Допомога - Пошук - Користувачі - Календар
Malariacontrol.net
Розподілені обчислення в Україні | Распределенные вычисления в Украине > Інші проекти розподілених обчислень > Медико-біологічні > Malariacontrol
1, 2
nikelong


Проект "Malariacontrol.net"

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 19.01.2007 Капитан - Arbalet
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://www.malariacontrol.net/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
Проект создан для определения оптимальной стратегии борьбы против эпидемии малярии в Африке.

В то время когда Вы посылаете электронное сообщение или блуждаете по сети, Ваш компьютер мог-бы помогать бороться с одним из самых тяжелых заболеваний, которое в Африке создает настоящую гуманитарную проблему, - малярией. Africa@Home, проект, который былпридуман и разработан в ЦЕРН, начал свою работу в июле (2006-го года). Пользователи домашних и офисных компьютеров по желанию предоставляют свои машини для интенсивной компьютерной симуляционной программы, которая называется malariacontrol.net, созданной исследователями Института тропиков в Швейцарии (STI).
Малярия является причиной миллионов смертей в Центральной Африке ежегодно; она так-же приводитк самой высокой сметрности среди детей младше 5-ти лет. Программа malariacontrol.net используется для моделирования процессов того, как малярия распостраняется по территории Африки. Использование тысяч компьютеров добровольцев поможет ученым лучше понять проблему и совершенствовать лечение с помощью новых лекарств.
Что-бы инсталлировать программу malariacontrol.net добровольцы просто должны загрузить необходимое программное обеспечение с сайта http://malariacontrol.net, коотрое будет проводить расчеты незаметно, пока пользователи заняты своей обычной работой.
Результаты регулярно отправляются на сервер Университета Женевы для обработки. За несколько первых месяцев пробного этапа с 500 добровольцами malariacontrol.net смогла провести моделирование, которое в случае работы на одном компьютере заняло бы 150 лет. Эти исследования проводятся при финансовой поддержке Женевской международной аккадемической сети (GIAN).

О малярии:
Малярия — (средневековый итал. mala aria — «плохой воздух», ранее известная как «болотная лихорадка») — инфекционное заболевание, передаваемое человеку при укусах комаров рода Anopheles («малярийных комаров») и сопровождающееся повышением температуры, лихорадкой, ознобами, спленомегалией (увеличением размеров селезёнки), гепатомегалией (увеличением размеров печени), анемией. Характеризуется хроническим рецидивирующим течением. Вызывается протозойными паразитами рода Plasmodium (80-90 % случаев — Plasmodium falciparum)

Малярия ежегодно вызывает около 350—500 миллионов инфицирований и около 1,3-3 миллиона смертей у людей [1]. На районы Африки южнее Сахары приходится 85-90 % этих случаев [2], в подавляющем большинстве инфицируются дети в возрасте до 5 лет. [3] Смертность, как ожидается, вырастет вдвое на протяжении следующих 20 лет.

Ссылки по теме:График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)



Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://www.boinc-af.org/content/view/15/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Malariacontrol

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Malaria_Control.net/en


http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...lariacontrolnet

http://www.polarseti.ru/page.php?28
ReMMeR
Порадовала трехмерная визуализация ! smile.gif
Хотя планета, солнце, звезды, луна, горы, восход/закат нафиг не надо, а важен тоько график посредине, но Порадовало smile.gif
ReMMeR
Нифига себе апдейт ядра - оно джаву на 20 метров выкачало себе smile.gif
(_KoDAk_)
(ReMMeR @ Jan 7 2008, 10:55 AM) *

Порадовала трехмерная визуализация ! smile.gif
Хотя планета, солнце, звезды, луна, горы, восход/закат нафиг не надо, а важен тоько график посредине, но Порадовало smile.gif

скриин в студию clap_1.gif
ReMMeR
Вот smile.gif

Или я не понял зачем оно smile.gif

(_KoDAk_)
Это скорей диаграммы распределения растростанения эпидемии
+ визуализация времени суток ))
ReMMeR
Это скорей диаграммы распределения растростанения эпидемии

