 Help Conquer Cancer, исследование структуры белков в раковых клетках |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Розподілені обчислення в Україні > Великі проекти розподілених обчислень > World Community Grid > Завершені проекти WCG
| Rilian |
  Nov 27 2007, 22:55
Пост
#1
|
 interstellar  Група: Team member Повідомлень: 17 161 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера  |
 Читайте статьи о проекте на нашем сайте: * Официальная статистика * FAQ по проекту help conquer cancer * Help Conquer Cancer * Help Conquer Cancer - результаты проекта, январь 2008 * Help Conquer Cancer - результаты проекта, май 2008 (в переводе) :onpc: * Help Conquer Cancer - результаты проекта, октябрь 2008 (в переводе) :onpc: * Сайт Института Рака в Онтарио Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid  WCG запускает новый проект "Помоги Победить Рак", занимающийся улучшением результатов исследований белков методом рентгеновской кристаллографии. Это поможет не только записать части протеономы человека, но и улучшает понимание возникновения, развития и методы борьбы с раком. Проект спонсирует Институт Рака в Онтарио, Канада. Перейти на официальную страницу  Если Вы желаете помочь ученым в понимании такой сложной, многогранной и беспощадной болезни как Рак — присоединяйтесь к проекту распределенных вычислений "Help Conquer Cancer" (Помоги Победить Рак) основанный учеными из "Ontario Cancer Institute (OCI)" (Институт Рака в Онтарио), "Princess Margaret Hospital" (Госпиталь Принцессы Маргарет» и "University Health Network" (Университетская Сеть Здоровья). Смысл помощи в том, чтобы предоставить ученым неиспользованное процессорное время вашего ПК для анализа фотографий белков сделанных методом "X-ray Crystallography" (Рентген кристаллография) с целью определения структуры этих белков и в дальнейшем понимания их роли в инициировании, течении и лечении Рака. Миссия Миссия проекта ПОМОГИ ПОБЕДИТЬ РАК состоит в том, чтобы улучшить результаты рентгеновской кристаллографии, которая помогает исследователям не только описать неизвестные структуры протеономы человека, но и большим образом понять как образуется рак, как он развивается, и как на него можно повлиять. Важность проекта Для того чтобы существенным образом повлиять на понимание рака и на его лечение, нужно не только открыть новые терапевтические подходы нацеленные на исследование метастаз (процесс распространения рака на другие органы тела), но и найти некие маркеры или структурные метки, с помощью которых можно было бы провести раннюю диагностику Во время изучения многих форм рака, исследователи смогли сделать некоторые открытия даже имея ограниченное представление об участвующих в образовании рака белках. Однако, чтобы глубже понять и найти более эффективные способы лечения, необходимо исследовать все вовлеченные в процесс белки, их структуру и функции, чем и занимается данный проект. В основном это белки, характерные для раковых клеток, а также белки которые в них подавляются. Также исследуются белки которые были модифицированы и изменили свою структуру под воздействием рака. С помощью рентгеновской кристаллографии исследователи смогут получить более точные данные о структуре этих белков. Это должно привести к более глубокому пониманию функций ракообразующих белков, и позволит найти потенциальные лекарства от смертельной болезни. С начала проекта обрабатывалось 85 млн изображений. По данным на 30 июня 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 115 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 230 млн заданий. По уточненным данным на 20 октября 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 105 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 210 млн заданий.  Более 560 (на 1 января 2011) человек из украинской команды распределенных вычислений отдают свободные мощности своих компьютеров на эти исследования. (Show/Hide) ------------------------------ Для большей скорости (прирост 40%) используйте 64-битную ОС! график проекта  видео о проекте Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 6 2011, 09:26 |
   |
 
|
|
  |
Відповідей(150 - 164)
| EKONOMIST |
Mar 23 2010, 23:24
Пост
#151
|
 kранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 84 З нами з: 12-January 09 Користувач №: 902 Стать: Чол Парк машин: Дабл-дуб e5200 8800GTS (g80) Два дуба e4600 9600GSO (g92) Atom n450 |
Досчитал, цпу-тайм 1.93, второе примерно с тем же результатом будет - таки да, телега походу долго разгонялась... Начислили 44 попугая. Однако непонятно, как JmBoullier'у удалось на ку 6600 3ггц посчитать их за час
--------------------  |
|
|
|
| vitalidze1 |
Mar 24 2010, 09:25
Пост
#152
|
 ЮЗЕР Група: Trusted Members Повідомлень: 1 367 З нами з: 17-May 09 З: Вінниця Користувач №: 1 029 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ~15-20 компліхтерів. |
Не всі завдання однаково жирні, навіть бети.
