Проект "Simap"
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дякую за інформацію. Цікава стаття і цікавий проект
Всім привіт. Нижче наведено опис проекта http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/
Про SIMAP
Що таке SIMAP?
SIMAP - база даних подібностей протеїнів. Вона містить майже всі опубликовані протеїнові последовності и постійно оновлєються. Протеїнові послідовності обчислюються з використанням алгоритма FASTA, який забезпечую оптимальні швидкість та чутливість. SIMAP - єдиний відомий нам проект, що поєднує виключне покриття всіх відомих протеїнів та можливості інкрементального оновлення.
Для чого використовується SIMAP?
Величезна кількість відомих протеїнових послідовностей в публічних базах даних не дозволить в найближчому майбутньому експериментально описати більшість з них. Однак, протеїни, отримані від загального предка, часто мають ті ж самі функції (так звані ортологи - orthologs). Таким чином виявляється можливим вивести функцію ще неохаракеризованого протеїна з ортолога з відомою функцією. Широко відомі приклади - дослідження генів та протеїнів миші. Їх результати виявилися в багатьох випадках справедливими і для людських генів та протеїнів. Подібності протеїнів надають інформацїю про зв'язки між протеїнами та є необхідними для передбачення ортологів. Існуєт багато біоинформаційних методів, що спираються на подібності протеїнів. Наша база даних подібностей протеїнів надає заздалегідь обчислені дані про подібність та представляє відомий простір протеїнів. Це відкриавє абсолютно нові перспективи у порівнянні з методами, що використувуються для повторного обчислення даних такого роду. SIMAP регулярно оновлюється. Матриця подібностей розширюється по мері появи нових послідовностей. Використання SIMAP повністю безкоштовне для освтніх цілей та публічних досліджень.
Навіщо нам потрібні розподілені обчислення для SIMAP?
Вартість обчислень даних про подібності є пропорціональною до квадрату числа послідовностей, що в ній містяться. Таким чином, обчислювальні зусилля для підтримання матриці в актуальному стані постійно зростає. Наших внутрішніх ресурсів, які роками виконують обчислення для SIMAP, більше не вистачає для відстеження нових послідовностей. Ось чому ми реалізували SIMAP-кліента для платформи BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), в основі якого полягає алгоритм FASTA для виявлення подібностей послідовностей.
Які організації стоятя за SIMAP?
SIMAP - це спільний проект GSF Національного дослідного центра навколишнього середовища та здоров'я в Нойерберзі під Мюнхеном та Научного центра життя та харчування в Вайенстефані (Німеччина). Контактна особа - Томас Раттай (Відділ геном-орієнтованої біоінформатики, Технічний Університет, Мюнхен).
Задание считается очень быстро - до 10-15 минут.
Задание весит : 1.8 Мб
Результат весит : 0.7 Мб
Это вам не сказки сказывать на 64к
присоединился и на тебе
Project status
The project has currently no work (see below).
The similarity matrix of the SIMAP project is currently up to date. All workunits from the last calculation period are distributed, thanks to all users for chrunchig them.
The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from july 2008 (simap app) and their domains (hmmer app) will start around august 1st.
ГОТОВИМСЯ!
если к первому числу все будут готовы - есть шанс нахапать ВУ и войти в сотню )
32 132 Gentoo Linux Users Everywhere 0 0 0 0 0 0 1,716 55 247,682
33 133 Crunchers Inc 0 0 0 0 0 0 0 1 246,515
34 134 Hewlett-Packard 0 0 0 0 0 0 1,326 40 243,762
35 135 Death Metal Rules 0 0 0 0 0 0 0 0 241,005
36 136 Ukraine 0 0 0 0 0 0 49 6 235,617
фальстарт!
как показало вскрытие к первому числу релизится пачка заданий - расхватывается за два дня и потом народ две недели сливает результаты. таймаут похоже большой у вушек, так чт она экспайр расчитывать не приходится.
проект реально БОЛЬШОЙ! 27к участнегов.
мы в далёком анусе - 144 место.
November 30, 2008
New Workunits: the calculation of similarities and features of approx. 200.000 new sequences, that were imported from protein databases into SIMAP in november, will start in the morning (UTC) of december 1st.
October 28, 2008
New Workunits: the calculation of similarities and features of approx. 100.000 new sequences, that were imported from protein databases into SIMAP in october, will start in the evening (UTC) of october 30th.
вот так вот. я полагаю что к первому числу будет возможно пачка побольше - 300к например.
ну вы поняли ))) надо вытаскивать.
судя по корпстинке 100к в наябре щитались дней 10. в этом месяце следовательно будет дней 20 щитаться.
уж простите что отрываю от абц... я честно даже не предлагаю к симапу подрубаться. есть какбэ приоритеты - магнетизм, абц, 3х+1 вот тоже на финише, офтоп - надо ещё пару дней на сегодняшней скорости чтобы получить +3 в 3х )) дальше бесполезно.
так вот, когда закончится абц и ВУ в магнетизме, поставьте симап хотябы с приоритетом 30 ))) команда не в сотне - вас это не угнетает?
Project status
The project has currently no work (see below).
The similarity matrix of the SIMAP project is currently up to date. All workunits from the last calculation period are distributed, thanks to all users for chrunchig them.
The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from december 2008 (simap app) and their domains (hmmer app) will start around january 1st.
Попробуем (+7).
The project has currently no work (see below).
The similarity matrix of the SIMAP project is currently up to date. All workunits from the last calculation period are distributed, thanks to all users for chrunchig them.
The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from december 2008 (simap app) and their domains (hmmer app) will start around january 1st.
до первого января прогреваем процы!
Мне вчера накидали ~30 заданий на машину и постоянно идут новые по мере отправки результатов. Да и до этого 1-3 задания ежедневно перепадали.
Каждое задание на Core2 3GHz считается около часа, на Athlon 64 X2 6400+ около полутора часов, Celeron-ы вообще похоже застряли надолго (от 2,5 часов/задание).
