Допомога - Пошук - Користувачі - Календар
Malariacontrol.net
Розподілені обчислення в Україні > Інші проекти розподілених обчислень > Медико-біологічні > Malariacontrol
1, 2
Khvastov Maxim
Нам на пятки наступает U.S.Army amo006.gif , при нынешних темпах они обгонят нас через ~ 2 недели. Кстати, следом за ними маршируют "Геи, бисексуалы, лесбиянки и транссексуалы США" bunny.gif
Если у Вас есть возможность помочь удержаться, это будет очень кстати. ИМХО, нужно всего 5-6 ядер на 3ГГц.
nikelong
Khvastov Maxim,
Сорри, я пока решаю свои цели в праймгриде sad.gif
Но полюбому єтот проект у меня под контролем и я сюда вернусть...
Alien
интересная вещь, лекарством является цианистый калий, собственно яд =)
Khvastov Maxim
(nikelong @ Jan 26 2010, 00:08) *

єтот проект у меня под контролем и я сюда вернусть...

Ну тогда волноваться не о чём bq.gif
Algon
Подключился, сначала попробую на 1 компе, если все пойдет нормально - перекину сюда 6-8 ядер.
Khvastov Maxim
А у меня дома вторые сутки нет электричества, отопления, нет газа, вода в трубах замёрзла за ночь. fear.gif Короче, по техническим причинам я пока вне игры angry2.gif
Khvastov Maxim
У меня со вчерашнего дня в логе такая ересь

02.02.2010 19:05:30 malariacontrol.net Message from server: No work sent
02.02.2010 19:05:30 malariacontrol.net Message from server: No work is available for malariacontrol.net test version
02.02.2010 19:05:30 malariacontrol.net Message from server: No work is available for Prediction of Malaria Prevalence
02.02.2010 19:05:30 malariacontrol.net Message from server: No work is available for Estimation of parameters of infection dynamics (variable duration, max 4h)
02.02.2010 19:05:30 malariacontrol.net Message from server: (won't finish in time) BOINC runs 60.3% of time, computation enabled 100.0% of that

Никто не сталкивался ?
з.ы. Задания, естественно, не получаю sad.gif Кеша хватит максимум на день sad.gif
Algon
QUOTE

02.02.2010 19:47:26 malariacontrol.net Requesting new tasks for CPU
02.02.2010 19:47:31 malariacontrol.net Scheduler request completed: got 1 new tasks
02.02.2010 19:47:33 malariacontrol.net Started download of wu_676_411_282289_0_1265131092
02.02.2010 19:47:35 malariacontrol.net Finished download of wu_676_411_282289_0_1265131092

У меня все нормально.
Похоже сервер считает, что ты не уложишься в deadline: Message from server: (won't finish in time) BOINC runs 60.3% of time, computation enabled 100.0% of that
Khvastov Maxim
QUOTE(Algon @ Feb 2 2010, 19:51) *

Похоже сервер считает, что ты не уложишься в deadline

И чо теперь делать ? ((
На той неделе у меня 4 дня света не было, ну не уложился я в дэдлайн, 10-12 заданий не досчитал...
Death
в настройках боинка посмотри чтобы стояло работать на 100% и т.д.
Khvastov Maxim
Death,
Всё стоит на 100%, сразу проверил. Сейчас работает 1 проект всего.
Переустановка Боинка и перезапуск проекта не помогли... sad.gif
Последние задание досчитается через 10 минут. Хэлп!

upd: Заработало smile.gif Отослал последнее задание, и сразу появилась возможность закачать новые... затарился, на всякий случай, на 3 дня smile.gif
Rilian
QUOTE(Khvastov Maxim @ Feb 3 2010, 00:05) *

Death,
Всё стоит на 100%, сразу проверил. Сейчас работает 1 проект всего.
Переустановка Бинка и перезапуск проекта не помогли... sad.gif
Последние задание досчитается через 10 минут. Хэлп!


