Help Fight Childhood Cancer, проект по подбору лекарств от нейробластомы (рак) Налаштування

[Rilian]

Помоги в борьбе с детским раком / Help Fight Childhood Cancer

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

• Help Fight Childhood Cancer - статья у нас на сайте
• Статистика по команде "Ukraine"
• Топ-50 участников команды
• Общая статистика проекта
• обзор проекта на английском
• Официальный сайт Университета Чиба (новости на сайте)
• Видео, составленное командой NMG-NETWORK

World Community Grid рада объявить о запуске проекта Help Fight Childhood Cancer под руководством Института по Исследованию Рака в Чибо (Япония), а также Университета Чиба (префектура Чиба, Япония). Миссия проекта - найти лекарства которые смогут заблокировать три вида белков обычно связываемых с развитием Нейробластомы (вид рака) - одного из видов плотных опухолей которые чаще всего развиваются у детей. Нахождение лекарств, блокирующих эти белки, позволит более эффективно лечить этот вид опухоли с помощью химиотерапии. Нейробластома проявляется чаще всего в раннем детстве и обычно ведет к смерти. Если проект будет удачным, он может привести к прорыву в исследованиях этой болезни, которая до сих пор не поддавалась ученым, и это позволит намного увеличить шансы на лечение нейробластомы.

В новой фазе проекта, запущеной в Августе 2010, исследуется 3 дополнительных цели
После этого ввиду успешност экспериментов добавлено еще 3 цели. Итого на апрель 2012 года рассчитано 8 целей, и еще 1 на очереди

Help Fight Childhood Cancer это двенадцатый проект в рамках World Community Grid и один из 7 (на момент запуска) которые сейчас активны. Для более детальной информации по остальным проектам, заходите на форум World Community Grid.

Часто задаваемые вопросы по проекту:

Что такое нейробластома?
Нейробластома - один из видов злокачественных опухолей и встречается обычно у младенцев и детей и очень редко у детей старше 10 лет. Клетки этой опухоли напоминают нервные клетки на ранних этапах их развития у плода. Одна треть нейробластом развивается в надпочечниках, другая треть - в брюшной полости по ходу нервных стволов вдоль позвоночника и остальные - в грудной полости и на шее. Некоторые нейробластомы возникают из спинного мозга. Иногда в связи с широким распространением опухоли на момент диагностики трудно установить точно место, откуда возникла опухоль. Не все опухоли нервной системы относятся к злокачественным. Нейробластома составляет 6-10% из всех детских раковых заболеваний и 15% от всех летальных исходов вызванных раком.

Что вызывает нейробластому?
Вероятность возникновения нейробластомы по всему миру почти одинаковая. Это дает возможность предположить, что факторы окружающей среды, например, ее загрязнение, не являются причиной развития этой опухоли. Многие исследователи полагают, что нейробластома возникает в том случае, когда нормальные эмбриональные нейробласты не созревают в нервные клетки или клетки коры надпочечников. Вместо этого, они продолжают расти и делиться. Большинство нейробластом не являются следствием наследуемых мутаций ДНК. Они вызваны мутациями, приобретенными в ранний период жизни ребенка. Эти мутации присутствуют в опухолевых клетках родителя ребенка и не передаются детям. Причины, вызывающие изменения ДНК, приводящие к возникновению нейробластом, не известны.

Какие потенциальные преимущества проекта Help Fight Childhood Cancer?
Институт по Исследованию Рака в Чибо, а также Университет Чиба (Япония) используют компьютерные ресурсы WCG для определения новых лекарственных кандидатов которые имеют нужную форму и химические характеристики для блокирования трех протеинов: TrkB, ALK и SCxx, которые часто встречаются, или ненормально мутируют, в агрессивно развивающихся нейробластомах. Блокирование этих протеинов, как считают ученые, позволит значительно повысить шансы на излечение с помощью химиотерапии.

