Проект "RNA World (beta)"
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
additional participants will be allowed to participate presumably later this month. An appropriate announcement will be placed in the project's info section.
проект обещают сделать публичным к концу января 2010
2010-01-18: RNA World - Again more work
The server is currently preparing another set of approx. 8500 work units. Following that I will add even more. Our change in HR settings seem to work just fine so we are getting closer and closer to finally going public. However, it seems that our server might be too weak for full operation since it is also hosting the Yoyo@home project. As a consequence, we will move RNA World to a different machine. ;-) Michael.
регистрация пока закрыта
http://boinc.info/projects/www.rnaworld.de_rnaworld/
картинки проекта
могу поделиться видео молекулярной динамики транспортной РНК, сделанная в нашем отделе.
А то у Death-а статические картинки -менее неинтересно Если мне память не изменяет, то данное видео в пределах 1 нс, при температуре 37 по цельсию, давление 1 атм.
немного посчитал под админским акком.
то есть вот это то что происходит "в животе" за 1 нс?
эта траектория была посчитана в 2005 году где-то, на кластере КНУ. Этим я не занимался, но скоро буду ставить белково-нуклеиновые комплексы (эти 2 шт. тРНК + димер тирозил-тРНК синтетаза, которую можно увидеть в ролике о молдингриде).
Выглядит ли динамика так в клетке, ну приблизительно да..данная конформация была с учетом окружения молекул воды и солей, с определенной концентрацией. Вода и соли были удалены из визуализации.
Тоесть динамику в реальном времени зафиксировать почти нереально - будут одни смазы. Разве что понижать температуру, но от этого изменятся все показатели и самое главное сама конформация..
Есть еще метод Ядерно Магнитного Резонанса (ЯМР-спектроскопия, но это очень дорогое удовольствие + ограничение объектов до ~3000 атомов). Хотя тут получится ансамбль статических структур, а не динамика.
Мы стараемся для контроля сравнивать результаты после кристаллографии->динамика и ЯМР->динамика.. результаты достаточно схожи.
Сложность заключается в том, что любая структура, имеет большое количество локальных минимумов в своем энергетическом ландшафте (свободная энергия). Каждый локальный минимум соответствует стабильной конформации белка, чем их больше тем больше рецепторов для докинга получаем и тем больше результатов по эффективности или по безопасности. Есть переходящие состояния, это когда энергетика стремится преодолеть энергетический барьер, перейдя в другую конформацию, таким образом получается фолдинг. Но для этого нужно много времени в расчетах. Вот еще почему многие работают с маленькими объектами.
2010-01-25: The server is currently delivering another set of approx. 25.000 work units. After that, we will have to do some in-depth analysis of the results acquired so far and maybe use the idle time to migrate the server to a new machine which, hopefully, will be an Intel i7-based quad core with 12 GB of RAM and a dual 1.5 TB HD RAID system.
;-) Michael.
сцко лучше бы написал что паблик сделают чем квадами хвастаться.
2010-01-31: RNA World has successfully moved to a new server based on an Intel i7-920 Quad-Core machine with 12 GB of RAM and a dual 1.5 TB RAID system, as announced earlier. The server now also runs everything on a 64 bit basis, in contrast to the previous one where everything was 32 bit. As a consequence, a lot of stuff had to be de novo installed, recompiled and currently we run test work units to check for proper function of the system. If you receive an ERROR 403 please just clear your DNS cache (simply restart your machine) to solve this issue. Thanks to the many generous donations and Yoyos ambitious commitment we could put this significant project improvement quickly into practice. Please note that it might still be possible that we detect the one or the other issue.Michael.
Создание аккаунтов пока запрещено
вот что они собираются делатью
In its present form, RNA World runs a fully automated high-throughput analysis software version of Infernal1, a program suite originally developed in Sean Eddys laboratory for the systematic identification of non-coding RNAs. The goal of this RNA World sub-project is to systematically identify all known RNA family members in all organisms known to date and make the results available to the public in a timely fashion. With your help, we also aim at supplying established bioinformatic databases such as Rfam2 with our results to help reduce their future maintenance costs.
We now have to thoroughly test the new server, check the results and then new participants will be allowed. ;-)
Michael.
Мы сейчас тестируем сервер, потом проверяем результаты, и открываем создание аккаунтов ;-)
Майкл
ready steady GO!
ладно, пока просто приготовились )))
2010-02-02: We are currently looking for a few people willing to help in our testing efforts who exclusively use Windows 2000 as operating system. Please contact us.Michael.
В проект приглашаются счастливые обладатели Windows 2000 которые хотели бы протестировать проект на этих ОС (и сообщить о найденных багах)
кто заинтересовался, пишите на mw@rnaworld.de чтобы вам создали аккаунт
кто может поднять виртуалку? ))
регистрация открыта!
http://www.rnaworld.de/rnaworld/
есть ВЮ
2010-02-08: A warm welcome to the many newly registered participants. ;-) I will release a set of new work units today so that you guys get an idea about what computing for RNA World feels like. As always, we will be doing useful stuff, so these are no dummy WUs or so.
;-)Michael.
Проект довольно калориен!