Загляни сюда http://distributed.org.ua/btp и добавь временно второй проект. Когда статистика компа выростет, он будет принимать задания

Если переустановка BOINC не помогла, значит оно хранит статистику времени работы где-то в реестре...
nikelong
затарился, на всякий случай, на 3 дня


Вот токо хотел написать.
Когда в логах видите шото накшталт:
Message from server: (won't finish in time) BOINC runs 60.3% of time, computation enabled 100.0% of that


УМЕНЬШАЙТЕ кэш!
Было 10 дней - ставьте 7.
Было 1 день - ставьте 0.5 !(!)!
Khvastov Maxim
QUOTE(nikelong @ Feb 3 2010, 00:48) *

УМЕНЬШАЙТЕ кэш!
Было 10 дней - ставьте 7.
Было 1 день - ставьте 0.5 !(!)!

Поздно уже, но буду иметь ввиду, спасибо. Просто в первый раз вижу что-то подобное.
А тем временем поднялись на одну позицию, и к завтрашнему утру, скорее всего, возьмём ещё одну. Ура, товарищи smile.gif
Rilian
Вакцину от малярии успешно испытали на африканских детях

Международная группа исследователей сообщила об успешном завершении первой фазы клинических испытаний вакцины против малярии, проводившихся в Мали. В двойном, слепом, плацебо-контролируемом исследовании приняли участие 100 африканских детей в возрасте от 1 до 6 лет.

Экспериментальная вакцина, разработанная при поддержке компании GlaxoSmithKline и Американского агентства международного развития и других организаций, включала мембранный антиген одного из возбудителей малярии P. Falciparum.

Участвовавшие в испытаниях дети были разделены на две группы. Первой из них вводился экспериментальный препарат в трех различных дозировках, остальные дети, составившие группу сравнения, получали давно одобренную к применению вакцину против бешенства.

Как отмечают авторы исследования, все три дозы экспериментальной вакцины хорошо переносились испытуемыми. Наиболее частой побочной реакцией был отек и воспаление в месте инъекции.

При этом все три дозировки экспериментального препарата способствовали как минимум стократному увеличению уровня антител к возбудителю малярии. По данным ученых, количество антител в крови привитых детей соответствовало уровням взрослых людей, многократно контактировавших с возбудителем малярии в течение жизни.

Как отмечается в отчете о клинических испытаниях, опубликованном в журнале PLoS One, полученные результаты свидетельствуют о хорошей переносимости и безопасности вакцины. Сейчас исследователи ведут подготовку ко второй фазе клинических испытаний, в которой будет задействовано 400 африканских детей.
Death
остальные дети, составившие группу сравнения, получали давно одобренную к применению вакцину против бешенства.

то есть как обічно проект рв никак не помог?
Death
Если не будет спида и малярии не будет и нас. Статья из Гардиан.

Что дает Африка миру? Кажется, только СПИД.

Усилия бесполезны. Пока мы наблюдаем, как африканские государства упорно отказываются предпринять хоть что-либо во имя восстановления хоть подобия цивилизации в Зимбабве, чаша для сбора подаяний в пользу Эфиопии снова путешествует из рук в руки. Прошло почти 25 лет с тех пор, как в Эфиопии стартовала прославленная благотворительная кампания «Накормите мир!», возглавленная Бобом Гелдофом, ирландским рок-музыкантом и актером, известным нам по главной роли в фильме «Стена». За это время население Эфиопии увеличилось с 34 до 78 миллионов.

Скажите мне, почему я должен помогать продолжению демографического взрыва в этой стране? Где логика? Логики нет. Есть две причины отвергнуть всякую логику.

Одна из них – моя совесть. Вторая – все тот же кадр, снова изображающий ребенка с широко распахнутыми глазами, снова глядящего в камеру, которая снова запечатлевает трагедию…

Простите меня. Моя совесть побывала в этой стране вместе с моим телом и моими деньгами. В отличие от большинства из вас, читающих эти строки, мне довелось побывать в Эфиопии, и подобно большинству из вас, я жертвовал свои кровные благотворительным фондам, чтобы остановить голод в этой стране. Тот ребенок, мальчик с широко открытыми глазами, которого нам удалось спасти чуть больше двадцати лет назад, вырос и превратился в крепкого парня. С торчащим членом и автоматом Калашникова за спиной, теперь он производит новое потомство когда ему заблагорассудится.

Несомненно, должен найтись аргумент для поддержания в действии этой хищнической и бессмысленной экономическо-социально-сексуальной системы – но мне такой аргумент неизвестен. Есть лишь целый ряд причин отказаться от написания этих строк.

