Допомога - Пошук - Користувачі - Календар
FightAIDS@home
Розподілені обчислення в Україні | Распределенные вычисления в Украине > Основні проекти розподілених обчислень > World Community Grid
1, 2, 3, 4, 5
Rilian
IPB Image

Проект занимается подбором лекарств от ВИЧ

* Официальный сайт
* Прогресс и статус исследований на официальном сайте

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid thumbsup.gif

Подробнее о научных методах в FightAIDS@Home:

Белки, как вы уже знаете, является строительным материалом для всех живых существ. Разнообразные формы белков принимают участие во всех процессах, происходящих в живых организмах. Белки являются длинными цепями меньших молекул - аминокислот.

Энзимы являются конкретными типами белков, которые ускоряют биохимические реакции.

Протеаза - энзим, который способен «вырезать» отдельный белок в некоторой точке аминокислотной цепи. Например, когда Вы едите пищу, которая также содержит белок, белковые молекулы режутся на меньшие аминокислотные молекулы протеазой в вашем желудке.

Ваш организм может затем использовать получившиеся аминокислоты, чтобы формировать белки, которые ему нужны для продолжения жизнедеятельности. Стоит отметить также, что только небольшой процент из всех белков в организме является протеазами, поэтому эти белки очень важны в своем функционировании для обеспечения жизненных процессов.

Ваш компьютер поможет нам имитировать процесс присоединения множества различных лиганд* к HIV-протеазе (HIV- Human Immunodeficiency Virus – вирус иммунодефицита человека), для этого используется компьютерная программы под названием AutoDock.

*Лиганды - (от лат . ligo - связываю), в комплексных соединениях молекулы или ионы, связанные с центральным атомом (комплексообразователем), напр. в соединении [Co(NH3)6]Cl3 центральный атом - Со, а лиганды - молекулы NH3.

Перспективные лиганды будут изучены более подробно учеными, и это должно привести нас к созданию лекарства для управления ВИЧ-инфекцией, и в конце концов, к предотвращению заболевания СПИДОМ.

Естественно, моделирование таких процессов – сложная в вычислительном отношении задача из-за большого разнообразия белковых структур и выделению из них тех, которые могут эффективно повлиять на вирус, поэтому в данном проекте также используются методы распределенных вычислений.

QUOTE
What is AIDS?
UNAIDS, the Joint United Nations Program on HIV/AIDS, estimated that in 2004 there were more than 40 million people around the world living with HIV, the Human Immunodeficiency Virus. The virus has affected the lives of men, women and children all over the world. Currently, there is no cure in sight, only treatment with a variety of drugs.

Prof. Arthur J. Olson's laboratory at The Scripps Research Institute (TSRI) is studying computational ways to design new anti-HIV drugs based on molecular structure. It has been demonstrated repeatedly that the function of a molecule — a substance made up of many atoms — is related to its three-dimensional shape. Olson's target is HIV protease ("pro-tee-ace"), a key molecular machine of the virus that when blocked stops the virus from maturing. These blockers, known as "protease inhibitors", are thus a way of avoiding the onset of AIDS and prolonging life. The Olson Laboratory is using computational methods to identify new candidate drugs that have the right shape and chemical characteristics to block HIV protease. This general approach is called "Structure-Based Drug Design", and according to the National Institutes of Health's National Institute of General Medical Sciences, it has already had a dramatic effect on the lives of people living with AIDS.

Even more challenging, HIV is a "sloppy copier," so it is constantly evolving new variants, some of which are resistant to current drugs. It is therefore vital that scientists continue their search for new and better drugs to combat this moving target.

Scientists are able to determine by experiment the shapes of a protein and of a drug separately, but not always for the two together. If scientists knew how a drug molecule fit inside the active site of its target protein, chemists could see how they could design even better drugs that would be more potent than existing drugs.

