News Human projects Налаштування

[Arbalet]

Ученые улучшили алгоритмы сборки РНК благодаря онлайн-игре

Способы сборки молекул РНК, придуманные участниками онлайн-игры EteRNA, позволили разработать алгоритм, намного превосходящий существующие, говорится в статье, опубликованной в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences (Lee et al., RNA design rules from a massive open laboratory, в открытом доступе; пресс-релиз Crowdsourced RNA Designs Outperform Computer Algorithms, Carnegie Mellon and Stanford Researchers Report опубликован на сайте Университета Карнеги-Меллона – ВМ).



«Это было бы невозможно, если бы игроки в EteRNA просто выдавали структуры, используя онлайн-симулятор. Синтезируя наиболее удачные структуры в лаборатории Рхиджу Даса (Rhiju Das) в Стэнфорде, мы даем сообществу обратную связь – что работает, а что нет в реальном мире. В результате любители помогли нам понять принципы сборки РНК и существенно расширили возможности науки», – пояснил Андриан Трейе (Adrien Treiulle) из Университета Карнеги-Меллона в Питтсбурге (США).

Онлайн-игра EteRNA позволила объединить усилия 37 тысяч любителей, решавших двумерные головоломки, связанные со сборкой молекул РНК. При этом они получали от Трейе и его коллег результаты экспериментов, в которых молекулы РНК на самом деле синтезировалась по придуманным ими правилам.

Используя методы машинного обучения, ученые создали на основе наиболее удачных методов сборки РНК алгоритм EteRNAbot. Они сравнили эффективность работы игроков, алгоритма EteRNAbot и двух современных алгоритмов для разработки структур молекул РНК.

На расчет структуры молекулы у компьютера уходит менее минуты, в то время как у человека это занимает 1-2 дня. Плюс проверка в лаборатории занимает месяц, и в целом тестирование заняло год. Результаты показали, что структура, созданная человеком, в 99% случаев превосходит результаты работы обычного алгоритма, в то время как структуры, разработанные EteRNAbot – в 95%. Теперь исследователи планируют включить в игру сборку трехмерных структур.

Искусственные молекулы РНК с заранее заданными свойствами дают возможность исследовать живые системы и управлять их работой. Но пока алгоритмы, которые используются для расчетов необходимой структуры РНК, несовершенны, поэтому при синтезе молекулы часто не обладают нужными свойствами.

[Arbalet]

Сыграйте в Genes in Space – помогите онкологам

Британский Центр исследования рака выпустил игру, которая предназначена для анализа медицинских данных, полученных у онкологических больных. Об этом сообщает Eurogamer (Playing this cancer research game could actually help find a cure). Игра, которая называется Genes in Space, вышла на устройствах под управлением iOS и Android. Она является бесплатной. (Вы можете скачать ее на сайте Cancer Research UK – ВМ).

Действие игры разворачивается в будущем. В Genes in Space игрокам нужно управлять звездолетом. Они должны собирать в космосе ценный ресурс, а также избегать астероидов. Распределение ресурса соответствует активности разных генов в образцах онкобольных — каждый уровень в игре был создан на основе данных, которые были получены с помощью ДНК-микрочипов. Прохождение позволяет ускорить анализ полученных в ходе исследования данных, а также сделать его более точным.



Как объяснили сами исследователи, во время изучения генома человека на предмет областей, которые способствуют развитию рака, они получают значительные объемы информации. При этом на ее анализ может уйти очень много времени, а игра позволяет сильно сократить этот срок.

Ранее игры уже неоднократно становились инструментом, который помогает научным исследованиям. Одним из наиболее ярких примеров является Foldit, в которой игроки должны найти оптимальный способ сворачивания белков. Foldit вышла в 2008 году. Она является частью научного проекта Вашингтонского Университета.