Ибо они не принесут мне новых друзей, а лишь навлекут ханжеский гнев сердито фарисействующих авторов «писем в редакцию» – непременных затычек в бочке любой дискуссии в жизни Ирландии, ухмыляющихся с вершины своего морального превосходства. Возможно, они приведут в бешенство даже лучших людей Ирландии, правозащитников, филантропов и гуманистов, которыми я восхищаюсь. Пусть будет так.

Только прошу вас, господа гневные фарисеи, пожалуйста! Пожалуйста, не опускайтесь до ленивых аналогий – не упоминайте Великий Голод, вошедший в историю Ирландии как черта между «до» и «после», подобно второй мировой войне в России. Эти события несопоставимы. За 20 лет Голода Ирландия потеряла 30 процентов своего населения. За тот же срок – благодаря западным продуктам питания, тяжелым грузовикам «Мерседес-Бенц» и транспортным самолетам «Локхид» – население Эфиопии увеличилось более чем вдвое.

Увы, эта несчастная страна не одинока в своем безумии. Где-то там, за горизонтом, лежит и Сомали – еще один прелестный край традиций женского обрезания и вспыльчивых бездельников с автоматом в руках, наркотической жвачкой во рту и вечно твердым членом в штанах.

На самом деле, перед нами почти что целый континент сексуально невоздержанных нищих – и десятки миллионов людей, выживающих лишь благодаря помощи остального мира.

Эта зависимость не пробудила ни политическое благоразумие, ни здравый смысл. Вместо них процветает лишь идиотизм в духе вуду, когда грядущий президент Южной Африки твердо верит в промывание гениталий после секса водой из-под крана как в надежное средство предохранения от инфекции. Не приходится и говорить о том, что бедность, голод и социальная разруха – плохое лекарство от бессмысленных войн в Уганде, Конго, Судане, Сомали, Эритрее и других странах.

Да, несомненно, эта картина написана широкими мазками. Но именно такими мазками история запечатлевает свои самые яркие и поворотные эпизоды. Япония, Китай, Россия, Корея, Польша, Германия, Вьетнам, Лаос и Камбоджа претерпели в XX веке куда более жесткие удары истории, нежели почти любой уголок Африки.

Ныне почти все эти страны тем или иным путем оказывают помощь или вкладывают средства в Африку. Что вкладывает Африка, край обширных саванн и пышных пастбищ, в остальной мир? Пожалуй, разве что СПИД.

Тем временем население Африки растет, обгоняя рост ее ресурсов, катастрофически разрушая экологию. К 2050 году население Эфиопии составит 177 миллионов человек – эквивалент нынешних Франции, Германии, Бельгии, Нидерландов и Люксембурга вместе взятых, только расположенных на опаленных солнцем и уже почти лишенных белковой пищи землях Восточной Африки.

Итак, насколько осмысленно наше желание активно помогать увеличению взрослого населения жестоко перенаселенной, экологически разоренной и экономически зависимой страны?

Насколько нравственно сегодняшнее спасение от голода эфиопских детей, которым завтра светит обрезание тупым ножом, нищета, голод, насилие и сексуальная эксплуатация, результатом которой станет еще полдюжины новых детей, глядящих широко распахнутыми глазами в будущее, наполненное теми же прелестями жизни? Возможно, это принесет успокоение вам – что и является первопричиной столь щедрой благотворительности. Но этого недостаточно.

Эта эгоистичная щедрость – одно из проклятий Африки. Она удерживает на плаву политические системы, погибшие бы без нее.

Она продолжила войну Эритреи и Эфиопии почти на десятилетие. Она вдохновила Билла Гейтса на программу избавления всего континента от малярии – болезни, которая в отсутствие элементарной личной самодисциплины остается практически самым эффективным средством борьбы с перенаселением из ныне существующих.

По словам Гейтса, в случае успеха этой программы десятки миллионов детей смогут избежать ранней смерти и дожить до зрелого возраста. Прекрасно. Что дальше? Впрочем, я знаю. Пусть приезжают к нам. Именно так.