To address these challenges, World Community Grid's FightAIDS@Home project runs a software program called AutoDock developed in Prof. Olson's laboratory. AutoDock is a suite of tools that predicts how small molecules, such as drug candidates, might bind or "dock" to a receptor of known 3D structure. The very first version of AutoDock was written in the Olson Laboratory in 1990 by Dr. David S. Goodsell, since then, newer versions, developed by Dr. Garrett M. Morris, have been released which add new scientific understanding and strategies to AutoDock, making it computationally more robust, faster, and easier for other scientists to use. From the beginning of this project, World Community Grid has been running a pre-release version of AutoDock4. In August 2007, World Community Grid started running the new publicly available version 4 of AutoDock which is faster, more accurate, can handle flexible target molecules and thus can also be used for protein-protein docking analysis. AutoDock is used in the FightAIDS@Home project on World Community Grid to dock large numbers of different small molecules to HIV protease, so the best molecules can be found computationally, selected and tested in the laboratory for efficacy against the HIV virus. By joining forces together, The Scripps Research Institute, World Community Grid and its growing volunteer force can find better treatments much faster than ever before.


IPB Image

График проекта
IPB Image

Ссылки

ВИЧ 3D
YuRi
В первую очередь статистика обновится в твоем клиенте, как только будут начислены очки и он свяжется с сервером проекта.
Но очки будут начислены только тогда, когда задание посчитают еще несколько человек (для проверки). Если кто-то считает на медленной машине, то начисление очков может отсрочиться до дедлайна задания, а то и позже, если задание не будет посчитано вовремя и будет выдано новому клиенту.
Состояние задания можно посмотреть через страницу твоей учетной записи в проекте. Там есть ссылки "Pending credit" (неначисленные очки), "Computers on this account" (можно посмотреть, какие задания считались или считаются на каждой твоей машине и какова их судьба) и "Results" (полученные от тебя результаты).
Rilian
Все ок, 1 задание засчиталось!
Abbath
И тут несколько команд, непонятно какая основная blink.gif Есть просто UA - 23 юзера, есть UKRAINE - 53, UaTeam - 4, + команды одного человека UA Force и Ukrain biggrin.gif Что подскажете?
Rilian
UKRAINE

еще есть


L'viv, Ukraine 30
BOINC@Ukraine 2
IBM Ukraine 7
National technical university of Ukraine "KPI" 2
Rootofme Ukraine 1
UKRAINE 53
Ukraine Lugansk Team 1
Ukraine Lviv Team 9
Ukraine United Team 2
Ukraine WCG Team 42
Ukraine_Overclockers_Te@m 1
Abbath
Ага, уже вижу всю эту толпу )) Ну что ж, буду сейчас подключаться, только вот ник мой кто-то занял sad.gif
Rilian
Abbath, можно добавить _UA ......

Я посчитал несколько заданий. На одну ВЮ уходит примерно 6 часов процессорного времени. Пока что полностью перешел на розетту
Abbath
Да, ник немного подправим, не проблема. Сейчас главное придумать как грамотно разделить 3 проекта на 2 компа smile.gif


(Rilian @ Jun 27 2007, 01:09 PM) *

Пока что полностью перешел на розетту

Бросил фолдинг? Что ж так?
Rilian
Были некоторые причины из-за неуспевания в дедлайн СМП. Переходить обратно на консоли смысла не было.. Пока посчитаю розетту smile.gif

в БОИНГе можно выставить процентное соотношение времени, выделяемому проекту. Например, если считаешь 2 проекта, то им можно поставить 50\50 (само переключается через каждые несколько часов) или другое отношение.

Также в БОИНГе можно выставить время выполнения клиента, например с 0 утра до 12, или как хочешь, чтобы разделить нагрузку
Abbath
Ага, оч. удобный клиент придумали. Тоже считаю через BOINC розетту и вот этот проект сейчас подключу. Пока думаю пусть это крутится на рабочем селероне, всеравно в фолдинге с него толку мало.
Rilian
Я в шоке... Команда UKRAINE на 876м месте!!

Общими усилиями надо подняться хотябы в первую сотню!!
За день на CoreDuo 1.83GHz можно сделать 1500 очков... Сейчас у команды всего 2000000...........

http://www.worldcommunitygrid.org/team/vie...amId=J8H4J4QPN1

к слову, команда Ukraine WCG Team на 409м месте

http://www.worldcommunitygrid.org/team/vie...mId=WB5RSMBR9N1

Надо связаться с их капитаном Alexei Bugai и объединить команды под общим именем UKRAINE
Rilian


Для клиента проекта нужно установить клиент БОИНК

1. Качаем клиент БОИНК отсюда http://boinc.berkeley.edu/download.php (8.36 МБайт)
2. Устанавливаем БОИНК в папку C:\BOINC\ выбирая тип установки только для вашего юзера на компьютере (1-й радиобатон в списке)
3. Запускаем БОИНК Менеджер
4. В фаерволе разрешаем выполнять любые действия.

