ua     ru    Sitemap   Sitemap     | Поиск... |       Сайт открыт 14.12.2005

Ukraine - Distributed Computing Team

 

 » Навигация 
  Новости
  Новости (Архив)
  Описания проектов
  Наши опросы
  Архивы

  Форум
  Форум (PDA)

 » Статьи  


       Описания проектов 
Начало раздела > TANPAKU

О проекте TANPAKU



Версія українською

сбор информации - nikelong



 

 

Проект TANPAKU

 

Этот текст - перевод официальной страницы, размещенный на сайте BOINC.RU

Что такое предсказание структуры белков?
Белки играют важную роль в нашей жизни

Белки это неотъемлемая часть нашей жизни. Например, амилаза переваривает крахмал для выработки энергии,гемоглобин переносит кислород по всему телу. Инсулин управляет поглощением тканями тела глюкозы из крови.

Белок, аминокислота и ДНК
Основой белка являются 20 различных аминокислот. Белки это длинный неразветвленный полимер, образованный соединенными в цепочку аминокислотами, где пептидные связи образуются между карбоксильной группой одной аминокислоты и аминогруппой следующей аминокислоты, с высвобождением одной молекулы воды. Порядок аминокислот в белке, другими словами их последовательность и определяет свойства этого белка.
С другой стороны, ген в виде последовательности остатков ДНК (дезоксирибонуклеиновая кислота) несет информацию о последовательности аминокислот в белке, который он кодирует. Таким образом, ген является детальным планом и шаблоном для производства белка, а геном, полный набор генов у живущего организма, является «документацией» всего нашего тела. Так как генетическая информация дает нам ключи для выяснения загадок жизни, сотни проектов исследования генетических последовательностей у разных биологических видов проводится по всему миру. Сегодня, геном человека к тому же полностью расшифрован!




Связь между структурой и функцией белка.
Достаточно ли расшифровать гены, чтобы понять живое? К сожалению, хотя мы знаем, что каждому гену соответствует белок, который он кодирует, остается сложно сделать вывод о его функции по последовательности аминокислот в нем.

Белки сворачиваются в трехмерную структуру, которая зависит от последовательности аминокислот в белке. В таком виде белок и функционирует в организме. Существует глубокая связь между структурой белка и его функцией. Таким образом, если мы сможем определять структуру белка на основе его аминокислотной последовательности, то эта информация поможет нам предсказать его функцию.

Но у нас нет метода предсказания трехмерной структуры белка только по его аминокислотной последовательности.





Предсказывание структуры белка с помощью компьютерного моделирования
Было интересно научиться предсказывать структуру белка с помощью компьютерного моделирования. И хотя сейчас компьютерные мощности очень сильно возросли, все равно остается трудно даже на современных компьютерах в приемлемое время найти структуры, которые будут сворачиваться в нужную нам форму.

Из-за этого ученые предложили различные способы обхода этой проблемы. В нашей лаборатории мы используем улучшенный метод на основе броуновского движения молекул. Разработанный нами метод уже сейчас дал положительные результаты. Этот метод позволяет нам затрачивать меньшее количество вычислительного времени, чем обычные методы исследования.

Но к заключительной цели предсказывания структуры белка по его аминокислотной последовательности нужно гораздо больше вычислительных мощностей. Чтобы найти такие компьютерные мощности, мы переработали алгоритм и обратили внимание на более мощный компьютерный ресурс.

С этой целью, мы запустили проект распределенных вычислений «TANPAKU».



Что такое распределенное вычисление?
Распределенное вычисление это компьютерная система, которая решает много сложных задач, требующих огромных вычислительных ресурсов, распределяя между компьютерами в сети небольшие кусочки заданий. Самый известный проект распределенных вычислений, это «SETI@home» («SETI», поиск внеземного разума), запущенный в мае 1999 года Калифорнийским университетом в Беркли. В этом проекте данные с радиотелескопов анализируются на предмет поиска радиоизлучения искусственного происхождения, что будет возможным доказательством существования внеземного разума.

BOINC
"TANPAKU" использует "BOINC" (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing).Это программная платформа для распределенных вычислений на компьютерах добровольцев. С помощью BOINC вы сможете использовать мощность своего компьютера в нескольких проектах распределенных вычислений, выделяя для каждого проекта столько ресурсов, сколько вы сами пожелаете. На сегодняшний день много проектов распределенных вычислений, включая SETI@home, ведется на платформе BOINC

Презентация: «Основы строения белка». Файл «Power Point». 1.5 Mb

Презентация: «Основы молекулярного моделирования». Файл «Power Point». 750 kb


Обсудить проект и узнать как к нему подключится можно у нас на форуме.


Дата: Воскресенье, 20 Июль 2008
Прочитана: 10702 раза

Распечатать Распечатать    Переслать Переслать    В избранное В избранное

Вернуться назад

 » Место команды 
Медико-биологические
Correlizer
47
DrugDiscovery@Home
9
Fightaids@Home
40
Folding@Home
56
Gpugrid.net
50
Help Cure Muscular Dystrophy
40
Help Conquer Cancer
40
Help Fight Childhood Cancer
40
Human Proteome Folding (Phase 2)
40
Lattice Project
20
Malariacontrol.net
47
NRG@home (Najmanovich Research Group)
26
Poem@Home
32
Ps3grid.net
50
RNA World
47
Rosetta@Home
27
World Community Grid
40
Математика
Abc@Home
13
Collatz Conjecture
75
EulerNet
10
Gimps (Great Internet Mersenne Prime Search)
29
Mersenne@home
78
NFS@Home (Number Field Sieve)
55
OGR-27
11
OPTIMA@HOME
35
primaboinca
44
Primegrid
40
Seventeen Or Bust
16
Seventeen Or Bust-Sieve
17
WEP-M+2 Project (Wanless)
40
Криптография
DistrRTgen
68
Enigma@Home
52
RC5-72
22
Физика
Einstein@Home
49
IBERCIVIS
1
Leiden Classical
61
Lhc@Home
33
Magnetism@Home
2
Muon1-DPAD
31
Spinhenge@Home
39
Химия
QMC@Home
44
Космос
Constellation@home
51
Cosmology@Home
44
Milkyway@Home
48
Orbit@Home
27
SETI@Home
90
Планета земля
Climate Prediction
43
La Red de Atrapa Sismos
7
Quake Catcher Network
64
Radioactive@Home
12
Virtual Prairie (ViP)
24
Искуственный интеллект
FreeHAL@Home
24
Neurona@Home
21
Интернет
Majestic-12
4
Рендеринг
Burp
34
Luxrenderfarm@home
0
ORE (Open Rendering Environment)
40
Игровые проекты
Chess960@Home
95
sudoku@vtaiwan
16
Кликеры и трекеры
Marmot Project
239
Whatpulse
83
Микс
AlmereGrid
24
Pirates@Home
9
Sztaki Desktop Grid
58
Yoyo@Home
37