Биологический проект Налаштування

[Alien]

Как насчет сделать клиенты для громакса\намда с практическим применением в НИИ академии наук Украины?

[Alien]

Death,
CHARMM интересно, но пока менее актуально..
AMBER, у нас есть лицензия на 9й, думаю обновим до 10го, но привязка к одному кластеру.. Опять таки мало людей у нас на нем считает.. Мы просто используем бесплатные силовые поля амбера для громакса.

Gromacs SREM (Core 80)
Gromacs Serial Replica Exchange Method.
The Gromacs Serial Replica Exchange Method core, also known as GroST (Gromacs Serial replica exchange with Temperatures), uses the Replica Exchange method (also known as REMD or Replica Exchange Molecular Dynamics) in its simulations.

помимо классики МД, мы используем еще Replica Exchange Method.
технический принцип работы таков что, создается 50 подпроектов (реплик), с разницей лишь в температуре, с шагом 2-3 градуса. К примеру задача состоит из 50 реплик с диапазоном температур от 300 К до 400 К. Каждая из реплик в процессе динамики обменивается данными. Но не все сразу, а как правило 2 из 50, в данном случае... Целью является переход структуры в другой энергетический минимум, для получения иной стабильной конформации.
Детали, если кому интересно можно будет потом рассказать..