5. После того как он инициализируется, нажимаем Advanced View
6. Выбираем в Меню - Сервис - Добавить Проект
7. Вводим УРЛ проекта http://www.worldcommunitygrid.org/
8. Регистрируемся в проекте.

9. Заходим на http://www.worldcommunitygrid.org/ms/viewMyMemberPage.do
10. вводим логин и пароль сверху
11. В настройках профиля default http://www.worldcommunitygrid.org/ms/device/viewProfiles.do указываем участвовать только в проекте FightAIDS@Home (там 4 проекта)
12. Там же в настройках http://www.worldcommunitygrid.org/ms/team/viewMyTeam.do жмем Join Team , ищем команду UKRAINE и присоединяемся к ней
13. Менеджер БОИНК рекомендуется повесить в автозагрузку при старте Windows

Вместе найдем лекарства от СПИДа и ВИЧ ! look.gif thumbsup.gif


Чтобы отдать максимум проекту, нужно разрешить клиенту выжимать все соки из машины:

Логинимся на сайт, заходим в Device Manager -> Device Profiles -> Profile Name (Default).

Ставим галочку на "Custom Profile" -> в разделе "Processor Usage" выставляем самое главное:

Use no more than: 100 % of processor time
Use no more than: 100 % of total memory

В "Disk and Memory Usage" выставляем:

Use no more than: сколько не жалко Gigabytes of disk space

Нажимаем "Save". В клиенте жмем "Update". Наслаждаемся графиком загрузки CPU в task manager smile.gif
Rilian
опустились на 877е место
madwolfa
Чтобы отдать максимум проекту, нужно разрешить клиенту выжимать все соки из машины:

Логинимся на сайт, заходим в Device Manager -> Device Profiles -> Profile Name (Default).

Ставим галочку на "Custom Profile" -> в разделе "Processor Usage" выставляем самое главное:

Use no more than: 100 % of processor time
Use no more than: 100 % of total memory

В "Disk and Memory Usage" выставляем:

Use no more than: сколько не жалко Gigabytes of disk space

Нажимаем "Save". В клиенте жмем "Update". Наслаждаемся графиком загрузки CPU в task manager smile.gif
Rilian
За ночь поднялись на 5 позиция - 872 место!
Abbath
Есть ли тут какой-нибудь кеш заданий? Тоесть возможнось закачать штук 20, а потом считать по очереди. А то сегодня оставил комп с двумя заданиями в процессе и одним в очереди. Прихожу - всё посчитано, отправлено, 1 новое загружено и всё, пауза. wacko.gif Часа 3 точно нифига не считал. Стартую - качает еще два и в итоге опять 2 в процессе и одно в очереди. Места на диске свободного гига 3, в настройках "Leave at least: 0.5 Gigabytes of disk space free" так что должно хватать.
Rilian
Да, вроде есть. у меня все время в кэше лежит штук по 6 заданий. Зайди в настройки проекта и выставь время соединения с сервером максимальное.. Например у меня сейчас стоит 0.5 дней и с тех пор как я перешел с 0.1 кол-во заданий в кэше увеличилось

зы: УКРАИНА на 862м месте ! smile.gif
Abbath
Оооо, то что надо, после обновления сразу пару заданий подгрузил. Спс за подсказку smile.gif Как раз мне 4-5 задания на полдня )
Rilian
Команда Украины уже на 858 месте!

drinks2.gif prapor.gif
Abbath
Уже 845-е! new_russian.gif biggrin.gif prapor.gif
Rilian
833 место
Abbath
Как-то быстро прыгнули - сегодня уже 825-е. smile.gif И у меня за день получилось больше 5000, подозрительно много )) Хотя всеравно пока сидим в ж... sad.gif
Abbath
Шагаем широким шагом biggrin.gif 812-е место.

З.Ы. Давайте проведем рекламную кампанию по форумам что б побольше людей подключилось, drinks2.gif а то так к первой сотне долго будем идти...
Oleg82
а где вы смотрите передвижение команды? look.gif

adit: нашол, вы за два дня прыгнули на 530е место, а почему в стате показивает что вы поднялись за неделю на 19 мест ph34r2.gif
Rilian
530 ?
Oleg82
народ от чего такая мутка что в статистике free-dc и боинк вы на 530м месте и у вас 23 участнега а оф сайте вас 62 и вы на 800м ? idontno.gif
nikelong
Наверно потому что я в фридц забил не ту команду.

