Проект 2143
 Для розрахунку електростатики в молекулярній динаміці білків існують методи RF й PME, які дають можливість уникнути обчислень електростатичних сил між кожною парою атомів у системі. Це важливо для проекту 2143, спорідненому проекту 2142, в системі якого міститься забагато атомів (більше 80000), щоб розрахувати всі спарені сили. Тому необхідно звернутися до наближених методів, вибравши між RF й PME.
Проте, на практиці вибір між "правильними" методами обертається "релігійними війнами", що не є добрим. Тому для дослідження кінетики процесу обрані обидва методи. Згодом Boxer Group зі Стенфорду буде мати експериментальні дані електричних полів альдозоредуктази людини і ми будемо мати у своєму розпорядженні траєкторії, які допоможуть порівняти адекатність RF та PME.
Завдання для цього проекту розроблені так, щоб займати приблизно однаковий час із завданнями проекту 2142, так ми зможемо порівняти їхню точність із обчислювальною ресурсоемністю.
Через дуже великий розмір системи (альдозоредуктаза має 316 залишків, кофактор, інгібітор, 80000 атомів води) ці симуляції займають багато пам'яті, тому будуть обмежені тією частиною клієнтів, які дозволяють використання 200 Мб оперативної пам'яті й більше (ця величина змінилася до 100 Мб із 22.09.2006).
|
ua 
ru 
|
Пошук...
|
Сайт відкрито 14.12.2005