Results ready to send 11,256
CMC work units available for Linux x64 systems
The new CMCALIBRATE (CMC) WUs for Linux x64 have been generated and uploaded to the server. Following their completion, a second set of CMC WUs will be released for Windows x64. Afterwards, results will be compared and then there should be no more WU shortage since on the basis of the CMC results we will most likely commence with CMSEARCH mass production. In parallel to this weekends CMC WUs, additional CMSEARCH WUs will be fed into the system to ensure that those of you who do not run Linux x64 systems will have something to munch on. For the CMC guys, please note as stated in the FAQ: You may experience huge hardware demands for some of these WUs with RAM requirements above 1.5 GB per WU and run times of maybe even a week. If you have a multicore machine, be aware that the RAM requirement in the worst case might have to be multiplied by your core number. Now you will understand, why we run CMC exclusively on x64 machines at present. Of course, I exaggerate a bit here, but it is better to be prepared than to experience unwelcomed surprises. I do not think that there is another DC project out there at present that beats us in what we have to demand from our participants. Consequently, your efforts are most welcome.
Michael. 13 Feb 2010 16:19:28 UTC
---
The current sets of work units have remarkably short run times, so our server is currently preparing WUs which are almost immediately getting downloaded and will be returned successfully within a few minutes - sometimes even just within a few seconds. So, the server intentionally gets some hard beating today. For us, this is important to check out the limits such that we can combine the work packet contents more effectively in the future, i.e. avoid releasing short WUs only, but sort of "sprinkle" them amongst larger ones. There is more CMSEARCH work in the pipeline and some time during the weekend I intend to put a set of "heavy duty" CMCALIBRATE work units online. For reasons of internal result comparison, this time, they will be assigned exclusively to Linux-64 machines.
Michael. 12 Feb 2010 15:48:57 UTC
в проекте не хватает машин с Linux running on an AMD x86_64 or Intel EM64T CPU
http://www.rnaworld.de/rnaworld/server_status.php
Обновлены часто задаваемые вопросы по проекту
http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/FAQ/en
Обновлена страница научных целей проекта
http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/Scientific_objectives/en
Были ВЮ
Сейчас осталось много вю под Linux x64
http://www.rnaworld.de/rnaworld/server_status.php
2010-03-04: The entire set of CMC work units for Linux x64 machines is almost complete now and so is the current CMS bundle. We have already prepared the first eukaryotic organisms which will cause significantly more traffic during download and correspondingly require more HD storage as well. As soon as the results have been assembled (a matter of just a few days), we will normalize the client server communication intervalls such that all the problems that occurred with the last CMS work units will not reappear. We will then release a set of CMC work units for Windows x64 only plus a first test set of the eukaryotic CMS WUs for all systems to check whether it runs smoothly. If that is the case, we will fill up the server with more work. Exact dates will be announced here. Thank you all for your patience and help with the trouble shooting.
Michael.
Вобщем, скоро будут ВЮ
Обещают новые ворк-юниты на этих выходных!
2010-03-06: This weekend we will release new work. As announced earlier, first we will send out two sets of CMC WUs exclusively for Windows x64 machines. These will be submitted this evening. In parallel to that we will upload our first CMS test set of WUs to analyze eukaryotic organisms including the human genome to all systems. Please note that these WUs will require a broadband internet connection since the sizes of the genomes of these organisms are one to two orders of magnitude larger than all what we have analyzed so far. Importanly, run times can be significantly longer as well with up to 100 hrs for a single WU.
Michael.
Будут новые задания по исследованию организмов-эукариот, включая людей , кроликов и танцующих бананов
Оптимизировали сервер и приоритеты подпроектов
Варнинг, ВЮ идут реально жирные, в требованиях от 950МБ памяти на ВЮ, но они могут сами увеличиваться до 2.8 Гиг (и это все на 1 ядро!)
замечено на заданиях с типами horse (лошадки), human (хумансы) и cattle (крупный рогатый скот)
3/9/2010 3:26:13 PM RNA World Message from server: No work sent
3/9/2010 3:26:13 PM RNA World Message from server: cmsearch needs 1907.35 MB RAM but only 511.48 MB is available for use.
3/9/2010 3:26:13 PM RNA World Message from server: cmcalibrate is not available for your type of computer.
В RNA World щяс идет пачка очень требовательных к памяти заданий проекта CMSearch, причем в них нету чекпоинтов (сохраняться нельзя). Замечены экземпляры до 7ГБ!
Проблема с памятью http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?f=75&t=10738, админы занимаются, дальнейшее тестирование в данный момент пока не нужно, поэтому рекомендую временно отключить проект на машинах с памятью меньше 4ГБ во избежание потери очков. На машинах с 2ГБ ВЮ вылетают довольно часто
Координатор проекта рассказывает о себе, о проекте, о том как устроена их работа итд. Довольно интересно
Just a few things for clarification (I always try to take comments serious although, sadly, sometimes people make it really very hard by the style they do communicate). RNA World is a bioinformatics project, so we do not need a lab at all. A few computers and a good webserver is sufficient. Still, as you can see from our cooperation partner list, we do clearly have the capabilities of performing lab experiments to validate our computational results. In fact, I work in an RNA lab every day with more than 10 years of practical experience in a diverse set of scientific fields. And yes, we do outsource server hosting to professionals while we keep server administration in house. This, to our experience, is the best and most economic way to do it. And we do indeed have at least some experience since we operate in DC for more than 10 years now. First we "only" participated in DC projects. Then we started the Yoyo@home project to help scientists not too firm with BOINC to acquire more volunteer support for their projects. We achieved that by wrapping a set of clients of non-BOINC projects we liked into the BOINC infrastructure and, apart from your crediting concerns, I think we did a nice job (and Yoyo is the driving force here). This scenario allowed us to gain a lot of practical experience over many years in this "business" (yeah, I hate that word in this context); also in terms of user requirements and support. And now, we are implementing our own scientific project in which we use established software plus own software developments to put into practice our own research ideas. You can say that we have evolved from a DC community to DC project developers. So, what is bad about that?