Deadline заданий: неделя.
да, лут повалил.
RESULTS Approximate #
in database 214,870
unsent 8,799
так шо до первого числа можно малёхо подпихнуться.
они решили до 1 числа не ждать ))
December 14, 2008
New Workunits: an additional batch of workunits has been started for the calculation of similarities and features of approx. 1.500.000 new sequences, that were imported from metagenomes.
шо-то очей понты дают. как команді по 20к в сутки сливают???
Opportunities
Rank Team Score Average Daily Gain Days to Overtake
144 Matrix World Search Team 254,026 0 80 44.69
142 NASCAR Fans 260,340 18 62 158.62
138 Aplin Clan 270,363 0 80 248.28
133 Digi International 281,694 0 80 389.49
пилят.
Очков маловато дают, к тому-же примерно 70-80% результатов пока pending. Действительно странно, как при таком раскладе некоторые команды умудряются быстро разогнаться.
Может они "долго" разгонялись? И на самом деле задания есть независимо от новостей на главной? (Ведь не могут же закончиться протеины в базе)
Rilian
Задания были и раньше, у меня к проекту подключено несколько машин, ловилось в среднем 1-3 задания в день, так что заранее они набрать вряд-ли могли. По поводу протеинов в базе - у них написано, что база обновляется по мере необходимости (видимо по мере поступления новых данных) и их основная задача - поддерживать "актуальность" базы. В общем ладно, в конце концов очки не главное
Riliane, они обещали к 1 января подкинуть пачку, а подкинули 15 декабря. О чём и была новость у них на сайте.
Данные они действительно выкладывают по мере поступления из лабораторий.
понеслась.
Project status
Calculation of SIMAP updates is currently running.
The current workunits calculate the similarities and domains of approx. 400.000 new sequences from public databases imported in december 2008.
After these calculations are finished, next workunits are expected around february 1st.
RESULTS Approximate #
in database 163,969
unsent 6,543
in progress 116,273
Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
144 Ukraine 0 0 0 0 200 1,178 17,543 666 265,182
Project status
The project has currently no work (see below).
The similarity matrix of the SIMAP project is currently up to date. All workunits from the last calculation period are distributed, thanks to all users for chrunchig them.
The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from January 2009 (simap app) and their domains (hmmer app) will start around February 1st.
142 Ukraine 83 83 36 32 472 1,486 29,163 773 279,603
+2 места.
До сотни надо будет не хуже чем в АБЦ навалиться )))
присоединился
пока заданий не пришло
The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from January 2009 (simap app) and their domains (hmmer app) will start around February 1st.
Задания будут 1го февраля
http://www.dotsch.de/boinc/SIMAP.html
множество расчетных модулей под различные платформы
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/appdownloads.php
January 31, 2009
New Workunits: the calculation of similarities and features of approx. 300.000 new sequences, that were imported from protein databases into SIMAP in January, will start in the evening (UTC) of February 1st.
Мы на 142-м месте (((
НАЛЕТАЙ!
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/server_status.php
Всего 250000 ВЮ (умножить на кворум 2 шт), каждая считается примерно 30 минут на среднем по мощности компе
01.02.2009 23:09:33|boincsimap|Message from server: (Project has no jobs available)
Повысьте приоритет. ВЮ аплоадятся пачками
Да, 15 тыщ ВЮ расхватали за полчаса
кол-во ВЮ на сайте увеличивается, так что надо просто не отключать клиент
После 20 минут простоя мой комп отхватил вторую ВЮ. Скоро "рынок" насытится и ВЮ будут разбираться без проблем
Project status
Calculation of SIMAP updates is currently running.
The current workunits calculate the similarities and domains of approx. 250.000 new sequences from public databases imported in January 2009.
After these calculations are finished, next workunits are expected around March 1st.
RESULTS Approximate #
in database 22,185
unsent 24
in progress 21,548
Невезучий я... Ніфіга нема для мене...
А я тока что зохвотил еще 6 ВЮ. Хватит на пол ночи.
Вобщем техника такова:
1) разрешить принимать задания тока СИМАПу
2) выставить кэш на 1 день
3) Раз в минуту нажимать Update в боинке на этом проекте
Итак, зохвотилось еще 12 ВЮ. То есть кэш на день заполнил
[quote]Mon Feb 2 22:24:23 2009|boincsimap|Sending scheduler request: Requested by user. Requesting 0 seconds of work, reporting 24 completed tasks
Mon Feb 2 22:24:28 2009|boincsimap|Scheduler request succeeded: got 0 new tasks
а мне 10 свалилось.
как отдать кому-нить?
там еще 300000 ВЮ на февраль. Лучше досчитай сам
та так и сделаю )))
RESULTS Approximate #
in database 358,840
unsent 9,577
in progress 172,290
мы на 140-м месте гдето.
так шо каждая ву важна!
судоку кончается, реверси кончается, 3х+1 кончился, огр кончится через 2 недели, праймгрид челенж прошёл, может в марте соберёмся и до сотни попробуем рвануть?
Ниче-так популярность у проекта. 500 тыщ ВЮ кранчится за день. И потом месяц отдыха
February 27, 2009 New Workunits in the evening (UTC) of February 28th
New Workunits: the calculation of similarities and features of approx. 200.000 new sequences, that were imported from protein databases into SIMAP in February, will start in the evening (UTC) of February 28th.
28.02.2009 3:16:42 boincsimap Message from server: (Project has no jobs available)
пока нету.
блин страшно смотреть как 200000 ву перемалывают за неделю.
зато такие графики прикольные на фришниках.
ах, да.
мы на 140-м. я включился.....
готовимся к 1 марта! Надо нагребать ВУ побольше
ПОЯВИЛИСЬ ВЮ! НАЛЕТАЙ!
