ua     ru    Sitemap   Sitemap     | Поиск... |       Сайт открыт 14.12.2005

Ukraine - Distributed Computing Team

 

 » Навигация 
  Новости
  Новости (Архив)
  Описания проектов
  Наши опросы
  Архивы

  Форум
  Форум (PDA)

 » Статьи  


       Описания проектов 
Начало раздела >

Проект 2143



Проект 2143


Альдозоредуктаза (с) зображення www.rcsb.org      Для розрахунку електростатики в молекулярній динаміці білків існують методи RF й PME, які дають можливість уникнути обчислень електростатичних сил між кожною парою атомів у системі. Це важливо для проекту 2143, спорідненому проекту 2142, в системі якого міститься забагато атомів (більше 80000), щоб розрахувати всі спарені сили. Тому необхідно звернутися до наближених методів, вибравши між RF й PME.

     Проте, на практиці вибір між "правильними" методами обертається "релігійними війнами", що не є добрим. Тому для дослідження кінетики процесу обрані обидва методи. Згодом Boxer Group зі Стенфорду буде мати експериментальні дані електричних полів альдозоредуктази людини і ми будемо мати у своєму розпорядженні траєкторії, які допоможуть порівняти адекатність RF та PME.

     Завдання для цього проекту розроблені так, щоб займати приблизно однаковий час із завданнями проекту 2142, так ми зможемо порівняти їхню точність із обчислювальною ресурсоемністю.

     Через дуже великий розмір системи (альдозоредуктаза має 316 залишків, кофактор, інгібітор, 80000 атомів води) ці симуляції займають багато пам'яті, тому будуть обмежені тією частиною клієнтів, які дозволяють використання 200 Мб оперативної пам'яті й більше (ця величина змінилася до 100 Мб із 22.09.2006).

     Переклад - Yura_H, редакція і розміщення - Arbalet





Дата: Воскресенье, 21 Январь 2007
Прочитана: 2377 раз

Распечатать Распечатать    Переслать Переслать    В избранное В избранное

Вернуться назад

 » Поддержка (обращайтесь) 
Folding@Home
 NikeLong246659609
 Alex266184514
 ReMMeR338177212
Rosetta@Home
 uNiUs172324149
 KoDak313871706
World Community Grid
 Dmitrio250896826
FightAIDS@Home
 RHAngel50177406
RC5/OGR
 Tamagoch53619819
 Paul B.Atton46941577
Seti@Home
 Andrey Fenchenko285577622
WebMaster
 ReMMeR338177212
 Rilian (PM)1
Поболтать
 Dead J. Dona122008482