Tanpaku, Японский проект изучения белков Налаштування

[nikelong]

Проект "TANPAKU"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 17.10.2006 Капитан - AVGRID
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Раздел у нас на сайте

О проекте:
"TANPAKU" - проект, который ставит своей целью «предсказание структуры белков», используя метод распределенных вычислений. Этот проект развивается при совместном сотрудничестве Yamato lab.(подразделение биологических наук и технологий) и Takeda lab.(подразделение информационных исследований в Токийском Научном Университете.
По своим целям схож с Rosetta@home.

Цель проекта: расчет третичной структуры белка, опираясь только на его аминокислотную последовательность.
Суть: белок в растворе самостоятельно принимает третичную форму. Третичная форма всегда такова, чтобы свободная энергия системы "раствор-белок" была наименьшаяя. Если мы сможем очень точно высчитывать энергию системы, то мы сможем и предсказать структуру.
Минималный период, когда происходит значимое взаимодействие между молекулами (квант) это 10 в минус 15 степени секунд. Даже если взять структуру очень простого белка, состоящего из 30ч, молекул, тогда в расчетах надо учитывать еще 7600 молекул воды, окружающие молекулу белка.
А белок сворачивается в третичную форму за время, от 0,0001 до 1 сек. Вот эту цепочку возможных взаиможействий между атомами и нужно расчитать, где цель это минимальная свободная энергия системы.
Метод броуновсго движения (MD), применяемы в проекте, позволяет использовать в расчетах только атомы белка, с той же достоверностью результатов.

Ссылки:

• Постер о проекте (на японском )
• Страница с достигнутыми результатами проекта
• Публикации
• List of Proteins and Nucleic Acids
• Какие-то ролики с уже "намоделироваными" структурами
• Wikipedia

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

http://www.boinc-af.org/content/view/209/278/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Tanpaku

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Tanpaku/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/117-tanpaku

http://www.boinc.ru/Doc/Tanpaku/About.htm

Це повідомлення відредагував nikelong: Aug 30 2010, 00:04

[(_KoDAk_)]

Описание:
Японский проект для изучения белков. Преследует аналогичные цели, как Rosetta@home.

Description: "TANPAKU" is taken from the japanese word "tanpaku-shitsu", which means "protein". The project attempts to achieve predictions with protein structures. The project "TANPAKU" is developed in cooperation between the Yamato lab (Department of Biological Science and Technology) and the Takeda lab (Department of Information Sciences) at the Tokyo University of Science. Now, the project finished a preliminary test within our university and it is open for public volunteers.