Проект "Docking@home"
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
для создания экаунта требуется пригласительный код (который хз где брать)
тепер мы там есть
но н этом хорошие новости закончились
http://docking.cis.udel.edu/server_status.php
Сервер статус.
Кодак, Results ready to send 77
может хапнешь себе пару штук, шоб небыло "ноль кредитов" по команде?
еслиб мог добавить проект в менеджер я бы попробовал...((((
Тут задания выдаются?
А то на ваулте этот проджект добавлен, а нас нету в нем бо у команды ноль очков о_0
http://www.dc-vault.com/showteam.php?team=433
присоединился и скачал 5 заданий ))))
joined
первыйнах! +13 очков
странно все это в я не могу добавить проект в менеджер
хотя могу зайти в проект под своим экаунтом (
кто нибудь выложите\отправте на мыло account_*******.xml
за задания 10.13-10.18 очков
мега респект
ReMMeR
за спасение
утопаюЩего
,-+-,/----\\\-------\\\--------\\\\---
\.-+-
/ /
P.S.:вот тока уних тоже х64*32 режиме пашет ((((
мда... тут разве что с читерскими клиентами... очков очень мало дают даже по сравнению с АБЦ
Присоединился
Судя по ДЦ-Ваулту этот проект полезно вытягивать для того чтобы подняться еще выше (на 10 место)
ps: клиента под макось нет
3.47 очка за 50 минут работы. Мало
5,832.75 33.80 33.80
+ поправил шапку команды )
Results ready to send: 0
November 04, 2008 15:38 UTC
We are having some problems with the work generation. The workunit distribution will start and stop frequently during the next couple of hours
November 03, 2008 13:38 UTC
Due to your great support crunching about 600 000 HIV workunits, today we start a new phase of Docking@Home with the distribution of Trypsin. We did extensive testing before submiting this new protein but we may have some problems due to the new files distributed.
в общем как всегда пару часов (превращаются в пару дней) отсутствия заданий )
и появились новые задания ...
В понедельник 12 января будет обновлен софт на сервере, и сайт проекта не будет работать с 5 до 11 вечера по восточному тихоокеанскому времени (то есть я так понимаю у нас это с около полуночи 12 января до 10 утра 13 января)
у них новый сайтег
Почитал их сайт
Вобщем докинг это то же самое что розетта, тока для двух белков - рассчитывается их взаимодействие между собой
И, как бе, да, Docking работает на программе http://www.charmm.org/ (лучшая на сегодня система моделирования взаимодействия белков), которая также используется для рассчетов в проекте FightAIDS@home
то есть считая этот проект вы косвенно помогаете тестировать все проекты которые рассчитывают взаимодействия белков
New protein
January 20, 2009 17:36 UTC
Tomorrow, Jan 21, we will start docking a new protein. P38alpha, also known as SAPK2a and MAPK14, is involved in the regulation of cellular stress responses as well as the control of proliferation and survival of many cell types. Several promising compounds that inhibit p38 alpha are being investigated as potential therapies for arthritic and inflammatory diseases, more info here. This protein seems to be more stable than Trypsin, and we can expect longer workunits. Please also expect minor problems during the transition phase. Thank you
Slow WUs Generator
January 20, 2009 01:41 UTC
The work-unit generator seems not able to keep up the pace with your requests for jobs. We are working on this issue and we will keep you posted.
Вот как примерно віглядит белок которій считается в проекте Docking@home
его можно крутить, приближать, отдалять итд
Dear rilian,
The Docking@Home team is pleased to release the third Docking@Home newsletter to our volunteers. You can download the newsletter at:
http://docking.cis.udel.edu/about/project/newsletters/newsletter_nr3.pdf
Enjoy the reading!
Michela
в шапке такой же адрес как и для тестового проекта.
если это основной, то какой же тогда у теста????
нет у тестового свой адрес
http://docktest.cis.udel.edu/ это тест - аккаунті не создаются
http://docking.cis.udel.edu/ это основной - можно щитать.
препутал вечером с устатку....
February 17, 2009 10:26 EST
This week we will resume some short tests with trypsin. We will test: 1c1r, 1c2d, 1c5t, and 1ce5. The model has been changed and the workunits should be more stable.
