Що таке Folding@home і навіщо воно мені, Інформація для тих, хто хоче приєднатись Налаштування

[romko]

Запрошую всіх небайдужих до розвитку науки і боротьби зі смертельними хворобами приєднуватися до проекту розподілених обчислень, що проводиться під егідою Стенфордського університету і носить назву Folding@home. Суть проекту полягає в моделюванні згортання білків з метою виявлення можливих проблем згортання, які призводять до хвороб Альцгеймера, Паркінсона, діабету типу II, коров'ячого сказу, склерозу і деяких типів раку. Поглиблене розуміння цих процесів допоможе з'ясувати точну картину виникнення захворювання і розробити методи продидії.

Подібно до інших відомих проектів (SETI@Home, distributed.net, Finad-a-Drug), в Folding@Home приймають участь сотні тисяч власників персональних комп'ютерів, на яких виконуються невеличкі порції-завдання. Обчислення проводяться в фоновому режимі з мінімальним приоритетом, тому не заважають нормальній роботі з комп'ютером. Інтернет потрібен лише для отримання завдань і відправки результатів в автоматичному режимі без участі користувача. Типові завдання мають розмір порядка 100 КБ, а результати - до 1 МБ на один білок, при тому, що на обрахування одного білка в Folding@Home йде від 2 до 10 робочих днів. Вимоги до ПК - Duron/Celeron або вище, 10-20 МБ пам'яті для роботи.

Ведеться статистика для кожного учасника. Учасники можуть об'єднуватися в команди за країнами, містами чи спільними уподобаннями. Команда України зараз (04.01.2006 13:00) посідає 388 місце з 42019: офіційна статистика або розширена статистика. Це не дуже престижне місце для країни, де сотні тисяч гігагерцових процесорів ганяє порожні цикли в офісах чи приватних помешканнях.

Тому ласкаво прошу на http://folding.stanford.edu/, викачуйте клієнтське програмне забезпечення, читайте інструкції тут або на сайті проекту і записуйтесь в команду 2164. Зробіть свій посильний внесок в подолання хвороб! Якщо є якісь питання, можете їх задавати і консультуватись з учасниками команди України в цьому форумі.

[romko]

Чому мені знову видано завдання, яке я вже обрахував?

Відповідь:

Таке питання часто задається новачками, комп'ютер яких щойно обрахував завдання pNNN, і знову почав обрахунок завдання pNNN. Такі ситуації цілком можливі, але вони не означають, що повторно рахується те саме завдання. Насправді, це різні завдання одного проекту, оскільки pNNN означає лише номер проекту, який в свою чергу може містити тисячі або десятки тисяч блоків-завдань. Щоб переконатись в тому, що це справді інше завдання, треба подивитись до протоколу (в файлі "FAHlog.txt") і звернути увагу на числа на зразок (Run 33, Clone 82, Gen 3) після "Project: NNN" в одному з рядків, що відповідають фазі початку розрахунків. Номери після "Run", "Clone", "Gen" будуть різними в кожному випадку.

Існують різні погляди на те, що саме означають ці "Run", "Clone" і "Gen". Але як заявив професор Панде в дописі на форумі проекту, значення цих параметрів може відрізнятись в залежності від проекту і типу розрахунків. Але в найбільш узагальненому вигляді можна уявити, що в межах одного проекту виконується кілька симуляцій згортання білків, і ці симуляції ієрархічно пов'язані одна з одною. Для одного "Run" (прогон) всі атоми симуляції мають однакові початкові координати, і в окремих "Clone" відрізняються лише швидкостями. "Gen" (покоління) відповідає різним відрізкам часу симуляції і тому, щоб перейти до наступного значення "Gen" для певного "Run" проект має завершити обрахунки всіх його клонів. Типово, одне покоління завдань симуляції відповідає 100-400 пікосекундам.