Люди, скиньте действительно ту ссылку по которой вы смотрите стат (!)
Oleg82
(nikelong @ Jul 19 2007, 03:17 AM) *

Наверно потому что я в фридц забил не ту команд


но boinc статистика такая же как и free-dc , и в обоих есть rilian и Abbath wacko.gif
Vlad_k
Мне кажется разница заключается в том, что в Boinc показывается статистика всего проекта World Community Grid, а Fightaids является только одним из подроектов. Всего там 7 подпроектов: FightAIDS@Home, Human Proteome Folding 2, Beta Testing, Genome Comparison Completed, Help Defeat Cancer, Human Proteome Folding, Help Cure Muscular Dystrophy

http://www.worldcommunitygrid.org/stat/vie...tShortName=faah
Abbath
(Vlad_k @ Jul 19 2007, 11:15 AM) *

в Boinc показывается статистика всего проекта World Community Grid, а Fightaids является только одним из подроектов. Всего там 7 подпроектов...

Да... похоже что так и есть. 6000 с чем-то кредитов, как у меня сейчас, это мои баллы в общем рейтинге с учётом того что я участвую только в одном из 7-ми проектов World Community Grid. В Fightaids у меня вообще загадочная цифра 40,721 smile.gif Как они внутри проекта начисляют баллы хз...
Статистику смотрю через клиент, так удобней- выбрал "My Grid", а он сам уже законнектится куда надо )) ну или можно за ней приглядывать тут:
http://www.worldcommunitygrid.org/team/vie...amId=J8H4J4QPN1
вот это как бы "основная" команда UA, почти официальная smile.gif
Rilian
Случайно нашел что на сайте можно сразу проводить "соревнования" по разным типам, очки, ВЮ итд

Их могут, как я понял, создавать только капитаны команд.

http://www.worldcommunitygrid.org/team/cha...?challengeId=18

Может вызовем все другие Украинские команды на соревнование? smile.gif
Abbath
А мы уже на 741-м месте! aristokrat.gif Далеко еще до первой сотни, но до НГ может и дойдем ))) подключайте побольше другов )) dk.gif

З.Ы. кстати по поводу избыточности проекта.. посмотрел сейчас у меня 10 результов в стадии Pending Validation, самый старый из них 07/26/2007 и так всегда зависает не больше 10вюшек примерно недельной давности в худшем случае, так что не всё так страшно smile.gif
x3mEn
В мене так стається, що в трійках результатів майже завжди Claimed Credit більший серед інших результатів. Про що це може свідчити?
Ось, наприклад:

1. 8.93 48.5 / 48.0
2. 4.19 45.1 / 48.0
3. 3.69 50.5 / 48.0 <----- це мій результат
або ось:
1. 5.24 62.4 / 66.4
2. 5.86 76.8 / 66.4 <----- мій результат
3. 4.86 60.0 / 66.4

Тобто від часу обрахунку не залежить, але оцінка зароблених очок в мене виявляється вищою за інших.
Abbath
Всё, нема больше заданий. sad.gif
No work is available for FightAIDS@Home
и так уже 3-й день. На замену предлагают Human Proteome Folding )) Пойду пока розетту посчитаю...
Tamagoch
(Abbath @ Aug 8 2007, 10:50 PM) *
Всё, нема больше заданий. sad.gif
No work is available for FightAIDS@Home
и так уже 3-й день. На замену предлагают Human Proteome Folding )) Пойду пока розетту посчитаю...

то я заметил, что считал блоки с дедлайном менее суток, теперь видимо досчитал.... переходить на розетту что ли



нашел в чем дело - готовится новая версия расчетного ядра, которая будет использовать немного другой формат блоков, поэтому досчитываются старые, а новые какое-тов ремя выдаваться не будут, пока они там у себя все не поконвертируют.... обещают не более суток задержки в период до 15 августа, хотя это время, как видимо, уже наступило

