Биологический проект Налаштування

[Alien]

Как насчет сделать клиенты для громакса\намда с практическим применением в НИИ академии наук Украины?

[Alien]

ок, приведу в цифрах.
Что касается МД, для нас интересно считать системы более 500 тыщ атомов, более 100 нм. На сервере с 96 ядрами, при инфинибенде это занимает месяц. Повторюсь, что уже интересно более 100 нм, хотя бы до 1000. Это при тех же 96 ядрах может занять соответственно в 10 раз больше времени.
Если речь о домашних компьютерах, то прирост производительности не будет таким хорошим и я полагаю относительно того же серверного решения может занять в ~5 раз больше.

C Autodock, проблем абсолютно никаких нет, кроме той, что я не знаю пока тех, кто активно на нем считает СЕГОДНЯ, но это вопрос времени.. Я до него через годик лично сам доберусь =)

F@H, считающие в громаксе это хороший пример, но мне почему-то кажется что они добавили в открытй код свои доработки, благодаря которым все чудненько получается.. Но я не уверен тут, я не с пец в программинге. Как я уже писать вся система разбивается на ячейки, на группы задач, благодаря которым происходит параллелизация и для ее эффективности необходимы минимальные задержки между процессами.
более детально http://www.gromacs.org/@api/deki/files/82/...acs4_manual.pdf (41 cт. Domain decomposition)
есть еще зависимость, от количества запрашиваемых ядер, должен меняться размер ячеек, есть для этого утилита http://www.mpibpc.mpg.de/home/grubmueller/...macs/index.html

1- программы, которые доступны, востребовательны сегодня, бесплатны:
GROMACS, NAMD, Autodock (аналог Arguslab)

2.1- ПП GROMACS, запуск самой МД, программой mdrun
выглядит это так

mdrun_mpi -s tyrn_md.tpr -g tyrn_md.log -o tyrn_md.trr -x tyrn_md.xtc -e tyrn_md.edr -c tyrn_md.gro -cpo tyrn_md.cpt -v  -nice 0

где tyrn_md.tpr входяхий файл, размером в пару мб, на выходе получаются файлы траекторий tyrn_md.trr (динамика всей системы, достигает 250 Гб и более, можно от него отказаться), tyrn_md.edr (файл с инфой об энергии) и tyrn_md.xtc (динамика самого белка, урезанный trr файл, занимает ~2Гб при 100 нс), tyrn_md.cpt (файл чекпоинта, хранит последние фреймы динамики)

2.2 ПП NAMD, почти тоже самое, нужен только сам запуск МД.

./charmrun namd2 +p4 md_4mp.namd ++verbose 2>&1 | tee md_4mp.log

где md_4mp.namd , подготовленый заранее файл проекта

2.3 Автодок, еще проще там файлик самой программы размером 400кб, отправляется на расчетную машину и там считается с проектом