Версія даної теми для друку

Натисніть сюди для перегляду даної теми у оригінальному форматі

Розподілені обчислення в Україні _ Almeregrid _ Almeregrid Testgrid

Автор: (_KoDAk_) Oct 10 2008, 11:32

Проект "Almeregrid Testgrid"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-10 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.06.2008 Капитан - (_KoDAk_)
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
 



Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите http://boinc.berkeley.edu/download.php (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://server1.almeregrid.nl/testgrid/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://www.rol.ru/news/it/news/05/02/01_007.htm городка Альмер (Almere), что в провинции Флеволанд в Нидерландах, вообще не было - на его месте плескалось море. Теперь же этот город можно заносить в книгу рекордов Гиннеса, как первый город с виртуальным городским суперкомпьютером. В молодом городе решили построить современную коммуникационную систему, подключив к общей оптоволоконной сети, имеющей пропускную способность 100 Мбит/с, компьютеры местных жителей, коих (компьютеров) здесь насчитывается 2200 штук. Причем это в основном компьютеры домашних пользователей. Особо следует отметить, что это будет не просто сеть, а распределенный компьютер, который вполне можно назвать суперкомпьютером. 2200 мощных ПК (а других, наверное, у жителей Нидерландов и не водится), объединенные в сеть, должны иметь достаточно серьезную общую производительность, чтобы называться суперкомпьютером. Уже есть и название для городского суперкомпьютера - Almeregrid. Поначалу его планируется использовать для научных исследований, в частности, в медицинских приложениях. А потом им, скорее всего, будут пользоваться местные компании, которым в этом случае не придется тратиться на собственные мощные компьютеры.

Testgrid занимается тестированием подпроектов Almeregrid

Замечены подпроекты:
* Cargoship
* Genome comparizon analysis

Ссылки по теме:Недельная статистика команды Ukraine

Автор: Death Oct 11 2008, 22:34

ГЩЕВ ))))))))))))))))

http://server1.almeregrid.nl/testgrid/view_profile.php?userid=330

UOTD

User of the day

Hilton Paris Sample Sex Video
Hilton paris sample sex video



WOOHOOO!!!

Лучшие команды
Позиция Имя Участники В среднем за день Всего очков Страна
1 Ukraine 2 129.92 3,182.15 Ukraine
2 BOINC@MIXI 3 47.40 5,268.30 Japan
3 JaHoMa 2 24.97 6,540.35 Netherlands


KODAK, смени в описании команды ссылку с топика на морду сайта.

и вставь юзербар наш какой-нить в описание....
http://distributed.org.ua/userbars/

Автор: (_KoDAk_) Oct 12 2008, 17:57

самое досадное что у них нет доски объявлений для жалоБ
и не хотят фиксить баги на веб страницаХ
и не дают задания на х64

Автор: (_KoDAk_) Oct 20 2008, 14:32

вот седня праздник МЫ первые
http://server1.almeregrid.nl/testgrid//top_teams.php?sort_by=total_credit

Автор: Rilian Oct 23 2008, 00:27

да

или ваще тестовые вынести в отдельный форум. пусть тестируются там

Автор: YuRi Oct 23 2008, 09:56

(nikelong @ Oct 23 2008, 01:23) *
Парни, нужна подсказка.

Ну вот в БТП я сделаю два Альмерегрида: основной и тестовый, пытань нэма и это ПРАВИЛЬНОЕ решение задачи.

Но как быть с форумом? Я думаю просто в шаапку нужно внести линки на эти два проджекта и соответственно на стат по них. Оки ?
Я бы сказал, что это все-таки два разных проекта. Пусть даже их запустила и обслуживает одна команда. У каждого могут быть свои особенности и проблемы. И чтобы народ не путался, их лучше все же разнести по разным темам.

Автор: YuRi Oct 23 2008, 12:51

У них сервера и базы живут на разных хостах. smile.gif
Может быть они используют одинаковые приложения - не знаю, потому что в тестовом не участвую и сравнить не могу. Может быть у них даже задания повторяются (т.е. после отладки на тестовом проекте расчетный клиент переносится на основной и задания расчитываются повторно, с записью в "рабочую" базу).
Но все же это два разных проекта, каждый со своей собственной базой расчетов и статистикой. И то, что актуально для одного проекта, может быть абсолютно параллельно второму.
Точно так же параллельно существуют SETI@home и SETI@home (beta) и некоторые другие проекты.

Автор: (_KoDAk_) Oct 23 2008, 14:23

ну если эти проекты были Б больше\ популярнее то тогда это будет тогда и дуамаю будет целесообразно делать отдельные темы а так ....
да и это го, могло не быть если Б не стечение обстоятельств .

Автор: Death Oct 23 2008, 22:20

Kodak +1

Жаль поздно узнали про основной альмер. Ну ничего, зато динамика хорошая - идём вверх.