The testing of the new AutoDock code is nearly complete. Meanwhile we will be finishing up certain batches of work units using the old code and then switch to the new code. The data formats used for the new code are slightly different so we need to run the old work units to completion before starting the new work units. Thus, there will be a short period of time during which FightAIDS@Home work units will not be sent out as we convert to the new code and new data. If your preferences are set to run only the FightAIDS@Home project, you may see that your agent is paused for some amount of time. We do not expect this to be much longer than one day, and perhaps just hours. This may happen at different times for the UD agents vs the BOINC agents and we expect it to happen some time the week of August 6 to 15, 2007. No action is required on the part of members. Forgive us for any inconvenience this might cause you and thank you for your patience and contribution.
Tamagoch
FAAH снова в онлайне smile.gif
Abbath
а мы уже на 498-м месте! smile.gif prapor.gif
Rilian
Я кору дуба 2 подключил smile.gif

Правда под другим ником smile.gif
Abbath
а я.... еще троих другов с работы которые о распределенных вычислениях слышат впервые smile.gif получилось ты подключил коре дуба 2, а я просто 3 дуба biggrin.gif читать сайт и форум они поленились, пришлось сказал что это оч. полезная прога необходимая для оптимизации работы компа ))
Rilian
Да... использование ресурсов оптимизирует на все 100% smile.gif
x3mEn
А в мене теж ювілей - 100 результатів в копилку команди!
scourge
Шановні кранчери, доброго дня!

А чому в профілі найчисельнішої української команди "Ukraine" на WCG не виставлене поле "Країна"? Взагалі.
І тому в пошуку команд за країною вона не відображається взагалі ;-), а на першому місці відображається конкуруюча Ukraine WCG Team ;-) ?

(2 кранчери, 3 гетьмани ;-), навіть Львівських команд дві fool.gif )
nikelong
Если чесно, с этим фидаидс такая каша шо ужжос!

Я вот пытался за какой-то командой закрепить "официальная от Украины", и понял что это безнадежная идея. Кто мне в этом поможет?
scourge
Для начала нужно профиль заполнить.
А то некоторые вроде меня, которые считали-считали, а потом думают: "А не присоединиться ли мне куда-нить?", будут скорее всего присоединяться к самой многочисленной команде, а через поиск - это Ukraine WCG Team, кажется.

Я этот сайт нашел случайно через подпись "distibuted.org.ua" на форуме ОГО! от Укртелекома и ради любопытства кликнул :-), до этого я вообще не был в курсе, что какие-то команды распределенных вычислений у нас есть.
Зашел страницу FAAH, и оттуда на статистику команды попал.

Кстати, капитану Илье Царюку там через веб-интерфейс письмо нельзя отправить, ганьба! :-)

зы: а почему только FA@H? На WCG и другие достойные проэкты есть, например недавно запустили проэкт по анализу микрофотографий результатов кристаллизации белков (улучшение техник кристаллизации белков для того, чтобы их можно было подвергнуть рентген-структрурному анализу и определить 3D-структуру ихнюю), называется Help Conquer Cancer
Так он еще и графику красивую рисует, если в виде скринсейвера юзать.
Rilian
Капитан RHAngel, 50177406 ?

Я написал ему в асю и попросил выставить страну
scourge
Ник его на этом форуме не знаю
Ник на WCG - Ilya.Tsaryuk
Boinc team ID (Ukraine) = 4576

http://www.worldcommunitygrid.org/stat/vie...me=Ilya.Tsaryuk
http://www.worldcommunitygrid.org/team/vie...amId=J8H4J4QPN1
Tamagoch
1000 результатов на однопроцессорной машине punk.gif
Abbath
чё-то третий день нет заданий.. приходится Help Conquer Cancer считать )
Rilian
Отаке тока что поймал... через 43 сек вычислений ВЮ отвалилась

репортилась со статусом "ошибка вычислений"

Tamagoch
WCG переводит проект FAAH в режим однократного резервирования (single redundancy) - в конечном итоге это значит, что задания будут быстрее проходить валидацию, но также будут быстрее заканчиваться на сервере, поэтому желательно в своем профиле на сайте WCG сделать отметку:

Device Manager -> Device Profiles -> BOINC Device Profiles -> Имя профиля (Default, например) -> Включить опцию: If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project

это позволит получать задания от других проектов WCG, пока готовится новая очередь в этом

можно так же подключиться к другому проекту, который будет включаться на время отсутствия заданий для FAAH (тонкости настройки этого варианта еще сам изучаю blush2.gif )
.
Invision Power Board © 2001-2022 Invision Power Services, Inc.