Да
+ визуализация времени суток ))

Красиво, не спорю smile.gif
а зачем ? smile.gif
Arbalet
(ReMMeR @ Jan 8 2008, 11:20 AM) *

Красиво, не спорю smile.gif
а зачем ? smile.gif

Так тебе ведь понравилось - вот зачем. smile.gif
ReMMeR
Оно же в не показывается по дефолту smile.gif
Наврное ктото практиковался в написании скринсейвера smile.gif
YuRi
Зато именно тогда, когда ты оставляешь машину в покое и она может все ресурсы направить на расчет, запускается скринсейвер...
ReMMeR
это же peace death
Некто
joined
mad
Вот и я присоединился.
Некто
какие типы заданий выгоднее всего? smile.gif
Некто
может, стоит попробовать оптимизированные боинк-клиенты?
Например, http://calbe.dw70.de/boinc_red.html
features: cpu affinity and delayed return results immediately
Некто
Claimed кредит получилсо приблизительно такой же, но потраченное время в 1,75 раза меньше smile.gif
nikelong
(Некто @ May 27 2008, 10:18 PM) *

Claimed кредит получилсо приблизительно такой же, но потраченное время в 1,75 раза меньше smile.gif


Грубо говоря, почти в 2 раза повышается ППД компа ?
(_KoDAk_)
(Некто @ May 27 2008, 10:18 PM) *

Claimed кредит получилсо приблизительно такой же, но потраченное время в 1,75 раза меньше smile.gif

а откуда такие данные ??? сам проверял?
Некто
((_KoDAk_) @ May 27 2008, 11:13 PM) *

(Некто @ May 27 2008, 10:18 PM) *

Claimed кредит получилсо приблизительно такой же, но потраченное время в 1,75 раза меньше smile.gif

а откуда такие данные ??? сам проверял?

ну не в 2, но прирост заметен smile.gif http://www.malariacontrol.net/results.php?userid=26496 -> сравни 27 число (сегодня) и 25
(_KoDAk_)
ну как насчитают так пасмотрим
ну седня проверим... что у меня війдет
Некто
хотя, может, это результат небольшого разгона (с 3.0 до 3.6)... но тогда было б всего +20%
Rilian
Создание аккаунтов запрещено
nikelong
Rilian,
Сервак лежид, и ВЮ не выдают уже вторую (третью?) неделю ... nike.gif
Rilian
У кого есть инвайт код, пришлите в личку плиз!
Rilian
Судя по странице приложений, последнее тестовое выпущено 24 февраля 2009!

http://www.malariacontrol.net/apps.php
Death
а присоединиться не дают ((
Rilian
Да. Дес, если откопаешь инвайте, пиши сразу!
nikelong
Пошли новые ВЮ!

Но новых юзеров добавлять недают, можно добавить комп только если ты уже зарегестрирован в проекте.

А задания вот такие:




Хотя....


Database/file status
State #
Results ready to send 0
Results in progress 3,342
Workunits waiting for validation 0
Workunits waiting for assimilation 0
Workunits waiting for deletion 0
Results waiting for deletion 0
Results received within 24 hours 1,605
New users within 24 hours 0
Transitioner backlog (hours) 0


Может просто пачку тестовых выбросили ....
(_KoDAk_)
мне ни одной не перепало (
nikelong
У мня на 4-х машинах забило кэш под завязку, так шо дня на 2-3 я обеспечен работой онли малярияконтрол.нет

Возможно это тестовые ВЮ, поэтому их прием нужно разрешить в своей панели управления.
Rilian
Дайте инвайте
nikelong
Rilian,
Облазил весь профиль - шото похожего на инвайте не нашел sad.gif

В какой вкладке он теоретически может быть?
Rilian
у админов где-то... я облазил оф форум и понял что пока им хватает мощностей, вход новым участникам заказан
(_KoDAk_)
ужас эти задания, они ниЗко калорийные (

