Українська команда з розподілених обчислень

Проект "Poem@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт
Статистика по команде "Ukraine"
Статистика на фришниках
Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков.


Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?"

(Show/Hide)

"При моделировании Белка используются два подхода.
1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать
структурные фрагменты известных белков и собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает
для больших белков, дает превосходные структуры для высокого подобия последовательности. Недостатки:
не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет
никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных
наркотиков), отсутствие изучения кинетики.

2) Вы моделируете сворачивающийся процесс так, как это происходит в природе (Folding@Home) с
биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики (MD), методом последовательных
приближений с шагом по времени 10E-15 s/step. Поскольку длительность сворачивающегося процесса занимает
миллисекунды, нам необходимо просчитать большое количество шагов. Преимущества: полная информация о
динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры. Недостатки: работа только для маленьких белков.

POEM пробует интерполировать между этими двумя подходами. Проект использует раздробленную модель для
свободной энергии белка , то есть - может работать для новых всерток и применений в нано-био-технологиях,
где отсутствуют опытных данных. В отличие от MD, проект использует термодинамическую гипотезу Anfinsons
(Нобелевская премия по Химии 1972), что белки в их биологически активном состоянии на конец существования
имеют минимальную свободную энергию. Процесс моделирования таким образом заменен процессом оптимизации,
который является в тысячи раз быстрее чем MD. Преимущества: Может просчитывать белки по крайней мере
среднего размера, получает картину сворачивания, работает для "новых сверток". Недостатки: все еще
ограниченный размер белков <100 аминокислот, все же не показывает реальную кинетическую картину.

POEM пробует бороться с этими недостатками. Организаторы надеются сделать успехи в следующих направлениях:
- белки "новых сверток" с низким подобием последовательности существующим белкам
- белки в нефизиологических средах (нами получен грант на организацию и внедрение только наиболее
биологически совместимых),
- понимание процесса сворачивания более сложных белков, которые не могут быть изучены методом
непосредственного кинетического моделирования
- межбелковые взаимодействия, где партнеры изменяют их внешний вид при соединении (процесс биологического сигнала)
- усовершенствование образцовых структур для трансмембранных белков

Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок
(не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?"

(Show/Hide)

Ответы:
"Первый вопрос: Компаньонки действуют (как считает большинство людей), понижая барьеры энергии
перехода furing(?) свертывания. POEM делает это в процессе моделирования любым временным увеличением
"температуры", делая возможным моделирование "туннельных" высоких уровней перехода энергии.

Под температурой здесь понимается не "температура системы", которая определена в показателях энтропии
модели, но "кинетическая температура", которая управляет тем, как долго может происходить моделирование.

Для "туннелирования" мы изобрели стохастический метод туннелирования (см. 1999 PRL),

Более детально - Optimization on the group HP

Ускоряя моделирование тысяч сверток (и используя другие "уловки"wink POEM - тв ысячи раз быстрее чем MD.

Вопрос о CASP: Да, мы участвовали в CASP7. POEM - базируется на методах физики, таким образом здесь
используется взаимодействия Кулона (O (N ** 2)) == EXPENSIVE. Поскольку мы не имели вычислительных
ресурсов, мы расчитывали только цели с менее чем 150 Аминокислотами.

POEM теперь не использует никакого моделирования соответствия. Следовательно мы свободный для шаблона
базовой модели. Для шаблона свободной модели, то есть "новые свертки" мы занимали 5-е место (приблизительно
280 групп). С POEM@HOUM мы надеемся собрать инфраструктуру способную участвовать по полной программе в CASP8."

Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить?

(Show/Hide)

Есть два типа проектов:
1) Краткосрочная перспектива: Белки нашей группы определенно могут использоваться при изучении малярии
и речной(водной?) слепотой (river blindness), есть достаточно общие подход к лечению раку связанный с
метилизацией (methylisation ?) ДНК (в обоих случаях мы сотрудничаем с экспериментальными группами).
Мы только что получили финансирование для экспериментальной группы, имеющей дело с разработкой препарата,
который будет воздействовать на chemokines. Chemokines - белки, которые вовлечены в регулирование ячеек
иммунной системы (например участки возбуждения), и POEM@HOME поддержит этот проект, моделируя взаимодействия
chemokines с их рецепторами. Цель этого проекта состоит в том, чтобы развить молекулы, которые блокируют
эти участки и, таким образом, выключают функцию chemokine.

Мы также работаем, как и многие в мире, над бета-амилоидными скоплениями, которые очень важны для болезни
Альцгеймера и множества других дегенеративных болезней нервной системы. Я не могу быть уверенным, что
вычислительные методы принесут искоренение болезни Альцгеймера, но я думаю, что эти исследования - важная
часть для нашего фундаментального понимания. Другие, вышеописанные проекты, имеют к лечению болезней более
непосредственное отношение.

