Discovering Dengue Drugs – Together, Phase 1 [complete], Поиск лекарств и вакцин Налаштування

[(_KoDAk_)]

Проект "Discovering Dengue Drugs – Together - Phase 1"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Статистика по команде "Ukraine"
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - Дата Капитан - Капитан
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid


О проекте:
Старт -- Август 2007 / Статус-- активный
Поиск лекарств и вакцин от тропической лихорадки, энцефалита Западного Нила, гепатита С и желтой лихорадки. Как только посредством компьютерного анализа будет уточнен состав вакцин, начнутся лабораторные и клинические испытания этих лекарств для определения их эффективности.

Mission
The mission of Discovering Dengue Drugs – Together is to identify promising drug leads to combat the related dengue, hepatitis C, West Nile, and Yellow fever viruses. The extensive computing power of World Community Grid will be used to complete the structure-based drug discovery calculations required to identify these leads.

Significance
This project will discover promising drug leads that stop the replication of viruses within the Flaviviridae family. Members of this family, including dengue, hepatitis C, West Nile, and Yellow fever viruses, pose significant health threats throughout the developed and developing world. More than 40% of the world's population is at risk for infection by dengue virus. Annually, 1.5 million people are treated for dengue fever and dengue hemorrhagic fever. Hepatitis C virus has infected ~2% of the world's population. Yellow fever and West Nile viruses have also had significant global impact. Unfortunately, there are no drugs that effectively treat these diseases. Consequently, the supportive care necessary to treat these infections and minimize mortality severely strains already burdened health facilities throughout the world. The discovery of both broad–spectrum and specific antiviral drugs is expected to significantly improve global health.

Approach
One promising approach to combat these viruses and prevent them from causing disease is to develop drugs that inhibit the viral NS3 protease. The NS3 protease is an enzyme critical for virus replication, and its amino acid sequence and atomic structure are very similar among the different disease–causing flaviviruses. Since the atomic structure of the NS3 protease is known, we can utilize advanced structure–based computational drug discovery methods to identify small molecule protease inhibitors.

Dr. Stan Watowich and his research team at The University of Texas Medical Branch (Galveston, Texas, USA) have made significant progress in this direction, having discovered compounds that inhibit dengue and West Nile virus proteases and prevent virus replication in cell culture. However, additional drug candidates need to be discovered to improve the likelihood of converting drug leads into approved drugs for treating flavivirus infections.



Це повідомлення відредагував Rilian: Mar 30 2010, 23:19

[Rilian]

On January 18, 2009, our World Community Grid project ”Discovering Dengue Drugs-Together” resumed sending out workunits to grid clients around the world. This project has been off-line since September 13, 2008, when Hurricane Ike devastated Galveston, Texas and our university. We thank World Community Grid members for their support and patience as we rebuild our damaged infrastructure and community. Much is left to do to fully recover, but at least this project is restored.

Our initial projections as to how long it would take to restart operations were clearly overly optimistic. Recounting the myriad of large and mundane problems that were faced to get back on-line is a little mind-numbing at this point. However, in brief, most personnel on this project lost their homes and possessions, and needed to focus on family recovery. Our main computer cluster sustained damage and remains unstable (contrary to initial assessments). Disk storage components were lost to flood waters and have taken time to replace. Institutional support for this project was reduced as the University of Texas Medical Branch cut ~25% of its staff.

On the positive side, this project is now running better than ever before. We have moved our main computational tasks (those required to prepare workunits for World Community Grid and analyze results returned from the grid) to the supercomputers housed at the Texas Advanced Computer Center (TACC; www.tacc.utexas.edu) in Austin, Texas. Our pre- and post-processing calculations execute 10x faster in this environment compared to our in-house 30-node computer cluster. Thus, we have established a nice synergy between one of the world’s most powerful supercomputers and the world’s largest computer grid. Our storage capabilities have increased in (1) size with the local addition of IBM’s 12 TByte DS3200 disk subsystem and (2) robustness with redundant storage occurring at TACC and locally. Programs required to accurately calculate free energy of binding (Phase 2 of this project) have been tested and optimized at TACC, and are being ported to the grid. Thus, the computational side of this project is more powerful and dynamic than before Hurricane Ike.

