MolDynGrid, Virtual Laboratory Налаштування

[Alien]

MolDynGrid Virtual Laboratory

Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена у вересні 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, які потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Мета створення ВО полягає в розробці ефективної інфраструктури для проведення in silico розрахунків молекулярної динаміки (МД) біологічних макромолекул (білків, нуклеїнових кислот та їхніх комплексів) у водно-іонному оточенні в часовому інтервалі до 100 нс. MolDynGrid є частиною проекту розвитку Грід-сегменту Національної академії наук України з обчислювальними кластерами Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститутів молекулярної біології і генетики (ІМБіГ), клітинної біології і генетичної інженерії (ІКБГІ), теоретичної фізики (ІТФ) та ін. Використання ресурсів ВО MolDynGrid є вільним та безкоштовним для зареєстрованих членів за умови дотримання правил користування.
http://moldyngrid.org

публикации 2010 года:

(Show/Hide)

1. А. Salnikov, I. Sliusar, O. Sudakov, O. Savytskyi, A. Kornelyuk.
VIRTUAL LABORATORY MOLDYNGRID AS A PART OF SCIENTIFIC INFRASTRUCTURE FOR BIOMOLECULAR SIMULATIONS.
International Journal of Computing, 2010, Vol. 9, Issue 4, рр. 294-300.
2. А.О.Сальников, О.О.Судаков, О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MolDynGrid ДЛЯ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІОПОЛІМЕРІВ.
Медична інформатика та інженерія - Т. 3, № 1, c.24 - 32, (2010).
3. S.O. Yesylevskyy, O.V. Savytskyi, K.A. Odynets, A.I. Kornelyuk.
"Interdomain compactization in human tyrosyl-tRNA synthetase studied by the hierarchical rotations technique".
Submitted to Biophys. Chem.
4. O. Savytskyi, R. Nikolaenko and A. Kornelyuk,
"Molecular dynamics simulation of mutant tyrosyl-tRNA synthetase accociated with Charcot-Marie-Tooth neuropathy reveals the stabilization of enzyme dimer interface,"
Proceedings of Workshop Physical Chemistry of Biointerfaces, CIC biomaGUNE, 19-24 July 2010, Donostia - San Sebastian, Spain, p. 21.
5. Корнелюк О.І.
ГРІД-ТЕХНОЛОГІЇ І КОМП’ЮТЕРНИЙ ДИЗАЙН НОВИХ ЛІКАРСЬКИХ ПРЕПАРАТІВ.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.151.
6. О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ПІДВИЩЕННЯ ЕФЕКТИВНОСТІ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІЛКІВ В ГРІД-СЕРЕДОВИЩІ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MOLDYNGRID.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.152.
7. Є.А. Слюсар, Ю.В. Бойко.
Підсистема зберігання даних у відкритій інтероперабельній грід-інфраструктурі для біомедичних досліджень.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.153.
8. А.О. Сальніков, Ю.В. Бойко.
Методики інтеграції віртуальної лабораторії MolDynGrid в грід-інфраструктуру НАН України.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.154.

публикации 2009 года:

(Show/Hide)

9. А.О. Сальніков, О.О. Судаков, О.І. Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ АВТОМАТИЗАЦІЇ РОБОТИ З ВЕЛИКИМИ ОБ'ЄМАМИ ДАНИХ В ГРІД.
Медична інформатика та інженерія - Т. 1, № 3, c.22-30 (2009).
10. A.O. Salnikov, I.A. Sliusar, O.O. Sudakov, O.V. Savytskyi, A.I. Kornelyuk.
MolDynGrid Virtual Laboratory as a part of Ukrainian Academic Grid infrastructure.
Proceedings of the 5-th IEEE Workshop IDAACS 2009, 21-23 September 2009, Rende (Cosenza), Italy, pp. 237-240.

(Show/Hide)

[Sergyg]

Молодцы, вы превзошли ожидания многих из нас

После ознакомления с презентацией появились такие мысли:

Основная часть ваших работ велась на кластере из 32 Оптеронов. На сегодня 1шт. Intel i7 способна на многое, да и КвардКоре и Феном довольно сильны.
Но, по всей видимости, ваши программы "общаются" именно с кластером, виртуально одной машинкой и перейти к схеме удаленных РВ, где нужно ещё засунуть алгоритмы в клиента, написать софт для сервера рассылки/приема заданий - большая ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ работа. Не говоря о том, что нужно как-то "разрезать" одну большую задачу на множество маленьких заданий.
Но, с другой стороны, если вы это осилите, думаю, получите заметное ускорение своей работы.
Многие пользователи могут выделить вашему клиенту более 2 Гб ОЗУ и даже более, если потребуется. (я вообще оч удивляюсь, что многие клиенты потребляют мало памяти, наверняка это из моральных соображений и в ущерб производительности). Хотя та же Rosetta@home требует много памяти на процесс и я вполне понимаю, почему так.
Хотя, может уже не стоит связываться с ЦПУ, т.к. имеем ГПУ. (Ферми, очевидно, будет мощной штукой с её производительностью в вычислениях двойной точности и серьёзно переработанной архитектурой).
Тем более, что Folding@home давно применяют Gromacs для ГПУ, вот только они там используют какой-то Brooks - вроде бы как давно устаревший и оттого довольно таки медленный. Но и они (почему-то?) не могут перейти на более эффективные алгоритмы (может, оттого, что трудно делать одинаковые задания для АМД и Нвидии? тогда нужно целиться на DirectCompute или OpenCl, ну или же CUDA с прицелом на Ферми. Но нужно где-то брать специалистов по этим делам или самим...)

Знакомы ли вы с методологией проекта Rosetta@home+Fold-it ? (имхо, они (зачем-то?) убрали с сайта анимацию своих достижений в симуляции фолдинга и вообще мало делятся результатами, но моему имху кажется, что ихний подход эффективнее, чем у Folding@home. Правда, мне так и не удалось углубиться, в чем основные отличия, вроде, как минимум, в бОльшей детализации у Folding@home. (но так ли она нужна?)

Также - я не силён в суперкомпьютерах, но сильно удивился, что в вашем тесте вышло, что кластер на основе (уже) очень слабых Ксеон2,33ГГц выдавали производительность на процессор - в 3 раза бОльшую, чем Ксеон3,2ГГц - за счет большей полосы пропускания между узлами. Просто интересно - это особенность используемых алгоритмов или общеизвестный факт, что 1Гбит сети оказывается явно недостаточно.

А 3Д-очки - думаю, вы оцените их пользу. Может, даже "другими глазами" посмотрите на казалось бы знакомые модели молекул.

(ну в презентации допущено 5 описок и 1 неясность на ровном месте, но это уже не имеет значения, если она была проанализирована целевой аудиторией)