Rosetta@home, проектирование новых белков Налаштування

[Dimych]

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст

CODE

<account>
    <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url>
    <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator>
    <project_name>rosetta@home</project_name>
</account>

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12

[Bel]

Результаты CASP 10!

Hi ALL ROSETTA@HOME participants,

Good new from CASP10 meeting, which just ended yesterday at Italy!!! Having your contribution to Rosetta@Home project, the Baker lab did really good this time. With a lot of exceptional scientists' effort, in CASP10 we have improved our template-based modeling (TBM) method. And here are those results:

Let's focus on TBM easy/hard using "best model" (best out of five submission) as the criterion.

1. Baker Lab is ranked first in Server Prediction (fully automated structure prediction)
---------------------------------------------------
[1] [2] [3] [4] [5]
---------------------------------------------------
1. 330 s BAKER-ROSETTASERVER 111 79.614
2. 035 s Zhang-Server 111 79.365

[1] rank
[2] server id
[3] server name
[4] proteins count
[5] Z-score (how well you did compared to others using GDT-TS as metrics)

website: http://www.predictioncenter.org/casp10/gro...n&submit=Filter
2. Baker Lab is ranked second in Human Prediction (manually structure prediction):
---------------------------------
[1] [2] [3] [4] [5]
---------------------------------
1. 237 zhang 56 56.832
2. 477 BAKER 56 54.482

[1] rank
[2] server id
[3] server name
[4] proteins count
[5] Z-score (how well you did compared to others using GDT-TS as metrics)

website: http://www.predictioncenter.org/casp10/gro...n&submit=Filter
3. Baker Lab is ranked first in Human Contact-assisted Prediction (given few native contacts, to predict protein structure) with a tremendous distance to the group ranked second:

Here is the preliminary results the CASP organizer posted on website:
http://predictioncenter.org/casp10/results...ers&groups_id=4

, where for each graph with orange-color lines into it, you need to compare the black line to the rest- that's us. The main predictor, David Kim, will come here, explaining it clearly to you all with a summary table.

With the help and contribution to Rosetta@HOME from you all, we are able to make significantly progress to predict more accurate protein structures, which ends up would impact the real world by tackling human deseases, like, therapeutics protein design.

Please let me know if I said something unclear. Again, thank you so much for the support. We will keep you updated about our triumph in contact-assisted protein structure prediction in CASP10.


Sincerely,
Baker Lab CASP10 Team
-----------------------------------------------------------------
Hi all,
As Ray posted below, we did well! Here are a couple plots and images of our results from the contact assisted category. Points above the line are best. The y-axis is the GDT (how close we are to the correct structure, higher is better) of our best models for each of the contact assisted targets vs on the x-axis for the left plot, the GDT of the best models of all predictions without using contact information, and for the right plot, the best models of other predictors using contact information. As you can see we are above the line for many of the targets. An outstanding prediction was for T0680o, which is a tetramer. There were other outstanding predictions. See below.

Thank you all for contributing to this effort. I'll see if I can find users who provided the actual predictions that led to the final submitted models. It might be tough though.