2) Долгосрочные перспективы: долгосрочная цель состоит в том, чтобы иметь лучшие методы предсказания структуры
белка, проверить их в CASP или других методах проверки правильности и затем: сделать их доступными биологам,
фармацевтам и врачам. Есть много белков в мембранах (50 % всех известных наркотикотиеов), но нет стандартных
методы для изучения структуры мембранных белков. Таким образом мы имеем приблизительно 40 000 структур для
белков вне мембран, но только 150 для белков в мембранах, и многие из них близко связаны. Если бы мы были в
состоянии использовать POEM@HOME, чтобы предсказать структуру мембранных белков, мы и другие люди могли
делать значительные успехи в лечении многих болезней, угрожающих человечеству. Наше содействие этому прежде
всего было бы развитием метода, а не определенной болезни."

Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически
детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток,
а также для того, чтобы проектировать новые белки.

(Show/Hide)

"Действительно Розетта использует силовую область(forcefield -?) всего атома , хотя эта силовая область, насколько
я знаю, не имел способности сворачивать белки расширенных конфигураций, подобно дорожки всертывания (?).

Я также согласен, что Розетта - один из лучших методов для предсказания новых сверток до настоящего времени,
но результат недавнего эксперимента CASP показал, что есть большая область для усовершенствования подобных
методов. Факт, что новые предсказания сверток являются очень трудными и что качество существующих предсказаний
далеко отстает от экспериментальных методов. Это не критика Розетты, но просто современное состояние данной области.
Теперь все доступные методы дают только иногда точные структуры, трудно предсказать заранее, когда такой успех
произойдет и размер белков, для которых демонстрировались такие успехи, остается ограниченным.

Рабочая гипотеза нашего подхода - то, что биофизическая силовая область, которая может свернуть много белков
совершенно случайных конструкций, является хорошим кандидатом для упорядоченных структур для предсказания
структуры белка. Такие методы, как первоначально полагали, вносили значительный вклад в предсказание структуры
белка в первых раундах CASP, но теперь полностью отстали от методов, базируемых на соответствия фрагментов.

Это - то, что мы теперь проверяем при нашем участии в CASP."

Ссылки по теме:

• боинк.ру
• настройка APP_INFO для POEM, Два GPU-задания одновременно

График ППД команды за последние 60 дней:



http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome



http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome

Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17

Посчитаю немного с вами...

re_SET,

Давай. мы как воздух нуждаемся в активных товарищах

Команда нуждается в тебе тоже

Поздравляю....титаническими усилиями команды мы снова на 24 месте...и уверенно двигаемся вверх

давайте подтягивайте людей....

22 место! Соперничаем с мушкетерами.
http://boincstats.com/en/stats/58/team/list/

Здорово, други!
Решил помочь команде прорваться в "десятку", но такое решение далось не просто...
Почему?
А все потому, что возникли сложности с настройкой клиента для Poem@home, а точнее - файла app_info. Например, при прочих равных, как клиента, так и содержимого app_info, на компьютере с HD6870 периодически вылетают ошибки. Причем всегда на 60 или 61 секунде. И не имеет значения, сколько активных заданий в это время обрабатывается - 2, 3, 4 или 5. В то же время на моей другой машине с не самой свежей HD4890 - полный порядок при любом количестве активных заданий. Сейчас собираю по крохам информацию на империалистических форумах и стараюсь как то ее систематизировать и эмпирически проверить. Считаю, что и на нашем форуме должно быть такое обсуждение, которое однозначно пойдет на пользу команде, так как поможет новичкам. Они же ведь как?.. Запустили проект... Ага, мало очков. Кто умнее - в нете поищет ответ, остальные уйдут. А им надо, как детям (как мне немного раньше) - что такое app_info и с чем его едят, что значит циферка в такой-то строчке, что в такой-то, и т.д.
Сейчас, например, у меня на "Рабочем столе" 8 разных app_info. Изучаю, пытаюсь полностью разобраться. Будет что интересного отпишусь.

TyphooNick

Что то подсказывает мне, что у тебя проблема прегрева чипа или врм......

1.попробуй вообще без файла app_info если проблема останется значит перегрев.
2.уменьши частоту чипа и памяти
3.попробуй другой проект посчитать (но только для теста и возращайся к нам а то .....

netphil,
Это все, дружище, я уже перепробовал.
О перегреве или переразгоне речь не идет - я свой MCI HD6870 Hawk выбирал из восьми одинаковых карт. Он при 1030 MHz по ядру абсолютно стабилен (правда, с повышением напряжения) и прогревается до 56 градусов под Boinc + Poem@home + любое количество активных заданий. А Sapphire HD 4890 New Edition на 900 MHz по ядру и 89 градусах - ни одной ошибки за сутки при з-х потоках! Дело в том, что оверклокинг - мое серьезное хобби.
Ни в одном из других шести Boinc-проектов (...или на протяжении 47 миллионов очек))) такое не наблюдалось.

P.S. Да никуда я от вас не уйду. Разобраться ведь надо)...

периодически вылетают ошибки. Причем всегда на 60 или 61 секунде.


