 Help Conquer Cancer, исследование структуры белков в раковых клетках |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Розподілені обчислення в Україні > Великі проекти розподілених обчислень > World Community Grid > Завершені проекти WCG
| Rilian |
  Nov 27 2007, 22:55
Пост
#1
|
 interstellar  Група: Team member Повідомлень: 17 162 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера  |
 Читайте статьи о проекте на нашем сайте: * Официальная статистика * FAQ по проекту help conquer cancer * Help Conquer Cancer * Help Conquer Cancer - результаты проекта, январь 2008 * Help Conquer Cancer - результаты проекта, май 2008 (в переводе) :onpc: * Help Conquer Cancer - результаты проекта, октябрь 2008 (в переводе) :onpc: * Сайт Института Рака в Онтарио Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid  WCG запускает новый проект "Помоги Победить Рак", занимающийся улучшением результатов исследований белков методом рентгеновской кристаллографии. Это поможет не только записать части протеономы человека, но и улучшает понимание возникновения, развития и методы борьбы с раком. Проект спонсирует Институт Рака в Онтарио, Канада. Перейти на официальную страницу  Если Вы желаете помочь ученым в понимании такой сложной, многогранной и беспощадной болезни как Рак — присоединяйтесь к проекту распределенных вычислений "Help Conquer Cancer" (Помоги Победить Рак) основанный учеными из "Ontario Cancer Institute (OCI)" (Институт Рака в Онтарио), "Princess Margaret Hospital" (Госпиталь Принцессы Маргарет» и "University Health Network" (Университетская Сеть Здоровья). Смысл помощи в том, чтобы предоставить ученым неиспользованное процессорное время вашего ПК для анализа фотографий белков сделанных методом "X-ray Crystallography" (Рентген кристаллография) с целью определения структуры этих белков и в дальнейшем понимания их роли в инициировании, течении и лечении Рака. Миссия Миссия проекта ПОМОГИ ПОБЕДИТЬ РАК состоит в том, чтобы улучшить результаты рентгеновской кристаллографии, которая помогает исследователям не только описать неизвестные структуры протеономы человека, но и большим образом понять как образуется рак, как он развивается, и как на него можно повлиять. Важность проекта Для того чтобы существенным образом повлиять на понимание рака и на его лечение, нужно не только открыть новые терапевтические подходы нацеленные на исследование метастаз (процесс распространения рака на другие органы тела), но и найти некие маркеры или структурные метки, с помощью которых можно было бы провести раннюю диагностику Во время изучения многих форм рака, исследователи смогли сделать некоторые открытия даже имея ограниченное представление об участвующих в образовании рака белках. Однако, чтобы глубже понять и найти более эффективные способы лечения, необходимо исследовать все вовлеченные в процесс белки, их структуру и функции, чем и занимается данный проект. В основном это белки, характерные для раковых клеток, а также белки которые в них подавляются. Также исследуются белки которые были модифицированы и изменили свою структуру под воздействием рака. С помощью рентгеновской кристаллографии исследователи смогут получить более точные данные о структуре этих белков. Это должно привести к более глубокому пониманию функций ракообразующих белков, и позволит найти потенциальные лекарства от смертельной болезни. С начала проекта обрабатывалось 85 млн изображений. По данным на 30 июня 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 115 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 230 млн заданий. По уточненным данным на 20 октября 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 105 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 210 млн заданий.  Более 560 (на 1 января 2011) человек из украинской команды распределенных вычислений отдают свободные мощности своих компьютеров на эти исследования. (Show/Hide) ------------------------------ Для большей скорости (прирост 40%) используйте 64-битную ОС! график проекта  видео о проекте Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 6 2011, 09:26 |
