Simap, создаем базу данных сходств протеинов Налаштування

[Waldhausen]

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Позиция команды в рейтинге
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"
• Статистика polarSETI по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Статус подсчета блоков ВЮ (work units)

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

02.02.2009

CODE

Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603

2.03.2009

CODE

140    Ukraine    0    0    628    0    90    628    7,664    126    287,642

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome

CODE

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

https://distributed.ru/wiki/pro:simap

[Waldhausen]

Всім привіт. Нижче наведено опис проекта "Матриця подібностей протеїновиї послідовностей"

Про SIMAP

Що таке SIMAP?
SIMAP - база даних подібностей протеїнів. Вона містить майже всі опубликовані протеїнові последовності и постійно оновлєються. Протеїнові послідовності обчислюються з використанням алгоритма FASTA, який забезпечую оптимальні швидкість та чутливість. SIMAP - єдиний відомий нам проект, що поєднує виключне покриття всіх відомих протеїнів та можливості інкрементального оновлення.

Для чого використовується SIMAP?
Величезна кількість відомих протеїнових послідовностей в публічних базах даних не дозволить в найближчому майбутньому експериментально описати більшість з них. Однак, протеїни, отримані від загального предка, часто мають ті ж самі функції (так звані ортологи - orthologs). Таким чином виявляється можливим вивести функцію ще неохаракеризованого протеїна з ортолога з відомою функцією. Широко відомі приклади - дослідження генів та протеїнів миші. Їх результати виявилися в багатьох випадках справедливими і для людських генів та протеїнів. Подібності протеїнів надають інформацїю про зв'язки між протеїнами та є необхідними для передбачення ортологів. Існуєт багато біоинформаційних методів, що спираються на подібності протеїнів. Наша база даних подібностей протеїнів надає заздалегідь обчислені дані про подібність та представляє відомий простір протеїнів. Це відкриавє абсолютно нові перспективи у порівнянні з методами, що використувуються для повторного обчислення даних такого роду. SIMAP регулярно оновлюється. Матриця подібностей розширюється по мері появи нових послідовностей. Використання SIMAP повністю безкоштовне для освтніх цілей та публічних досліджень.

Навіщо нам потрібні розподілені обчислення для SIMAP?
Вартість обчислень даних про подібності є пропорціональною до квадрату числа послідовностей, що в ній містяться. Таким чином, обчислювальні зусилля для підтримання матриці в актуальному стані постійно зростає. Наших внутрішніх ресурсів, які роками виконують обчислення для SIMAP, більше не вистачає для відстеження нових послідовностей. Ось чому ми реалізували SIMAP-кліента для платформи BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), в основі якого полягає алгоритм FASTA для виявлення подібностей послідовностей.

Які організації стоятя за SIMAP?
SIMAP - це спільний проект GSF Національного дослідного центра навколишнього середовища та здоров'я в Нойерберзі під Мюнхеном та Научного центра життя та харчування в Вайенстефані (Німеччина). Контактна особа - Томас Раттай (Відділ геном-орієнтованої біоінформатики, Технічний Університет, Мюнхен).