Что именно считают рассчетные ядра проекта Help Fight Childhood Cancer?
Исследователи приготовили базу из 3 миллионов соединений - или потенциальных кандидатов для лекарства - и используют мощности добровольцев в WCG для симуляции лабораторных экспериментов, чтобы протестировать какие из этих соединений блокируют протеины TrkB, ALK и SCxx. Лучшие из моелкул будут выбраны и протестированы в лаборатории для подавления нейробластомы.

Какие преимущества получает проект от использования World Community Grid?
На своих мощностях исследователям для этого проекта понадобилось бы 8000 лет компьютерных рассчетов. С помощью мощностей участников WCG рассчеты могут быть проведены примерно за 2 года!

Что изображено на скринсейвере?
Программа симулирует лабораторное исследование, и проверяет, может ли данный лекарственный кандидат потенциально блокировать протеин, связанный с образованием рака. Форма в центре круга детей представляет собой белковую молекулу, которая является целью эксперимента в данном рабочем юните - белок TrkB, ALK, или SCxx. Когда рассчитывается возможная позиция (докинг двух молекул) лекарственного кандидата и одного из 3 белков, это место обозначается цветным шариком.

Скриншот графического клиента

Откуда взялись рисунки на сайте Help Fight Childhood Cancer project и в графическом клиенте?
Они были пожертвованы Ассоциацией Детского Рака Японии (Children's Cancer Association of Japan) - это единственная благотворительная организация в Японии которая поддерживает детей больных раком и их семьи. Организация была основана в 1968 году родителями которые потеряли своих детей, больных раком. Рисунки нарисованы детьми:

* "Лев"

* "Розовые семена"

* "Упражнения по радио"


График производительности проекта:


Це повідомлення відредагував Rilian: Apr 16 2012, 21:20

[mzhelo]

Вот этот самый лог:

(Show/Hide)

CODE

Result Log  

Result Name: HFCC_ s2_ 00735760_ s2_ 0001_ 0--



<core_client_version>6.10.18</core_client_version>
<![CDATA[
<message>
- exit code -1073741819 (0xc0000005)
</message>
<stderr_txt>
Failed to get VersionInfo size: 1812
INFO:[13:45:17] Start AutoGrid...

autogrid: autogrid4: Successful Completion.
INFO:[13:45:58] End AutoGrid...
Beginning AutoDock...
INFO: Setting num_generations: 27000
_maxGenSeenSoFar changed: 6750
About to enter main loop...(dockings already completed: 0)
Updating Best Energy for WU: 0.00
Finished Docking number 0
Updating Best Energy for WU: -5.70
Finished Docking number 1
Updating Best Energy for WU: -6.47
Finished Docking number 2
Finished Docking number 3
Finished Docking number 4
Updating Best Energy for WU: -6.47
Finished Docking number 5
Finished Docking number 6
Finished Docking number 7
Finished Docking number 8
Finished Docking number 9
Finished Docking number 10
Finished Docking number 11
Finished Docking number 12
Finished Docking number 13
Finished Docking number 14
Finished Docking number 15
Finished Docking number 16
Updating Best Energy for WU: -6.50
Finished Docking number 17
Finished Docking number 18
Finished Docking number 19
Finished Docking number 20
Finished Docking number 21
Finished Docking number 22
Finished Docking number 23
Finished Docking number 24
Finished Docking number 25
Finished Docking number 26
Finished Docking number 27
Finished Docking number 28
Finished Docking number 29
Finished Docking number 30
Finished Docking number 31
Finished Docking number 32
Finished Docking number 33
Finished Docking number 34
Finished Docking number 35
Finished Docking number 36
Finished Docking number 37
Finished Docking number 38
Finished Docking number 39
Finished Docking number 40
Finished Docking number 41
Finished Docking number 42
Finished Docking number 43
Finished Docking number 44
Finished Docking number 45
Finished Docking number 46
Finished Docking number 47
Finished Docking number 48
Finished Docking number 49
Finished Docking number 50
Finished Docking number 51
Finished Docking number 52
Finished Docking number 53
Finished Docking number 54
Finished Docking number 55
Finished Docking number 56
Finished Docking number 57
Finished Docking number 58
Finished Docking number 59
Finished Docking number 60
Finished Docking number 61
Finished Docking number 62
Finished Docking number 63
Finished Docking number 64
Finished Docking number 65
Finished Docking number 66
Finished Docking number 67
Finished Docking number 68
Finished Docking number 69
Finished Docking number 70
Finished Docking number 71
Finished Docking number 72
Finished Docking number 73
Finished Docking number 74
Finished Docking number 75
Finished Docking number 76
Finished Docking number 77
Finished Docking number 78
Finished Docking number 79
Finished Docking number 80
Finished Docking number 81
Finished Docking number 82
Finished Docking number 83
Finished Docking number 84
Finished Docking number 85
Finished Docking number 86
Finished Docking number 87
Finished Docking number 88
Finished Docking number 89
Finished Docking number 90
Finished Docking number 91
Finished Docking number 92
Finished Docking number 93
Finished Docking number 94
Finished Docking number 95
Finished Docking number 96
Finished Docking number 97