   |
 
|
|
  |
Відповідей(495 - 509)
| Bel |
Oct 17 2012, 20:23
Пост
#496
|
 Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
(TyphooNick @ Oct 17 2012, 21:17)  Rilian, понял, спасибо. Кстати, от величения буфера в этом проекте пользы ровно никакой. Поема, Колац - отзываются, а НСС нет. Сыроват еще... На форуме ВЦГ писали, что изначально для подключившегося(недавно) кранчера лимит заданий несколько ограничен. Если отправленные задания будут зачтены без проблем - лимит увеличится. Главное сейчас не посылать битые или абортнутые задания. Кстати это правило действует и в дальнейшем. Эдакое определения "доверия"  |
|
|
|
| Rilian |
Oct 17 2012, 21:36
Пост
#497
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 162 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
возможно это причина. кстати абортнутые на лимит не влияют. тока с ошибкой вычислений (error)
-------------------- |
|
|
|
| Rilian |
Oct 19 2012, 00:23
Пост
#498
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 162 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Апдейт по времени карт и времени процессора при этом
The following data was pulled from three hours of results returned for the Help Conquer Cancer project returned on Oct 17th, 2012. It shows some performance information for the different graphics cards. CODE graphics card num_results average_cpu average_elapsed AMD Radeon HD 7900 series (Tahiti) 2243 74 119 AMD Radeon HD 79x0 series (Tahiti) 6705 82 120 AMD Radeon HD 7800 series (Pitcairn) 163 100 144 AMD Radeon HD (unknown) 8592 80 148 GeForce 8800 GT 16 105 153 AMD Radeon HD 7700 series (Cape Verde) 690 90 180 GeForce GTX 580 3136 177 185 GeForce GTX 570 3183 188 196 AMD Radeon HD 6900 series (Cayman) 3454 87 203 GeForce GTX 470 1273 186 210 GeForce GTX 480 1012 209 215 Tesla C2075 14 216 218 ATI unknown 8832 101 221 GeForce GTX 590 601 216 222 ATI Radeon HD5800 series (Cypress) 1579 97 231 GeForce GTX 680 1013 237 241 ATI Radeon HD 5800 series (Cypress) 4592 95 242 AMD Radeon HD 6800 series (Barts) 3189 97 261 GeForce GTX 670 1395 255 263 ATI Radeon HD5700 series (Juniper) 1768 99 286 GeForce GTX 465 366 262 286 GeForce GTX 660 Ti 430 283 288 GeForce GTX 560 Ti 3558 283 293 ATI Radeon HD 5700 series (Juniper) 2247 100 304 GeForce 9400 GT 19 117 313 GeForce GTX 690 52 302 316 GeForce GTX 560 1558 313 325 GeForce GTX 460 v2 51 314 335 Quadro 5000 1 303 348 GeForce GTX 660 258 355 363 GeForce GTX 555 53 366 371 GeForce GTX 560 SE 32 371 371 GeForce GTX 580M 18 373 373 Quadro 4000 74 354 373 GeForce GTX 460 2076 357 376 GeForce GTX 285 375 393 406 GeForce GTX 275 379 381 407 GeForce GTX 280 80 392 417 GeForce GTX 670M 68 405 418 AMD Radeon HD 7400/7500/7600 serie (Trinity) 37 127 432 AMD Radeon HD 6x00 series (Turks) 1030 167 451 Tesla C1060 42 445 453 Quadro 4000M 9 451 457 GeForce GTX 550 Ti 1346 440 471 GeForce GTX 460 SE 83 452 482 ATI Radeon HD5x00 series (Redwood) 551 157 490 GeForce GTX 260 897 462 491 ATI Radeon HD 5x00 series (Redwood) 703 201 512 GeForce GTX 295 211 481 513 GeForce GT 545 46 520 520 GeForce GTS 450 953 467 520 GeForce GT 435M 1 74 522 Quadro FX 3800 92 429 526 GeForce GTX 560M 139 550 559 AMD SUPERSUMO 50 381 630 Quadro 2000 140 626 642 Quadro 2000D 64 614 646 AMD Radeon HD 6x00 series (Sumo) 222 427 649 GeForce GTX 460M 89 680 704 Quadro 2000M 131 429 705 GeForce GTX 570M 14 126 721 GeForce GT 330 22 752 772 GeForce GT 635M 18 779 779 GeForce GT 555M 182 463 793 GeForce GT 445M 5 178 865 GeForce GT 530 69 331 868 GeForce GT 240 245 795 878 GeForce GT 640 187 793 893 GeForce GT 420M 26 244 901 GeForce GT 550M 37 316 908 GeForce GTS 360M 45 661 912 GeForce GT 440 171 823 931 NVS 5400M 147 920 932 NVS 5200M 59 943 946 Quadro 1000M 228 657 964 GeForce GT 650M 79 1010 1020 GeForce GT 430 261 906 1036 Quadro 600 76 637 1054 GeForce GT 630M 59 1053 1060 GeForce GT 640M LE 10 1058 1061 GeForce GT 640M 12 1059 1062 GeForce GT 620 16 1070 1075 GeForce GT 540M 281 857 1090 GeForce GT 520MX 2 118 1127 GeForce GT 525M 62 658 1166 GeForce GT 425M 24 185 