Finally, concerning myself (since you addressed this issue), maybe you have overlooked that I am not a Ph.D. student; I am holding a doc degree in natural sciences (Dr. rer. nat., chemistry) for quite some time now and I am the principal investigator at Rechenkraft.net you were seemingly looking for (and yes, I do not get paid for doing that like nobody at Rechenkraft.net gets paid for anything; it is just our spare-time interest but that has lasted in a sustained manner over a decade). That said, I would like to say that - as we witness in DC every day - volunteers can contribute significant efforts towards achieving meaningful scientific results. Hence, I do not give much on degrees (although from your writing it appeared to me that it seems important to you). Rather, a nice style of cooperative working together is what I have in mind where everybody can input small ideas. That, taken together, will ultimately give a nice overall picture. I believe, DC is not at all about competition as always claimed. If you look a bit beyond competition in terms of who has the fastest machine, you will find that a bigger goal is achieved COOPERATIVELY. And that, to date, to my opinion, is the most powerful principle in nature - not competition. But maybe let us better keep that aside for now. So to say as a philosophical side remark...
Michael.
пост: http://www.free-dc.org/forum/showpost.php?p=142234&postcount=38
весь топик: http://www.free-dc.org/forum/showthread.php?p=142234
3/14/2010 7:57:47 PM RNA World Message from server: cmsearch needs 3814.70 MB RAM but only 511.48 MB is available for use.
геномы у млекопитающих беспощадны к оперативке
tiss, если на компе есть свободная оперативка, то почему бы и нет? если нет оперативки - не считайте
если данные такие большие, и задача не распараллеливается (на данный момент), то что делать?
Ну, я говорю в общем случае (если память есть, бла бла ...)
RNA находится в стадии beta-тестирования, поэтому особой срочности в ресурсах нет
Теперь на каждой ВЮ написано сколько она будет примерно считаться на "стандартном" 2.6ГГц компьютере
Пример можно посмотреть тут: http://www.rnaworld.de/rnaworld/workunit.php?wuid=511684
---
YuRi, не хот. копипастить 100499 сообщ. с нашего и оф форума
А чекпоинты они так и не прикрутили? А то помоему вю на полторы недели без ЧП уже перебор...
Сегодня появились задания с небольшими требованиями к оперативке. У меня пара компов с 2ГБ памяти уже успели посчитать штук 30 ВЮ за полдня
20.03.2010 23:27:26 RNA World Message from server: cmsearch needs 3814.70 MB RAM but only 863.25 MB is available for use.
Есть немного ВЮ, не требовательных к памяти
http://www.rnaworld.de/rnaworld/server_status.php
Обновлены http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/Scientific_objectives/en
Добавлен проект T-box
* The T-box leader is part of the 5' end of a number of mRNAs and represents an RNA element that serves a regulatory function in controlling protein production by interacting with non-charged tRNAs.
In this project, the RNA World supercomputer is utilized to identify T-box elements throughout the kingdom of life.
Снова есть ВЮ для компов с малым кол-вом памяти
Для большей эффективности рассчетов, установите http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=2322 и добавьте в его список "cmsearch"
http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/Scientific_objectives/en завершена. Можно переводить
The first set of WUs dealing with our tuberculosis project is now ready for processing. These WUs should have quite heterogeneous run times of up to a maxmum of 10 hrs (on an Intel i7 020 Quad-Core CPU) and should be devoid of RAM or traffic problems. I hope that even those that had problems with our last set of huge CMS WUs will consider participating again since I believe this is a very interesting research project.
During my travels in India I arranged for cooperation with scientific labs that have a S3 security license which is actually the second highest security status known. So, we will grow and analyze even the virulent Mycobacterium tuberculosis strains to validate our computational results. 8)
Michael.
Есть несколько тысяч туберкулезных ВЮ! ВЮ будут доступны примерно несколько дней (админы говорят что очень много в очереди)
http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?f=75&t=10826
http://www.rechenkraft.net/phpBB/viewtopic.php?f=75&t=10832, что скоро будут бейджики разных биологических подпроектов!
Кстати, туберкулез кранчится хорошо. 1 час на ВЮ на 2.0ГГц, и занимает 20МБ памяти
Присойдинился!! ))
Я вот тоже присоединился недавно. Но у меня чото не считается или это оно так и должно считатся Приложение cmsearch 0.13, задания Myctu начинает и сразу заканчивает и пишет ошибка вычисления. Ничо не пойму
аа, уже ясно. жаль
10.04.2010 8:43:27|RNA World|Message from server: cmsearch needs 3814.70 MB RAM but only 3223.42 MB is available for use.
10.04.2010 8:43:27|RNA World|Message from server: (there was work but it was committed to other platforms)
в настройках боинка поставь 100 процентов памяти во время работы
upd by rilian: на машине всего 3.5ГБ, так что тут надо ставить сразу 125%
Corsar83, а зайти хоть раз в результат ВЮ и посмотреть что за ошибка?
http://www.rnaworld.de/rnaworld/results.php?hostid=3290
<core_client_version>6.10.24</core_client_version>
<![CDATA[
<message>
CreateProcess() failed - Отказано в доступе. (0x5)
</message>
]]>
Все там с памятью нормально, задания на 20МБ появляются каждые несколько часов. У меня нет компа больше чем с 2ГБ памяти и я уже насчитал 10к в проекте
А чего оно выдаёт это сообщение, не нравится версия клиента?? Что сделать чтоб заработало?
