Возможно еще один проект РВ в России. Налаштування

[Algon]

С форума Boinc.ru, дальнейшее обсуждение там-же. http://www.boinc.ru/forum/default.aspx?g=posts&t=237

Уважаемые участники форума. Меня зовут Андрей Воронков, сотрудник химического факультета МГУ. Наша научная группа занимается компьютерным моделированием пространственной структуры белков, важных для различных заболеваний, таких как рак, СПИД, болезнь Альцгеймера, а также белков участвующих в регуляции активности стволовых клеток(регенеративная медицина, в перспективе борьба со старением). Сейчас в связи с необходимостью проведения длительной молекулярной динамики для некоторых биологических мишеней задался вопросом поиска компьютерных мощностей.
По сравнению с РВ даже суперкомпьютеры в среднем обладают достаточно низкой производительностью (например Jaguar и Roadrunner по сравнению с ресурсами FOLDING@HOME), к тому же администрацией суперкомпьютеров часто ставится ряд ограничений для проектов.

Поэтому хочу предложить создание проекта, аналога Find a Drug (раз тот прекратил существование) и PREDICTOR@HOME, FOLDING@HOME.
Основная задача - молекулярная динамика, фолдинг белков (как в PREDICTOR@HOME, FOLDING@HOME).
Дополнительная задача - скрининг больших баз данных биологически активных соединений (как в FINDADRUG@HOME).
Софт – GROMACS, насчет софта для докинга надо думать.
Со своей стороны могу обещать: предоставление для расчетов интересных, актуальных и малоизученных биологических мишеней, организационную сторону проекта и внедрение результатов расчетов.

Преимущества проекта перед другими:

- Намного больше бонусов должно уделяться лучшим командам. В частности как минимум можно в научных статьях по результатам расчетов писать благодарности например 10 лучшим командам и их лидерам.
- Предполагается, что часть мишеней будет считаться на основе заявок различных ученых, что позволит любому ученому, или научной группе предложить биомишень для расчета.
- Часть заявок предположительно будет отбираться экспертным советом, а часть сообществом - людьми предоставляющими свои ресурсы.
- Проведение активной рекламной политики по привлечению участников (как из России так и из-за рубежа) в проект. Это может включать разработку логотипа и сувенирной продукции, которая наряду с пожертвованиями поможет финансировать проект и его развитие.
- Открытая финансовая политика и отчетность. Скорее всего проект планируется как некоммерческий. Если коммерческая часть будет, то только в области внедрения лекарственных препаратов. Причем в случае наличия коммерческой составляющей думаю можно будет привлекать участников сообщества проекта к участию в его управлении (crowd sourcing, crowd funding и crowd management).

ТРЕБУЕТСЯ ОТ СООБЩЕСТВА:
Составление и обсуждение организационного и технического плана проекта. Обсуждение требований к серверу, к программному обеспечению. Возможно какая-то модификация кода. Любые предложения по созданию и организации проекта.

[YuRi]

Может грубо, но у меня сложилось впечатление, что человек ищет кого-то, кто сделал бы за него работу в обмен на туманные обещания неопределенных плюшек и "бонусов".

[Death]

https://distributed.ru/forum/?a=topic&topic=1030

[Algon]

Может грубо, но у меня сложилось впечатление, что человек ищет кого-то, кто сделал бы за него работу в обмен на туманные обещания неопределенных плюшек и "бонусов".

Может и так, а может и нет. Все-таки МГУ контора серьезная. Может стоит пригласить его к нам на форум и самим задать все вопросы?
Если все-таки дело дойдет до создания проекта - команда Украина вряд-ли останется в стороне

[YuRi]

Может и так, а может и нет. Все-таки МГУ контора серьезная. Может стоит пригласить его к нам на форум и самим задать все вопросы?

Просто он задает на форуме вопросы, на которые кроме него самого ответить все равно никто не сможет. Это не предложение, а декларация о намерениях. Причем судя по стилю бОльшая часть текста взята из служебной записки местному начальству - сплошные общие рассуждения ни о чем при полном отсутствии какой-либо конкретики.

Если все-таки дело дойдет до создания проекта - команда Украина вряд-ли останется в стороне

Проект и так есть, уже давно. Только никак не может найти - что бы ему посчитать. Так что у них есть шанс встретить друг друга.

[Algon]

Насколько я понял по обсуждению - им больше подходит платформа, которую использует F@H, а не Боинк. Поэтому с Герасимом у них может получиться, а может и нет.

[Death]

Поэтому хочу предложить создание проекта, аналога Find a Drug (раз тот прекратил существование)

1-Nov-05 Find-a-Drug to close



mde.....

[Rilian]

Почему бы им не писать все с нуля, а присоединиться с ЗАДАЧАМИ к тому же фолдингу или fightAIDS ?

[Algon]

Rilian
Сейчас почему-то не могу зайти на distributed.ru, поэтому привожу по памяти:
"проект F@H является домашним проектом группы ученых Стэнфордского университета". т.е. их видимо туда не принимают

[Rilian]

СИМАП принимает протеины на скрининг, кажись... Вобщем, я не ученый. Но думаю что организаторам с МГУ было бы полезно зайти на сайты проектов (кроме фолдинга и предиктора) и поинтересоваться

[Death]

какой-то он мутный этот андрей. ему предлагают герасима - готовая инфрастрктра с сервером боинка и пользователями а он тупит.
метлёв же запустил проект и ничего.

он походу сам не знает что и как считать.

[YuRi]

Наверно я не прав, но у меня сложилось впечатление, что он и не собирается ничего считать. Он хочет руководить проектом, а делает все и считает пусть кто-то другой.