Rosetta@home, проектирование новых белков Налаштування

[Dimych]

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст

CODE

<account>
    <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url>
    <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator>
    <project_name>rosetta@home</project_name>
</account>

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12

[Bel]

Публикация точно лабы Бейкера. (Вот упрощенная журналистская версия, там же подкаст есть в исполнении самого др.Бейкера: http://www.nature.com/news/proteins-made-to-order-1.11767)
И одна из прорывных и важных за последнее время.

polyakoviv
А вы сэр громко сели в лужу со своими высказываниями типа
> вся проблема в том, что уж слишком давненько они обкатываются.

Давненько обкатывается решение задачи заключающейся в том, чтобы по известной первичной структуре (аминокислотной последовательности, которые уже известны для всех белков человека и многих животных) определить третичную структуру (3д модель свернутого белка).
Этой задачей ученые из множества лабораторий и университетов действительно уже больше десятка лет занимаются. Ну так вот - на данный момент она уже фактически решается для достаточно сложных белков (примерно до 600-1000 аминокислот, что перекрывает большинство натуральных белков кроме самых больших и сложных). И один из самых главных вкладов в этот прогресс внесла как раз Розетта и в частности R@H . Последние масштабные испытания ее алгоритмов показывают, что для большинства белков эта задача уже решается за разумное время (от нескольких дней до нескольких недель - при условии использования для расчетов суперкомпьютера или распределенной вычислительной сети) и с приемлемой (для практического использования) точностью.

А в этой последней статье речь идет уже об обратной задаче. На основе придуманной 3д структуру белка (а значит и его функций и свойств) определить его первичную структуру (аминокислотную формулу). Т.к. зная эту формулу, синтезировать нужный белок это уже легкая (по современным меркам) задача.
К решению этой задачи (в общем виде - для произвольного белка) сейчас еще только приступают, и этот результат один из первых заметных успехов на этом пути. И кстати белки по 70-100 аминокислот(1-2 тысячи атомов) с которыми работали не совсем уж такие маленькие - в некоторых случаях этого уже может быть достаточно для практического применения. И сомневаюсь, что формулу для таких белков можно "подобрать вручную". Вот один из созданных белков: http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=2kl8
А между тем, для разработки лекарств (а так же создания искусственных организмов с запрограммированными свойствами) эта задача даже важнее 1й. Т.к. обычно выяснить структуру целевого белка (например, критически важного белка в вирусе или болезнетворной бактерии) уже не представляет особых сложностей (а зачастую они и так уже известны - определены экспериментально с использованием рентгеновской кристаллографии и/или ядерно-магнитного резонанса). Определить в нем "активные центры" (воздействием на которые можно заблокировать/изменить функцию этого белка) тоже уже не очень сложно. Проблема заключается в том, чтобы найти (или создать) другой белок, который бы нужным образом взаимодействовал с этим(и) активным центром целевого белка. Сейчас для этого пытаются применять(не очень успешно) методы тупого перебора (моделирования взаимодействия) огромного числа случайных кандидатов + "направленная эволюция" после того (точнее если) нашелся хоть один кандидат, хотя бы с минимальной желаемой активностью (в него вносятся случайные мутации - замены 1-2 аминокислот, моделируют взаимодействие цель-кандидат заново, смотрят слабее или сильнее оно стало, делают следующую замену и т.д.).
После же достаточного развития методов изложенных в этой работе, для разработки белка-лекарства (или белка-«механизма») можно будет не тыкаться перебором, а просто рассчитать какая у белка должна быть аминокислотная формула, чтобы при ее сворачиванни сформировалась структура взаимодействующая с активным центром белка-мишени. И имея аминокислотную формулу - его легко синтезировать и проверить экспериментально.

Цитата:
ну а уж от того, что сейчас есть до "The new Institute for Protein Design is using these principles to design new proteins to treat disease." такая пропасть, что даже представить ее тяжело на самом деле

А тут еще один жирный плюх. Такой институт до которого "такая пропасть" УЖЕ как раз создан совсем недавно и реальная работа по описываемой схеме уже началась! И др.Бейкер станет главной этого нового института. См. предыдущие новости на главной проекта, а подробности тут : http://depts.washington.edu/ipd/
(Еще была большая статья с виртуальной экскурсией по новому институту, но пока не было времени перевод сделать)

P.S.
Кстати в честь официального открытия этого нового института, грозятся отобрать несколько кранчеров (5-10 человек) из активных в R@H и пригласить уже на реальную экскурсию туда.

Добавлено спустя 44 минуты 13 секунд:
Еще поробности относительно статьи. Опубликовали имена кранчеров, кому повезло и досталась жаба в которой была определена наилучшая структура белка (из 5 описываемых в статье):
Fold-I : Aalelan (United States)
Fold-II : Jef (United States)
Fold-III : georgebg (Bulgaria)
Fold-IV: medvjet009(Czech Republic)
Fold-V : _2e_ (Russia).
------------------------------------------------------
Пост взят из форума команды TSC! Russia.