1208 GeForce GT 320 17 1145 1235 AMD Radeon HD 6300 series (Caicos) 290 1166 1268 GeForce GT 220 94 816 1272 ATI Radeon HD5x00 series (Cedar) 159 1253 1345 ATI Radeon HD 5x00 series (Cedar) 166 1258 1363 GeForce GT 335M 19 1073 1456 GeForce GTS 250M 9 239 1552 AMD Radeon HD 6250/6310 (Wrestler) 8 1688 2291 Quadro FX 1800M 7 1626 2441 AMD Radeon HD 6200/6300/7300 series (Wrestler) 43 2903 2957 http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...ad_thread,34078 Under 5 minutes: 480408 (80%) From 5-10 minutes: 89872 (15%) From 11-15 minutes: 11504 (1.9%) From 16 minutes on: 19256 (3.1%) -------------------- |
|
|
|
| Bel |
Oct 20 2012, 10:11
Пост
#499
|
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
319 days left - HCC
87 days left - HFCC |
|
|
|
| Rilian |
Oct 20 2012, 10:54
Пост
#500
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 162 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
QUOTE(Bel @ Oct 20 2012, 11:11) 319 days left - HCC 87 days left - HFCC HCC обещают закончить через 100-130 дней, а в HFCC возможно будет таргет 11, то есть + 3 месяца рассчетов -------------------- |
|
|
|
| TyphooNick |
Oct 21 2012, 16:06
Пост
#501
|
 кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 297 З нами з: 9-October 09 Користувач №: 1 178 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ASUS M IX Code + Core i7-7700K @ 5.00GHz + 16GB DDR4 3733MHz CL17 + Castom Liquid Cooling Pentium G2020 @ 2.90GHz |
Поделюсь, парни, своими изысканиями оптимальной настройки железа для проекта.
Была у меня проблема с тем, что мало заданий приходило, но уважаемые форумчане подсказали в чем дело, за что им спасибо. Да, через пару-тройку дней задания пошли нормально, в неограниченном количестве, но... Заметил, что в какой-то момент одно, два, три, или все четыре задания (обрабатываю по четыре за раз) <avg_ncpus>1.0</avg_ncpus> <max_ncpus>4.0</max_ncpus> <type>ATI</type> <count>.25</count> зависают и обрабатываются даже по 13 часов, пока не прервешь их обработку. Пытался и пять, и шесть заданий запускать через app_info, убрать разгон видеокарты, снизить частоту оперативки, переустановить видеодрайвер - все тщетно. З0-40 заданий обсчитает и повиснет. Но в какой-то момент два часа подряд обсчет прошел нормально. Вспоминаю, что сделал. Ага, отключил гипертрейдинг. Включаю - через 22 минуты все четыре задания повисают. Снова отключаю... Короче говоря, больше гипертрейдинг не включал и по сей день все в норме. Дальше посмотрел за сколько обрабатываються задания (MSI R7950 разогнана до 1100 MHz по ядру, процессор Core i7 2600K при ТВ 3800MHz, оператива - 1600MHz). При таких настройках 4 задания выполняються в среднем за 2.25 - 2.55, как когда. В этом времени львиную долю занимает работа процессора, когда видео обработает 99% задания. Разогнал процессор до 4200 MHz - время обработки существенно сократилось до 1.57 - 2.15, поднял оперативку с 1600 до 2133 MHz - время обработки стало еще меньше 1.45 - 2,05. Конечно, есть задания, которые выполняються и за 1.14.-1.25, но это редко. Среднее 1.45 - 2.05. App_info настроен на одновременное выполнение 4-х заданий. Если у кого такая проблема, как была у меня, - отключайте в BIOS Hyper-threading. Всем удачи. -------------------- (Show/Hide)   |
|
|
|
| Rilian |
Oct 21 2012, 17:06
Пост
#502
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 162 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
TyphooNick, спасибо за полезную информацию! я это отпишу на официальном форуме
-------------------- |
|
|
|
| Sonechko |
Oct 22 2012, 00:16
Пост
#503
|
 кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 311 З нами з: 27-June 08 З: Київ Користувач №: 768 Стать: НеСкажу Парк машин: Ryzen 1700X 3.6GHz, 32G RAM, MSI Gaming 2xRX480 4G |
Ще підкиньте АПП_ІНФО щоб працювало одночасно і ЦПУ, ато при моїй відусі коли простаює проц це зовсім не кошерно
 -------------------- ___
 ___ |
|
|
|
| Arbalet |
Oct 22 2012, 00:20
Пост
#504
|
 Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
Наконец-то у видеокарточек в РВ нашлось достойное применение!
