Возможно еще один проект РВ в России. Налаштування

[Algon]

С форума Boinc.ru, дальнейшее обсуждение там-же. http://www.boinc.ru/forum/default.aspx?g=posts&t=237

Уважаемые участники форума. Меня зовут Андрей Воронков, сотрудник химического факультета МГУ. Наша научная группа занимается компьютерным моделированием пространственной структуры белков, важных для различных заболеваний, таких как рак, СПИД, болезнь Альцгеймера, а также белков участвующих в регуляции активности стволовых клеток(регенеративная медицина, в перспективе борьба со старением). Сейчас в связи с необходимостью проведения длительной молекулярной динамики для некоторых биологических мишеней задался вопросом поиска компьютерных мощностей.
По сравнению с РВ даже суперкомпьютеры в среднем обладают достаточно низкой производительностью (например Jaguar и Roadrunner по сравнению с ресурсами FOLDING@HOME), к тому же администрацией суперкомпьютеров часто ставится ряд ограничений для проектов.

Поэтому хочу предложить создание проекта, аналога Find a Drug (раз тот прекратил существование) и PREDICTOR@HOME, FOLDING@HOME.
Основная задача - молекулярная динамика, фолдинг белков (как в PREDICTOR@HOME, FOLDING@HOME).
Дополнительная задача - скрининг больших баз данных биологически активных соединений (как в FINDADRUG@HOME).
Софт – GROMACS, насчет софта для докинга надо думать.
Со своей стороны могу обещать: предоставление для расчетов интересных, актуальных и малоизученных биологических мишеней, организационную сторону проекта и внедрение результатов расчетов.

Преимущества проекта перед другими:

- Намного больше бонусов должно уделяться лучшим командам. В частности как минимум можно в научных статьях по результатам расчетов писать благодарности например 10 лучшим командам и их лидерам.
- Предполагается, что часть мишеней будет считаться на основе заявок различных ученых, что позволит любому ученому, или научной группе предложить биомишень для расчета.
- Часть заявок предположительно будет отбираться экспертным советом, а часть сообществом - людьми предоставляющими свои ресурсы.
- Проведение активной рекламной политики по привлечению участников (как из России так и из-за рубежа) в проект. Это может включать разработку логотипа и сувенирной продукции, которая наряду с пожертвованиями поможет финансировать проект и его развитие.
- Открытая финансовая политика и отчетность. Скорее всего проект планируется как некоммерческий. Если коммерческая часть будет, то только в области внедрения лекарственных препаратов. Причем в случае наличия коммерческой составляющей думаю можно будет привлекать участников сообщества проекта к участию в его управлении (crowd sourcing, crowd funding и crowd management).

ТРЕБУЕТСЯ ОТ СООБЩЕСТВА:
Составление и обсуждение организационного и технического плана проекта. Обсуждение требований к серверу, к программному обеспечению. Возможно какая-то модификация кода. Любые предложения по созданию и организации проекта.

[Death]

https://distributed.ru/forum/?a=topic&topic=1030