March 13, 2009 18:42 EST
We are ready to distribute new computation with a new, more accurate model of the docking process. More about the new model can be http://docking.cis.udel.edu/community/forum/thread.php?id=411
вот ток а меня настораживает лимит в 72 результата вдень(
это даунизм какой-то
ладно задания пошли толстые 140 минут на 3300Mhz квада
так что заданий на день хватает сголовой тепере
так что пока буду кочегарить
50к рубеж взять
команда 215к
41 место
Dear Volunteers,
There is a problem with the workunits currently distributed. Please abort ALL 1hpv workunits you might have received. Those workunits were sent with a corrupted input file which is preventing the timely execution of them.
We are really sorry for the inconvenience. Thank you for your understanding.
The Docking@Home Team
To opt out of future emails from Docking@Home, please edit your project preferences at http://docking.cis.udel.edu/prefs.php?subset=project
В научной базе http://www.newswise.com/ опубликована http://www.newswise.com/articles/view/553414
Аннотация:
Знаете ли вы о том, что сегодня можно предоставить свободные вычислительные ресурсы своего компьютера для помощи ультрасовременному биомедицинскому научно-исследовательскому проекту, нацеленному на обнаружение лекарств от ВИЧ, болезни Паркинсона, артрита и рака молочной железы. Этим занимаются специалисты из Университета Делавэра в рамках проекта распределенных вычислений Docking@Home, который получил поддержку Национального научного фонда США. Более 6 тысяч добровольцев во всем мире с азартом участвуют в этом проекте, ускоряя научные вычислительные эксперименты, способные сделать прорыв в лечении тяжелых заболеваний.
а что дает поддержка Национального научного фонда США ?
обновились расчетные модули)
D@H third phase
August 26, 2009 11:58 EST
Since we started tesing HIV1 we expect that the workunits will be shorter than our previous batch. We have also detected download errors in some machines, we are investigating if this issue has something to do with the new complexes or are more a BOINC-related issue.
D@H third phase
August 26, 2009 11:45 EST
Today D@H starts its 3rd phase of validation. This time we will dock HIV1 protease, Trypsin, and P38alpha proteins using ligands with very different initial conformations than those in the crystal complexes. With these experiments we expect to prove that by combining our prostprocessing with our sampling capabilities, D@H is able to find near-native structures even if the initial conditions are not favorable.
D@H third phase: Trypsin
October 19, 2009 18:07 EST
We are starting the distribution of http://en.wikipedia.org/wiki/Trypsin complexes using initial configurations that are at least 5A away from the crystal structure. With this set of experiments we expect to prove that our preprocessing algorithm can find native-like docking structures despite the initial conditions of the docking.
нмогу зарегениться((
после того как добавил проект, потом вылезло введите пароль и эмейл, ввёл, меня выкинуло в какоето окно типа ввидите имя (спомощью него вы будете индетифицированы на сайте) и выбор страны, всё ввожу нажимаю ок, страница перезагружаетья и опять просит ввесьти этиже данные! что за дела!?
Всем привет. Присоединился к этому проекту. BOINC скачал задания, а исполняющую программу никак не может докачать. Висит на 9% и дальше не качает, говорит с серваком чото. Может что подскажите.
Сейчас не дома. Но что-то типа Internet is OK. Maybe temporarily server is down. return и через 1 час и более повторяет попытку с тем же успехом. Перезапускал проект несколько раз максимум доходил до 29% за неделю наверно.
2010-02-02: Tomorrow D@H will start crossdocking, it is a critical change but we expect we will move smoothly. Please be patient in the event of possible crashes
Завтра проект начнет кроссдокинг.
Что это такое?
Может мне кто либо подсказать, как можно "убедить" моего "бионика" присоединится к команде Украины, где это вообще меняется? А то он просто считает по видимому очки просто мне считаются, а не команде...
---
А у мну сегодня ДЕНЬ РОЖДЕНИЯ!)
в проекте котором ты зарегистрирован заходишь в http://docking.cis.udel.edu/home.php.
там есть ссылка найти команду - находишь команду http://docking.cis.udel.edu/community/team/display.php?teamid=105 и жмёшь присоединиться (Join).
roma4004, поздравляем с днем рождения и приветствуем в команде Украины!