 -------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| Arbalet |
Oct 24 2012, 16:44
Пост
#505
|
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
На одном из компов ВНЕЗАПНО перестали давать задания не только для НCC, но и вообще для любого проекта WCG.
 24.10.2012 17:24:44 | World Community Grid | update requested by user 24.10.2012 17:24:49 | World Community Grid | Sending scheduler request: Requested by user. 24.10.2012 17:24:49 | World Community Grid | Requesting new tasks for ATI 24.10.2012 17:24:53 | World Community Grid | Scheduler request completed: got 0 new tasks 24.10.2012 17:24:53 | World Community Grid | Сообщение от сервера: Этот проект не поддерживает компьютеры типа anonymous WCG перезапускал, BOINC обновлял, ясно и недвусмысленно учетная запись в проекте на Arbalet. Шо ему надо? -------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| Rilian |
Oct 24 2012, 16:51
Пост
#506
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 162 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
у тебя гдето прописано что платформа стала anonymous
app_info неправильный ? -------------------- |
|
|
|
| Arbalet |
Oct 24 2012, 17:57
Пост
#507
|
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
(Rilian @ Oct 24 2012, 17:51) у тебя гдето прописано что платформа стала anonymous поиском нашел упоминание anonymous в 2 файла, связанных с WCG: sched_reply_www.worldcommunitygrid.org.xml ... <scheduler_reply> <scheduler_version>701</scheduler_version> <dont_use_dcf/> <master_url>http://www.worldcommunitygrid.org/</master_url> <request_delay>86400.000000</request_delay> <message priority="notice">_("This project doesn't support computers of type") anonymous</message> ... sched_request_www.worldcommunitygrid.org.xml ... <estimated_delay>0.000000</estimated_delay> <client_cap_plan_class>1</client_cap_plan_class> <platform_name>anonymous</platform_name> <code_sign_key> ... есть еще упоминание об anonymous в этих двух боинковских файлах: client_state.xml ... <send_time_stats_log>0</send_time_stats_log> <send_job_log>0</send_job_log> <anonymous_platform/> <dont_use_dcf/> <rsc_backoff_time> <name>CPU</name> <value>0.000000</value> </rsc_backoff_time> <rsc_backoff_interval> <name>CPU</name> <value>0.000000</value> </rsc_backoff_interval> ... и аналогичный кусок кода в client_state_prev.xml И как это можно вылечить? -------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| LSA |
Oct 24 2012, 20:05
Пост
#508
|
 кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 623 З нами з: 7-October 07 З: Kyiv Користувач №: 596 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Й9450 8G DDR2 QA90 16G DDR3 GTX 482 |
Можливо треба резетнуть проект.(копію файлів збережи і апп_інфо в папці проекту грохни.) а потім танці з апп...
-------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
,++++
| Arbalet |
Oct 24 2012, 20:16
Пост
#509
|
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
(LSA @ Oct 24 2012, 21:05) Можливо треба резетнуть проект.(копію файлів збережи і апп_інфо в папці проекту грохни.) а потім танці з апп... Проект я резетил уже неоднократно, и убивал апп. Не помогает - где-то в настройках сидит этот анонимус. -------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| LSA |
Oct 24 2012, 20:34
Пост
#510
|
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 623 З нами з: 7-October 07 З: Kyiv Користувач №: 596 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Й9450 8G DDR2 QA90 16G DDR3 GTX 482 |
А видалить проект і заново підключити пробував?
-------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
|
|
|
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:
|
Lo-Fi Версія | Поточний час: 3rd August 2025 - 00:44 |