итак 10к насчитал в дальнейшем пасмопримммм
nikelong
Протестировали с РеММеРом смену капитанства, посему с сегодняшнего дня - я капитан команды в этом проекте smile.gif
Rilian
http://www.malariacontrol.net/create_accou...url=%2Fhome.php

открыта регистрация! koc.gif rtfm.gif

Нике или Rеммер, ***, РАЗРЕШИТЕ ВСТУПЛЕНИЕ В КОМАНДУ
nikelong
New members in last day rilian

Ага, витаэмо! smile.gif
Rilian
Команда на 106 месте а ТЫ еще не подключился?
koc.gif koc.gif koc.gif koc.gif
ReMMeR
1 комп отдан чисто под малярию.
Немного смущает то, что очков дается меньше (за то же процессорное время), чем в остальных боинк-проектах.
Rilian
Да, балуют вас аквой и милкивеем smile.gif

Но зато очков "меньше" дается всем командам, а не тока нашей
nikelong
Ну да, после 15000 в АБЦ иметь с той же фермы 4000 в малярии как то ОЯЕБУ.
Rilian
We opened account creation again last month. Welcome to all new users, and thank you for your support! We are now in a situation where we have a number of new models for which we are currently estimating model parameters, and therefore can make good use of you contribution.


In July, we sent out the last in a series of runs to do with two potential malaria control strategies under evaluation: intermittent preventive treatment in infants (IPTi) and in children (IPTc). They involve giving a treatment dose of an anti-malarial drug at either pre-specified ages or calendar times. The aim is to reduce the burden of clinical malaria episodes and deaths without incurring problems with sustainability, drug resistance or preventing the child from gaining acquired immunity. Field trials so far have shown encouraging results and there is evidence that choosing a drug with a long half-life is important for protection.

We are interested in looking at where these strategies might be useful and cost-effective. The workunits you have been running look at a bunch of different variables: delivery strategies, drug characteristics, levels of drug resistance already present in the locations, levels of transmission, the seasonal pattern of malaria transmission, the health system coverage for effective treatment of clinical cases and varying health system costs. They are nearly complete – many thanks! We are looking forward to analysing the results.

Amanda
Project scientist
Rilian
накранчил 5000
Rilian
105 место!

в основном благодаря мегасливам Nikelong и сливам Alex Buianin, UA_ReMMeR, oognevoy, rilian, Vzhik, - DoctoR -, Death, serhjo и fancy

http://boincstats.com/stats/user_stats.php...mcp&st=0&ti=461
nikelong
Rilian,
Угу..полюбому нужно фсотню команду втянуть ....
Arbalet
А пока команда покоряет новые статистические рубежи, выявлен новый тип малярии: заражение крови паразитом Plasmodium knowlesi, обычно поражающим длиннохвостых и свинохвостых макак (лапундеров), выявлено у жителей Малайзии. Более того, паразит исключительно быстро репродуцируется в крови - каждые 24 часа, это делает его потенциально смертельно опасным... fear.gif Как обычно, песец подкрался незаметно! help.gif
Rilian
Вошли в топ-100!

http://boincstats.com/stats/team_stats.php?pr=mcp&st=0
nikelong
Уrа товаrищи, уrа!
То о чем так давно твердили большевики кранчеры наконец-то свеrшилось!
Rilian
Recently, I have been working with project scientists to implement a new model to simulate the transmission of malaria by mosquitoes. While the current transmission model used by the science application to model the dynamics of how changing levels of malaria within a population affects how many humans are likely to be get new infections from biting mosquitoes, this new model will simulate more of the mosquitoes' behaviour and allow us to study the effects of deploying mosquito nets and spraying houses with insecticide within our simulations. This model was not ready the last time we made a new release of the BOINC client (the science application), but we hope to have it ready for testing with some large simulations soon!

We have also resumed plotting the map of malariacontrol.net users. We'll update this in regular intervals in the future.