таки каспер блокировал, заработало . Посчитало за 3 минуты 33 секунды Интеренсая графика у них через флеш плеер.
А еще вопрос чего оно не берёт задания под
10.04.2010 14:26:02|RNA World|Message from server: cmcalibrate is not available for your type of computer.
Это какой тип компьютера ему нужен
State #
Results ready to send 13,302
Results in progress 29,872
Вышли на 40 место в мире. По ППД - на 25м
http://boincstats.com/stats/team_graph.php?pr=rnaworld&id=671
Команда набрала 50000 очков
В клубе 10000 уже 3 человека: Remmer, Vzhik, Rilian
-------------
по поводу начисления очков. Кворум - 2 таска на ВЮ. Берется меньший claimed credit, и умножается на 2. Довольно калорийно
еще 50 тысяч туберкулезных ВЮ!
Database/file status
State #
Results ready to send 50,485
Results in progress 29,334
----
re_SET, приветствуем в клубе 10к
Я и тут уже!
А где , собственно , выкладываются результаты проекта?
Подключится - то хорошо , да вот свободных работ на сервере нет
P.S. А на русском нет?У меня с английским научным не очень
Задания есть, тока что парочку скачал
Как-нибудь переведем научные цели. Если кратко - составляется "карта" РНК разных организмов, и в этой базе ищутся совпадения.
Ага.Спасибо =)
Кстати , только что посмотрел , Наша команда уже на десятом месте!
Хм , странно.Почему-то новые задания не скачиваются.
В BOINC'e есть кнопочка обновления?(я таковой не нашел)
10 место по скорости
http://www.rnaworld.de/rnaworld/top_teams.php?sort_by=total_credit&offset=20 мы на 30 месте
Еще прорвемся=)
Кнопка "Обновить" проект - первая сверху слева
Задания могут не скачиваться если у тебя уже заполнен кэш (в том числе - заданиями других проектов)
кэш выставляется в Preferences -> Network -> Work buffer size - значение в днях
если комп 24/7 онлайн, то рекомендую кэш поставить на 0.1 или меньше
Спасибо=)
Не , кеш у меня не заполнен.Только сейчас заметил обновление=)
И по SETI мне уже выдали 22 очка!Мой первый заработок=)
Маленькие задания такие по 40-50 секунд. Качаются сегодня чото по одному токо. Кеш вроде и не заполнен
Может чото в насторйках проекта поменять?
Computer is connected to the Internet about every
(Leave blank or 0 if always connected.
BOINC will try to maintain at least this much work.) 0 days
Maintain enough work for an additional 0.25 days
Эт у них сейчас еще бета , и мне кажется , они просто проверяют работу .У меня тоже самое.
Results ready to send 107,631
но клиент заданий не получает
думаю скоро исправят. там несколько активных админов
17.04.2010 12:53:22 RNA World Message from server: cmsearch needs 343.07MB more disk space. You currently have 610.60 MB available and it needs 953.67 MB.
Набрал несколько десятков заданий в кэш
Это хорошо. Но большинство заданий и так очень маленькие до 1минуты, по 1-2 часа попадаются редко, а больше вобще не видел (наверно для линуха есть). Куда их ещё меньше делать При таких размерах и скорости расчёта комп простаивает, не успевает загружать. Короче это хорошо есть будет есть мало RAMa, но было бы не плохо ещё пообъединять эти мелкие задания. Хотяб до 30 минут расчёта
в подпроекте MucTu ВЮ идут на 1-2 часа
в Muc Tu -p идут на 15 часов
в Muc - на пару минут
Database/file status
State #
Results ready to send - 6,532
Есть ВЮ проекта GA
Столько заданий уже. Пора выходить из беты и народ набирать
Есть 16-часовые ВЮ cms_GA[ECOLI-lin64s]
за каждую дают over9000 9001 очков
2010-04-26: As you may have seen, in parallel to the tuberculosis project, we have also initiated the systematic genome annotation analyses (GA projects) in order to globally map the presence of non-coding RNAs.
Michael.
Как вы уже видели, параллельно с проектом по изучению туберкулеза, мы также начали систематические анализы аннотаций генома (genome annotation analyses) чтобы выявить глобальное распределение не-кодирующих РНК.
http://www.rnaworld.de/rnaworld/team_display.php?teamid=671 набрали 100000 очков
опустились на http://www.rnaworld.de/rnaworld/top_teams.php?sort_by=expavg_credit по ППД
и поднялись на http://www.rnaworld.de/rnaworld/top_teams.php?sort_by=total_credit&offset=20 по очкам
Выдача ВЮ временно приостановлена
в проекте попадаются очень маленькие ВЮ (на 1-2 минуты) и их очень много. Чтобы не нагружать сеть частыми запросами, они будут считать такие ВЮ у себя на сервере, и сейчас переделывают инфраструктуру под это.
2010-04-28: ...due to improvements we are currently working on to process the tiny WUs on the server in the future. The background of this is that batches of very short WUs cause severe server stress regarding the number of connections and MySQL requests despite our good server hardware specifications. Since these small WUs will re-occurr in future projects as well, we need to do something about this. At present, we have implemented a server response delay which is causing many machines to sit idle exclusively once these small WU batches enter the system. These are usually consisting of plasmids or phages with very short DNA sequences and are consequently processed within just a few minutes - sometimes even shorter depending on your hardware - and therefore the server contact frequencies are massively increased. We could solve the issue by just adding a couple of additional servers as put into practice by some of the bigger other DC projects. Unfortunately, our current project budget does not allow for such a solution, so we decided to process these small WUs on one or two of the server cores in the future.