Кевин Майерс
Khvastov Maxim
Я считаю, что у каждого человека должен быть шанс дожить до того возраста, когда нужно сделать выбор - стать нормальным человеком, или "бездельником с автоматом в руках, наркотической жвачкой во рту и вечно твердым членом в штанах. "
Помощь нужна.
nikelong
Помощь нужна


Поэтому нужно начать с себя. С своей семьи, с своей страны.

А не ехать хрен знает куда и искать там негров, чтобы им помочь ...
Death
Khvastov Maxim, а сколько у них шансов там стать нормальными людьми в окружении наркоманов с калашниковыми?



Khvastov Maxim, да и вообще как будто вот они до 18 доживают абсолютно нейтральными а потом типа развилка chaotic evil or lawful good.
Khvastov Maxim
QUOTE(Death @ Feb 12 2010, 13:08) *

Khvastov Maxim, а сколько у них шансов там стать нормальными людьми в окружении наркоманов с калашниковыми?

<сарказм>Сложно сказать. Дайте посчитаю. 17.2%? 25%? Сколько у Вас получилось?</сарказм>
Как можно подсчитать, сколько шансов? Пусть и не много, так что теперь делать? Забить на них совсем?

QUOTE(Death @ Feb 12 2010, 13:08) *

Khvastov Maxim, да и вообще как будто вот они до 18 доживают абсолютно нейтральными а потом типа развилка chaotic evil or lawful good.

В том всё и дело, что нет, у каждого своя судьба, свой шанс прожить жизнь.


QUOTE(nikelong @ Feb 12 2010, 13:03) *

Поэтому нужно начать с себя. С своей семьи, с своей страны.

Согласен полностью, но где и как? Средства-то есть, но цели, где взять цели ?
Algon
Народ, опять развели холивар по проекту...
Ну не хочет кто-то считать Малярию - не надо, никто же не заставляет. Но и негативных высказываний, тем более не совсем по делу, вроде как договаривались не допускать, так?
Если есть конкретные претензии к проекту, то давайте обсуждать здесь, если замечаний по проекту нет, добро пожаловать в раздел "Ой у Вишневому Садочку" smile.gif И вообще всем этим теориям по поводу регулирования численности населения с помощью вирусов (естественных или искусственных - неважно), место не на нашем форуме, как мне кажется...

З.Ы. Лично я на вопрос, стоит или нет считать этот проект, отвечу как Портос: "Я дерусь, потому что дерусь" hunter.gif
nikelong
Средства-то есть, но цели, где взять цели ?


Пойди почисть 5 метров тротуара от снега и льда.
Khvastov Maxim
QUOTE(Algon @ Feb 12 2010, 16:59) *

З.Ы. Лично я на вопрос, стоит или нет считать этот проект, отвечу как Портос: "Я дерусь, потому что дерусь" hunter.gif

Отлично сказано smile.gif Ты в одной цитате собрал всё, что я хотел сказать thumbsup.gif
QUOTE(nikelong @ Feb 12 2010, 17:06) *

Пойди почисть 5 метров тротуара от снега и льда.

Да не вопрос, мне не в первый раз. Только вот если я эти 5 метров тротуара почищу, максимум, что обо мне подумают окружающие - "давай, быдло, убирай, учиться не хочешь, хоть улицы убирай". А если я всем расскажу, что я участвую в проекте РВ, который поможет сберечь жизни африканским детишкам, покажут большой палец - мол, мы и сами бедные, а ещё и другим помогаем.
Я к чему это говорю - бесспорно, нужно начинать с малого, с себя, на родине навести порядок, но нужно делать это на всех фронтах - и в головах сограждан, и в экономике и образовании. А так получается, что "моя хата скраю, ничего не знаю" no.gif

А вообще я не тролль ни разу, так что закругляюсь drinks2.gif
Rilian
МалярияКонтрол несколько недель не будет выдавать задания, и пока предлагает посчитать другие медико-биологические проекты.

Также они выпустили пресс-релиз о проделанной работе
koc.gif

malariacontrol.net will stop sending out new workunits for a few weeks starting Mon March 1st. Please read this and this for more information.

QUOTE
It has now become clear to us that the fitting runs currently in progress have (or will soon) reach a conclusion, whereas the new model we're working on won't be ready for fitting for probably a few more weeks, so we won't be making smooth changeover to fitting runs for the new model. There will, therefore, be a pause during which we won't be creating work units on malariacontrol.net, so if you all wouldn't mind supporting other BOINC projects in the meantime but sticking around for when we have the new model ready to use, we'd be grateful!