советую остановить прием ВЮ в других проектах, увеличит кэш на неск дней, дождаться пока вам перепадет много ВЮ (это может занять неск часов так как ВЮ мало а компов много - конкуренция). Потом верните кэш обратно и активируйте другие проекты
Sun Mar 1 00:40:52 2009|boincsimap|Sending scheduler request: To fetch work. Requesting 1462039 seconds of work, reporting 0 completed tasks
Sun Mar 1 00:40:57 2009|boincsimap|Scheduler request succeeded: got 10 new tasks
Sun Mar 1 00:40:59 2009|boincsimap|Started download of 9030101.011171
Sun Mar 1 00:40:59 2009|boincsimap|Started download of 9030101.011172
В этот раз снова будет 600000 ВЮ и по моим прогнозам они закончатся завтра днем
каждая ВЮ считается по 52 мин на core2duo 2.1GHz
было 200к. уже кончились. ((
надеюсь хоть на 10 мест поднимемся...
ура! дают вухи.
нагребайте ПОБОЛЬШЕ!! 140-е место это сакс. потом ещё месяц работу ждать....
Хочу Симап !
Тольо такое выставил сразу пошло качать =)
У меня в кэше 60 штук = 50 часов
Эти ВЮ в 2 раза дольше считаются чем прошлые, поэтому по новому прогнозу они закончатся завтра вечером. Следующие будут не раньше апреля
нагреб в кэш на 5 компах 300 ВЮ
это примерно 6000 очков
у мну в кэше 120 заданий
Мы поднялись аж на 139 место!
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top_teams.php?sort_by=total_credit&offset=120
Осталось 50000 заданий и 100000 ВЮ. По прогнозам их разберут до 12 часов утра
в кеше 17 штук по полтора часа.
поставил кеш 10 дней - нифига.
03.03.2009 1:03:40 boincsimap Message from server: No work sent
03.03.2009 1:03:40 boincsimap Message from server: (won't finish in time) BOINC runs 88.9% of time, computation enabled 99.9% of that
ХЗ
Некто, за сколько задание кранчится?
На core2duo 2.1 Ghz кранчится за час +- пара минут
На core2duo 2.66Ghz@2.85Ghz кранчится за 45 минут
ПС: осталось 75000 ВЮ. Думаю до утра разберут ... Слудующая пачка в апреле
Осталось очень мало ВЮ. Запасайте в кэш!
ПС: команда вышла на 138 место!
Итак, запущены все блоки ВЮ, что видно на странице batch monitor
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/batchmonitor.php
каждая ВЮ высылается 2 раза, итого в сумме будет 1030000 ВЮ, в среднем на 55 минут рассчетов. Уже отправлено ( http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/server_status.php ) 630000 ВЮ, осталось 400000 штук. 13000 активных компов посчитают (или скачают) это примерно за 30 часов, то есть до середины 5 марта
да, что-то медленно поднимаемся (((
Тем временем мы вышли на 136 место!
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top_teams.php?sort_by=total_credit&offset=120
ВЮ отбираютс со скоростью 1000 в 20 минут.
Осталось около 190000
04.03.2009 23:43:05 boincsimap Requesting new tasks
04.03.2009 23:43:10 boincsimap Scheduler request completed: got 0 new tasks
04.03.2009 23:43:10 boincsimap Message from server: No work sent
04.03.2009 23:43:10 boincsimap Message from server: (reached per-CPU limit of 30 tasks)
04.03.2009 23:43:10 boincsimap Message from server: (Project has no jobs available)
Да, лимит 30 ВЮ на ядро, а также 200 ВЮ в день на комп
Осталось 105000 ВЮ (идет 8я тысяча заданий с кворумом 2 http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/batchmonitor.php)
Команда уже на 135 месте!
Пошла последняя пачка заданий!
Осталось 56000 ВЮ! Запасайте кэши
http://distributed.org.ua/index.php?go=distribredir&url=http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top_teams.php?sort_by=total_credit&offset=120&go=distribredir
щас раздаются одни ххмеры. на 2 часа с копейками.
зато за них дают по 29 очков
осталось 22000 ВЮ на сервере
Осталось 12000 ВЮ. Через 2 часа закончатся
БТВ, мы уже на 132 месте!
ВЮ закончились, считаем кэши...
Между тем команда поднялась на 129 место! Спасибо Nekto за мегасливы!
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top_teams.php?sort_by=total_credit&offset=120
Думаю на кэшах есть шанс вытянуть примерно 126 место!
Уже 127 место!
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top_teams.php?sort_by=total_credit&offset=120
У меня в кэше еще на пару тысяч очков
у меня 15 заданий. двое суток. мож ещё что свалится.....
Ого, у нас уже 123 место!
Начинают появляться ВЮ которые высылаются заново из-за дедлайна!
122 место!
в апреле надо постараться и зайти в топ-100. Это риальне!
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top_teams.php?sort_by=total_credit&offset=120
налетай, разбирай.
Calculation of SIMAP updates is currently running.
The current workunits calculate the similarities and domains of approx. 260.000 new sequences from public databases imported in March 2009.
After these calculations are finished, next workunits are expected around May 1st.
есть 260000 заданий, что составляет 520000 ВЮ HMMER
31.03.2009 19:57:18 boincsimap Sending scheduler request: Requested by user.
31.03.2009 19:57:18 boincsimap Requesting new tasks
31.03.2009 19:57:24 boincsimap Scheduler request completed: got 0 new tasks
31.03.2009 19:57:24 boincsimap Message from server: (Project has no jobs available)
Work and Results
WORKUNITS Approximate #
in database 9,831
with canonical result 14
waiting for validation 0
waiting for assimilation 0
waiting for deletion 0
RESULTS Approximate #
in database 19,727
unsent 0
in progress 19,024
waiting for deletion 0
deleted 30
valid 28
Oldest Unsent Result no results left
я уже 1 посчитал
ну утро покажет
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/workunit.php?wuid=534177
я посчитал за 2,066.06
а claimed credit 15.23
granted credit 18.62
а кто-то за 2,709.48
а claimed credit 12.31
granted credit 18.62
вот .......
