Українська команда з розподілених обчислень

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Позиция команды в рейтинге
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"
• Статистика polarSETI по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Статус подсчета блоков ВЮ (work units)

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:


02.02.2009


2.03.2009


----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome



http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

https://distributed.ru/wiki/pro:simap

И мы уже на 27 командном месте по очках, и 14-е по суточным сдивам!

импортировали какую-то огромную базу данных для обработки, работы хватит на 3 месяца

по текущему состоянию,

Project status: running
Hosts active: 12,209
Work distributed: 43 %
Remaining: 58 days

Rilian, Мы ее уже месяц считаем! Присоединяйтесь!

Project status: running
Hosts active: 11,735
Work distributed: 52 %
Remaining: 58 days

SIMAP: Last workunit series before returning to periodic work

2011-03-30: The tremendous update of millions of new environmental sequences is almost finished. Thanks to all users for crunching these many workunits. We will now calculate the new sequences from protein databases available until end of March, to generate the April 2011 release of SIMAP. After these workunits we will return to the periodic operation of BOINCSIMAP, having new workunits only in the beginning of every month. Best, Thomas

Накранчили 10 лямов в проекте!

Текущая цель на 2011 год (25 место) - Выполнено! (24)


Текущий статус проекта:

Hosts active: 10,943
Work distributed: 89 %
Remaining: 17 days

Досчитываем последние большие пачки, после чего переходим к привычным расчетам (выдача небольших порций заданий вначале каждого месяца)

надеюсь учёным это поможет )))

Кстати, кто хочет может себе скачать базу симапа

http://fileshare.csb.univie.ac.at/simap/


Index of /simap

Name Last modified Size Description
Parent Directory -
blast2go.gz 14-Mar-2011 21:34 346M
environmental/ 14-Mar-2011 21:34 -
features_BlastProDom.gz 14-Mar-2011 09:18 9.5M
features_Coil.gz 14-Mar-2011 19:59 57M
features_FPrintScan.gz 14-Mar-2011 09:28 132M
features_Gene3D.gz 14-Mar-2011 19:56 421M
features_HAMAP.gz 14-Mar-2011 21:17 29M
features_HMMPIR.gz 14-Mar-2011 18:40 24M
features_HMMPanther.gz 14-Mar-2011 16:10 337M
features_HMMPfam.gz 14-Mar-2011 18:39 494M
features_HMMSmart.gz 14-Mar-2011 18:49 145M
features_HMMTigr.gz 14-Mar-2011 18:53 89M
features_PatternScan.gz 14-Mar-2011 19:09 96M
features_ProfileScan.gz 14-Mar-2011 19:03 178M
features_Seg.gz 14-Mar-2011 21:16 348M
features_SignalP.gz 14-Mar-2011 20:14 243M
features_TMHMM.gz 14-Mar-2011 20:49 165M
features_TargetP.gz 14-Mar-2011 20:37 310M
features_superfamily.gz 14-Mar-2011 19:32 405M
proteins.gz 14-Mar-2011 09:18 941M
readme.txt 05-Dec-2010 16:34 1.9K
sequences.gz 14-Mar-2011 09:14 2.5G

мало ли, зачем такое в хозяйстве может пригодиться...

2011-08-17: Due to regular construction work the power in one of our server rooms will be completely shut down on Aug 24 and 25. This will also affect the BOINC database and web servers. We will therefore shut down the entire BOINC project from Aug 24, approx. 10 a.m. to Aug 25, approx. 3 p.m. During this time BOINCSIMAP will not be available at all. We apologize for this outage and will keep the downtime as short as possible. Best regards, Thomas

Проект будет выключен 24 И 25 августа 2011 всвязи со строительными работами в их серверной комнате

Є завдання
Нас всі обходять - Налітай!

Ще вчора налетів )))

Ребята, я с вами.
Вошел в статистику.

Кто-то, где-то здесь спрашивал про диабет. Премьер-министр Баварии Хорст Зеехофер, открывает Diabetes Research Department в Helmholtz Zentrum München вместе с техническим университетом Мюнхена (TUM). А TUM в партнёрах у SIMAP. Это конечно, практически мало что значит, но так вокруг, да около.
Пресс-релиз

2012-02-01: With the new server software release installed in the end of January we experienced that many more workunits are sent to the hosts as usual. We are currently investigating this, seems that the project contiguration settings are differently interpreted by the new software. To avoid total overload of hosts by SIMAP results, we have reduced the daily maximal number of results per host to 300. We will check and adapt this limit during the next days continuously. Best regards Thomas

с этого дня на хост выдадут не более 300 ВЮх

...ежедневно.