В мене Звичайні HCC -10 годин , Бета -3,5. Прирост єсть. --------------------    |
|
|
|
| Rilian |
Mar 24 2010, 11:40
Пост
#153
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 161 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Досчитал 4 ВЮ на одном и том же компе 2.1GHz
в нативном MacOS 10.6.2 (64bit) BOINC 6.10.21 время ВЮ 1.29 и 1.34 в виртуалке WinXP SP3 (32bit) BOINC 6.10.32 время ВЮ 3.01 и 3.77 точно время не помню, но раньше HCC на маке считалось порядка 4-5 часов. В виртуалке HCC не считал -------------------- |
|
|
|
| Death |
Mar 24 2010, 17:34
Пост
#154
|
 <script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
поставь вирт винду тоже 64 )))
-------------------- |
|
|
|
wbr, Me. 
Dead J
| Rilian |
Mar 26 2010, 01:31
Пост
#155
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 161 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
The major optimization was to rearrange a calculation that allocated/deallocated multiple arrays per pass through an inner loop (called millions of times). Now the largest two arrays in the calculation have been factored-out, greatly reducing the memory-juggling. Our tests on a CentOS 64 platform showed a 2x improvement. I like your 3x results even more! Christian A. Cumbaa Research Associate, Ontario Cancer Institute -------------------- |
|
|
|
| Rilian |
 Mar 26 2010, 13:21
Пост
#156
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 161 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Выпустили пресс-релиз за март 2010
 Dear WCG members. Thank you for your generous donation of computing resources to our project. We are excited about our progress, which we summarize in the March 2010 progress update: http://www.cs.toronto.edu/~juris/WCG/index.html Importantly, an updated version of our image analysis program has passed the Bete testing and has been released today. Resulting from a collaboration with the IBM Toronto Software Lab, the optimized HCC software will process work units in less than half the time. Since the launch of HCC project in November 2007, WCG members contributed over 46,906 years of run time, averaging over 53 years of computation per day. To date 64,724,807 results were returned (Statistics Last Updated: 3/26/10 00:05:59 (UTC)). Using 12,375 primary features computed by the HCC project are augmented by a set of 2,533 features computed from the primary, creating a final set of 14,908 features. These image features and a massive training set of 165,351 hand-scored images were used to train multiple Random Forest classifiers that accurately recognize multiple crystallization outcomes, including crystals, clear drops, precipitate, and others. The system successfully recognizes 80% of crystal-bearing images and 95% of clear drops. Some of these results have recently been summarized and published in the Journal of Structural and Functional Genomics: Cumbaa, C. A. and Jurisica, I. Protein crystallization analysis on the World Community Grid, J Struct Funct Genomics, 11(2): R13, 2010. We are happy to announce a significant performance improvements to the Help Conquer Cancer project. Resulting from a collaboration with the IBM Toronto Software Lab, the optimized HCC software will process work units in less than half the time. thank you, Igor Jurisica -------------------- |
|
|
|
| vitalidze1 |
Mar 26 2010, 13:28
Пост
#157
|
|
ЮЗЕР Група: Trusted Members Повідомлень: 1 367 З нами з: 17-May 09 З: Вінниця Користувач №: 1 029 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ~15-20 компліхтерів. |
Цікаво коли 6,08 бета стане дефолтною?