Там в рассчетном ядре скорее всего есть свой маленький бенчмарк, и очки выставляются по нему
понравилось имя процесса на х64:
simap_5.10_windows_x86_64*32
ну толи прогнали и не тем скомпилировали толи решили обмануть боинк менеджер вот и все
Имя со звездочкой? Такого не бывает
имя как имя, а звездоска дописывается в диппетчере --индицирует в каком режиме работает процесс
т.е. simap_5.10_windows_x86_64 но все равно пашет в 32 бит режиме (
Чего такая низкая активность? http://stat.polarseti.ru/index.php?t=11&p=42
на работе набрал 10 штук в кеш, а дома висит астропульс ещё 90 часов щитать. не хочет у симапа просить ничего, даже на 10 дней.
а ты суспендь проект и ВЮ и кэш поставь на 9.99
не знаю мне заданий наваливает и наваливает
На сайте осталось около 210000 заданий, каждое на ~1 час
Осталось около 30000 ВЮ
Calculation of SIMAP updates is starting soon.
The calculation of new simap workunits containing new sequences from public databases imported in April 2009 (simap app) and their domains (hmmer app) will start in the evening (UTC) of April 30th.
не забудьте подключиться к SIMAP сегодня вечером!
пилят. а как жы челенж??????
после чела - обязательно!
Project status
Calculation of SIMAP updates is currently running.
The current workunits calculate the similarities and domains of approx. 200.000 new sequences from public databases imported in April 2009.
After these calculations are finished, next workunits are expected around June 1st.
вот тут-то тупость боинковского шедулера сработала по уму
иначе я бы сейчас пришел домой и вместо челленджа считался бы симап...
надеюсь, успею подцепить задания на нескольких машинках
а где ж задания? все что ли?
показалось странным, что в апреле я успел сделать 1000 очков одной машиной, а в мае только 700 тремя (!)
За задания дают столько же очков сколько и всегда. Подожди пока все валидируется.
реально 1 ву успел скачать. прайм чел блин.
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top_teams.php?sort_by=total_credit&offset=100
Ukraine 114
Досчитал свои кэши
Командные результаты:
http://stat.polarseti.ru/index.php?t=11&p=42
The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from May 2009 (simap app) and their domains (hmmer app) will start around June 1st. ;-)
надо хоть в сотню войти...
а для этого нужно +100к (
Если хотя бы 5-10 человек будут считать, то 100к можно набрать за пару месяцев без проблем. Посл две раздачи считали вообще единицы из команды
ну я +10к и тебе +10к как минимум ) а вот остальное ...
шо уже дают????
ну с первого числа вроде как вот мы обсуждаем кто будет что читать
Проводим опрос. Кто честно загрузит по 30 ВЮ на ядро и покранчит?
Rilian,
как их загрузить по 30?
я в последнюю раздачу пытался, почему-то сервак зажал юниты, вообще как-то вяло выдавал
а когда я уехал на день, так вообще проект мимо меня прошел...
ставь кэш на 2 дня, и приоритет симапа 1000. Постепенно наберет полный кэш
я буду полюбому.
комп дома сделал, правда 75 градусов сцуко.....
уже трое...
У меня Симап всегда на прием стоит.
До змагання в праймгріді залишилось ще достатньо часу, можна порахувати сімап. Роздають нову пачку, таримось!
упд. Мені вдалось зловити лише 1 завдання.. (( Хтось зміг більше качнути?
упд2. Нєфть пашла!!
туговато.... никак не могу кэши наполнить, боялся, что снова проспал.... приехал только недавно
одна машина через час останется без работы, если ничего не будет
заданий что ли больше, чем обычно... до сих пор кэши заполнены - успеть бы до челленджа в прайме
до 11 числа успеем.
Блин, я пока перевел все на IBERCIVIS. Догоню в Июле
все, задания кончились
досчитываем кэши и атакуем следующий проект на очереди
кажется эта пачка заданий была самой большой...
Weekly Rank Change : +7
Monthly Rank Change : +7
Opportunities
Rank Team Score Average Daily Gain Days to Overtake
106 Mesa State College 463,007 497 4,275 3.36
104 teamboinc 468,367 0 4,771 4.14
105 SwissTeam.NET 466,542 1,296 3,475 5.15
103 bahndamm.net-simap_club 471,134 562 4,210 5.35
102 Tempus 484,752 45 4,726 7.64
101 FadBeens 493,592 417 4,355 10.32
у меня кеша ещё на два дня. ну может лут ещё какой попадётся..
Все! У меня кеш на двух машинах полностью досчитался!
не понял... это что, в этом месяце всего 5 тыщ юнитов и уже все расхватали??? ((
RESULTS Approximate #
in database 24,630
unsent 0
in progress 23,665
шото я провтыкал
уже закончились(
Мы сейчас на 101 месте
прогревайте процессоры и запасайтесь ВЮшками 1-го числа!
Calculation of SIMAP updates is starting soon.
The calculation of new simap workunits containing new sequences from public databases imported in July 2009 (simap app) and their domains (hmmer app) will start in the evening (UTC) of July 31st.
Присоединяйтесь! Давайте наконец выведем команду в первую сотню!
я буду, только эта неопределенность "когда-то вечером" - опять наберу заданий только к утру...
загрёб штук 30
по 30 на проц дают, пока хватает
Мы на 98 месте. Ура!
Хорошо посчитали в этом месяце!
