 FightAIDS@home, поиск лекарств от ВИЧ и СПИДа |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Розподілені обчислення в Україні > Великі проекти розподілених обчислень > World Community Grid > Завершені проекти WCG
|
  |
| Rilian |
 Apr 10 2013, 19:10
Пост
#181
|
 interstellar  Група: Team member Повідомлень: 17 203 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: 2 ноути і 4 компа  |
WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:
Current Batch - 38,912 Projected Days Left - 358 Projected End Date - March 22, 2014 Experiment Completion - 45.93 % -------------------- |
   |
 
|
| Rilian |
Apr 15 2013, 16:47
Пост
#182
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 203 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: 2 ноути і 4 компа |
WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:
Current Batch - 39,103 Projected Days Left - 327 Projected End Date - Feb 19, 2014 Experiment Completion - 47.55 % -------------------- |
|
|
|
| Rilian |
May 5 2013, 08:39
Пост
#183
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 203 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: 2 ноути і 4 компа |
April 28, 2013 update
WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks: Current Batch - 39,421 Projected Days Left - 284 Projected End Date - Feb 5, 2014 Experiment Completion - 50.27 % -------------------- |
|
|
|
| Rilian |
May 5 2013, 17:02
Пост
#184
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 203 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: 2 ноути і 4 компа |
WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:
Current Batch - 39,602 Projected Days Left - 272 Projected End Date - February 1, 2014 Experiment Completion - 51.81 % -------------------- |
|
|
|
| Rilian |
May 12 2013, 19:52
Пост
#185
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 203 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: 2 ноути і 4 компа |
WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:
Current Batch - 39,825 Projected Days Left - 242 Projected End Date - January 9, 2014 Experiment Completion - 53.72% -------------------- |
|
|
|
| Rilian |
May 20 2013, 08:20
Пост
#186
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 203 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: 2 ноути і 4 компа |
WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:
Current Batch - 40,056 Projected Days Left - 217 Projected End Date - December 22, 2013 Experiment Completion - 55.69% -------------------- |
|
|
|
| Rilian |
May 25 2013, 09:53
Пост
#187
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 203 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: 2 ноути і 4 компа |
я почитал внимательнее описание текущего эксперимента номер 41 -- http://fightaidsathome.scripps.edu/status
QUOTE Experiment 41 involves screening the Enamine library of 2.345 million compounds against the two allosteric sites on the surface of HIV protease. This experiment is similar to Exp. 36, but a different, much larger library of compounds is being screened, and some new targets are being included. The first part of this experiment involves docking compounds against the two allosteric-fragment-bound crystal structures presented in our recent article in Chemical Biology and Drug Design, vol. 75: 257-268 (March 2010). Three other, brand new crystal structures from Dave Stout's lab that involve allosteric fragments bound to these two sites on the surface of HIV protease are also being used as targets. Two of these new targets are presented in a new research manuscript from the Stout lab that is currently being peer-reviewed. When this paper is accepted, we will describe these targets in more detail and provide a link to this new paper. Alien может меня поправить, но как я понял, Alex Perryman, главный ученый FAAH и GFAM, открыл новый способ рассчитывать ингибиторы к белкам, используя только опеределенную часть белка. То есть с помощью рентгеновской кристаллографии они определяют 3Д структуру части белка, оцифровывают ее, и используют докинг, перебирая все возможные синтетические белки, чтобы проверить их влияние на исходный белок, участвующий в образовании определенных болезней (ВИЧ, малярия). В тексте также пишется что помимо 2 своих частей белков ВИЧ, Алекс использует 3 новых структуры из лаборатории Dave Stout -- http://www.scripps.edu/stout/Stout%20Websi...blications.html Я зашел на их сайт, и у этой лаборатории за 5 месяцев этого года (2013) уже сделано 9 публикаций! Вобщем, можно сказать что FAAH находится на самом передовом фронте биоинформатических исследований, и очень важно их поддерживать в данный момент!  -------------------- |
|
|
|
| Rilian |
May 26 2013, 19:14
Пост
#188
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 203 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: 2 ноути і 4 компа |
WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:
Current Batch - 40,247 Projected Days Left - 200 Projected End Date - December 12, 2013 Experiment Completion - 57.32% -------------------- |
|
|
|
| Alien |
May 26 2013, 19:46
Пост
#189
|
 Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
QUOTE(Rilian @ May 25 2013, 10:53)  Alien может меня поправить, но как я понял, Alex Perryman, главный ученый FAAH и GFAM, открыл новый способ рассчитывать ингибиторы к белкам, используя только опеределенную часть белка. То есть с помощью рентгеновской кристаллографии они определяют 3Д структуру части белка, оцифровывают ее, и используют докинг, перебирая все возможные синтетические белки, чтобы проверить их влияние на исходный белок, участвующий в образовании определенных болезней (ВИЧ, малярия). Я не вчитывался, но там идея должна быть такой. Получаем координаты белка, а если его какой-то части нет - домоделировать. Далее оптимизировать структуру, а потом если известен активный сайт подбирать к нему лиганды. Судя по всему, они ищут несколько сайтов на белке, что интересно. Вижу в его статье 2011 года они используют МД, что есть правильно, т.к. структура полученная после кристаллизации не есть конформационно нативной, в отличии от полученной методом ЯМР. То есть, результаты полученные после докинга на часть кристалла не есть информативными и являются малоперспективными без дальнейшего изучения комплекса методам МД. Они могут иметь малую корреляцию с экспериментом, а успешность подбора может и не достигать 0.1 %. Подобранный успешный лиганд может еще негативно влиять на один из остальных 99.99% белков из-за чего он не будет внедрен в практику лечения. Вывод: необходимо обращать внимание на работы, которые используют современные подходы к изучению проблемы. Это комбинированные методы докинг->МД->ММ\КМ. Докинг на статическую структуру да и еще рентген мало что даст на практике. У нас тоже проводили изучения на вич протеазе - http://librar.org.ua/sections_load.php?s=b...sciences&id=303 (можно скачать автореферат). -------------------- |
|
|
|
| Rilian |
May 26 2013, 19:49
Пост
#190
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 203 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: 2 ноути і 4 компа |
Спасибо. Значит все хорошо!
Алиен, просьба, пройдись по всем активным проектам и выскажи свое мнение как ученого об их методах вычислений и пользе науке! -------------------- |
|
|
|
| Alien |
May 26 2013, 19:56
Пост
#191
|
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
постараюсь в четверг\пятницу проглянуть.
-------------------- |
|
|
|
| Rilian |
May 29 2013, 10:12
Пост
#192
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 203 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: 2 ноути і 4 компа |
WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:
Current Batch - 40,250 Projected Days Left - 187 Projected End Date - December 1, 2013 Experiment Completion - 57.34% Projected WU remaining approximately 23,000,000 Cheers -------------------- |
|
|
|
| Rilian |
May 31 2013, 22:42
Пост
#193
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 203 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: 2 ноути і 4 компа |
-------------------- |
|
|
|
| Rilian |
Jun 9 2013, 16:54
Пост
#194
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 203 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: 2 ноути і 4 компа |
WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:
Current Batch - 40,665 Projected Days Left - 156 Projected End Date - November 11, 2013 Experiment Completion - 60.88% -------------------- |
|
|
|
| Rilian |
Jun 13 2013, 23:19
Пост
#195
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 203 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: 2 ноути і 4 компа |
Новая информация о проекте
We also started collaborating with many other prominent experts on HIV, as part of a newly-created Center called the "HIVE". See: http://fightaidsathome.scripps.edu/ and http://hive.scripps.edu/ . In fact, we will soon expand the FightAIDS@Home project and start targeting three different allosteric sites on HIV reverse transcriptase that were recently discovered and three different allosteric sites of HIV integrase that were also recently discovered. In addition, we will soon add the ability to perform docking calculations with the software "AutoDock Vina" on FightAIDS@Home, which will enable us to increase the speed and scale of our virtual screens against these three drug targets from HIV/AIDS by several orders of magnitude. Вкратце, создан новый центр по изучению ВИЧ А также, проект будет проводить эксперименты на 6 недавно открытых точках ВИЧ   Мы на самом остром краю исследований!  -------------------- |
|
|
|
|
|
|
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:
|
Lo-Fi Версія | Поточний час: 20th September 2026 - 06:07 |