Биологический проект Налаштування

[Alien]

Как насчет сделать клиенты для громакса\намда с практическим применением в НИИ академии наук Украины?

[Sergyg]

конечно я не знаком даже с основами сегодняшнего программирования, но, насколько я понял, как раз одной из наиболее сложных задач будет адаптация схемы вычислений на кластере к РВ.

я не совсем понял, что означает

Alien Дата Сьогодні, 19:25
Если речь о домашних компьютерах, то прирост производительности не будет таким хорошим и я полагаю относительно того же серверного решения может занять в ~5 раз больше.

насколько я понял, для одной большой молекулы тестируется множество состояний (вариантов конформации) на предмет выполнения определенного критерия (вычисление энергии связей, отбор значений с минимумом энергии), т.е. время вычислений большое из-за того, что число атомов велико и нужно выполнять просчет их взаимного расположения при каждом новом варианте конформации молекулы. Кроме того ещё что-то там меняется во времени - я так и не понял, что же это за наносекунды, которых нужно хотя бы 1000? Из остатков выветривающихся знаний могу предположить, что это симуляция естественного времени жизни молекулы белка при переходе из вторичной (или первичной?) структуры в третичную. Хотя наверняка это моё ложное предположение, ибо: насколько я помню, третичная структура является стабильной, т.е. её конформация не меняется с момента формирования и до действия внешнего фактора. Тогда нет разницы сколько будет длиться симуляция, важно просто достичь отсутствия новых, более удачных конформаций.

Возвращаясь к вычислениям: полагаю, что вся эта громоздкая (ресурсоёмкая) задача выполняется одним логическим "компьютером" (кластером), который представлен совокупностью узлов (грубо говоря пользовательских ПК), которые соединены высокопропускным каналом связи. Т.е. вся эта система очень быстро получает новые задания, отталкиваясь от результатов предыдущих вычислений. Кстати, не представляю себе - есть ли в кластере какой-то особый, координирующий узел (аппаратный) или аппаратно все равны, а вся корректировка заложена в общем алгоритме программы.
Т.е. грубо говоря вычисления в кластере линейны во времени: чтобы начался расчет кластера на 100-м часу его работы, нужно выполнить 99 часов предыдущих вычислений. И вся эта махина - считает много суток.
Так как же "порезать" этот большой последовательно выполняющийся алгоритм на кучу маленьких для 1CPU@3.0GHz?
В голову приходит только такой метод, когда на довольно мощном (кластере) выполняется какой-то предварительный расчет, относительно быстрый и неточный, но с точным определением границ. А уже множество клиентских CPU будут уточнять тот предварительный результат.

Не удивлюсь, если всё вышенаписанное не соответствует действительности Просто интересная тема, но ничего не понятно
Плохо, что Планетачка все ещё не написал/а свой диплом - вот бы нам и рассказал/а всю правду (хотя кто б говорил, я свой доделывал в последние часы )