Я только не могу понять, как я в тестгриде хоть что-то пощитал?? Как у тамагоча - висит тупо на одном задании и всё. никакого движения. проц же он не использует?

Автор: (_KoDAk_) Oct 23 2008, 23:10

нет он его неиспользует, а занимать, занимает)

ну а основной шас тоже попробую подтянуть )))

Автор: (_KoDAk_) Oct 23 2008, 23:21

а будто я єтого не делаю(

Автор: Rilian Nov 9 2008, 03:54

ППЦ

IPB Image

смотрим юзера дня!

Автор: YuRi Nov 10 2008, 15:31

Уже было. И не раз smile.gif

Автор: Tamagoch Dec 29 2008, 09:32

((_KoDAk_) @ Dec 28 2008, 16:46) *
а вот в Almeregrid Testgrid
с 1го скоро сгонят

переключиться на него?

Автор: Death Dec 29 2008, 11:37

Tamagoch, он проц не ест.
он выкачивает метров 500 зипов, потом шото с ними делает, и закачивает обратно.

проц не использует, но эти ламаки не смогли сделать как во фрихале. поэтому ядро занято, но не используется. можно параллельно щитать огр )))

если будешь подключать, то не тест, мы в нём и так на 1-м. подключай просто альмер. там ещё есть куда пихаться.

Автор: Tamagoch Dec 29 2008, 14:15

Death,
я и считаю альмер на старой машине вместе с ОГРом и ФриХАЛом
просто думал, получится спасти позицию в тестгриде или нет

Автор: Death Jan 5 2009, 01:01

Немного внутренностей:

С каждіім заданием скачивается 5 файлов.

vtwns_ad1134x5-SET2B_cargoload_config_vu_twins_501.xml
vtwns_ad1134x5-SET2B_CARGO_APPL_vu_twins_501.zip
vtwns_ad1134x5-SET2B_cp_CARGO_DATA_SET2B_vu_twins.zip
vtwns_ad1134x5-SET2B_dummy.txt
vtwns_ad1134x5-SET2B_unzip.exe

C:\alm>vtwns_ad1134x5-SET2B_unzip.exe - тут всё тупо

UnZip 5.42 of 14 January 2001, by Info-ZIP.  Maintained by C. Spieler.  Send
bug reports to the authors at Zip-Bugs@lists.wku.edu; see README for details.

Usage: unzip [-Z] [-opts[modifiers]] file[.zip] [list] [-x xlist] [-d exdir]
  Default action is to extract files in list, except those in xlist, to exdir;
  file[.zip] may be a wildcard.  -Z => ZipInfo mode ("unzip -Z" for usage).

  -p  extract files to pipe, no messages     -l  list files (short format)
  -f  freshen existing files, create none    -t  test compressed archive data
  -u  update files, create if necessary      -z  display archive comment
  -x  exclude files that follow (in xlist)   -d  extract files into exdir

modifiers:                                   -q  quiet mode (-qq => quieter)
  -n  never overwrite existing files         -a  auto-convert any text files
  -o  overwrite files WITHOUT prompting      -aa treat ALL files as text
  -j  junk paths (do not make directories)   -v  be verbose/print version info
  -C  match filenames case-insensitively     -L  make (some) names lowercase
  -$  label removables (-$$ => fixed disks)  -V  retain VMS version numbers
  -X  restore ACLs (-XX => use privileges)   -s  spaces in filenames => '_'
                                             -M  pipe through "more" pager
Examples (see unzip.txt for more info):
  unzip data1 -x joe   => extract all files except joe from zipfile data1.zip
  unzip -fo foo ReadMe => quietly replace existing ReadMe if archive file newer


vtwns_ad1134x5-SET2B_cargoload_config_vu_twins_501.xml


<!--
name: cargoload_config_vu_twins_501.xml

=========================
designed for : vu_twins
=========================

-->


<!-- ============  THE WRAPPER CONFIG STARTS HERE ============================= -->

<wrapperConfig>

        <wrap_logfile>wrapper_log.txt</wrap_logfile>

        <!-- Files that are coming from the server but which are processed locally -->
        <!-- by the native application that are not able to resolve those files -->
        <!-- (Names must match with the names as defined in the WORKUNIT wrapper_XXX_wu.xml template). -->
        <match_infile>dummy.txt</match_infile>
        <match_infile>CARGO_APPL.ZIP</match_infile>
        <match_infile>CARGO_DATA.ZIP</match_infile>

        <!-- Files that are created local without any support of boinc modules and need -->
        <!-- to be reported back to the server. -->
        <!-- (Names must match with the names as defined in the RESULT wrapper_XXX_re.xml template). -->
        <match_outfile>wrapper_log.txt</match_outfile>
        <match_outfile>bare_c_test.out.txt</match_outfile>
        <match_outfile>OUTPUT.TXT</match_outfile>
        <match_outfile>WARNING.TXT</match_outfile>