Unhandled Exception Detected...

- Unhandled Exception Record -
Reason: Access Violation (0xc0000005) at address 0x00492F86 read attempt to address 0x046374C0

Engaging BOINC Windows Runtime Debugger...



********************


BOINC Windows Runtime Debugger Version 6.3.3


Dump Timestamp : 03/18/10 19:19:37
Install Directory : D:\Program Files\BOINC\
Data Directory : D:\Documents and Settings\All Users\Application Data\BOINC
Project Symstore :
Loaded Library : D:\Program Files\BOINC\\dbghelp.dll
Loaded Library : D:\Program Files\BOINC\\symsrv.dll
Loaded Library : D:\Program Files\BOINC\\srcsrv.dll
LoadLibraryA( D:\Program Files\BOINC\\version.dll ): GetLastError = 126
Loaded Library : version.dll
Debugger Engine : 4.0.5.0
Symbol Search Path: D:\Documents and Settings\All Users\Application Data\BOINC\slots\1;D:\Documents and Settings\All Users\Application Data\BOINC\projects\www.worldcommunitygrid.org;srv*D:\DOCUME~1\Micke\LOCALS~1\Temp\symbols*http://msdl.microsoft.com/download/symbols;srv*D:\DOCUME~1\Micke\LOCALS~1\Temp\symbols*http://boinc.berkeley.edu/symstore


ModLoad: 00400000 0409c000 D:\Documents and Settings\All Users\Application Data\BOINC\projects\www.worldcommunitygrid.org\wcg_hfcc_autodock_6.10_windows_intelx86 (6.2.0.0) (-nosymbols- Symbols Loaded)
File Version : 6, 2, 0, 0
Company Name : The Scripps Research Institute and IBM Corporation
Product Name : AutoDock
Product Version :

ModLoad: 7c900000 000b1000 D:\WINDOWS\system32\ntdll.dll (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name :
Product Name : MicrosoftWindows Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 7c800000 000f6000 D:\WINDOWS\system32\kernel32.dll (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name :
Product Name : MicrosoftWindows Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 77bf0000 00008000 D:\WINDOWS\system32\VERSION.dll (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name : Microsoft Corporation
Product Name : MicrosoftWindowsOperating System
Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 77d30000 00090000 D:\WINDOWS\system32\USER32.dll (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name :
Product Name : MicrosoftWindows Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 77f10000 00046000 D:\WINDOWS\system32\GDI32.dll (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name : Microsoft Corporation
Product Name : MicrosoftWindowsOperating System
Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 77dc0000 000ac000 D:\WINDOWS\system32\ADVAPI32.dll (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name :
Product Name : MicrosoftWindows Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 77e70000 00091000 D:\WINDOWS\system32\RPCRT4.dll (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name : Microsoft Corporation
Product Name : MicrosoftWindowsOperating System
Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 76360000 0001d000 D:\WINDOWS\system32\IMM32.DLL (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name : Microsoft Corporation
Product Name : MicrosoftWindowsOperating System
Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 04fc0000 00044000 D:\Program Files\IObit\IObit Security 360\IS360mon.dll (1.4.1.39) (-exported- Symbols Loaded)
File Version : 1.4.1.39
Company Name : IObit
Product Name : IObit Security 360
Product Version : 0,4,0, 0