Всем спасибо, и за поздравления, и за помощь в поиске родной команды)))
Теперь я с вами, да и знает ли кто сколько должен греться проц. при 100% загрузке?
Смотря какой процесор. У меня Pentium E6500, работает на 3,2Ггц и греется при полной загрузке двух ядер до температуры от 40 до 45 градусов на боксовом кулере в зависимости от температуры в комнате. На кваде конечно будет побольше, но думаю держать желательно ниже 60.
ДАК) в том то и дело что моего зверька - Intel core quad q6600 температурка критическая у него в паспорте 69, а у меня ядра 72, 70, 68, 68 такие температуры в простое держит постоянно, а как под сто раскочегарится от 80 до 83 подымается, вот я призадумался как работает мой проц, уже когда скачал Бионик, подумал о температуре и качнул еще прогу Core Temp 0.99.5, просто очень уж я сильно сомневаюсь что прога неправильно показания снимает с датчиков на ядрах. Куллер мне еще при покупке поставили до сих пор (два года как) ни разу не перегревался. Все бы ничего да боязно его под 83℃ удерживать...может стоит приобрести охлаждение по прохладистей?)
Это чото многовато мне кажется. Может радиатор на проце забился пылью, надо почистить. Или часто бывает нужно нанести новую термопасту на проц. Думаю поможет. Как вариант открыть корпус , но температура высоковата явно.
roma4004, пылесос (обязательно) и термопасту (факультативно) Вам в помощь. Конечно же, температура очень высокая. Тем более, как я понял, процессор не разогнан. Когда в последний раз делали профилактику?
Чото список в топ-20 в шапке не отображается
Lentgh of cross-docking workunits
June 29, 2010 21:39 EST
The current workunits are cross-docking ligands with different protein conformations. Each workunit should last between 4 and 6 hours.
Текущие задания являются кросс-докинг лигандов с различными конформациями белка. Каждый из них должен считаться от 4 до 6 часов.
Реквестирую создание коммандного аккаунта distributed.org.ua, и инструкцию в шапку как подрубиться по слабому ключу на коммандный аккаунт.
Начали считать другой какой-то комплекс. По времени считает столько же, а начисляют не 138, а 102 очка. Зажлобились чото
Чо за задания понеслись по 30 секунд и 102 бала. Глюк какойто чоли.
Best ligand structures displayed
October 13, 2010 4:09 EST
Now our feature showcasing the best ligand conformations per complex is operational again!! You can see the most recent best results from http://docking.cis.udel.edu/community/bestresults.php. Comunity->Best Results
Maintenance work in server room
October 29, 2010 2:11 EST
During the first 2 weeks of November, there will be renovations in the server room where D@H is located, therefore we might experience some discontinuity in the job's production and validation. We will try to keep you informed before any major time down. Thanks for your patience!!
Want to read more about D@H results?
March 29, 2011 8:48 EST
Downlad http://gcl.cis.udel.edu/publications/conferences/010ACMBCB/10acmbcb_testrada.pdf to read more about results you help us to achive with D@H. Thanks!
2011-10-02: The cross-docking simulations of our set of HIV complexes is almost done. This will allow us to start the statical analysis ofthe data collected with your help while starting a new set of cross-docking for a new protein, the trypsin.
Nov 10, 2011 13:00 EST
The Docking@Home team is pleased to release the http://docking.cis.udel.edu/about/project/newsletters/newsletter_nr4.pdf to our volunteers. Enjoy the reading!
Голландцы склепали дрим тим. Сливают по 2.5 млн/день. Вот только как можно было умудрится за месяц привлечь 300 с лишним активных кранчеров в этот проект? Ботнетом балуются что ли..?
http://ru.boincstats.com/stats/user_stats.php?pr=docking&st=0∨=12&hosts=0&ti=46&co=&date=
Bel,
Дык это ж Dutch Power Cows ! Это они и придумали "педали". Еще с динозаврских времен конца 90-х ...