Take a look at it here: http://www.malariacontrol.net/map

IPB Image

Diggory Hardy
Project software developer
nikelong
Публикация в Wall Street Journal о проекте malariacontrol.net

http://online.wsj.com/article/SB1000142405...1567116994.html

 

Volunteering Computers for Science
Users Make Their Home PCs Available to Chase Medical Breakthroughs

By JEREMY SINGER-VINE
(Show/Hide)


The next cure for a major disease is as likely to be discovered on a computer as on a laboratory bench—and scientists are enlisting ordinary citizens to volunteer to help crunch the data.

Advances in computer science have enabled medical researchers to test how proteins fold, genes interact and pandemics spread in complex digital simulations of natural environments. As these simulations become more intensive and widely used, however, computers at academic institutions and other research facilities can't keep up with the demand for medical processing power.

View Full Image
VOLUNTEER1
Agence France-Presse/Getty Images

Indian border security guards, who regularly contract malaria, are required to carry repellents and masks.
VOLUNTEER1
VOLUNTEER1

Instead, scientists are tapping into a vast network that allows the research to be parceled out in tiny workloads that can be performed on anyone's household computer when it's not otherwise being used. So far, hundreds of thousands of people in countries around the world have volunteered their computers' processing power to help advance the cause of medical research.

Here's how it works: Volunteers download an application onto their home computer that links them into a network that includes other citizen volunteers and research scientists. The network assigns each computer a small bit of a project's puzzle to solve. The process, which continues as long as the computer is turned on but idle, typically takes several hours, but can vary depending on the project and the individual computer's power. When complete, the results are automatically sent back to the network's server.

In 2003, epidemiology researcher Nicolas Maire and his colleagues at the Swiss Tropical Institute in Basel began simulating how potential malaria vaccines would affect populations where the disease is most prevalent. They ran the program on a network of several dozen of their institute's computers. But as the research team graduated to the second phase of their project in 2006, adding more variables, complex interactions and data to their model, it became clear that they needed more processing power.

The new simulations could take months or years to complete on their network, and other local computing facilities had long waits or were too expensive, the team concluded. Instead they bet that, given the project's humanitarian appeal, they could recruit volunteers to crunch the data. The wager paid off: Today, nearly 35,000 users run malariacontrol.net's calculations while their computers are idle, allowing the team to complete simulations far more quickly than would otherwise have been possible. Some of the research group's findings, based on its network of home-computer users in the U.S., Europe, South America, Australia and elsewhere, have been reported in leading journals like Parasitology and Malaria Journal.

Volunteer computing, as it's known, dates back to 1996, when a group of researchers enlisted participants in a search for ever-larger prime numbers, an effort that continues to break world records. Several years later, volunteers flocked to SETI@home, a project to sift through the static in radio telescope data for signs of extraterrestrial life.

View Full Image
VOLUNTEER2
Getty Images

In Myanmar, medicine is distributed to control malaria, a disease that is easy to treat but remains one of the nation's biggest killers. The government's health-care spending is the lowest world-wide
VOLUNTEER2
VOLUNTEER2

In the last five years, biomedical researchers have caught on to the possibilities of volunteer computing, and so too have the volunteers. James Whitus, who describes himself as "just an average Joe helping out," had been contributing his home computer's processing power to SETI@home until late 2004. Then he heard about the World Community Grid, a not-for-profit IBM project that provides research support to a number of different medical and humanitarian studies.

"I figured why search for extraterrestrials when you can help with research?" Mr. Whitus says. "Something that could actually make a difference here on this planet."

Today, the 28-year-old car inspector in Lafayette, Ind., and his fiancee support the grid's projects—which range from cancer-drug research to improving crop yields in developing countries—on their two desktop computers and on an old laptop that they devote solely to the cause.

Such volunteer computing projects are generally based on open-source software called the Berkeley Open Infrastructure of Network Computing, or Boinc. Volunteers download the simple application from boinc.berkeley.edu, and sign up for the projects they want to support. (Not all projects have lofty goals: One searches for the Sudoku puzzle with the fewest initial entries.)
Security Risks

An open network of so many computers might seem a security risk, and it is. But David Anderson, the Berkeley scientist who founded Boinc in 2004, says he has taken two key precautions. The first uses a system of digital signatures so that hackers cannot hijack an existing project's network. The second cordons off, or "sandboxes," all Boinc activity from the rest of a host computer, so that even if a bug or malicious code did slip into a project, it would cause minimal damage.