The current tasks before us are clear. (1) We will resume pre-clinical characterization of potential dengue, West Nile, and hepatitis C virus protease inhibitors predicted by our Phase 1 calculations. Several Phase 1 compounds have shown promising in vitro activity. (2) Launch Phase 2 free energy of binding calculations to reduce the large false-positive rates associated with virtual screening. Finally, our newly established synergistic World Community Grid/TACC environment will help us tackle additional global health projects – with IBM’s support we are about to launch a collaborative drug discovery effort with researchers in South America to target the Leishmania parasite.

As stated before, we greatly appreciate the computer time that has been unselfishly provided by the members of the World Community Grid. Your interest and support has made this grid one of the most powerful computing resources on the planet!

All my best,
Stan

 перевод

18 января 2009, наши всемирного сообщества сетку проекта "Discovering Dengue Drugs-Together" возобновил отправку workunits к сетке клиентов по всему миру. Этот проект был офф-лайн с 13 сентября, 2008 году, когда ураган "Айк разрушенной Galveston, штат Техас, и наш университет. Мы благодарны мировому сообществу сетку члены за их поддержку и терпение, пока мы не восстановим нашу разрушенной инфраструктуры и в обществе. Многое остается сделать, чтобы полностью восстановиться, но по крайней мере, этот проект будет восстановлен.

Наши первоначальные прогнозы в отношении того, как долго он будет принимать для возобновления операции были явно чересчур оптимистичными. Пересчет множества больших и прозаический проблем, с которыми сталкиваются вернуться на линию немного ума-numbing на этом точку. Тем не менее, в кратце, большинство персонала на этот проект потерял свои дома и имущество, а также должна быть направлена на восстановление семьи. Наш главный компьютер кластера повреждение, и по-прежнему нестабильно (в отличие от первоначальных оценок). Диск хранения компонентов были потеряны для паводковых вод, и имели время для замены. Институциональная поддержка этого проекта была сокращена, как Техасский университет Медицинское отделение вырежьте ~ 25% ее сотрудников.

С позитивной стороны, этот проект в настоящее время работает лучше, чем когда-либо прежде. Мы переехали наши основные вычислительные задачи (которые требуются для подготовки workunits для мирового сообщества сетку и анализировать результаты вернулись из сетки) для суперкомпьютеров размещены в Техасе Расширенный Компьютер Центр (TACC; www.tacc.utexas.edu) в Остине, штат Техас . Наши пред-и пост-обработки расчетов 10x быстрее выполнить в этой среде по сравнению с нашими в дом 30-узла кластера. Таким образом, мы наладили хорошее взаимодействие между одной из самых мощных суперкомпьютеров и крупнейшая в мире компьютерная сеть. Наши возможности хранения увеличилось в (1) размером с местными добавлением 12 IBM DS3200 Тбайт дисковой подсистемы и (2) с избыточной надежности хранения, происходящие на TACC и на местном уровне. Программы необходимы для точного расчета свободной энергии связывания (фаза 2 проекта), были проверены и оптимизированы на TACC, и в настоящее время перенесен на сетке. Таким образом, вычислительные стороне данного проекта является более мощным и динамичным, чем до урагана Айк.

В настоящее время перед нами задачи ясны. (1) Мы возобновим до клинических характеристик потенциальных денге, Западного Нила, и вируса гепатита С ингибиторы протеазы предсказал нашим расчетам Этап 1. Несколько Этап 1 соединений показали многообещающие в VITRO деятельности. (2) Этап 2 Ракета свободной энергии обязательных расчетов по сокращению большого ложного-положительных ставок, связанных с виртуальными скрининга. Наконец, наша недавно созданного Всемирного синергического сообщества сетку / TACC среды поможет нам решить дополнительных глобальных проектов в области здравоохранения - при поддержке IBM, мы собираемся приступить к осуществлению совместного обнаружения наркотиков совместно с исследователями в Южной Америке к целевой Leishmania паразита.

Как отмечалось ранее, мы высоко ценим время, чтобы компьютер был бескорыстно представленной членами мирового сообщества сетку. Ваш интерес и поддержку добился этой сетке один из самых мощных вычислительных ресурсов на планете!

С лучшими пожеланиями,
Стэн