We'll stop the fitting runs which have reached a conclusion today, leaving the remaining ones which look like they may still produce more optimal parameter sets until, provisionally, a week's time. At this point we expect to cease work unit generation altogether. Our current expected time-frame to have the new model ready to parameterize and ready for action on BOINC is April.

In case any of you are wondering what that new model is, no, it's not our vector transmission model. It actually contains several new components predominantly including a new case management model (how sick people are treated, in hospital or a clinic, etc.), and a model detailing how quickly different drugs kill parasites and how long the drug is effective in humans that have taken it (this model is a big step up on what we had before). Another major difference between this new model (of new and old components) is that it now uses shorter time-steps of one day (opposed to 5 days, which was previously used).


Status update

Dear malariacontrol.net user,

As you have read in our latest status update, we are close to the end of the current phase of the project. We will soon stop sending out workunits for a few weeks, until the project scientists have prepared the input data for the next phase of research.

This is a good time to explain what we have achieved with your help over the last few months, and how these results will be used in the future.

The main objective of this phase of the project was to optimize our mathematical models to get them to predict the malaria situation in the field as accurately as possible. We do this by repeatedly comparing model predictions with data from real-world malaria studies, trying out different values for the parameters we feed into the models to see which work best. We learn from the outcomes as we go along: that is, we sort of “evolve” our model, with your help, by testing a great many variations, picking the best performers, testing variations of these, and then repeating the process. This takes a great deal of computation, and couldn’t be done without volunteered resources.

Here's a picture illustrating results from one of our recent runs: You can see how our measure of the discrepancy between model and real world (on the y-axis) decreases as the model is optimized through successive iterations (on the x-axis)

IPB Image

Another way of looking at the same data is by plotting the predicted outcomes of the model against real-world data. The following examples look at one outcome, the so-called age-incidence of malaria episodes: This is the rate at which humans of a certain age come down with malaria. Here it is shown as the number of episodes per person-year (py). The first of the two plots show an early stage of the fitting process, where field data and predictions are quite different. In the second image, plotted from data at a later stage, you can see the data and predictions converge: thus indicating that the model has become much more accurate.

IPB Image

IPB Image

If you're wondering what Ndiop and Dielmo means, these are the names of two Senegalese villages, that's where the field studies for this particular dataset were carried out.

We’ve gone through this type of fitting process with quite a number of different model formulations. In technical terms, we have “parameterized a number of different models”. The goal is to now compare the predicted impact of various control interventions across many such model formulations, and find out how different model assumptions influence the predictions. This is a way of learning about model uncertainties, and is done routinely these days with climate models.

The following -very preliminary- plots demonstrate where this is going: We have simulated an effective house spraying program that went on for twelve years and then stopped. We've then plotted the predictions from such a model ensemble (Prevalence, shown on the Y-axis, indicates the proportion of the human population with parasites in their blood):

IPB Image

IPB Image

One of our top priorities in the near future will be the design and analysis of more simulation experiments like this one, predicting the effect of a number of different malaria control interventions (Bed nets, indoor spraying, vaccines, case management,etc.). Once optimized-- though your contributions-- these models can be used to develop intelligent and effective deployment strategies, hopefully saving a great many lives.

Thank you for your ongoing interest and support!

On behalf of the modeling team,
Nick
____________
Nicolas Maire
Swiss Tropical Institute
Rilian
2010-03-04: We have submitted some work-units for a follow-up experiment.

Есть немного ВЮ! ph34r2.gif
nikelong
Произошел вброс заданий:

Results ready to send 2,042

Подбираем, пока нерасхватали (!)
Death
nikelong
Задания появились ...

Results ready to send 999
Results in progress 30,998

ReMMeR
Реквестирую создание коммандного аккаунта distributed.org.ua, и инструкцию в шапку как подрубиться по слабому ключу на коммандный аккаунт.
Rilian
кратко: проанализированы результаты, готовятся публикации, даны ссылки на новые публикации.

2010-11-16: We have recently analysed a lot of the results of simulation experiments we ran over the last few months. Some of the results are currently being written up for publication, others were already presented to the malaria research community at scientific meetings. Here are the links to summaries of presentations given recently at the Parasites to Prevention: Advances in the understanding of malaria conference, and the Annual meeting of the American Society of Tropical Medicine and Hygiene.

