Биологический проект Налаштування

[Alien]

Как насчет сделать клиенты для громакса\намда с практическим применением в НИИ академии наук Украины?

[Algon]

Установка однопоточного Gromacs на Windows

Для успешной компиляции и установки Gromacs необходимы следующие 3 компонента:
- Среда Cygwin, предназначенная для компиляции Linux-приложений из исходников и создания окружения для их успешной работы в OS Windows (http://www.cygwin.com/);
- FFTW, библиотека подпрограмм для языка C, предназначенная для работы с дискретными преобразованиями Фурье (http://www.fftw.org/);
- Непосредственно Gromacs (http://www.gromacs.org/)

1. В первую очередь необходимо загрузить Cygwin, текущая версия доступна по адресу http://www.cygwin.com/setup.exe
2. Запускаем полученный файл setup.exe, во втором окне выбираем "Install from Internet".
3. В качестве "Root Directory" оставляем "C:\cygwin". Вы можете выбрать свой путь для установки, но в дальнейшем придется вручную набирать большое количество команд с указанием этого пути. Учитывайте это при выборе каталога.
4. В качестве "Local Package Directory" оставляем "C:\cygwin\packages".
5. В следующем окне необходимо выбрать свой тип подключения к Интернет и указать необходимые данные.
6. Затем выбираем, с какого из зеркал будем загружать пакеты. Можно оставить по умолчанию.
7. В следующем окне "Setup Packages" будьте внимательны, необходимо установить следующие пакеты:

Секция "Devel"
- autoconf: Wrapper scripts for autoconf commands
- autoconf2.1: Stable version of the automatic configure script builder
- autoconf2.5: Development version of the automatic configure script builder
- automake1.9: a tool for generating GNU-compliant Makefiles
- binutils: The GNU assembler, linker and binary utilites
- gcc: C compiler upgrade helper
- gcc-core: C compiler
- gcc-g++: C++ compiler
- gcc-g77: Fortran compiler
- gcc-mingw-core: Mingw32 support headers and libraries for GCC
- gcc-mingw-g++: Mingw32 support headers and libraries for GCC C++
- gcc-mingw-g77: Mingw32 support headers and libraries for GCC Fortran
- libgcc1: GCC compiler support shared runtime
- libgdbm-devel: GNU dbm database routines (development)
- make: The GNU version of the `make` utility
- mingw-runtime: MinGW Runtime
Остальное оставляем по умолчанию.

Секция "Interpreters"
- perl: Larry Wall`s Practical Extracting and Report Language
Остальное оставляем по умолчанию.

Другие секции не трогаем.
После установки необходимых пакетов выбираем, создавать ли иконку на рабочем столе и добавлять ли в меню "Пуск".
После нажатия кнопки "Готово" инсталляция Cygwin завершена.

8. Загружаем во временную папку FFTW по ссылке http://www.fftw.org/fftw-3.2.2.tar.gz
9. Разархивируем полученный файл в папку C:\cygwin\packages\, в итоге должна получиться папка C:\cygwin\packages\fftw-3.2.2\ содержащая файлы FFTW.
10. Загружаем во временную папку Gromacs по ссылке ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.0.7.tar.gz
11. Разархивируем полученный файл в папку C:\cygwin\packages\, должна получится папка C:\cygwin\packages\gromacs-4.0.7\ содержащая файлы Gromacs.
12. Запускаем Cygwin ярлыком "Cygwin Bash Shell" или вручную C:\cygwin\Cygwin.bat
13. В Cygwin-сессии переходим в каталог FFTW, набрав команду:
cd /cygdrive/c/cygwin/packages/fftw-3.2.2

14. Запускаем конфигурирование FFTW командой:
./configure --prefix=/cygdrive/c/cygwin/packages/fftw --enable-float

15. Когда конфигурирование будет завершено, запускаем команду make:
make

16. Затем запускаем:
make install
Когда процесс завершится, будет создан новый каталог C:\cygwin\packages\fftw\ содержащий файлы FFTW для Windows.

17. После этого переходим в каталог с файлами Gromacs:
cd /cygdrive/c/cygwin/packages/gromacs-4.0.7

18. Конфигурируем Gromacs следующей командой:
./configure --prefix=/cygdrive/c/Packages/Gromacs LDFLAGS=-L/cygdrive/c/cygwin/packages/fftw/lib CPPFLAGS=-I/cygdrive/c/cygwin/packages/fftw/include

19. Когда конфигурирование будет завершено, запускаем команду:
make

20. И затем:
make install

Процесс конфигурирования и компиляции занимает много времени (до нескольких часов), это нормально.
Если будут выдаваться предупреждения типа "Warning..." не обращайте на них внимания, главное чтобы не было "Error...". )) Если вы все-же получили сообщение об ошибке, проверьте правильность написания команды и правильность указания путей.
Примечание: диск C: в Cygwin указывается как /cygdrive/c/

После завершения компиляции получим новый каталог C:\cygwin\packages\gromacs\ содержащий файлы Gromacs для Windows.

21. Для нормальной работы программы необходимо внести в системную переменную PATH следующие каталоги:
C:\cygwin\bin\
C:\cygwin\packages\gromacs\bin\

Запуск расчета задания осуществляется из командной строки командой:
mdrun -s linker_md.tpr -g linker_md.log -o linker_md.trr -x linker_md.xtc -e linker_md.edr -c linker_md.gro -cpo linker_md.cpt -v -nice 0