        <command>
                <execute>unzip.exe -oqq CARGO_APPL.ZIP</execute>
                <run_as_16bits>Yes</run_as_16bits>              
        </command>

        <command>
                <execute>unzip.exe -oqq CARGO_DATA.ZIP</execute>
                <run_as_16bits>Yes</run_as_16bits>              
        </command>

        <!-- Output of the Boinc hello appplication executed in the warpper is not longer resolved
        automattically and the output written to bare_c_test.out.txt is resolved by {match_outfile} setting.
        -->
        <!--
                15 apr. 2008, hello_short.exe test appl (carver) removed.
                Reason: It was making sounds, 1 peep at the start, 3 peeps when ready.
                New version is required because hello_short was used for static references.
        -->


        <!-- The result files from the mxe.exe application are marked with ".mxo" by default. -->
        <command>
                <execute>mxe.exe</execute>
                <!-- RUNfiles.txt contains the names of the .mx files to be processed. -->
                <parameters_list>RUNfiles.txt</parameters_list>
        </command>


        <!-- As preparation for parse the cat command collects all MXE output files first. -->
        <command>
                <execute>cat.exe *.mxo </execute>
                <run_as_16bits>Yes</run_as_16bits>              
                <stdout_file>cat_all_MXO.txt</stdout_file>
        </command>


        <!-- The output of parse.exe is written to OUTPUT.TXT and WARNING.TXT by default -->
        <command>
                <execute>Parse.exe</execute>
                <stdin_file>cat_all_MXO.txt</stdin_file>
                <run_as_16bits>Yes</run_as_16bits>              
        </command>
        
</wrapperConfig>

<!-- ============  THE WRAPPER CONFIG ENDS HERE ============================= -->


vtwns_ad1134x5-SET2B_dummy.txt

<!--
This could be just a dummy text file...
But if it look likes XML with tagged content then it are the keys
required to decrypt or to unzip the data packages files included
in the shipment.
-->
<PKG-DATA-KEY></PGG-DATA-KEY>
<PKG-APPL-KEY></PGG-APPL-KEY>
<ZIP-DATA-KEY></ZIP-DATA-KEY>
<ZIP-APPL-KEY></ZIP-APPL-KEY>


vtwns_ad1134x5-SET2B_CARGO_APPL_vu_twins_501.zip

        16 384 cat.exe
        73 728 cp.exe
       303 104 hello_short.exe
     2 134 465 MXE.EXE
        65 536 PARSE.EXE
     1 052 246 vtwns_ad1134x5-SET2B_CARGO_APPL_vu_twins_501.zip
        86 868 zip.exe

Автор: Death Jan 5 2009, 01:26

mxe.exe говорит нам вот что -


C:\alm>MXE.EXE
Please enter the input filename (Ctrl-c to quit) 1


                        Welcome to Mx 1.61i


I am working on your Mx script:1.MX

and I'm going to write the output in:1.mxo

The value of the STATUS specifier in an OPEN statement does not match the file status (unit= 5).


Extension: MX
Program and/or Extension Function - Company
MATLAB Common Matrix Routines - The MathWorks, Inc.
Modula-3 Linker Information -----
MX Designer Remote Control File -----


bare_c_test.out.txt
arg[0] =C:\alm\hello_short.exe
Welcome , This is carver flybye ...
Starting computation ...
loop 0 of 3 ...
loop 1 of 3 ...
loop 2 of 3 ...
Computation completed.



Ooops
File extension .MXO is not in any of the databases.



!script for linkage eyecolour (nl) to be run in batch mode 17/05/05
!pihat as dependent
!DZ/SIB
!pos POSITIE chrom CHRO permutation PERMUT phenotype PHENO


#define nvar 1
#define ndefnl 1
#ngroups 1


DZ / sib TWINS genotyped NL
#include CHRO-POSITIE-PERMUT-PHENOinfoNL.dat
!#include 15-8infonl.dat



Matrices;
  X Lower nvar nvar free        ! sd

  G Full 1 nvar free            ! grand means
  O Full 1 ndefnl                       ! probability alike
  P Full ndefnl nvar free       ! parameter estimates prob alike
End Matrices;


st .2 X 1 1 1  
st 0.5 G  1 1 1  
st .06 P 1 1 1

Begin Algebra;
  A = X*X';
End Algebra;



Specify O -1

Means   G+O*P;

Covariance A;

Option  nd=4        ! request 4 decimal places in output
OPtion RS      mu issat  ! request residuals,

End

Drop P 1 1 1
end



C:\alm>MXE.EXE NL9-92-2.mx

Welcome to Mx 1.61i


I am working on your Mx script:NL9-92-2.mx

and I'm going to write the output in:NL9-92-2.mxo

DZ / sib TWINS genotyped NL

911

run.bat

@FOR /F  %%A IN (.\RUNfiles.txt) DO @MXE.EXE %%A 2<&1 >NUL


NL9-92-2.mxo


  ** Mx startup successful **
  
  **MX-PC 1.61i** Job started on 01/05/09 at 01:21:13
!script for linkage eyecolour (nl) to be run in batch mode 17/05/05
!pihat as dependent
!DZ/SIB
!pos 92 chrom 9 permutation 2 phenotype MEANeye


