GPU Test Drive, Украинский проект по тестированию производительности МД Налаштування

[Alien]

Хэллоу, всем.

Вроде этой новости здесь не видел, создал свой топик.

GPU Test Drive
http://www.nvidia.com/object/gpu-test-drive.html

GPU Test Drive — Get 10x Faster Molecular Dynamics


If you use AMBER or NAMD, you can experience speed ups of 10x or more by simulating your molecular datasets with NVIDIA Tesla GPUs.

Signup for a FREE trial of Tesla GPUs today and experience the acceleration that other scientists are publishing with. Simply register online to receive an email with log-in instructions to simulate your model in a workstation powered by Tesla GPUs.

To take advantage of this limited-time offer to test drive a Tesla GPU, register with any of our partners below.

"After installing a Tesla C2050, I had everything up and running in less than an hour. Not only was the setup that easy, initial impressions of performance are staggering. On 126K atom pme calculation of a lipid bilayer, I am getting a 30x speed up over a 2.8Ghz Nehalem core and an 5x speed up over 8 core MPI machine. I am one very happy camper."

Dr. Ian R Gould
Senior Lecturer Biological and Biophysical Chemistry
Imperial College London

У нвидиа открылся проект, где каждый желающий может протестировать ГПУ вычисления, в сфере молекулярной динамики.
Немного поделюсь неофициальной новостью.
Обратите внимание, зайдя по ссылке, сколько стран предоставляют тестирование в Европе (не считая Индию, которая на удивление там очутилась).
В общем, сейчас потихоньку настраиваем украинский сервер (в Европе всего 2) для тестирования новой техники под молекулярную динамику.
У каждого желающего будет возможность абсолютно бесплатно получить доступ и сравнить производительность последней Tеслы в GROMACS, NAMD, AMBER ..

Новости с передовой, скоро будут детали.

[Rilian]

Новость хорошая!

Реммер, предлагаю вынести "новости РВ" в отдельный форум?

[ReMMeR]

Создавайте подраздел и переносите - я сделаю для отображения на глагне.

[nikelong]

Rilian,
Как ты себе это видишь?

Что за контент будет в том подфоруме?

[Alien]

Свежие новости, наконец-то запущен тестовый сервер.

Ми пропонуємо користувачам AMBER, NAMD і GROMACS взяти участь у спеціальній акції з обмеженим строком дії і провести моделювання молекул за допомогою Персонального суперкомп'ютера Tesla абсолютно безкоштовно. І ніяких зобов'язань.

Для проведення тестування за допомогою Персонального суперкомп'ютера, вам необхідно зареєструватися за допомогою наданої нижче форми.

Будь-які питання ви можете надсилати на нашу адресу gpu-test@ustar.ua .

Дізнайтеся, як обчислювальна потужність Tesla GPU може допомогти у вашому дослідженні!

Автор: Андрій Галич

Надеюсь скоро на сайте нВидиа появится Украина.
Кстати, походу можно потестировать не только гпу, но и процессор ("уникальность" нашего укр сервера).
Скорость меня его очень впечатлила. 2.5 гигафлопса в громаксе на 1 ядро.

Зібрано систему:
MB SO X58 DDR3 FCPA Intel
CPU 64bit MPU 80601000918AA 3.20G 8Mb FCLGA
RAM 4GB DDR3-1600 2x2048MB PC3-12800 9-9-9-24
HDD 500GB SATA2 ST3500320
GPU Tesla C2050 GPU Computing Processor

З встановленням Fedora 13

- останні драйвери NVIDIA 256.40 + CUDA Runtime 3.1
- NVIDIA CUDA Toolkit 3.1 /opt/cuda
- CULA Tools Basic http://www.culatools.com/ -- хотів спробувати їх LAPACK для GROMACS
- OpenMM 2.0 /opt/openmm - бібліотека молекулярної динаміки для CUDA
- GROMACS 4.5.1: потоковий варіант, GPU через OpenMM та MPI через OpenMPI для порівняння
планую встановити:
- GROMACS 4.0.7-OpenMM неофіційний патч для роботи з GPU
- NAMD 2.7beta3: GPU-варіант

Список не полный.. если что спрашивайте..
PS По первой цитате имейл не мой, точнее вряд ли я или остальные разработчики входят в рассылку, это имейл организаторов и владельцев..

Если кому-то интересно могу выложить презентацию по результатам тестирования расчетов МД на гпу.
Я тогда еще на кластере МГУ имени М.В.Ломоносова считал на тесла 1060. У меня есть их доступ тоже, если будет кто-то желающий и у меня свободное время могу там запустить для сравнения с 2050 или познакомить с их админом (но там нужно много бумажек\анкет заполнять).

[Alien]

В дополнение интересный тест разных цпу для научных прог
http://www.overclockers.ru/lab/38547_2/Vyb...hast_II.html#11
только я вот не понял что он написал

Оказывается, даже такая замечательная программа, как GROMACS, которой пользуются наши кранчеры, не умеет использовать больше, чем шесть потоков. Точнее, использует их, но совершенно неэффективно.

или автор ньюб, или я чего-то не понимаю.. При 96 ядрах я получил чуть ли не линейное распараллеливание, просто знать нужно как это сделать.

синее, кстати, дефолтные параметры..

[Alien]

Недавно прошла конференция
http://www.nvidia.com/object/gpu_technology_conference.html
нвидиа мне предоставила лекционный материал, презентации, видео по тематике молекулярной динамики, при расчетах на гпу...
если кому интересно, я выложу скрытые ссылки, вроде на сайте такого материала нет.