Michael.
мускул дохнет на 5-10 запросах в секунду.
разнесли бы базы по рейдам, фигли.
или назначили бы в боинке раздавать такие ву тачкам с самыми слабыми процами.
Death, там на сайте кнопочка Donation есть, можешь профинансировать новый сервер.
Проблема с маленькими ВЮ заключается в том что по ВЮ трудно точно предсказать сколько она будет считаться
думаю для Украины тоже актуально:
Группа ученых под руководством Нималана Аринаминпати (Nimalan Arinaminpathy) из Оксфордского университета (Oxford University), Великобритания, провела исследование, в результате которого пришла к выводу, что из-за кризиса странам Балтии угрожает эпидемия туберкулеза, сообщает Reuters. В особенной опасности, по мнению ученых, находится Латвия.
Туберкулез является одной из трех основных болезней, связанных с бедностью. Другими двумя являются http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=911 и http://distributed.org.ua/forum/index.php?showforum=85. Ученые создали модель, базируясь на экономических данных и данных о заболеваниях туберкулезом, и на основании этой модели предсказали увеличение количества туберкулезных больных в Латвии, Эстонии и Литве в ближайшие годы.
Если говорить о деталях исследования, то было изучено влияние ситуации 1990-х годов, после развала Советского Союза, на рост заболеваемости инфекционными болезнями. Эпидемиологи обнаружили, что между этими явлениями есть связь. Отсюда они выводят вероятность того, что после нынешнего финансового кризиса история может повториться. Как заметил доктор Аринаминпати, основной причиной увеличения количества заболеваний туберкулезом стало значительное уменьшение средств, тратящихся на здравоохранение.
http://www.vokrugsveta.ru/news/8986/
Cейчас пошли ВЮ на 1-2 часа
btw
I'm currently improving the wu-generator to run short workunits localy. Therefore the wu-generator is currently stopped.
yoyo
Всем привет! Я из конкурирующей организации, сильно не колотите. У вас тут ветка хорошая. Решил писнуть эссе о том чего считаем тодэй. Интересно же, в конце концов, стало.
Agrobacterium vitis, Agrobacterium tumefaciens- возбудители "бактериального рака" растений и оппортунистических инфекций у человека, Второй используется в генной инженерии для трансформации растений (привет, ГМО), Agrobacterium radiobacter K84 - пестицид, контролирует рост второго как ни странно;
Anaeromyxobacter dehalogenans - может переводить растворимые соли урана в нерастворимую форму, снижая тем самым риск радиационного заражения почвенных вод;
Acinetobacter baumannii - устойчивый ко всем антибиотикам злой бактер: http://www.antibiotic.ru/index.php?article=1307;
Acidovorax citrulli - бактериальная пятнистость плодов растений;
Acidithiobacillus ferrooxidans - экстремальный ацидофил (способны выживать и размножаться при понижении pH раствора вплоть до 2), способны выдерживать высокие концентрации тяжёлых металлов и окислять металлическое и двухвалентное железо и выщелачивать тяжёлые металлы из руд;
Acholeplasma laidlawii - живучая микоплазма, возбудитель болезней растений, животных, человека, клетки A.laidlawii способны переносить высокие концентрации тетрациклина, сохраняя при этом свою жизнеспособность, и даже могут делиться при критических концентрациях антибиотика.
Aggregatibacter actinomycetemcomitans - капнофил, один из возбудителей периодонтита (Atopobium parvulum туда же). И куча других экстремофилов и археев (тысячи их );
Aeromonas salmonicida, Aliivibrio salmonicida - возбудители серьёзных бактер. инфекций промысловых рыб.
Actinosynnema mirum - продуцент нокардициновых антибиотиков;
Azotobacter vinelandii - кладезь ферментов (фунгициды, полисахарид для вытеснении нефти из истощенных скважин) и большая радость для геномики. http://www.azotobacter.org/
Azoarcus - просто интересная бактерия;
Acaryochloris marina - "инфракрасная бактерия" - http://www.izvestia.ru/news/news162757 (снова привет ГМО );
Anaplasma phagocytophilum - возбудитель гранулоцитарного анаплазмоза (эрлихиоза) http://encephalitis.ru/index.php?newsid=122.;
Actinobacillus succinogenes - продуцент янтарной кислоты (химическое производство токсично и взрывоопасно, для пищевой промышленности и медицины её получают из природ. янтаря, на её основе, например, изготавливаются биодеградируемые полимеры и пр.). Биосинтез рулит.
Arthrobacter chlorophenolicus А6 - интересна для биоремедиации т.к. перерабатывает такую дрянь как дву-замещенные фенолы - 4-хлорфенол и 4-нитрофенол (диоксины) и способна к выживанию в суровых условиях, таких, как низкие температуры и отсутствия питания в почве.
Arcobacter butzleri - патогенная для человека палочка, обнаружена их взаимосвязь с хроническими заболеваниями кишечника с последующим развитием злок. новообразований, прежде всего кишечной лимфомы.
Arthrobacter aurescens - используется для биосинтеза, например, никотиновой кислоты и ее амида (витамин РР или Вб);
Anaplasma marginale - возб. анаплазмоза крупного и мелкого рогатого скота;
Actinobacillus pleuropneumoniae serovar-3,7 - возбудители болезней ВДП свинок.