The following MX script lines were read for group    1

#DEFINE NVAR 1
#DEFINE NDEFNL 1
#NGROUPS 1
  Note: #NGroup set number of groups to 1
  
DZ / SIB TWINS GENOTYPED NL
#INCLUDE 9-92-2-MEANEYEINFONL.DAT
  
Note: Opening #include file   1 9-92-2-MEANeyeinfoNL.dat                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
  
DATA NINPUT=167
RECTANGULAR FILE=NLCHR9P2.DAT
  Rectangular continuous data read initiated
  
  We have a problem whose error code is  169
  and which I ran across at line number    2
  of your include file: 9-92-2-MEANeyeinfoNL.dat                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
RECTANGULAR FILE=NLCHR9P2.DAT
                 ~~~          
  Error: file not found:
NLchr9p2.dat                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    
  Check spelling and existence of file
  Filenames have a maximum of 80 characters including directory
  Problem occurred in group #   1
!@machine;


добавляем файлик

C:\alm>MXE.EXE NL9-92-2.mx

Welcome to Mx 1.61i
I am working on your Mx script:NL9-92-2.mx
and I'm going to write the output in:NL9-92-2.mxo

DZ / sib TWINS genotyped NL
Evaluation # 40 Function value is: 0.96881E+02


  
  ** Mx startup successful **
  
  **MX-PC 1.61i** Job started on 01/05/09 at 01:25:14
!script for linkage eyecolour (nl) to be run in batch mode 17/05/05
!pihat as dependent
!DZ/SIB
!pos 92 chrom 9 permutation 2 phenotype MEANeye


The following MX script lines were read for group    1

#DEFINE NVAR 1
#DEFINE NDEFNL 1
#NGROUPS 1
  Note: #NGroup set number of groups to 1
  
DZ / SIB TWINS GENOTYPED NL
#INCLUDE 9-92-2-MEANEYEINFONL.DAT
  
Note: Opening #include file   1 9-92-2-MEANeyeinfoNL.dat                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
  
DATA NINPUT=167
RECTANGULAR FILE=NLCHR9P2.DAT
  Rectangular continuous data read initiated
  MAXRSZ= 1000
  
  NOTE: Rectangular file contained   294 records with data
        that contained a total of  36456 observations
  
LABELS
FAM MEANEYE MEANEYE2
PI_0 PI_1 PI_2 PI_3 PI_4 PI_5 PI_6 PI_7 PI_8 PI_9
PI_10 PI_11 PI_12 PI_13 PI_14 PI_15 PI_16 PI_17 PI_18 PI_19
PI_20 PI_21 PI_22 PI_23 PI_24 PI_25 PI_26 PI_27 PI_28 PI_29
PI_30 PI_31 PI_32 PI_33 PI_34 PI_35 PI_36 PI_37 PI_38 PI_39
PI_40 PI_41 PI_42 PI_43 PI_44 PI_45 PI_46 PI_47 PI_48 PI_49
PI_50 PI_51 PI_52 PI_53 PI_54 PI_55 PI_56 PI_57 PI_58 PI_59
PI_60 PI_61 PI_62 PI_63 PI_64 PI_65 PI_66 PI_67 PI_68 PI_69
PI_70 PI_71 PI_72 PI_73 PI_74 PI_75 PI_76 PI_77 PI_78 PI_79
PI_80 PI_81 PI_82 PI_83 PI_84 PI_85 PI_86 PI_87 PI_88 PI_89
PI_90 PI_91 PI_92 PI_93 PI_94 PI_95 PI_96 PI_97 PI_98 PI_99
PI_100 PI_101 PI_102 PI_103 PI_104 PI_105 PI_106 PI_107 PI_108 PI_109
PI_110 PI_111 PI_112 PI_113 PI_114 PI_115 PI_116 PI_117 PI_118 PI_119
PI_120 PI_121 PI_122 PI_123 PI_124 PI_125 PI_126 PI_127 PI_128 PI_129
PI_130 PI_131 PI_132 PI_133 PI_134 PI_135 PI_136 PI_137 PI_138 PI_139
PI_140 PI_141 PI_142 PI_143 PI_144 PI_145 PI_146 PI_147 PI_148 PI_149
PI_150 PI_151 PI_152 PI_153 PI_154 PI_155 PI_156 PI_157 PI_158 PI_159
PI_160 PI_161 PI_162 PI_163
SELECT  PI_92 MEANEYE;
DEFINITION_VARIABLES MEANEYE;
  
  NOTE: Selection yields  294 data vectors for analysis
  NOTE: Vectors contain a total of   588 observations
  
