Українська команда з розподілених обчислень

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:




Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12

Ну а у меня от двухьядерного компа отдано 40% на ВЦГ, 40% на розетту. и 20% на Сетихоум. Какое значение лучше всего МНЕ дла розетты ставить? А то я не очень понял прошлый пример ))

Dromage, для проекта важнее 24-часовые задания, особенно если ты их оставляешь в памяти при остановке

если ты не оставляешь в памяти либо выключаешь комп каждый день, то 6 часов покатит

Mar 14, 2012
Rosetta@Home software updated to version 3.24. This update includes support for symmetry in the hybrid protocol for comparative modeling.

тодо добавить в шапко фридс стат

Mar 30, 2012
Journal post from David Baker

In the last two months we believe we have made quite a breakthrough in structure prediction, and are excited to test the new method in CASP10. We need your help though--we are now testing many aspects of the new approach and are seriously limited by available CPU cycles. There are now so many flu inhibitor design and structure prediction jobs queued up on Rosetta@Home that there is an eight day wait before they are getting sent out to you. This would be a great time to temporarily increase Rosetta@Home's share on your computers and/or recruit new users--we need all the help we can get!

Поможем розетте! Подключился

Прі начале работи нужно загрузіть около 150МБ всякіх файлов

У меня на коком-то из ноутов розетта считается, что-то нужно делать?

нет, все ок!

Apr 5, 2012
Rosetta@Home software updated to version 3.26. This update includes several enhancements for symmetry in the hybrid protocol for comparative modeling.

В останні два місяці, як ми вважаємо, ми зробили певний прорив у передбаченні структури протеїнів і раді протестувати новий метод CASP10. Втім нам потрібна ваша допомога бо ми в даний час тестуємо багато аспектів нового підходу і серйозно обмежені доступними обчислювальними ресурсами. Зараз є так багато структурних дизайнів інгібіторів грипу і робочих завдань у черзі на Rosetta@Home, що наразі восьмий день очікування перед тим як вони будуть отримані вами. Це є певно прекрасний час щоб тимчасово збільшити частку Rosetta@home на комп'ютерах та / або залучити нових користувачів - нам потрібна вся допомога яку можна отримати! Дякую! Девід

Apr 8, 2012
Journal post from David Baker

I've described in the past our work using Rosetta and Rosetta@Home to create new enzyme catalysts. In Nature Chemical Biology last month we describe the design of an enzyme which destroys organophosphate
nerve agents and pesticides. These compounds kill by blocking key enzymes, and our designed enzyme eliminates this toxicity. This illustrates how Rosetta@Home enzyme design work can help to solve current problems, including man-made problems.

Rosetta@Home: Project News Apr 8, 2012

2012-04-08: Journal post from David BakerI've described in the past our work using Rosetta and Rosetta@Home to create new enzyme catalysts. In Nature Chemical Biology last month we describe the design of an enzyme which destroys organophosphate nerve agents and pesticides. These compounds kill by blocking key enzymes, and our designed enzyme eliminates this toxicity. This illustrates how Rosetta@Home enzyme design work can help to solve current problems, including man-made problems.

Хмм, а чекпоинтов тут и раньше не было ? о_О

Чекпоинты есть и были. Может последняя версия боинка глючит.