Вышли на 93 место (и это еще не предел)
http://boincstats.com/stats/team_stats.php?pr=simap&st=0
По скорости в этом месяце мы на 24 месте!
http://boincstats.com/stats/team_stats.php?pr=simap&co=&st=0&or=12
Якось ні з того, ні з сього автоматом закачалось кілька завдань. Спробував ще накачати - не вийшло. Зайшов на сайт, а там написано:
New Workunits of a new SIMAP dataset available
August 24, 2009
New Workunits: Approx. 200.000 new workunits are that calculate the similarities of domain superfamilies. This dataset has been prepared in co-operation with the Gene3D team and initiates a novel aspect of SIMAP. If the test using the current approx. 200.000 workunits will be successful, we will maintain this dataset as part of SIMAP. It will be used to construct new versions of the Gene3D database.
Ловіть, може зловите!
У меня 4 машины нормально получили задания, трудятся...
New Workunits by August 28
August 28, 2009
New Workunits: the calculation of similarities and features of approx. 100.000 new sequences, that were imported from protein databases into SIMAP until the end of July, has been started.
Нарешті, після довгої перерви з"явились завдання. Налітай!
замало завдань цього місяця, вже усі роздали мабуть...
Появились новые задания.
Негайно до праці.
на этот раз заданий много, несколько этапов вычислений - на недельку должно хватить
мы уже на 65-м месте! (можно обновить шапку)
обошли каталонцев и DPC, на горизонте Russia Team
однако ВМС США нас скорее всего нагонит, если никто из наших не подключится
почему в этом году так пассивно в команде с симапом?
нужна одна-две машины, чтобы не дать http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/top_teams.php?sort_by=total_credit&offset=60! хелп!
Могу одну подрубить на недельку или до 10к
наверное, таки обиделись....
обошли нас
Новые задания появятся поздно вечером 1 марта
чьорт только на энигму нацелился....
всего в этом месяце пять этапов вычислений
первый - довольно маленькая пачка, уже разобрали
остальные, возможно, затянутся на недельку-полторы, как в прошлый раз
считайте с нами!
К оружию , появились задания!
по 20 очков за штуку, считается на разогнанном АМД менее получаса
2010-04-30: New Workunits: the calculation of similarities and features of approx. 250,000 new sequences, that were imported from protein databases and metagenomes into SIMAP until the end of April, will start in the evening (UTC) of April 30.
Новые задания сегодня вечером! Налетай! Пачка заданий ориентировочно на 2 дня или меньше
в последнее время заданий больше
помогите посчитать, чтобы успеть к началу Пентатлона!
на работе не могу. админ за траф ругается.
а дома таки да.
Завсегда и с удовольствием считаю жирные вюхи simap помогаю наполнять новыми аминокислотными последовательностями эту общественную базу белков.
Пошла раздача заданий
Подключайтесь, есть задания.
Как-то не слишком много заданий нынче раздают на одну машину.
Подключаемся, есть задания!
похоже, на этот раз заданий будет очень много
запущено исследование каких-то "метагеномов", на данный момент считаются только 2 стадии из 10-ти
помогайте!
Реквестирую создание коммандного аккаунта distributed.org.ua, и инструкцию в шапку как подрубиться по слабому ключу на коммандный аккаунт.
К концу пачки будет на 48 месте!
Итак, я нас всех поздравляю. Вчера утром вышли на 50-е командное место, а сегодня - мы уже на 48-м! В основном благодаря Tamagoch, который выдает 50% командного ППД! .
Предлагаю накинуться всем и разобрать пачку до конца. заданий немного осталось уже.
Да когда уже эта мегапачка то кончится?!
а что случилось ?
почему минуса ?
минус 50к у меня.
после такого руки опускаются
кто ваще будет считать
Думаю какие-то проблемы с базой из-за большой пачки ВЮ. Не помню чтобы раньше в СИМАПе такое было, поэтому не могу сказать доначислят очки или нет
Какие минуса? У меня как было пару-тройку часов назад 95 тыщ с хвостиком, столько и осталось. Может просто не заметил качель.
Короче, отставить паниковать, господа кранчеры! Это же немецкий проект, надежный как PzKpfw V, ферштейн?
Да у меня вчера тоже сняли 65к, хотя если смотреть на офсайте, все ровно. Сегодня уже все вернули. Так что скорее всего это обычная просадка в стате.
еще не досчитали пачку, скоро новая пойдет
Как видно по графику, вернули.
Мегараздача "метагеномных" юнитов продолжится до конца августа, да и в сентябре подобные задания ожидаются - в плановом порядке.
уже считаем первую пачку из трех
даааа....
2010-09-05: SIMAP - New workunits in September
In September we will crunch three series of workunits: parts 5 and 6 of the large series containing sequences from new metagenomes imported in July/August. Thereafter approx. 300,000 workunits containing new regular sequences imported in August will be calculated. Finally, there will be the very last 500,000 workunits containing sequences from new metagenomes imported in July/August. Altogether we expect to have work for about 3 weeks in September.
да, плотно я на симапе сижу и буду сидеть до конца месяца видимо
кстати, владельцам АМД советую - мой 2.8 ГГц Х2 "делает" в симапе кор2дуо 3.0 ГГц
Помогу с СИМАПом в этом месяце
Внимание внимание! Аттэншин м просто АХТУНГ!
The renewed project will move to the new project URL
http://boincsimap.org/boincsimap
on Mon, Dec 6 approx. 6 p.m. UTC. Thereafter, new work will be available for about 2..3 months.
After the project has changed its URL, please disconnect and reconnect your boinc client to the new URL. Sorry for this - this URL change to the new (institution independent) domain will remain an once-in-the-lifetime event for BOINCSIMAP.
Best regards and thanks for your support
http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/forum_thread.php?id=32
пс: Нике. никогда не выделяй УРЛ кавычками. Моветон
это что, моя неподконтрольная ферма перестанет скоро считать симап?
а тут как раз метагеномы "нагадили" 1 млн. ВЮ ... и это только 1/7
Парни! А Кто таки капитан в этом проекте?
Капитан, измените http://boincsimap.org/boincsimap/team_display.php?teamid=212, пожалуйста.