  
  NOTE: Definition yields  294 data vectors for analysis
  NOTE: Vectors contain a total of   294 observations
  
  
  Note: Closing #include file 1
  
!#include 15-8infonl.dat
MATRICES;
  
X LOWER NVAR NVAR FREE   ! SD
G FULL 1 NVAR FREE  ! GRAND MEANS
O FULL 1 NDEFNL   ! PROBABILITY ALIKE
P FULL NDEFNL NVAR FREE ! PARAMETER ESTIMATES PROB ALIKE
END MATRICES;
ST .2 X 1 1 1
ST 0.5 G  1 1 1
ST .06 P 1 1 1
BEGIN ALGEBRA;
A = X*X';
END ALGEBRA;
SPECIFY O -1
MEANS   G+O*P;
COVARIANCE A;
OPTION  ND=4        ! REQUEST 4 DECIMAL PLACES IN OUTPUT
OPTION RS  MU ISSAT  ! REQUEST RESIDUALS,
END
  
  
  Summary of VL file data for group  1
  
             MEANEYE     PI_92
     Code    -1.0000    1.0000
   Number   294.0000  294.0000
     Mean     0.4354    0.5284
Variance     0.1151    0.0814
  Minimum     0.0000    0.0023
  Maximum     1.0000    0.9965
  
  
  PARAMETER SPECIFICATIONS
  
  GROUP NUMBER: 1
  
DZ / sib TWINS genotyped NL                                                                                                    
  
  MATRIX A
This is a computed FULL matrix of order    1 by    1
  It has no free parameters specified
  
  MATRIX G
This is a FULL matrix of order    1 by    1
    1
1  2
  
  MATRIX O
This is a FULL matrix of order    1 by    1
     1
1  -1
  
  MATRIX P
This is a FULL matrix of order    1 by    1
    1
1  3
  
  MATRIX X
This is a LOWER TRIANGULAR matrix of order    1 by    1
    1
1  1
  
  Mx starting optimization; number of parameters =  3
  
  
  MX PARAMETER ESTIMATES
  
  GROUP NUMBER: 1
  
DZ / sib TWINS genotyped NL                                                                                                    
  
  MATRIX A
This is a computed FULL matrix of order    1 by    1
  [=X*X']
            1
1     0.0811
  
  MATRIX G
This is a FULL matrix of order    1 by    1
            1
1     0.5057
  
  MATRIX O
This is a FULL matrix of order    1 by    1
            1
1     0.5714
  
  MATRIX P
This is a FULL matrix of order    1 by    1
            1
1     0.0520
  
  MATRIX X
This is a LOWER TRIANGULAR matrix of order    1 by    1
            1
1     0.2848
  
  Vector of OBSERVED means
           PI_92
Mean     0.5284
  
  Vector of EXPECTED means
           PI_92
Mean     0.5354
  
  (OBSERVED MATRIX is nonexistent for raw data)
  
  
  EXPECTED COVARIANCE MATRIX
            PI_92
PI_92     0.0811
  
Function value of this group:    95.7544
  Where the fit function is  -2 * Log-likelihood of raw data  
  
Your model has    3 estimated parameters and    294 Observed statistics
  
-2 times log-likelihood of data >>>    95.754
Degrees of freedom >>>>>>>>>>>>>>>>       291
Akaike's Information Criterion >>>>  -486.246
Bayesian Information Criterion >>>>  -779.084
Sample size Adjusted BIC       >>>>  -317.663
Deviance Information Criterion >>>>  -511.673
  
This problem used  3.8% of my workspace
  
Task                     Time elapsed (DD:HH:MM:SS)
Reading script & data      0: 0: 0: 0.25
Execution                  0: 0: 0:-0.03
TOTAL                      0: 0: 0: 0.22
  
Total number of warnings issued: 0
______________________________________________________________________________

  Multiple fit option in effect.

The following MX script lines have been read:

DROP P 1 1 1
END
  
  
  Summary of VL file data for group  1
  
             MEANEYE     PI_92
     Code    -1.0000    1.0000
   Number   294.0000  294.0000
     Mean     0.4354    0.5284
Variance     0.1151    0.0814
  Minimum     0.0000    0.0023
  Maximum     1.0000    0.9965
  
  
  PARAMETER SPECIFICATIONS
  
  GROUP NUMBER: 1
  
DZ / sib TWINS genotyped NL                                                                                                    
  
  MATRIX A
This is a computed FULL matrix of order    1 by    1
  It has no free parameters specified
  
  MATRIX G
This is a FULL matrix of order    1 by    1
    1
1  2
  
  MATRIX O
This is a FULL matrix of order    1 by    1
     1
1  -1
  
  MATRIX P
This is a FULL matrix of order    1 by    1
  It has no free parameters specified
  