Вот такие задания идут сейчас.
Привет! За инфу спасибо. Народ хоть знать будет, что считает.
2010-06-25: Just a short note on the latest developments: I am currently experiencing remarkable interest in our project at the RNA conference in Seattle. It seems that quite a number of people is interested in cooperating with us in the future. Some of these people do have full trancriptome sequences available that would help us to validate our computational results on a lab experimental basis. So, I think these are really exciting news.
Michael.
Решил перевести страничку "Описание проекта". Вот что получилось. Не хуже чем у драгдискавери, как считаете?
http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/Projectdescription/ru
Salmonella,
Отличная работа! Но...может быть вскользь - но упомянуть наш сайт или линк на эту тему на той странице?
Чтобы людей из Украины соорентировать...
Реквестирую в шапку инструкцию как подрубиться по слабому ключу на коммандный аккаунт distributed.org.ua (если это возможно).
П.с в этом проекте компндный аккаунт не на том кросс-проджект ай-ди, что в остальных.
As announced, the second Rfam 10.0-based CMCALIBRATE WU set has been uploaded to the server and will be processed as soon as the current WU archive generation (CMSEARCH) has completed.
Бактерии открыли окно в прошлое
16.03.2009
Некоторые бактерии умеют плавать, видоизменяться и переносить вирусы – и все эти способности исправно работают, несмотря на отсутствие у этих микроорганизмов ДНК. Исследование такого вида одноклеточных существ дает ученым возможность узнать, как выглядели первые представители органической жизни на Земле.
Теория о том, что при своем зарождении организмы не имели ДНК, находит множественные подтверждения в ходе различных исследований. Для обозначения подобных форм существования в лексиконе ученых давно появился термин «РНК-мир».
Микробиологи из Йельского университета изучили, как бактерии обретают свои необычные свойства, и это знание позволит заглянуть в далекое прошлое и представить себе ранние формы жизни. Оказалось, что одноклеточные могут активизировать свои навыки при помощи РНК, которые принято считать побочным набором кислот, интерпретирующим команды ДНК и создающим протеины.
Конечно, протеины исключительно важны для функционирования любого организма, однако функции РНК тем не ограничиваются. Эти кислоты также играют неожиданно большую роль во всех проявлениях клеточной активности.
Исследования американских ученых наглядно продемонстрировали, что не всегда для работы фундаментальных способностей клеток нужны протеины. Руководитель проекта профессор Рональд Брикер уверен, что подобный внутриклеточный механизм был свойственен и обитателям древнего мира.
Версия для печати
Шрифт
Послать другу
Главным результатом работы Брикера и его подопечных стало описание процесса переключения молекул РНК, известных под названием цикличный дигуанилейт (di-GMP). Эти крошечные компоненты РНК отвечают за включение и выключение работы тех или иных генов, и именно их деятельностью обусловлены умения бактерий плавать, застывать на месте и объединяться с другими одноклеточными в симбиотичный организм – биофильм.
Цикличные дигуанилейты состоят всего из двух мельчайших компонентов РНК – нуклеотидов, однако способны запускать огромную (по клеточным меркам) структуру – рибопереключатель. Этот элемент РНК обычно занимается тем, что, получив инструкции от ДНК, определяет – какие гены включить. В случае бактерий, когда нет источника команд, рибопереключатель становится объектом манипуляций дигуанилейтов.
Полученные результаты исследования помогут ученым узнать больше о структуре клеток и об их функционировании. Кроме того, на основании полученных данных, возможно, получится воссоздать картину зарождения органической жизни на Земле.
Сам Брикер сравнил свои открытия с поисками Эльдорадо. «Мы представляли, что где-то в этих джунглях находится затерянный РНК-город. И мы просто пошли в нужном направлении и нашли его», - говорит ученый.
http://www.pravda.ru/science/eureka/discoveries/16-03-2009/304760-rnaworld-0/
2010-09-19: After the RNA World project presentation at the RNA 2010 conference in June in Seattle/USA and a seminar talk given at the Massachusetts Institute of Technology in Cambridge/USA on 9th of September, the RNA World project team currently presents the RNA World distributed supercomputer project outline and some of the acquired results at the 126th conference of the Gesellschaft Deutscher Naturforscher und Г„rzte e. V. (GDNГ„) in Dresden/Germany (Twitter tweets).
Michael.
http://www.rnaworld.de/rnaworld/forum_thread.php?id=65
New binaries for Windows machines
As of today, new binaries for CMSEARCH have been released for Windows 32/64 bit systems. These should solve a bug which was identified with a very demanding subset of WUs. Our tests have shown that this bug should no longer occur. New binaries for Linux machines will be released soon as well. We are currently testing some additional speed improvements for Linux using the Intel compiler.[indent]
New binaries for Linux
In the meantime we have also replaced the Linux CMSEARCH x32/64 binaries. In a few days, we intend to again change all binaries to add another approx. 10% performance improvement by usage of the Intel C++ Compiler (yes, AMD CPUs will profit the same way as Intel CPUs do). Michael. 9 Oct 2010 16:33:44 UTC · Комментарий
Ваще офигели cms_GA[e30-50MB_Lin64s]_Oryzias-latipes-(Japanese-medaka)_DG000017.lin.EMBL_RF00640_MIR167_1_1284912637_49484
Completed and validated Runtime 378,386.23 Granted credit 2,294.95
ППц 4 суток считать хрень какую-то...
tiss, 22 очка в час, довольно неплохо...