Изменил на 25
Народ!! Помогите кто-нибудь! Заданий накидало - жуть! А нас тут мало ((
я 100% тут
Подключил и себе его...
моя ферма кажется сдохла...
пока подключил все что есть + феном на 6 ядер, больше нету
какой до конца 2011?
месяц.
Opportunities
Rank Team Score Average Daily Gain Days to Overtake
28 The Final Front Ear 7,139,569 18,324 15,169 5.03
27 Team-SciFi 7,300,905 9,599 23,894 9.95
26 The Knights Who Say Ni! 7,544,864 12,440 21,053 22.88
25 CANAL@Boinc 7,836,129 11,090 22,402 34.50
24 BAVARIA-UNITED 7,995,751 24,137 9,355 99.68
а если поднажать то и быстрее.
Подключил 3 ядра, вечером перекину сюда ещё 8-мь
Итак, 28-е место по очкам, с чем нас всех и поздравляю
По серднесуточным сливам уже 15-е! Жаль на одном кваде инет ушел ((
Считаю 14-ю ядрами + время от времени ещё 8 включаю (сейчас от большого тазика инет отвалился)
Подскажите, если кто знает, будет ли прирост ППД в этом проекте за счет перехода с 32-х биного линукса на 64-х битный?
За 5ть дней вошёл в топ 20-ку в комманде
Project status: running
Hosts active: 12,209
Work distributed: 40 %
Remaining: 62 days
И мы уже на 27 командном месте по очках, и 14-е по суточным сдивам!
Rilian, Мы ее уже месяц считаем! Присоединяйтесь!
Project status: running
Hosts active: 11,735
Work distributed: 52 %
Remaining: 58 days
SIMAP: Last workunit series before returning to periodic work
2011-03-30: The tremendous update of millions of new environmental sequences is almost finished. Thanks to all users for crunching these many workunits. We will now calculate the new sequences from protein databases available until end of March, to generate the April 2011 release of SIMAP. After these workunits we will return to the periodic operation of BOINCSIMAP, having new workunits only in the beginning of every month. Best, Thomas
Накранчили 10 лямов в проекте!
Текущая цель на 2011 год (25 место) - Выполнено! (24)
Текущий статус проекта:
Hosts active: 10,943
Work distributed: 89 %
Remaining: 17 days
Досчитываем последние большие пачки, после чего переходим к привычным http://boincsimap.org/boincsimap/forum_thread.php?id=36 (выдача небольших порций заданий вначале каждого месяца)
надеюсь учёным это поможет )))
Кстати, кто хочет может себе скачать базу симапа
http://fileshare.csb.univie.ac.at/simap/
Index of /simap
Name Last modified Size Description
Parent Directory -
blast2go.gz 14-Mar-2011 21:34 346M
environmental/ 14-Mar-2011 21:34 -
features_BlastProDom.gz 14-Mar-2011 09:18 9.5M
features_Coil.gz 14-Mar-2011 19:59 57M
features_FPrintScan.gz 14-Mar-2011 09:28 132M
features_Gene3D.gz 14-Mar-2011 19:56 421M
features_HAMAP.gz 14-Mar-2011 21:17 29M
features_HMMPIR.gz 14-Mar-2011 18:40 24M
features_HMMPanther.gz 14-Mar-2011 16:10 337M
features_HMMPfam.gz 14-Mar-2011 18:39 494M
features_HMMSmart.gz 14-Mar-2011 18:49 145M
features_HMMTigr.gz 14-Mar-2011 18:53 89M
features_PatternScan.gz 14-Mar-2011 19:09 96M
features_ProfileScan.gz 14-Mar-2011 19:03 178M
features_Seg.gz 14-Mar-2011 21:16 348M
features_SignalP.gz 14-Mar-2011 20:14 243M
features_TMHMM.gz 14-Mar-2011 20:49 165M
features_TargetP.gz 14-Mar-2011 20:37 310M
features_superfamily.gz 14-Mar-2011 19:32 405M
proteins.gz 14-Mar-2011 09:18 941M
readme.txt 05-Dec-2010 16:34 1.9K
sequences.gz 14-Mar-2011 09:14 2.5G
мало ли, зачем такое в хозяйстве может пригодиться...
2011-08-17: Due to regular construction work the power in one of our server rooms will be completely shut down on Aug 24 and 25. This will also affect the BOINC database and web servers. We will therefore shut down the entire BOINC project from Aug 24, approx. 10 a.m. to Aug 25, approx. 3 p.m. During this time BOINCSIMAP will not be available at all. We apologize for this outage and will keep the downtime as short as possible. Best regards, Thomas
Проект будет выключен 24 И 25 августа 2011 всвязи со строительными работами в их серверной комнате
Є завдання
Нас всі обходять - Налітай!
Ребята, я с вами.
Вошел в статистику.
Кто-то, где-то здесь спрашивал про диабет. Премьер-министр Баварии Хорст Зеехофер, открывает Diabetes Research Department в Helmholtz Zentrum München вместе с техническим университетом Мюнхена (TUM). А TUM в партнёрах у SIMAP. Это конечно, практически мало что значит, но так вокруг, да около.
http://www.helmholtz-muenchen.de/en/press-and-media/press-releases/press-releases-2011/press-releases-2011-detail/article/15504/index.html
2012-02-01: With the new server software release installed in the end of January we experienced that many more workunits are sent to the hosts as usual. We are currently investigating this, seems that the project contiguration settings are differently interpreted by the new software. To avoid total overload of hosts by SIMAP results, we have reduced the daily maximal number of results per host to 300. We will check and adapt this limit during the next days continuously. Best regards Thomas
с этого дня на хост выдадут не более 300 ВЮх
...ежедневно.
Задания за апрель посчитаны, новые вю ожидаются с 1 мая.
http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=5675 и рекомендован к кранчингу на полных мощностях с 00:00 1 Июня 2012 по 23:59 7 Июня 2012
Затаривайтесь заданиями на весь период, а то могут вдруг резко закончится
Лучшему участнику будет приз (на никелонговке в октябре)
Потихоньку включаюсь
запряг двухголового. ввечері ще добавлю 4.
