Биологический проект Налаштування

[Alien]

Как насчет сделать клиенты для громакса\намда с практическим применением в НИИ академии наук Украины?

[Alien]

да собственно давно решил..мне нужно знать какие технические ограничения будут.. одна задача\ядро-два или одну задачу можно будет распаралелить на тысячи юзеров? Нужно будет попробовать практически в громаксе..
если только на одно ядро, то тогда настроим моделлер, для моделирования ансамблей... Сделаем крутой проект... К примеру сегодня мы генерируем 500 моделей, а благодаря тысячам ядер мона сделать в десятки тыщ раз больше...Это колоссальная статистика... будет прорывом..
С громаксом сложнее, ему важны минимальные задержки между юзерами.. но стоит попробовать...

Даю тестовый файл для громакса https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG/linker_md.tpr
1- нужно заинсталлить громакс ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.0.7.tar.gz ( есть и для виндовс версии http://www.gromacs.org/index.php?title=Dow...on_Instructions )
2- я уже писал как выглядит команда..

2.1- ПП GROMACS, запуск самой МД, программой mdrun
выглядит это так

CODE

mdrun_mpi -s linker_md.tpr -g linker_md.log -o linker_md.trr -x linker_md.xtc -e linker_md.edr -c linker_md.gro -cpo linker_md.cpt -v  -nice 0

для самого этапа динамики входящий только один файл linker_md.tpr, он вмещает в себя все необходимое. Остальные файлы это выходящие..
данная задача не должна требовать более 300 мб озу на ядро. Настроена для 20 нс динамики вроде..