  MATRIX X
This is a LOWER TRIANGULAR matrix of order    1 by    1
    1
1  1
  
  Mx starting optimization; number of parameters =  2
  
  
  MX PARAMETER ESTIMATES
  
  GROUP NUMBER: 1
  
DZ / sib TWINS genotyped NL                                                                                                    
  
  MATRIX A
This is a computed FULL matrix of order    1 by    1
  [=X*X']
            1
1     0.0814
  
  MATRIX G
This is a FULL matrix of order    1 by    1
            1
1     0.5284
  
  MATRIX O
This is a FULL matrix of order    1 by    1
            1
1     0.5714
  
  MATRIX P
This is a FULL matrix of order    1 by    1
            1
1     0.0000
  
  MATRIX X
This is a LOWER TRIANGULAR matrix of order    1 by    1
            1
1     0.2853
  
  Vector of OBSERVED means
           PI_92
Mean     0.5284
  
  Vector of EXPECTED means
           PI_92
Mean     0.5284
  
  (OBSERVED MATRIX is nonexistent for raw data)
  
  
  EXPECTED COVARIANCE MATRIX
            PI_92
PI_92     0.0814
  
Function value of this group:    96.8812
  Where the fit function is  -2 * Log-likelihood of raw data  
  
Your model has    2 estimated parameters and    294 Observed statistics
  
-2 times log-likelihood of data >>>    96.881
Degrees of freedom >>>>>>>>>>>>>>>>       292
Akaike's Information Criterion >>>>  -487.119
Bayesian Information Criterion >>>>  -781.362
Sample size Adjusted BIC       >>>>  -318.356
Deviance Information Criterion >>>>  -513.032
  
Saturated model fit* >>>>>>>>>>>    95.754
Saturated model df*  >>>>>>>>>>>       291
Difference Chi-squared  >>>>>>>>     1.127
Difference d.f.  >>>>>>>>>>>>>>>         1
Probability >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>     0.288
Akaike's Information Criterion >    -0.873
* Saturated model statistic computed earlier in this job
  
This problem used  3.8% of my workspace
  
Task                     Time elapsed (DD:HH:MM:SS)
Reading script & data      0: 0: 0: 0.00
Execution                  0: 0: 0: 0.06
TOTAL                      0: 0: 0: 0.06
  
Total number of warnings issued: 0
______________________________________________________________________________
______________________________________________________________________________

Автор: Death Jan 5 2009, 01:38

http://en.wikipedia.org/wiki/Twin_studies

Methods
The power of twin designs arises from the fact that twins may be either monozygotic (MZ: developing from a single fertilized egg and therefore sharing all of their alleles) – or dizygotic (DZ: developing from two fertilized eggs and therefore sharing on average 50% of their alleles, the same level of genetic similarity as found in non-twin siblings). These known differences in genetic similarity, together with a testable assumption of equal environments for MZ and DZ twins (Bouchard & Propping, 1993) creates the basis for the twin design for exploring the effects of genetic and environmental variance on a phenotype (Neale & Cardon, 1992).

The basic logic of the twin study can be understood with very little mathematics beyond an understanding of correlation and the concept of variance.

Like all behavior genetic research, the classic twin study begins from assessing the variance of a behavior (called a phenotype by geneticists) in a large group, and attempts to estimate how much of this is due to genetic effects (heritability), how much appears to be due to shared environmental effects, and how much is due to unique environmental effects - events occurring to one twin but not another.

Typically these three components are called A (additive genetics) C (common environment) and E (unique environment); the so-called ACE Model. It is also possible to examine non-additive genetics effects (often denoted D for dominance (ADE model; see below for more complex twin designs).

Given the ACE model, researchers can determine what proportion of variance in a trait is heritable, versus the proportions which are due to shared environment or unshared environment. While nearly all research is carried out using SEM programs such as the freeware Mx, the essential logic of the twin design is as follows:

http://en.wikipedia.org/wiki/Structural_equation_modeling

Some of the more commonly used measures of fit include:

Chi-Square: A fundamental measure of fit used in the calculation of many other fit measures. Conceptually it is a function of the sample size and the difference between the observed covariance matrix and the model covariance matrix.
Root Mean Square Error of Approximation (RMSEA)
Standardized Root Mean Residual (SRMR)
Comparative Fit Index (CFI)

Автор: Death Jan 5 2009, 01:53

http://www.vcu.edu/mx/about-mx.html

Mx is a combination of a matrix algebra interpreter and a numerical optimizer. It enables exploration of matrix algebra through a variety of operations and functions. There are many built-in fit fuctions to enable structural equation modeling and other types of statistical modeling of data. It offers the fitting fuctions found in commercial software such as LISREL, LISCOMP, EQS and CALIS, along with facilities for maximum likelihood estimation of parameters from missing data structures, under normal theory. Complex 'nonstandard' models are easy to specify. For further general applicability, it allows the user to define their own fit functions, and optimization may be performed subject to linear and nonlinear equality or boundary constraints.