Get Product Name Failed.
ModLoad: 77110000 0008c000 D:\WINDOWS\system32\oleaut32.dll (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180
Company Name : Microsoft Corporation
Product Name :
Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 77c00000 00058000 D:\WINDOWS\system32\msvcrt.dll (7.0.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 7.0.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name : Microsoft Corporation
Product Name : MicrosoftWindowsOperating System
Product Version : 7.0.2600.2180

ModLoad: 774d0000 0013c000 D:\WINDOWS\system32\ole32.dll (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name :
Product Name : MicrosoftWindows Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 76be0000 0000b000 D:\WINDOWS\system32\PSAPI.dll (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name : Microsoft Corporation
Product Name : MicrosoftWindowsOperating System
Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 77680000 00021000 D:\WINDOWS\system32\NTMARTA.DLL (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name :
Product Name : MicrosoftWindows Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 76f50000 0002d000 D:\WINDOWS\system32\WLDAP32.dll (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name :
Product Name : MicrosoftWindows Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 71bd0000 00013000 D:\WINDOWS\system32\SAMLIB.dll (5.1.2600.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.1.2600.2180 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name : Microsoft Corporation
Product Name : MicrosoftWindowsOperating System
Product Version : 5.1.2600.2180

ModLoad: 77f60000 00076000 D:\WINDOWS\system32\SHLWAPI.dll (6.0.2900.3354) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 6.00.2900.3354 (xpsp_sp2_gdr.080417-1412)
Company Name :
Product Name : MicrosoftWindows Product Version : 6.00.2900.3354

ModLoad: 773c0000 00102000 D:\WINDOWS\WinSxS\x86_Microsoft.Windows.Common-Controls_6595b64144ccf1df_6.0.2600.2180_x-ww_a84f1ff9\comctl32.dll (6.0.2900.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 6.0 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name : Microsoft Corporation
Product Name : MicrosoftWindowsOperating System
Product Version : 6.00.2900.2180

ModLoad: 5d5b0000 00097000 D:\WINDOWS\system32\comctl32.dll (5.82.2900.2180) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 5.82 (xpsp_sp2_rtm.040803-2158)
Company Name : Microsoft Corporation
Product Name : MicrosoftWindowsOperating System
Product Version : 6.00.2900.2180

ModLoad: 06910000 00115000 D:\Program Files\BOINC\dbghelp.dll (6.8.4.0) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 6.8.0004.0 (debuggers(dbg).070515-1751)
Company Name : Microsoft Corporation
Product Name : Debugging Tools for Windows®
Product Version : 6.8.0004.0

ModLoad: 065c0000 00048000 D:\Program Files\BOINC\symsrv.dll (6.8.4.0) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 6.8.0004.0 (debuggers(dbg).070515-1751)
Company Name : Microsoft Corporation
Product Name : Debugging Tools for Windows®
Product Version : 6.8.0004.0

ModLoad: 10490000 0003b000 D:\Program Files\BOINC\srcsrv.dll (6.8.4.0) (PDB Symbols Loaded)
File Version : 6.8.0004.0 (debuggers(dbg).070515-1751)
Company Name : Microsoft Corporation
Product Name : Debugging Tools for Windows®
Product Version : 6.8.0004.0



