 Rosetta@home, проектирование новых белков |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
| Dimych |
  May 29 2007, 12:12
Пост
#1
|
 Так, я створив профіль! Група: New Members Повідомлень: 2 З нами з: 29-May 07 Користувач №: 522 Стать: Чол  |
 Проект "Rosetta@home" ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Официальный сайт Официальная статистика по команде "Ukraine" ТОП-20 участников:  ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- BOINC 6 Versions Change Log ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua Чтобы подключиться: 0) установите BOINC 1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\ 2) в файл поместите текст CODE <account> <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url> <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator> <project_name>rosetta@home</project_name> </account> 3) перезагрузите BOINC ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Описание проекта: Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote] взято отсюда PROMO VIDEO new! Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день. Для этого: 1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project 2. выберите Target CPU run time = 1 day 3. нажмите Update 4. откройте БОИНК менеджер 5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View 6. выберите первую вкладку 7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева 8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию) Статья в журнале LiveScience.com Мини FAQ Исследование болезней Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ? Rosetta@Home FAQ Описание структур и методов моделирования белков Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений Реферат по Росетте Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) Марка по теме проекта:  ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Статус сервера выдачи заданий:  Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12 |
   |
 
|
|
  |
Відповідей(90 - 104)
| badman |
Sep 2 2008, 08:42
Пост
#91
|
 Соромлюсь щось писати  Група: New Members Повідомлень: 8 З нами з: 2-September 08 Користувач №: 812 Стать: Чол Парк машин: Много хороших и разных ;) |
Хай пипл! Присоединяюсь к проекту. На первое место по RAC не замахиваюсь (пока
 ), а вот второе будет моим . Кодак, подвинься  |
|
|
|
| nikelong |
Sep 2 2008, 08:52
Пост
#92
|
 Тера ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 11 909 З нами з: 19-March 05 Користувач №: 92 Стать: Чол |
badman,
Хорошие новости! welcome aboard! --------------------   |
|
|
|
| Rilian |
Sep 2 2008, 11:07
Пост
#93
|
 interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 162 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
* abroad
-------------------- |
|
|
|
| mad |
Sep 2 2008, 13:20
Пост
#94
|
 folder Група: Trusted Members Повідомлень: 211 З нами з: 21-June 07 З: Вінниця, Україна Користувач №: 538 Стать: Чол Парк машин: (2xE5520, 16 GB) x 4 E7200, Q8300, Q9x00 |
(Rilian @ Sep 2 2008, 12:07 PM)  * abroad Ну тут кому куда больше нравится --------------------  |
|
|
|
| Rilian |
Sep 2 2008, 14:49
Пост
#95
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 162 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Смените кто-нибудь линк тут
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_dis...credit&offset=0 на https://distributed.org.ua/forum/index.php?showforum=26 -------------------- |
|
|
|
| Rilian |
Sep 8 2008, 13:07
Пост
#96
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 162 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
-------------------- |
|
|
|
| Rilian |
Sep 17 2008, 01:53
Пост
#97
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 162 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Распределенными усилиями мозгов (_Kodak_) и rilian пофиксили описание команды на нашей оф страничке http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_dis....php?teamid=328
-------------------- |
|
|
|
| (_KoDAk_) |
Oct 29 2008, 00:52
Пост
#98
|
 BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
1 новость
The minirosetta application has been updated to version 1.39. In this version, we added two important applications to minirosetta, docking and protein folding with explicit zinc metal ion. New features have been added to the graphic to show chain colors for a multi-chain protein complex and display metal ions by sphere 2 єто баг на сайте интересная дата новой новости Приєднані зображення  
--------------------  - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "  (Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
|
|
|
| Rilian |
Oct 29 2008, 00:57
Пост
#99
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 162 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Кодак, лучшие предсказатели рассчитываются каждый день и висят в отдельном блоке выше основных новостей
-------------------- |
|
|
|
| (_KoDAk_) |
Oct 29 2008, 01:09
Пост
#100
|
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
ну а почему тогда сегодняшняя новость датирована 10 иЮня ?
предыдущая новость была Oct 18, 2008 -------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет " (Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
|
|
|
| Rilian |
Oct 29 2008, 01:15
Пост
#101
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 162 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Наверное при создании новости они вводят дату вручную, и получилось не 10/6 а 6/10
-------------------- |
|
|
|
| (_KoDAk_) |
Oct 29 2008, 01:18
Пост
#102
|
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
но сегодня 29.10.2008 !""!!!""!
-------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет " (Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
|
|
|
| Death |
Oct 29 2008, 14:49
Пост
#103
|
 <script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
то есть 10/29/2008?
-------------------- |
|
|
|
wbr, Me. 
Dead J
| (_KoDAk_) |
Oct 30 2008, 08:30
Пост
#104
|
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
вот они и исправили дату
-------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет " (Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
|
|
|
| (_KoDAk_) |
Oct 31 2008, 21:47
Пост
#105
|
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
появилось новое расчетное ядро Rosetta Mini with new score terms 1.02
про него David Baker сказал: QUOTE We just got good news from the CASP organizers--our results were among the best at casp8 and we have been asked to describe the methods we used -- including all of your work -- at the CASP8 meeting in December. There are a number of evaluations of the performance of the automatic servers at CASP8 available on the web, and comparison of our models to the servers shows that all of your efforts led on average to quite a bit better models. Of course, we don't yet know other "human" groups did on the CASP8 targets--for this we will have to wait for the meeting! I'm also excited because I've been working on improvements to the energy function which underlies most rosetta@home calculations, and the first tests of the improvements should run on rosetta@home this next week! We have many exciting calculations just starting to run on rosetta@home! If you split your computational resources between several different projects this would be a good time to temporarily increase rosetta@home's share. We are testing many new methods (see Chu's post today about zinc binding proteins for one of them) and we are eagerly examining each new work unit coming back from your computers. I am very excited personally as I'm doing the first large scale test of (what I think are) improvements in the energy function underlying the searches that I've been working on the past few months (these are the work units with "split" in them). Мы только что получили хорошие новости из CASP организаторов - наши результаты были одними из лучших на casp8 и мы попросили описать метод мы использовали - в том числе все ваши работы - на CASP8 заседании в декабре. Есть ряд оценок исполнении автоматическому серверов на CASP8 доступны в Интернете, и сравнение наших моделей для серверов, показывает, что все Ваши усилия привели в среднем немного лучше моделей. Конечно, мы пока не знаем, других "человеческих" группы сделал CASP8 задач - для этого нам придется ждать встречи! Я также рады, потому что я уже работал на улучшение энергетической функции, которая лежит в основе большинства Rosetta @ Home расчеты, и первые испытания улучшения должны работать на Rosetta @ Home этом на следующей неделе! У нас много интересных расчеты только начинают работать на Rosetta @ Home! Если разделить ваши вычислительные ресурсы между несколькими различными проектами, это было бы хорошим временем для временно увеличить Rosetta @ Home долю. Мы проводим тестирование множества новых методов (см. Чу должность сегодня около цинк обязательного белков для одного из них) и мы с нетерпением изучении каждой новой работой подразделения возвращаются из вашего компьютера. Я лично очень рады, как я делаю первые крупномасштабные испытания (то, что я думаю, являются) повышение энергетической функции, лежащие в основе поисков, что я работал на протяжении последних нескольких месяцев (эти работы подразделения с "сплит "В них). -------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет " (Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
|
|
|
|
|
|
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:
|
Lo-Fi Версія | Поточний час: 5th August 2025 - 12:32 |