Continuous Data
Univariate
Saturated
Twins Only
No sex effects on variance
rawSAT1 :
Sex limitation
rawSAT2 :

http://www.psy.vu.nl/mxbib/mx_show_script.php?page=rawSAT1


! SCRIPT NAME    : rawSAT1.mx  (dp)
! GOAL        : To calculate saturated statistics & test assumptions on means and variances
! DATA        : continuous
! INPUT        : raw data
! UNI/BI/MULTI    : uni
! DATA-GROUPS    : MZ DZ
! MEANS MODEL    : grand mean mzt1, grand mean mzt2, grand mean dzt1, grand mean dzt2, age effect, sex effect
! VARIANCE COVARIANCE MODEL(S)    : saturated: varmzt1, varmzt2, vardzt1, vardzt2, covmz, covdz.
!
! Evaluated models
! 1.Test whether grand mean t1 = grand mean t2, within zygosity (birth order effect on mean)
! 2.Test whether grand means MZ = grand means DZ (zygosity effect on mean)
! 3.Test significance of sex effect
! 4.Test significance of age effect
! 5.Test whether variance twin1=variance twin2, within zygosity (birth order effect on variance)
! 6.Test whether variances MZ=DZ (zygosity effect on variance)

! Downloading Mx software: http://www.vcu.edu/mx
! Mx script's library: http://www.psy.vu.nl/mxbib
excl.gif!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!


#define nvar 1                ! number of dependent variables per individual
#define ndef 2                ! number of covariates per individual (age and sex in this script)

G1: calculation group
Data Calc NGroups=3

  Begin matrices;
    J full 1 nvar free          ! grand mean t1 mz
    K full 1 nvar free           ! grand mean t2 mz
    L full 1 nvar free          ! grand mean t1 dz
    M full 1 nvar free           ! grand mean t2 dz
    P Full ndef nvar Free        ! estimated effects of the covariates (sex age)

    A sym nvar nvar free           ! t1 mz var
    B sym nvar nvar free           ! t2 mz var
    C sym nvar nvar free           ! t1 dz var
    D sym nvar nvar free           ! t2 dz var

    G full nvar nvar free       ! cov mz
    H full nvar nvar free       ! cov dz
  End matrices;

! provide starting values
st 20  J 1 1 K 1 1 L 1 1 M 1 1
st 12  A 1 1 B 1 1 C 1 1 D 1 1
st 8   G 1 1
st 4   H 1 1
st 0.8 P 1 1 1
st 0.1 P 1 2 1

  Begin Algebra;
    E = \stnd(A|G_G|B);        !off-diagonal is MZ correlation
    F = \stnd(C|H_H|D);        !off-diagonal is DZ correlation
  End Algebra;

Labels row P sex_dev age_regr
end


http://boinc.almeregrid.nl/apps.php

Statistical analysis of twins - test version
Платформа Текущая версия Время сборки
Windows/x86 5.03 24 Jul 2008 12:27:33 UTC

http://server1.almeregrid.nl/testgrid/apps.php

flybye_carver
Платформа Текущая версия Время сборки
Windows/x86 5.16 24 Feb 2008 19:35:05 UTC
cargoship unloading is managed by the captain (cargocaptain, debug only)
Платформа Текущая версия Время сборки
Windows/x86 5.03 4 Apr 2008 0:05:17 UTC

Автор: nikelong Mar 6 2009, 21:52

Невероятно!
http://server1.almeregrid.nl/testgrid//top_teams.php?sort_by=total_credit

Мы действительно ЕЩЕ на первом месте остались! smile.gif)

Может стоит продолжить считать этот проект?

Автор: (_KoDAk_) Aug 11 2009, 11:07

Almeregrid сервер пока сдох
но ожил Almeregrid Testgrid

Автор: (_KoDAk_) Aug 11 2009, 13:48

и для тех кто непомнит тест версия ташит в кеш заданий сколько сможет
а может оченнььь много ,сотнями, правда заданий всегда мало но всеже учит обстоятельства
не удивляйтесьь куда денеттся несколько ГБ )))

Автор: Rilian Jan 21 2010, 17:22

В тестгриде попадаются такие интересные ВЮ

IPB Image

Автор: Rilian Jan 21 2010, 19:38

http://boinc.almeregrid.nl/testgrid/index.php

проект обнулен и теперь называется Testgrid 2

applicationов в нем нет. нечем считать ...

Автор: Rilian Jan 24 2010, 11:59

Testgrid

January 21 2010

The application from Erasmus MC called Correlizer works pretty well on MacOSX and Linux now. We have started with Windows/Intel. Seems to work too and we have entered into stress tests for the three platforms.

Автор: Rilian Jan 25 2010, 00:57

В тестгриде пачка жирных ВЮ

у меня в час на 2ГГц дают 25 очков

прикол в том что может приходить несколько задания для одной ВЮ на 1 комп, и если ваш комп просит больш очков, то при валидации вы получите больше (так как меньше конкуренция в пределах одной ВЮ).