Скажіть, будь ласка, в мене Boinc налаштований на кілька проектів. Останнім часом не рахує нічого, окрім Docking-гу. Але кожне завдання має обраховуватися приблизно по 2:30-2:40 години, а потім чарівним чином завдання розтягуються до 24-х годин. При цьому вже за період ~10 днів не нараховано жодного балу. (CPU: AMD Phenom II x4 970 (3.5 GHz), працює цілодобово)
D@rs, странно, http://docking.cis.udel.edu/community/results.php?hostid=121088&offset=20 я не вижу завершенных заданий у тебя
если хочешь включи team viewer, пришли мне в личку номер и пароль сессии, я посмотрю что творится
D@rs, не хочу мешать выбирать проекты самостоятельно, тем более у нас каждый кранчит что хочет, но относительно Докинга могу сказать, что проект уже не вызывает доверия, как ранее. Скоро уже будет год, как не обновлялась инфа по результатам проекта. Что сейчас моделируют, какие цели далее? Непонятно. Тем более для таких масштабов моделирования докинга белка, мощности проекта все равно очень мало. Нужно хотя бы раз в 10 больше, на временной отрезок как миниму год. Поэтому предлагаю перевести ресурсы на проект http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=890, который проверенный временем и фин. вливаниями IBM , или http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=5227(недавно запустили, сам кранчу и агитирую за него). Есть проекты еще Poem@home, Simap, Rosetta@Home которые тоже проверенные.
Bel, почему не вызывает?
автодок используется в ОЧЕНЬ большом кол-ве проектов
ну докинг никогда насколько я помню не отличался скоростью постинга новостей ...... А вообще проект полезный!
Abort 0% progress
October 11, 2012 13:11 EST
Добро пожаловать в команду!
Хотелось бы узнать, как услышали о РВ?
=) Кстати, пользуясь случаем, хочу сагитировать за проект http://distributed.org.ua/forum/index.php?showtopic=5227&st=30. Или WCG на выбор.
Ламер, дело не в скидке и цене, а в существовании лекарств. Когда они тебе понадобятся ты бы предпочел чтобы они существовали, по любой цене, не так ли?
Ламер, щяс те лекарства дорогие. позже когда технология будет доступна всем (а это кстати одна из особенностей РВ - ты можешь самостоятельно изучать результаты и делать лекарства) они будут дешевыми и доступными
Уже сейчас можно по почте получить разные белки и образцы ДНК, 20 лет назад такое не снилось самым лучшим лабораториям
Перестали приходити нові завдання:
05.12.2013 11:30:35 | Docking | update requested by user
05.12.2013 11:30:36 | Docking | Sending scheduler request: Requested by user.
05.12.2013 11:30:36 | Docking | Not requesting tasks: don't need
05.12.2013 11:30:39 | Docking | Scheduler request completed
Поки перейшов на WCG.
UPD: Станом на 6 грудня знову пішли завдання.
Случайно наткнулся на такое :
April 07, 2014 17:05 EST
With a heavy heart, we are announcing the retirement of the Docking@Home project. Unfortunately, we no longer have the resources to maintain the project. Starting on April 30, 2014 Docking@Home will no longer be distributing new jobs but will continue to collect results. On May 23, 2014 the server will stop accepting results as the project enters retirement. We hope that you can use this time to point your workers to new VC projects. (here is a link to active BOINC projects).
Over the past 9 years we’ve had 98,512 Volunteers contribute computing power from 264,535 hosts. We have granted a total of 5,422,290,917 credits, which means our volunteers contributed roughly 159,398,584 Hours (18,196 years!) of computation. Back in Jan we made all of the result data public and we will keep that interface active. Thank you to everyone that made Docking@home a success over the years. It’s been fun! Please join us on the forums to share your best and worst story from the project.
Over the past few months we’ve been working on bringing the ExSciTecH project to life. We hope that you will join us in our adventure on this new project. Feel free to stop by the ExSciTecH forums and say “Hi”!.
Thanks for your support over the years!
The Docking@Home Team
Скрепя сердце, сообщаем о прекращении проекта Docking@Home. К сожалению, у нас нет достаточно ресурсов, чтобы дальше поддерживать проект. Начиная с 30 апреля 2014 Docking@Home больше не будет выдавать новые задания, но будет продолжать принимать результаты. 23-го мая 2014 сервер перестанет принимать результаты, т.к. проект будет завершен.
Ну и дальше перечисляют сколько было за время существования проекта мемберов, хостов и т.д.
Вобщем скоро проект в "Retired Projects"
Кто чего ещё считает - досчитывайте.
Invision Power Board
© Invision Power Services