RNA World: Reorganization of the CMSEARCH application
2011-03-14: We are currently working on reorganizing the CMSEARCH application into two variants of which one will run a combined package of many very small WUs while the other runs the rest (the default CMSEARCH) WUs. With this we intend to achieve three goals. First, the combination of many tiny WUs into one package tremendously reduces the client-server communication load: a big relieve for our server which will make it significantly more stable even during team challenges and races. Second, the packaged WUs will write a checkpoint after each completed sub-WU. Third, because the users will be allowed to opt in or out for each of these two CMSEARCH variants there will be much more flexibility at the user's end to control maximum CMSEARCH runtimes
Начался "вирусный" прожект.
http://docs.google.com/viewer?a=v&q=cache:OQlSnRMXNdQJ:www.oncology.tomsk.ru/nii/journal/2003/4/information/soj_2003_4_28-35PDF.pdf+%D0%9E%D0%BD%D0%BA%D0%BE%D0%BB%D0%B8%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B5+%D0%B2%D0%B8%D1%80%D1%83%D1%81%D1%8B+%D0%BF%D0%B0%D1%80%D0%B2%D0%BE%D0%B2%D0%B8%D1%80%D1%83%D1%81&hl=ru&gl=ru&pid=bl&srcid=ADGEEShHQhjU- YILgL_22ZPts5BaUd8jbo3GNkyh6QbD0og1hzsN3IjDidUzYykWFCI0BJ5SlvsPzGjFi3DbfXKPQz2q2kSto7IGvtZtbCxMOaw5d
9hzd0_5y6QCOOIYOPKJ1FtOc6Im&sig=AHIEtbQTU8SA-s5LfHXN9N1zGH2GNCiQEw в расчётах (Парвовирусы и др.).
Заданий немного.
Помогите команде Украины стать обратно на 9 место в DC-Vault -- в RNA мы на 48 месте о_О!
http://dc-vault.com/showteam.php?team=433
У них сейчас только "жирные" задания. Маленькие закончились.
Ребята, привет!
Присоеденился и к этим исследованиям.
Может подскажете, где отдельно можно скачать ядра:
cmsearch_0.04_windows_x86_64.zip
graphics_0.01_windows_intelx86.zip
cms_GA-p[e1-5MB_Lin64f]_10_Candida-albicans-WO-1_CH672349.lin.EMBL_RF00667_mir-33_1317829100_37691-in.zip
Понимаю, что возможно глупо, но новичек, и еще не разобрался где что искать.
Помогите!
Їх же БОЇНК сам вантажить з проекту , коли ти перший раз вантажиш відповідне завдання - і так у всіх проектах.
Лише іноді проекти дають можливість їх вручну качати.
А так - можливо тільки хтось із тутешніх може перешле.
А цікаво - яка різниця між BOINC сам своїм ходом все качає і ти качаєш вручну? Одні й ті самі файли того ж розміру - навіщо вигадувати геморой?...
EDIT: Коротше вручну майже ніколи ніхто не качає застосунки/пріложенія/applications - боінк сам їх качає.
Іноді просто якийсь тип завдань проект не видає (бо не приготували і т.п.)
Часто проект сам вирішує які завдання тобі висилати а які ні - в залежності від машини (пам’ять, процесор і т.д.)
От коли таке-то завдання тобі приходить - то разом із ним приходить оте "ядро" - ну застосунок/пріложеніє/application - все це на автоматі.
Якшо ти хочеш вручну вибрати які завдання ти хочеш рахувати а які ні - то зайди на свою сторінку налаштувань проекту - http://www.rnaworld.de/rnaworld/prefs.php?subset=project - а там постав галочку тільки навпроти тих, які подобаються.
І якшо не хочеш більше ніяких інших то не забудь забрати галочку навпроти "If no work for selected applications is available, accept work from other applications?"
А вже в боінку у себе натисни "Оновити"/Update на цьому проекті (у закладці "Проекти"/Projects) - і якшо такі завдання є - вони тобі повинні піти - разом із всім шо треба.
Хіба шо ти якось так встановив, шо у програми БОІНК нема якихось дозволів - то можливо це і треба справити - шоб ти не мучився вручну все це качати, бо так не повинно бути.
Володимир, ймовірно у DarkWater з якихось релігійних причин заборонено качати exe на рівні проксі.
если тебе нужны эти файлы и ты уже присоединён к проекту - сделай поиско по своему компу по имени этого файла. если ты считаешь проект, то эти файлы у тебя точно есть.
Штуки три. Но все - квады!
Добавил памяти до 8 гиг
полезно для этого проекта
2011-11-28: The RNA World team would like to thank Ton van Born for the generous donation of valuable server hardware. Among the three donated machines is a dual Opteron board equipped with two Dual-Core AMD Opteron processors (Opteron 2218 @ 2.6GHz), 32 GB of RAM, 8 TB HDs in a RAID6 array, 2x GigaBit network adapters and a dual power supply. This equipment will certainly help us to overcome a number of performance issues we experienced in the past. Thanks a lot Ton!
Привіт. До початку челленджу праймґрід вирішив порахувати РНК, оце тепер продовжую.
Але почала ставатися якась фігня.
