза.
Ого, вот єто поворот!
https://secure.worldcommunitygrid.org/stat/...tShortName=fahb
Я даже не знаю стоит ли делать отдельний топик под 2 фазу ?
https://secure.worldcommunitygrid.org/stat/...tShortName=fahb
Я даже не знаю стоит ли делать отдельний топик под 2 фазу ?
вторая фаза, как и в других подпроектах, идет отдельно и у нас на форуме тоже.... думаю, есть смысл оформлять, тем более, что характер заданий совсем другой - похоже, это уже AVX-ориентированное приложение, на моем "старичке" задания по 16 часов идут, вместо 40-60 минут в первой фазе под Vina
ок, я оформлю новий топик
Австралийские медики заявили о победе над СПИДом
В Австралии медики объявили, что на зеленом континенте СПИД больше не является проблемой национального здравоохранения.
Дело в том, что если в 1990 годах в Австралии от СПИДа умирали каждый год порядка 1000 граждан, то сегодня даже подобная статистика не ведется.
Это связано с тем, что на сегодняшний день СПИД превратился в хроническое контролируемое заболевание, сообщает The Australian.
По словам руководителя программы профилактики СПИДа Университета Кирби профессора медицины Эндрю Гралича, сегодня, если люди заражаются СПИДом, они проходят курс лечения и "расстаются со СПИДом".
Профессор подчеркнул, что сегодня СПИД – уже не смертельный приговор.
Ученые считают, что огромную помощь в борьбе со СПИДом оказала вакцинация, которая начала проводиться в середине 1990-х годов антиретровирусным препаратом.
В результате, это позволило оградить ВИЧ-инфицированных людей от последней формы заболевания - СПИДа.
В Австралии медики объявили, что на зеленом континенте СПИД больше не является проблемой национального здравоохранения.
Дело в том, что если в 1990 годах в Австралии от СПИДа умирали каждый год порядка 1000 граждан, то сегодня даже подобная статистика не ведется.
Это связано с тем, что на сегодняшний день СПИД превратился в хроническое контролируемое заболевание, сообщает The Australian.
По словам руководителя программы профилактики СПИДа Университета Кирби профессора медицины Эндрю Гралича, сегодня, если люди заражаются СПИДом, они проходят курс лечения и "расстаются со СПИДом".
Профессор подчеркнул, что сегодня СПИД – уже не смертельный приговор.
Ученые считают, что огромную помощь в борьбе со СПИДом оказала вакцинация, которая начала проводиться в середине 1990-х годов антиретровирусным препаратом.
В результате, это позволило оградить ВИЧ-инфицированных людей от последней формы заболевания - СПИДа.
ого, крутая новость!
Знову з'явились завдання. Десь по 200.000 в день. Хоча у мене все одно ловить лише Mapping Cancer Markers.
З учорашнього вечора по нинішній час мені нападало вже більше 200 завдань. Вчора розрахунки тривали по 4-8 хвилин. Сьогодні - вже приблизно по годині.