-------------------- |
|
|
|
| Rilian |
Mar 26 2010, 13:37
Пост
#158
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 161 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
QUOTE(vitalidze1 @ Mar 26 2010, 13:28)  Цікаво коли 6,08 бета стане дефолтною? Кстати! Новая оптимизированная версия уже выпущена в продакшн с 25 марта. Сейчас досчитывается последняя пачка заданий на старом клиенте! Еще через некоторое время WCG админы планируют объединять по несколько ВЮ в одну, чтобы уменьшить кол-во отправляемых заданий и нагрузку на серверы, а также уравнять среднее время ВЮ до "стандартных" 6 часов -------------------- |
|
|
|
| vitalidze1 |
Mar 26 2010, 14:23
Пост
#159
|
|
ЮЗЕР Група: Trusted Members Повідомлень: 1 367 З нами з: 17-May 09 З: Вінниця Користувач №: 1 029 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ~15-20 компліхтерів. |
(Rilian @ Mar 26 2010, 13:37) (vitalidze1 @ Mar 26 2010, 13:28) Цікаво коли 6,08 бета стане дефолтною? Кстати! Новая оптимизированная версия уже выпущена в продакшн с 25 марта. Сейчас досчитывается последняя пачка заданий на старом клиенте! Еще через некоторое время WCG админы планируют объединять по несколько ВЮ в одну, чтобы уменьшить кол-во отправляемых заданий и нагрузку на серверы, а также уравнять среднее время ВЮ до "стандартных" 6 часов Чудово, чекаємо нових вушок, ті, що пожирніші) -------------------- |
|
|
|
| Tamagoch |
Mar 26 2010, 20:49
Пост
#160
|
 Мультікранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 731 З нами з: 27-September 03 З: Бровари Користувач №: 18 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Xeon 2690v2 (6x quiet mode), AMD Ryzen 5 3600 (6x no-HT), Intel i5 3rd gen (4x), а також все інше під рукою |
помогу досчитать 6.06
заодно бэджиков наберу  -------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| vitalidze1 |
Mar 26 2010, 22:36
Пост
#161
|
|
ЮЗЕР Група: Trusted Members Повідомлень: 1 367 З нами з: 17-May 09 З: Вінниця Користувач №: 1 029 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ~15-20 компліхтерів. |
В мене в черзі вже накачало 6,08, чекаю поки 6,06 доопрацюю.
 -------------------- |
|
|
|
| Rilian |
Mar 27 2010, 00:08
Пост
#162
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 161 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
У меня уже идет 6.08
Итак, проект официально ускоряется в 2-3 раза  -------------------- |
|
|
|
| kornq |
Mar 27 2010, 15:41
Пост
#163
|
 kранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 107 З нами з: 10-April 09 З: Киев Користувач №: 991 Стать: Чол Парк машин: Intel E6700@3,00Ghz + ATI RADEON 5870 1GB |
(Rilian @ Mar 27 2010, 00:08) У меня уже идет 6.08 Итак, проект официально ускоряется в 2-3 раза Хорошая новость( а то как то до декабря 2011 года, грустно), надеюсь на качество просчетов не повлеяет. -------------------- Медали в WCG -
 (Show/Hide) |
|
|
|
| Rilian |
Mar 27 2010, 15:54
Пост
#164
|
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 161 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
По моим прогнозам эта фаза проекта закончится менее чем через 400 дней, до августа 2011
todo: посмотреть на этот пост через 400 дней -------------------- |
|
|
|
| kornq |
Mar 27 2010, 22:01
Пост
#165
|
|
kранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 107 З нами з: 10-April 09 З: Киев Користувач №: 991 Стать: Чол Парк машин: Intel E6700@3,00Ghz + ATI RADEON 5870 1GB |
Задания на 6.08 стали короче чутли не в два раза и кредиты тоже, оперативки немного меньше требуют хотя и раньше было немного.
-------------------- Медали в WCG -
(Show/Hide) |
|
|
|
|
|
|
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:
|
Lo-Fi Версія | Поточний час: 7th July 2025 - 00:40 |