Modeling the effects of vector control interventions in reducing malaria transmission, morbidity and mortality

Predicted impact of mosquito-stage transmission-blocking vaccines using an ensemble of microsimulations

Using ensemble modeling to predict the cost-effectiveness of pre-erythrocytic malaria vaccines

Modeling the effects of vector control interventions in reducing malaria transmission and disease

Thank you for your ongoing support. Nick

DarkWater
Ребята, я теперь и здесь с вами.
Когда следующий срез результатов по этому проекту?
nikelong
Dear malariacontrol.net user,

Some of you have been having a bit of trouble with some jobs not completing properly. Thanks for letting us know right away! Michael T. has sorted out the lost computing credits, and he's re-setting the initial values for those models and sending them out for another try at fitting.

These things happen on the frontiers of science. If we knew what to expect every time we run a model, we wouldn't need to run the experiment! In this case, it's all due to re-fitting a model parameter for survival, sigma2i. The survival factor grew too fast and sent the density of infection reeling towards infinity. For those of you unlucky enough to download those particular model runs, the models never converged... and, as you know, the work unit never completed.

Why refit the models? We were investigating a wider parameter space for the model fitting than we had earlier. Think of the parameter space as a complicated roller coaster path with two or three valleys. Depending on where you start the search for the minimum value, you'll land in one or another valley. The key is to keep searching across the entire parameter space to make sure you've found the true, goverall, minimum. It was in this search, for the global minimum of sigma2i, that our fitting algorithm got stuck.

In our last post, we talked about how your simulations helped us answer a question about the optimal strategy for distributing a malaria vaccine. This time around we'd like to tell you about another problem we looked at with your model runs - an analysis to see which factors were most important to determine the effective lifetime of long-lasting insecticide treated nets.

Long-lasting insecticide treated nets work: we know they reduce malaria transmission by protecting people from infectious bites. But even more important from a malaria control perspective, the nets keep the mosquitos from getting malaria from infected humans. In short, how long can we expect the epidemiological effect of these long-lasting nets to last?

We ran simulation models to explore the influence of pre-intervention transmission level, initial coverage, net attrition, and both physical and chemical net decay. The effective lifetime was most sensitive to the pre-intervention transmission level, with a lifetime of almost 10 years at an entomological inoculation rate of two infectious bites per adult per year, but of little more than 2 years at 256 two infectious bites per adult per year. The LLIN attrition rate and the insecticide decay rate were the next most important parameters. The lifetime was surprisingly insensitive to physical decay parameters, but this could change as physical integrity gains importance with the emergence and spread of insecticide resistance.

The strong dependency of the effective lifetime on the pre-intervention transmission level indicated that the required distribution frequency may vary more with the local entomological situation than with quality of the net or the characteristics of the distribution system. This highlights the need for malaria monitoring both before and during intervention programmes, particularly since there are likely to be strong variations between years and over short distances.

For more information on this result, including some pretty pictures, see http://www.malariajournal.com/content/11/1/20/abstract

So, well done you, malaria control net contributor!

As always, thank you for your support and collaboration.

Mariah Silkey
____________
Mariabeth Silkey
Swiss Tropical and Public Health Institute
http://www.swisstph.ch

http://www.malariacontrol.net/forum_thread...wrap=true#19059
Death
судя по 1 месту найк реально озабочен ростом малярии в африке.

2.5 ляма - нифигасебе!
ты крут!
Rilian
QUOTE(Death @ Aug 29 2012, 15:55) *

судя по 1 месту найк реально озабочен ростом малярии в африке.

2.5 ляма - нифигасебе!
ты крут!

вернее ростом статистических исследований. malariacontrol.net никак не связана с подбором методов борьбы.
Arbalet
А проект вполне так себе бодрячком... smile.gif

Пишут, что обновили бета-приложение для моделирования OpenMalaria до версии 33. Так как ранее были выявлены проблемы с 64-битной версией приложения, то они его пока отключили и вернулись к использованию 32-битной версии на 64-разрядных windows-системах.
.
Invision Power Board © 2001-2024 Invision Power Services, Inc.