Мені нема сенсу включатися, я на відстані 3 завдань від 10К і +1 Trigggls
Почесав поки на стаціонарному і на ноуті!
Делаем чекпойнт: В данный ммент команда на 31-м месте. И на 16 - по ППД.
http://stat.polarseti.ru/index.php?t=11&p=42
x3mEn, тебе дать вик кей ?
народ что то я не понял....почему нет Join Team ????
http://boincsimap.org/boincsimap/team_display.php?teamid=212
Или там уже кранчеров не нужно....?
Таке буває якшо не залогівся - або залогівся, але не поставив галочку навпрти "Stay Logged In"
http://boincsimap.org/boincsimap/login_form.php?next_url=home.php
Зологися, і тоді йдди на сторінку команди.
Я тоже кинул все 8 своих ядер. Чем смогу, помогу.
Ну,и чё я буду делать с другими заданиями?! В рассылку бросили мне только сегодня.По дедлайну-4.06 на все остальное,и так хорошо идет!Пришло задание на 36 минут,не знаю,чё и делать,блин.
plotnik, не переживай
пусть БОИНК разрулит приоритет
пс: в каком проекте у тебя задания с дедлайном 4 июня ? Если они не начаты, и в проекте много заданий, то можешь их выделить и нажать Аборт
все запустился, но вот беда - хотел погнать проц с 3,2 до 3,8 - 4,0 , повесил две видяхи на второй БП 850 Вт, чтоб разгрузить первый БП который питает систему +3 видяхи ,так тот на 850 вырубается и комп не проходит загрузку винды. Как такое может быть чтоб такой мощный БП не мог поднять только 2 х 5870? Что делать?
varador, Ему может мало нагрузки по 5 вольтам. Поєтому он и уходит в защиту. Такие умные блоки питания сейчас. Я это говорю, потому, что занимаюсь ремонтом компов.
plotnik, Я тоже седня только получил рассылку. ждал пол дня, пока фолдинг досчитается. Потом подключился к суперкомпу
Rilian.Тут надо внести ясность:ввиду слабой конфигурации(особенно видео),я выбирал проекты под цпу,а недавно подгрузил колатц,так для меня вообще красота-считаю и цпу и гпу одновременно.Вот и нападало -космологи до 4,и эйнштейн до 8,небольшие.но все-таки,а на симап приоритет поставил повыше,так что,чем богаты-тем и рады
treestar, а как тогда быть, что сделать чтоб можна было повесить на него две видяхи и он норм работал?
varador, надо мудрить какую-то нагрузку (с тех же лампочек автомобильных) на 5-ти вольтовый канал. По другому никак.
serymba, есть специальный шлейф для двух БП, купил за 8 у.о. Уточните - доп.нагрузка нужна на канал 5 В ? Куда и что тогда тыкать?
varador, Да. Нагрузка нужна на 5-ти вольтовый канал.
Заданий много, думаю на неделю хватит. Там еще не роздано пол миллиона
http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php
treestar, ясно. Тогда конкретно чего и куда воткнуть для создания этой нагрузки?
serymba, где этот канал 5В, и как и чего к нему подключить?
varador, 5-ти вольтовый канал - это красный провод на четырехконтактном разъеме. serymba правильно советует. Попробуй навешай на него винтов. Ну а так, надо между красным и черным проводом цеплять нагрузку.
посты отсюда будут перенесены в форум "Железо"
Rilian, так же для дела хочу погнать проц на всю катушка, а БП не выдерживает, а второй "собака" никак норм пахать не хочет, вот и уточняю у знающих .
Rilian, Ниччё не понятно-заданий не приходит,а то вчерашнее-то ли посчиталось,то ли нет.
Подправил клиента-нападало десяток,благо короткие-макс.52 минуты.
Так что посчитаем!
Кстати, 3 ссылка ведет на место команд с 81-100,наша команда на 25.
Залишилось завдань на 4 години!
запасайтесь кешами
Computing status
Work #
Tasks ready to send 66,180
Opportunities
Rank Team Score Average Daily Gain Days to Overtake
24 Canada 13,686,835 6,984 84,935 4.29
Я от все дивлюся на Канаду, і думаю - "Встигнемо чи ні?"
Д.Р. Дез - ВІТАННЯ !
Project status: no work
Next work expected: around Jul 1
Computing status
Work #
Tasks ready to send 0
Tasks in progress 417,523
всім дякую Дораховуємо кеши та побачимося через 3 тижня.
Пропоную не відключати проект - хай висить і чекає на завдання. Персонально попробую тут дорахувати до 1 МЛН
Сайт симапа лёг. У меня посчитаные задания не отправляются... Кеш на основных компах оказался выставленным в 3 дня. Ещё полтыщи заданий есть...
Аналогично, жабы не отправляются, сервера лежат.
Ожил проект. У меня в пендинге 31к очей висит. И ещё около 150 заданий считается...
Ооооо!
Нарешті можу вивантажити всі остаточні порахован завдання - з мене все
Мои тоже в основном отгрузились ))
Як хто думає, оці останні завдання - достатньо шоб Канаду обійти, чи тільки трохи не вистачить?
у меня ещё штук 40
если комп как обычно не зависнет
Я начал выгребать запасы...больше сотни точно, возможно две.
А я свои остатки в СИМАПе солью только в понедельник утром )
у меня на ноуте еще штук 40 недокранчено
У меня на основном компе еще 267 заданий в работе.
Если бы не поломка материнки, то уже успел бы их обработать.
Мне перепало еще 20 заданий.
Итого недосчитано 64 шт
Rilian,
У меня 81 задание осталось, до вечера отдам их.
А есть смысл сейчас разрешать получение новых заданий? Будут они?
