MolDynGrid, Virtual Laboratory Налаштування

[Alien]

MolDynGrid Virtual Laboratory

Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена у вересні 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, які потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Мета створення ВО полягає в розробці ефективної інфраструктури для проведення in silico розрахунків молекулярної динаміки (МД) біологічних макромолекул (білків, нуклеїнових кислот та їхніх комплексів) у водно-іонному оточенні в часовому інтервалі до 100 нс. MolDynGrid є частиною проекту розвитку Грід-сегменту Національної академії наук України з обчислювальними кластерами Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститутів молекулярної біології і генетики (ІМБіГ), клітинної біології і генетичної інженерії (ІКБГІ), теоретичної фізики (ІТФ) та ін. Використання ресурсів ВО MolDynGrid є вільним та безкоштовним для зареєстрованих членів за умови дотримання правил користування.
http://moldyngrid.org

публикации 2010 года:

(Show/Hide)

1. А. Salnikov, I. Sliusar, O. Sudakov, O. Savytskyi, A. Kornelyuk.
VIRTUAL LABORATORY MOLDYNGRID AS A PART OF SCIENTIFIC INFRASTRUCTURE FOR BIOMOLECULAR SIMULATIONS.
International Journal of Computing, 2010, Vol. 9, Issue 4, рр. 294-300.
2. А.О.Сальников, О.О.Судаков, О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MolDynGrid ДЛЯ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІОПОЛІМЕРІВ.
Медична інформатика та інженерія - Т. 3, № 1, c.24 - 32, (2010).
3. S.O. Yesylevskyy, O.V. Savytskyi, K.A. Odynets, A.I. Kornelyuk.
"Interdomain compactization in human tyrosyl-tRNA synthetase studied by the hierarchical rotations technique".
Submitted to Biophys. Chem.
4. O. Savytskyi, R. Nikolaenko and A. Kornelyuk,
"Molecular dynamics simulation of mutant tyrosyl-tRNA synthetase accociated with Charcot-Marie-Tooth neuropathy reveals the stabilization of enzyme dimer interface,"
Proceedings of Workshop Physical Chemistry of Biointerfaces, CIC biomaGUNE, 19-24 July 2010, Donostia - San Sebastian, Spain, p. 21.
5. Корнелюк О.І.
ГРІД-ТЕХНОЛОГІЇ І КОМП’ЮТЕРНИЙ ДИЗАЙН НОВИХ ЛІКАРСЬКИХ ПРЕПАРАТІВ.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.151.
6. О.В.Савицький, Є.А.Слюсар, О.І.Корнелюк.
ПІДВИЩЕННЯ ЕФЕКТИВНОСТІ РОЗРАХУНКІВ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ БІЛКІВ В ГРІД-СЕРЕДОВИЩІ ВІРТУАЛЬНОЇ ЛАБОРАТОРІЇ MOLDYNGRID.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.152.
7. Є.А. Слюсар, Ю.В. Бойко.
Підсистема зберігання даних у відкритій інтероперабельній грід-інфраструктурі для біомедичних досліджень.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.153.
8. А.О. Сальніков, Ю.В. Бойко.
Методики інтеграції віртуальної лабораторії MolDynGrid в грід-інфраструктуру НАН України.
Збірник праць Першого з'їзду ”МЕДИЧНА ТА БІОЛОГІЧНА ІНФОРМАТИКА І КІБЕРНЕТИКА” з міжнародною участю, 23-26 червня 2010 р. м. Київ, с.154.

публикации 2009 года:

(Show/Hide)

9. А.О. Сальніков, О.О. Судаков, О.І. Корнелюк.
ІНТЕГРОВАНЕ СЕРЕДОВИЩЕ АВТОМАТИЗАЦІЇ РОБОТИ З ВЕЛИКИМИ ОБ'ЄМАМИ ДАНИХ В ГРІД.
Медична інформатика та інженерія - Т. 1, № 3, c.22-30 (2009).
10. A.O. Salnikov, I.A. Sliusar, O.O. Sudakov, O.V. Savytskyi, A.I. Kornelyuk.
MolDynGrid Virtual Laboratory as a part of Ukrainian Academic Grid infrastructure.
Proceedings of the 5-th IEEE Workshop IDAACS 2009, 21-23 September 2009, Rende (Cosenza), Italy, pp. 237-240.

(Show/Hide)

[Sergyg]

(видео ролик - первый слайд презентации)

Мы тоже мыслим онологично Вот интро: http://upload.com.ua/get/901331349/
только конечная цель там немного другая, хотя тоже сети. (этим вот и зарабатываю на кусочек хлеба, т.е. создание ролика, а не то, что там рекламирываеццо)

...и 1 неясность на ровном месте, но это уже не имеет значения...

ещё раз прочитал то место, у вас все правильно, это я - читал ночью

я вот как раз все время не понимал, почему в Folding@home такие мелкие молекулы считаются? как бы в жизни более актуальны более крупные и сложноустроенные. (как раз Rosetta@home работает с бОльшими, но, повторюсь, вроде как отдельные атомы там не видны, т.е. используются какие-то оптимизации для уменьшения детализации и соотв ускорения). А у вас таки очень немаленькие молекулы.
Но я должен признаться, что курса молекулярной биологии у нас не было, да и цикл Креббса я мог держать в голове не более 1 недели. Т.е. ваши исследования мудрёны

[Alien]

(видео ролик - первый слайд презентации)

Мы тоже мыслим онологично Вот интро: http://upload.com.ua/get/901331349/
только конечная цель там немного другая, хотя тоже сети. (этим вот и зарабатываю на кусочек хлеба, т.е. создание ролика, а не то, что там рекламирываеццо)

симпотно, даже догадываюсь как и в чем было сделано =)
я тоже планировал сперва подзарабатывать на визуализации научных результатов..

я вот как раз все время не понимал, почему в Folding@home такие мелкие молекулы считаются? как бы в жизни более актуальны более крупные и сложноустроенные. (как раз Rosetta@home работает с бОльшими, но, повторюсь, вроде как отдельные атомы там не видны, т.е. используются какие-то оптимизации для уменьшения детализации и соотв ускорения). А у вас таки очень немаленькие молекулы.
Но я должен признаться, что курса молекулярной биологии у нас не было, и цикл Креббса я мог держать в голове не более 1 недели. Вот.

все зависит от тематики отдела.. У Панды одни у нас другие, некоторые вообще занимаются мембранными белками, а это в несколько раз больше и медленнее считается...

Насчет отдельных атомов, то ты несовсем правильно понял. Есть координаты ввиде цифр, которые идут на расчеты, а есть визуализация уже посчитанных результатов. Одни и теже координаты визуализировать можно по разному принципу, к примеру на атомарном уровне, по вандерваальсовским радиусам, по вторичной структуре.. Тоесть к расчетам это не имеет особо отношений.