*** Dump of the Process Statistics: ***

- I/O Operations Counters -
Read: 85582, Write: 0, Other 18708

- I/O Transfers Counters -
Read: 0, Write: 44478, Other 0

- Paged Pool Usage -
QuotaPagedPoolUsage: 86836, QuotaPeakPagedPoolUsage: 101688
QuotaNonPagedPoolUsage: 3896, QuotaPeakNonPagedPoolUsage: 4208

- Virtual Memory Usage -
VirtualSize: 279625728, PeakVirtualSize: 283897856

- Pagefile Usage -
PagefileUsage: 235167744, PeakPagefileUsage: 240660480

- Working Set Size -
WorkingSetSize: 103268352, PeakWorkingSetSize: 108666880, PageFaultCount: 1680433

*** Dump of thread ID 42220 (state: Waiting): ***

- Information -
Status: Wait Reason: UserRequest, , Kernel Time: 299843744.000000, User Time: 93183279104.000000, Wait Time: 5117541.000000

- Unhandled Exception Record -
Reason: Access Violation (0xc0000005) at address 0x00492F86 read attempt to address 0x046374C0

- Registers -
eax=00000000 ebx=06653fdc ecx=046374c0 edx=0661f0f8 esi=0665119c edi=00000000
eip=00492f86 esp=04973134 ebp=04973174
cs=001b ss=0023 ds=0023 es=0023 fs=003b gs=0000 efl=00010246

- Callstack -
ChildEBP RetAddr Args to Child
04973174 0043c7b1 049731a0 049731d4 00000058 00000020 wcg_hfcc_autodock_6!+0x0
04973238 00406cf1 004b6972 004f2908 004b6969 004a2d70 wcg_hfcc_autodock_6!+0x0
049736b8 004526dc 7c910570 ffffffff 7c91056d 7c911962 wcg_hfcc_autodock_6!+0x0
04c9fa38 00448a1b 04c9fd30 004bac58 004eb640 ffffffff wcg_hfcc_autodock_6!+0x0
04c9fd3c 00444450 00000060 00000000 051f0178 00427529 wcg_hfcc_autodock_6!+0x0
04c9fee4 004b719f 00000007 051f29e0 051f2a98 00000094 wcg_hfcc_autodock_6!+0x0
04c9ffc0 7c816d4f 00000000 00000000 7ffd4000 8054b038 wcg_hfcc_autodock_6!+0x0
04c9fff0 00000000 004b7033 00000000 00000000 00000000 kernel32!_BaseProcessStart@4+0x0

*** Dump of thread ID 42228 (state: Waiting): ***

- Information -
Status: Wait Reason: ExecutionDelay, , Kernel Time: 312500.000000, User Time: 1875000.000000, Wait Time: 5117539.000000

- Registers -
eax=0620fb60 ebx=00000000 ecx=95d1dfd9 edx=40000000 esi=00000000 edi=0620ff70
eip=7c90eb94 esp=0620ff40 ebp=0620ff98
cs=001b ss=0023 ds=0023 es=0023 fs=003b gs=0000 efl=00000202

- Callstack -
ChildEBP RetAddr Args to Child
0620ff3c 7c90d85c 7c8023ed 00000000 0620ff70 00000000 ntdll!_KiFastSystemCallRet@0+0x0 FPO: [0,0,0]
0620ff40 7c8023ed 00000000 0620ff70 00000000 7c802442 ntdll!_NtDelayExecution@8+0x0 FPO: [2,0,0]
0620ff98 7c802451 00000064 00000000 0620ffec 004a129b kernel32!_SleepEx@8+0x0
0620ffa8 004a129b 00000064 00000000 7c80b50b 00000000 kernel32!_Sleep@4+0x0
0620ffec 00000000 004a1290 00000000 00000000 6d269bcd wcg_hfcc_autodock_6!+0x0


*** Debug Message Dump ****


*** Foreground Window Data ***
Window Name :
Window Class :
Window Process ID: 0
Window Thread ID : 0

Exiting...

</stderr_txt>
]]>