Still, volunteers should learn more about projects before joining them, Dr. Anderson suggests. Several sites, including Boinc's official page, host message boards where volunteers can discuss projects. After five years and more than 300,000,000 tasks performed by volunteers' computers, "there have been zero security incidents," according to Dr. Anderson.

There's also the cost to volunteers, in a higher energy bill, from keeping a computer running at all times. According to an estimate on Boinc's community-edited Web page (from the Boinc home page, search Heat and Energy Considerations), running Boinc costs about $3 a month more than leaving a computer on but idle, and about $8.80 a month more than leaving it off all the time, based on typical U.S. energy costs. The typical cost in Europe is about 200% higher, the site says.
Helping Out

See some biomedical research projects enlisting volunteer computers at boinc.berkeley.edu.

Downloading, setting up and running Boinc is no more difficult than for most other software, although it lacks the polished interface and technical support of many higher-end applications. Users with older computers should be prepared for certain frustrations, as one reporter learned by trial. A few projects refused to send any work to this volunteer's 2004 mid-range laptop, for lack of computing power. What parcels of work that were received took up to 18 hours of idle time to complete. (System requirements for individual projects are usually available on their Web sites.) After upgrading to a newer laptop, work parcels flowed where they had previously been blocked, and each took closer to four hours to complete.

Advances in personal-computer and Internet speeds have helped to triple the combined power of the volunteer computing efforts over the past two years, according to data from the site boincstats.com. Today the approximately 60 projects using Boinc harness in total about 2,500 teraflops—or twice the operations per second of the world's most powerful computer—from four million computers owned by nearly two million users. About 20 of those projects are related to medical research, to which more than 300,000 volunteers contribute. That includes the various efforts that comprise the World Community Grid.

Any scientist with the skills to set up a server can become part of the Boinc network. Researchers in most cases must pay for the servers that dispatch, gather and analyze the volunteers' data. But those costs are a small fraction of the roughly $1 million a year it costs to run a low-end supercomputer. (IBM's World Community Grid is free of cost to researchers, but the projects must be approved by an external advisory board.)

The top-supported biomedical project on Boinc is Rosetta@home, which simulates how proteins fold and could lead to novel treatments for a range of diseases. The sequence of the amino acids that comprise a protein—what may look like a whirling, intertwined, chaotic mess—precisely determines its structure and biological function. But exactly how these proteins bend along each amino acid is a vastly complex problem, one that the project's 80,000 volunteered computers help to solve by testing various permutations looking, essentially, for the most stable structure.
Don't Exist in Nature

The findings allow the Rosetta lab, run by David Baker at the University of Washington, to design proteins that don't exist in nature. Some new proteins could deactivate viruses such as the flu—as Dr. Baker's lab is trying to do for this year's H1N1 strain—by attaching to and smothering the sections of the pathogens that harm human cells. The project's biggest breakthroughs in the last couple of years have been in creating catalysts, which selectively speed up chemical reactions and which regulate almost every biological process, Dr. Baker said. One catalyst in development, for instance, is an enzyme that could slice apart genes in female mosquitoes, potentially preventing malaria transmission without using toxic chemicals.

Scientific studies that make use of the Boinc network have shown some promise, but no breakthroughs, researchers say. Findings from Rosetta@home have been published in the journals Science and Nature. But "what we haven't done yet is create enzymes that cure diseases," Dr. Baker said.

Similarly, projects associated with World Community Grid have generated dozens of research papers published in highly regarded journals. But, said Joseph Jasinski, an IBM engineer who works closely with the projects: "Have we discovered a new drug for curing AIDS? No. But we've found some great candidates."
.
Invision Power Board © 2001-2021 Invision Power Services, Inc.