і5-2500, 8Ґіґ пам'яті
Лінукс Убунту Онеірік 64біт (всі бібліотеки вроді останні - окрім glibc 2.4 - ніяк не знайду)
БОЇНК 6.12.34
тепер фігня - на деяких завданнях (будь-яких як впопад) майже під кінец обрахунків випадає у помилку (compute error),
це стається одночасно коли їхні процеси (cmsearch) раптово випригують із гілки боїнк (тобто стають окремо від ієрархії боінк) - і погинають плодитися як холєра і забивати всі процесорні ресурси....
- після того всі наступні РНК завдання на самому початку випадають.
Спочатку я вбивав все, перезавантажував проект (скидав наново) і перецевочкував боінк.
Але в останній раз побачив шо достатньо одразу зупинити обробку РНК завдань, а потім просто повбивати всі процеси cmsearch які якогось чорта повискакували з гілки/ієрархії процесів боінк, і все знов пішло.
Вроді рішення є - але не пасти ж мені цю фігню постійно.
Коротше хтось знає шо це таке та як лікувати??
Шукав у них на форумі є нічого толкового не зобачив (окрім десь шось сказали про бібліотеку glibc вер. 2.4 - яку чомусь не знайти у репозиторії пакунків під мою версію лінуксу)
Якшо є рішення, то буду дуже вдячним. А нє,- то буду пасти
а апт-гет апгрейд не помогает?
мне кажется ті ещё долго будешь искать глибц 2.4
Current Status
The current stable version of GLIBC is 2.15. See the NEWS file in the glibc sources for more information.
Latest News
2012-03-21: GLIBC 2.15 released.
пля - якого фіга тоді на РНК ворлд форумі дали версію 2.4 ??? може помилилися.
Я якраз перевіряв, у мене якраз 2.15 (вчора обновив)
Коротше дякую за інфу, буду розбиратися.
2012-04-13: RNA World - Results, presentations, publications summary section updated
We just updated our http://www.rechenkraft.net/wiki/index.php?title=RNA_World/Project_results,_presentations_and_publications/en on the project website to give a more complete overview of the project achievements so far.
Коллеги, подскажите пожалуйста: после приостановки задачи попытка продолжить обработку приводит к пересчету почти с начала - это нормальная ситуация? Промежуточные результаты получается не сохраняются?
Приветствую и я команду!:)
Да - действительно - помогло. Спасибо за оперативный ответ
Расчеты произвожу на буке - соответственно, его иногда приходится выключать. А задания достаточно ресурсоемкие - 100 часов - это прилично
Рахую цей проект зараз, але окрім DarkWater мене і ше декількох з наших майже ніхто не рахує. Нас тут доганяють та переганяють по чорному
Задачи слишком объемные - после двух задач на 8 часов мне шлют задачи на 30 часов минимум... Может зажрались?
190:54:30. 190 часов! Хорошо, если в месяц уложится. Хотел возмутиться, но вижу это нормально) А как открючить скринсейвер этого приложения, и обратно вернуть boinc?
Парни, как отключить эту штуку? седьмая винда.
Asket, а что собственно нада "отключить"?
Постоянно запускается флеш плеер с моделью РНК. Отключил заставки и скринсейверы, но ему все нипочем.
ps эти задания, это нечто. Одно 320 часов, другое 240, а отправить нужно до 03.08
Asket, а в операционной системе можно выключить ?
Asket, чисто мои догадки:
а) возможно у тебя обычный вид боинк-клиента. Переключись в "расширеный режим".
б) возможно на сайте в панели управления проектом есть опции по выводу графики. Ну там например "использовать 5% ЦПУ для графики....", или шото подобное. Попробуй 0 поставить.
Спасибо за ответы.
Rilian, да, на семерке это : правая кнопка мышки на раб. столе-> персонализация -> (справа снизу ) заставка. Но отключается вся заставка - логотип boink с названиями запущенных проектов, процентажем и сама графическая модель РНК (будь она неладна). (хотя, перед твоим сообщением я пробовал отключить таким же способом и ничего не вышло, заставка отключилась только после перезагрузки, или после того как слетело задание, не знаю что было причиной, а что следствием ). Хочу отключить только визуализацию РНК, как было до того, когда я начал считать RNA World.
nikelong, а) я в расширенном режиме - ничего для отключения графики не нашел.
б) действительно, на сайте было "20% ЦПУ для графики...". Как-то не додумался, что можно еще и в профиле настраивать, а не только в клиенте boinc. Сбросил на 0, сохранил, но пока результатов нет. Возможно, необходимо какое - то время?
Йо!
application cmsearch XXL (long) 1.0.2
Старт 17 Aug 2013, 15:44:18 UTC
Фініш 2 Oct 2013, 13:55:33 UTC
квад 9450@3.2G
Credit 98,989.81
Computing status
Work #
Tasks ready to send 2
Tasks in progress 172
Workunits waiting for validation 0
Workunits waiting for assimilation 0
Workunits waiting for file deletion 0
Tasks waiting for file deletion 2
Transitioner backlog (hours) 0
Сервер http://www.rnaworld.de/rnaworld/forum_thread.php?id=117 мигрировал в конечный пункт назначения. Скоро поделятся информацией о новой лаборатории RNA World.
25 марта собираются искусственно обесточить оборудование, чтобы проверить аварийные системы питания, поэтому сервер RNA World может быть временно недоступен.
Цікаве відео, яке показує яку цінність має вивчення структури RNA для науки
http://ga.video.cdn.pbs.org/videos/nova-labs/e916e6a4-6cc0-4493-b4e7-b774532403a3/127242/hd-mezzanine-16x9/rna_enigma_final_bug-16x9-mp4-baseline.mp4
Invision Power Board
© Invision Power Services