Биологический проект Налаштування

[Alien]

Как насчет сделать клиенты для громакса\намда с практическим применением в НИИ академии наук Украины?

[Alien]

такс..
1- МД это одно, а докинг это другое.. Хотя сегодня это связано, но все же 2 разных метода.
Чтоб все поняли, то конечная цель МД это докинг, как правило. Целью которого является подготовить белок для перебора к нему ряда потенциальных лекарственных препаратов.
В идеале, после докинга, белок с лекарством нужно еще пропустить в динамике..
Получается схема МД-Докинг-ДМ или так называемое MM\QM.

Конкретный ответ.
Для динамики нужен громакс, для докинга - автодок.

2- сорри, забыл ответить, тем что когда пишется научная статья в материалах и методах обязательно нуждно писать чем считалось, версии и т.д. Если узнают, что была использована пиратка в НИИ для печати официальных результатов - будут неприятности на национальном уровне, как минимум у академии наук. С такими вещами у нас не шутят, пристиж важнее.

3- что именно считать, я могу отправить тестовый проект.
на данный момент для нас актуальны:
фермент тирозил-тРНК синтетаза человека и быка и их комплексы с нуклеиновыми кислотами, то есть тРНК.
Для докинга, к сожалению сейчас ушел человек который этим занимался, но он подбирал препарат к такому же ферменту только у у возбудителя туберкулеза, таким образом искал ингибиторы против туберкулеза.
кое что можно глянуть здесь http://grid.imbg.org.ua/index.php?option=c...apper&Itemid=48

Более востребовательно сегодня настроить для МД громакс и намд (если время будет), в перспективе автодок (потому, что сегодня мало кому есть на нем считать).
1- http://www.gromacs.org/
2- http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
3- http://autodock.scripps.edu/