клиенты есть под винду, мак и линукс

Автор: Rilian Jan 25 2010, 10:32

за ночь (10 часов) набрал 400 очков на 2.1ГГц процессоре

Автор: Rilian Jan 26 2010, 00:50

За день мною набрано 800 очков на 2ГГц

Кстати команду ЗА ДЕНЬ оттеснили на 3 место, и скоро такими темпами вообще вытеснят с топ10

Кроме (_KoDaK_)а кто-то еще хочет обороняться?

Сейчас тестируются задания "genome comparizon", а не карго-шипы

Автор: Death Jan 26 2010, 13:05

сколько трафа?
и проц оно кажется не юзает, но и не освобождает, как хал?

Автор: Rilian Jan 26 2010, 13:25

QUOTE(Death @ Jan 26 2010, 13:05) *

сколько трафа?
и проц оно кажется не юзает, но и не освобождает, как хал?

на Маке проц юзает по полной, на винде (у Кодака) вроде не на 100%. Занимает слот.

трафа в genome comparizon мало, десятки килобайт на ВЮ
памяти жрет 15МБ

как вариант на винде - юзать модифицированный боинк с двойным кол-вом ядер

Автор: Rilian Jan 28 2010, 12:38

я за 3 дня с ОДНИМ ноутом вышел на 15 место в мире в Testgrid winner.gif

http://server1.almeregrid.nl/testgrid/top_users.php?sort_by=total_credit

Автор: Death Jan 28 2010, 13:02

28.01.2010 12:39:59 AlmereGrid TestGrid - Boinc Sending scheduler request: To fetch work.
28.01.2010 12:39:59 AlmereGrid TestGrid - Boinc Requesting new tasks for CPU and GPU
28.01.2010 12:40:04 AlmereGrid TestGrid - Boinc Scheduler request completed: got 20 new tasks
28.01.2010 12:40:07 Project communication failed: attempting access to reference site
28.01.2010 12:40:07 AlmereGrid TestGrid - Boinc Started download of AM746676-1-5.bp.zLib
28.01.2010 12:40:07 AlmereGrid TestGrid - Boinc Started download of testin
28.01.2010 12:40:09 AlmereGrid TestGrid - Boinc Giving up on download of AM746676-1-5.bp.zLib: file not found
28.01.2010 12:40:09 AlmereGrid TestGrid - Boinc Giving up on download of testin: file not found
28.01.2010 12:40:11 Internet access OK - project servers may be temporarily down.
28.01.2010 13:00:27 AlmereGrid TestGrid - Boinc update requested by user
28.01.2010 13:00:33 AlmereGrid TestGrid - Boinc Fetching scheduler list
28.01.2010 13:00:38 AlmereGrid TestGrid - Boinc Master file download succeeded
28.01.2010 13:00:44 AlmereGrid TestGrid - Boinc Sending scheduler request: Requested by user.
28.01.2010 13:00:44 AlmereGrid TestGrid - Boinc Reporting 20 completed tasks, requesting new tasks for CPU and GPU
28.01.2010 13:00:49 AlmereGrid TestGrid - Boinc Scheduler request completed: got 20 new tasks
28.01.2010 13:00:51 AlmereGrid TestGrid - Boinc Started download of AM746676-1-5.bp.zLib
28.01.2010 13:00:51 AlmereGrid TestGrid - Boinc Started download of testin
28.01.2010 13:00:53 AlmereGrid TestGrid - Boinc Finished download of testin
28.01.2010 13:01:09 AlmereGrid TestGrid - Boinc Finished download of AM746676-1-5.bp.zLib
28.01.2010 13:01:09 AlmereGrid TestGrid - Boinc Starting cor6800_0
28.01.2010 13:01:10 AlmereGrid TestGrid - Boinc Starting task cor6800_0 using correlizer version 518
28.01.2010 13:01:10 AlmereGrid TestGrid - Boinc Starting cor6798_9
28.01.2010 13:01:10 AlmereGrid TestGrid - Boinc Starting task cor6798_9 using correlizer version 518

Автор: Rilian Jan 28 2010, 13:03

Death, поздравляю smile.gif

Автор: Rilian Jan 28 2010, 16:52

Замечено что 64-битные клиенты просят (и получают) больше очков чем 32-битные

например

64 http://server1.almeregrid.nl/testgrid/results.php?hostid=1410
32 http://server1.almeregrid.nl/testgrid/results.php?hostid=1409

Автор: Death Jan 28 2010, 22:05

eh, zabrosil ja poka enigmu. budu almer shitat ))

Автор: Rilian Jan 30 2010, 18:45

Вышел в топ-10 проекта

http://stats.free-dc.org/stats.php?page=users&proj=almt

Автор: nikelong Sep 18 2010, 11:03

Парни, кто уже считает этот проект: наша команда сейчас на 3-м месте, и следите за тем чтобы она с него не упала (!)

Invision Power Board
© Invision Power Services