Rosetta@home, проектирование новых белков Налаштування

[Dimych]

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст

CODE

<account>
    <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url>
    <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator>
    <project_name>rosetta@home</project_name>
</account>

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12

[(_KoDAk_)]

появилось новое расчетное ядро Rosetta Mini with new score terms 1.02
про него David Baker сказал:

We just got good news from the CASP organizers--our results were among the best at casp8 and we have been asked to describe the methods we used -- including all of your work -- at the CASP8 meeting in December. There are a number of evaluations of the performance of the automatic servers at CASP8 available on the web, and comparison of our models to the servers shows that all of your efforts led on average to quite a bit better models. Of course, we don't yet know other "human" groups did on the CASP8 targets--for this we will have to wait for the meeting!

I'm also excited because I've been working on improvements to the energy function which underlies most rosetta@home calculations, and the first tests of the improvements should run on rosetta@home this next week!

We have many exciting calculations just starting to run on rosetta@home! If you split your computational resources between several different projects this would be a good time to temporarily increase rosetta@home's share. We are testing many new methods (see Chu's post today about zinc binding proteins for one of them) and we are eagerly examining each new work unit coming back from your computers. I am very excited personally as I'm doing the first large scale test of (what I think are) improvements in the energy function underlying the searches that I've been working on the past few months (these are the work units with "split" in them).

Мы только что получили хорошие новости из CASP организаторов - наши результаты были одними из лучших на casp8 и мы попросили описать метод мы использовали - в том числе все ваши работы - на CASP8 заседании в декабре. Есть ряд оценок исполнении автоматическому серверов на CASP8 доступны в Интернете, и сравнение наших моделей для серверов, показывает, что все Ваши усилия привели в среднем немного лучше моделей. Конечно, мы пока не знаем, других "человеческих" группы сделал CASP8 задач - для этого нам придется ждать встречи!

Я также рады, потому что я уже работал на улучшение энергетической функции, которая лежит в основе большинства Rosetta @ Home расчеты, и первые испытания улучшения должны работать на Rosetta @ Home этом на следующей неделе!

У нас много интересных расчеты только начинают работать на Rosetta @ Home! Если разделить ваши вычислительные ресурсы между несколькими различными проектами, это было бы хорошим временем для временно увеличить Rosetta @ Home долю. Мы проводим тестирование множества новых методов (см. Чу должность сегодня около цинк обязательного белков для одного из них) и мы с нетерпением изучении каждой новой работой подразделения возвращаются из вашего компьютера. Я лично очень рады, как я делаю первые крупномасштабные испытания (то, что я думаю, являются) повышение энергетической функции, лежащие в основе поисков, что я работал на протяжении последних нескольких месяцев (эти работы подразделения с "сплит "В них).