41. Набор молекулярных динамик собирает субмиллисекундную кинетику мембранного синтеза
P. Kasson, N. Kelley, N. Singhal, M. Vrjlic, A. Brunger, and V. S. Pande. Протокол Национальной Академии Наук, США (Proceedings of the National Academy of Sciences, USA)
Эти первые результаты описывают работу, которой мы занимаемся с целью изучения мембранного синтеза, процесса, при котором две мембраны липидов превращаются в одну. Этот процесс критически важен для правильного функционирования клетки, а также в процессах нейротрансмиссии и инфицирования многими вирусами. Мы стремимся понять как происходит мембранный синтез, чтобы в конечном счете научиться манипулировать этим процессом. Мы надеемся, что это приведет к появлению новых более эффективных медикаментов для борьбы с вирусными инфекциями и лечения неврологических болезней.
42. Симуляции сворачивания "заголовка" виллина с детализацией до каждого атома
Guha Jayachandran, V. Vishal, and V. S. Pande. Журнал Химической Физики, 2006 (Journal of Chemical Physics, 2006)
Мы разработали новый метод, который намного расширяет возможности Folding@Home в симуляции длинных временных промежутков. Этот новый метод (MSM) будет применен по сути ко всем новым проектам Folding@Home. Статья демонстрирует применение MSM к испытуемой цели - "заголовку" виллина.
43. Параллелизация вычислений абсолютной свободносвязанной энергии со стыковкой и молекулярной динамикой
Guha Jayachandran, M. R. Shirts, S. Park, and V. S. Pande. Журнал Химической Физики, 2006 (Journal of Chemical Physics, 2006)
Мы представили технологию для вычислений свободной биомолекулярной энергии, которая использует высокопараллелизованную выборку для значительного сокращения времени получения результата. Технология комбинирует свободные энергии для множественных непересекающихся конфигурационных макросостояний и адаптирована для распределенных вычислений. Метод был продемонстрирован на белке FKBP12 и его 8-ми ингибиторах.
44. Кинетическое определение множеств переходного состояния сворачивания белков и координаты реакции
C. Snow and V. S. Pande. Биофизический журнал, 2006 (Biophysical Journal, 2006)
Используя симуляции распределенных динамик мы выделили 4 состояния свертывания для 39 остатков бета-бета-альфа-бета свернутого белка. Была введена и последовательно определена вероятность передачи Ptrans из 500 форм по барьеру свободной энергии при комнатной температуре и определены формы, которые являются членами передечи состояния (Ptrans ~ 0.5). Такие же симуляции были проведены при температуре 82 градуса, что выявило изменения Ptrans для всех 2000 форм, наблюдалось также поведение Хаммонда при использовании корреляции Ptrans. Этот метод предлагает новейшие перспективы в понимании природы передачи сворачивания белков и предлагает основу для численного изучения активированных восстановительных кинетик.
Героический перевод с англ. выполнили masquer и ReMMeR
|
ua 
ru 
|
Пошук...
|
Сайт відкрито 14.12.2005