Andrey Fenchenko, они выдаются если кто-то не успел досчитать до дедлайна
Есть ВЮ!
Так - вже другий день!
тільки зараз помітив - приєднуюся
налітай
Workunits for August upcoming
The workunits for the about 480.000 new protein sequences (for the August release of SIMAP) will be available from Mon, Jul 30 (morning). We estimate that the August batch will need about one week of work.
Best,
Thomas
28 Jul 2012
о! поставлю пока судоку на паузу
Переключился сюда
"Мы начинаем интеграцию новых метагеномов, таких как Человека проекта микробиомом в SIMAP. Это требует дополнительных расчетов SIMAP в течение двух последовательных шагов расчета метагеномов. Мы начнем с серии работ единиц, которые будут нужны около 2 недель, чтобы вычислить. Другие серии будет сопровождаться регулярными частями работу в сентябре.
SIMAP workunits экологической последовательности метагенома и характеризуется коротким средней длины последовательности. Таким образом, более последовательностей хранятся в каждой работе устройства. Это приводит к увеличению времени вычислений, и, следовательно, более высокие кредитов за единицу работы, чем обычно."
-----------------------------
Новость за 14 августа. http://boincsimap.org/boincsimap/forum/viewtopic.php?f=45&t=1135
Есть вю. Статус проекта - активный!
Заданий немеряно
В теме. Чего и вам желаю.
Запрашиваю помощь 12 дней расчетов осталось! Помогите в этом проекте поднять команду
підключу 16 ядер.
чой-то они в середине месяца заданий кинули?
Ещё докинули заданий за ноябрь!
Поки я пас.
Перевалил за 500 тыщ очей. Пойду чото другое уже посчитаю
Проект участвует в http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=5945
Из последних новостей:
SIMAP integrates the http://commonfund.nih.gov/hmp/. We are not alone: our body contains about as many microbial as human cells. Most of these microbes are concentrated in the intestinal tract. But microorganisms are also found on our skin and on many other locations of our body. These microbial are crucial for our health, as they support our organism and prevent us from infections by pathogens. Due to the high diversity of the human microbiome its biological and medical investigation has just started during the last years. Modern research technologies, such as DNA sequencing, play a key role in this research. Sequences, e.g. from healthy and sick patients or from different body locations, are analyzed by sophisticated computational methods. SIMAP supports the researchers studying the human microbiome by integrating the sequences from HMPDACC into its exhaustive similarity matrix. This will help to understand the evolution and function of the microbes living with us.
Project status: running
Hosts active: 10,868
Work distributed: 39 %
Remaining: 25 days
а еще с утра было 32 дня
пентатлон рулит!
Hi CharlesL,
indeed a GPU based SIMAP would be fine. The reason why it is not yet available is that the underlying FASTA algorithmus is only available for CPUs. There is no GPU implementation of http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA yet.
Alternative algorithms (Smith-Waterman) have been implemented on GPUs and show remarkable speedup there. For http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA it is not yet clear if we can expect any speedup from GPUs. It seems that during the database search phase, transfer of data between CPU and GPU might even slow down the search compared to CPU only. In this case only parts of the final alignment algorithm might go through the GPU. This needs to be investigated in detail and we have applied for funding to work on this topic. If the GPU-based implementation should be faster than CPU only, we will provide such an app here. We hope to finish our work on this later next year.
Best regards
Thomas
в конце 2013 обещают пояснить возможно ли ускорение алгоритма http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA с помощью GPU
А в этом проекте участвует CPU или и видеосистема тоже?
Судя по статусу сервера http://boincsimap.org/boincsimap/ и http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php -- , в этом месяце работы еще на 38 дней
подключайтесь!
Недельное соревнование в СИМАПе
http://boincstats.com/en/bam/teamChallenge/detail/385
С 1 июня стартует 7-дневный CPU челендж
http://boincstats.com/en/stats/challenge/team/chat/385
цель челенджа - досчитать пачку метагеномов http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php
извините у нас сети. хоть и гпу но всё же
Project status: running
Hosts active: 8,773
Work distributed: 69 %
Remaining: 27 days
Новые задания из майской пачки закончились
Начали выдавать задания из метагеномов!
Мой БОИНК показывает что метагеномы считаются в 5 раз дольше
сейчас выдаются таски из ВЮ номер 620_000, а всего в метагеномах 1_140_000 ВЮ http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php
Итого ориентировочно надо посчитать 520_000*2 = 1_040_000 тасков
Метагеномы посчитаны на 65%! Еще на 11 дней работы!
К нам в команду присоединился крутой кранчер vvv с 600к очками !
http://stat.polarseti.ru/index.php?t=11&p=42&sort=week
Осталось 240_000 новых тасков!
Посчитано 914229 из 1140958 ВЮ
http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php
ранше за 2 недели успевали. щас месяца не хватает.
вот закончится судоку...........
Осталось заданий на 24 часа!
То есть около 60_000 ВЮ, или 120_000 тасков
http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php
Теж вирішив приєднатися, поки слінка не паше.
Навантажив купу завдань на 3 компи
Осталось заданий на 10 часов!
http://boincsimap.org/boincsimap/
re_SET, за тобой не угнаться
Задания разобрали. Все успели набить кеш?
Я кэш не набирал - щяс подключил на все FAAH и Rosetta
Work #
Tasks ready to send 0
Tasks in progress 115,646
Project status: no work
Next work expected: around Jul 1
Project status:
preparing new work
Scheduled start: Mon, Jul 1 (06:00:00)
New protein sequences for SIMAP release 2013/07 simap
The workunits for the about 980.000 new protein sequences (for the July release of SIMAP) will be available from Mon, Jul 1. We estimate that the batch for July will need about three weeks of work.
Best,
Thomas
Project status: running
Hosts active: 8,079
Work distributed: 10 %
Remaining: 22 days
Invision Power Board
© Invision Power Services