а в чем проявляются ошибки ?? скрин сделай поглядим и будем думать

vitalidze1, KING100N может перебросить все силы на поему? Это сейчас единственный проект где команда может показывать хороший результат. Просто интересно, что думаете по этому поводу..)

Да здесь и без скрина все просто - "Ошибка вычислений" и все. Чаще всего на 60-ых секундах и дальше подхватывается следующее задание... Это не зависит от параллельной работы на компьютере. Вот сейчас, например, я сижу за компом и отвечаю тебе, а Boinс пашет. У меня есть еще парочка предположений. попробую, например, я папку с заданиями перенести на SSD (сейчас она у меня на втором HDD). Но это не снимает вопросы по app_info - c ним надо хорошенько разобраться. Как я уже понял, его содержимое должно быть сонфигурировано с учетом версии клиента, заданий и прочего (уже начитался форумов буржуйских). Сейчас ищу информацию о поведении HD 6870 в poem@home + app_info - надо все предусмотреть. Еще есть предположение, что всему виной beta-драйвер видеокарты (на стабильном driver: 1.4.1703, он же Сatalyst 12.3, а на "ошибке" - driver: 1.4.1741, он же Сatalyst 12.7 Beta). Одним словом, скоро я вам представлю на суд обобщенный материал по моей проблеме и app_info, дай Бог времени.

Ссылка на страницу с моими компьютерами - http://boinc.fzk.de/poem/hosts_user.php?userid=47470 Там в заданиях все видно... Конфиг машины-ошибки - в профиле...
Вот содержимое моего "действующего" на двух компьютерах app_info:

<app_info>
<app>
<name>poemcl</name>
<user_friendly_name>POEM++ OpenCL</user_friendly_name>
</app>
<file_info>
<name>poemcl_1.3_windows_intelx86__opencl_ati_100</name>
<executable/>
</file_info>
<app_version>
<app_name>poemcl</app_name>
<version_num>103</version_num>
<plan_class>atiOpenCL</plan_class>
<flops>1.0e11</flops>
<avg_ncpus>0.95</avg_ncpus>
<max_ncpus>1.0</max_ncpus>
<coproc>
<type>ATI</type>
<count>0.33</count>
</coproc>
<file_ref>
<file_name>poemcl_1.3_windows_intelx86__opencl_ati_100</file_name>
<main_program/>
</file_ref>
</app_version>
</app_info>

Скрин: https://lh4.googleusercontent.com/-dK0dX_dQ...D0%BE%D0%BA.JPG

Да... И спасибо за готовность помочь)))

Итак, други, раппортую о предпринятых мерах в исправлении своей вышеописаной проблемы
Начал с того, что понизил частоту ядра до значений референса (AMD Radeon HD 6870 = 900MHz), так как моя MSI HD 6870 Hawk идет с заводским разгоном до 930MHz. Не помогло, ошибки не заставили себя долго ждать и проявились почти сразу. Следующим шагом, согласно расставленых мной приоритетов, я отключил в BIOS функции Turbo Boost и Hyper Threading, зафиксировал номинальную частоту процессора и, самое главное, что не давало мне покоя,- "спрыгнул" с XMP-профиля оперативной памяти 2133MHz на 1333MHz. Одним словом, Intel в угоду все - в номинале). Но не тут то было, Intel и Asustek не виноваты. Правда, это тоже приятно. Второй пункт вычеркнут - иду к третьему. Удаляю Сatalyst 12.7 beta, устанавливаю Сatalyst 12.3, с которым у меня стабильно (без единой ошибки) работает второй компьютер с разгоном. Снова на третьем задании вижу старую знакомую "Ошибку вычислений". Ладно, едем дальше. Переношу папку с заданиями на SSD, ведь кто его знает, что происходит с заданиями, когда второй винт получает от ОС команду на остановку. Уже не удивляють, что не помогло. Отключал антивирус и драйвера всего, что можно. Дальше обдувал системник потоком холодного воздуха, просил как человека исправиться. Все тщетно... Принимаю решение не спать, пока не выясню причин. Следующий пункт "Разобраться с app_info" оставляю на потом, хотя остается только "Переустановка ОС". Пока сидел и размышлял, чего бы еще сделать, заметил, что уже шестое задание отправлено без ошибок. Смотрим, в чем же дело... Одним словом, не буду вас утомлять своими "танцами с бубном", но кажется, причина найдена. 99%, что найдена. Завтра утром (вернее, уже сегодня), если стабильно машинка ночь отработает, отпишусь, в чем была причина ошибок.

мммм дрова?
попробуй последние офф 12.6 кажецо если уже не релизнули 12.7

на моей карте 5450 драва 12.6 вообще не пошли - такие глюки начались ппц

на 5450 рахувати з її потужністю 200 Гфлопсів це ще той ізврат... Моя 5770 з 1300 навіть краща, хоча і шкода нею рахувати - зараз корпус гріє дуже тому поки процесором на домашньому працюю)