Биологический проект Налаштування

[Alien]

Как насчет сделать клиенты для громакса\намда с практическим применением в НИИ академии наук Украины?

[Algon]

Alien,
К сожалению пришлось плотно отвлечься на основную работу, так что пока все приостановилось. Еще 2-3 дня буду очень занят, потом продолжу.

Algon, поскольку ты понял весь процесс работы... скажи это реально использовать для BOINC? как создать клиентскую и серверную часть представляешь уже? вот для громакса желательно распараллелить одну такую задачу на много юзеров..

Если удастся уменьшить время выполнения одной задачи до разумных пределов - реально. Разумными на мой взгляд являются до 20 дней на современном Quad.
Одну задачу в Boinc распараллеливать на несколько юзеров не получится, принципы кластера здесь неприменимы. В основном потому, что между машинами разных пользователей вообще нет прямой связи. Теоретически можно связать их через сервер и получить что-то типа огромного кластера (правда с высокими задержками), но эффективность такого решения должны оценивать вы, а не я
При таком решении возникают сопутствующие проблемы: подобная система будет требовать постоянного подключения к серверу, интернет-трафик у пользователей будет значительным, что снизит количество участников. Со стороны сервера будет требоваться широкий интернет-канал с минимальными задержками и оборудование самого сервера должно быть в состоянии кроме выполнения основных функций (сходных с функциями управляющей ноды кластера) поддерживать еще и сотни или тысячи VPN-подключений.
В итоге реализация подобного проекта становится довольно затратным делом, как по финансовым вложениям, так и по вложениям сил и времени.

как можно обойти такую штуку что один фрейм динамики создается всеми машинами, а следующий фрейм не будет создан без предыдущего... и если один из компов выключится, как будет перестрахован расчет?

Я инженер IT, а не биолог, поэтому принципы работы Gromacs для меня непонятны
Идеальным решением для Boinc является "одно задание на один компьютер". Естественно что скорость расчетов будет низкой, но вот общий объем может быть очень большим. Для обхода проблемы со сбоями/отключениями отдельных компьютеров обычно применяется принцип избыточности, то есть одно и то-же задание дается 2-3 компьютерам. Вероятность, что расчет будет прерван на всех, очень низкая, хоть один да посчитает.

со своей стороны скажу..что создаются чекпоинты, после восстановления с чекпоинта можно задать иное число ядер участвующих в расчете... система будет переразбита на другое количество ячеек и подкорректирован их размер (PME). получается, что если выключится у кого-то комп..система остановится и восстановиться расчет на новом числе ядер..

Это справедливо и имеет смысл для классического кластера при отказе/сбое ноды. Если мы все-же попытаемся реализовать концепцию "распределенного кластера", то его отказоустойчивость нужно будет обеспечивать избыточностью, о чем я говорил выше. Чекпоинты в этом случае будут гарантией от сбоя системы в целом.

есть еще вариант..ставить данный расчет лишь на те машины которые гарантируют продолжительную работу, без выключений, с хорошим пингом между собой.

Да, это наиболее просто реализуемый вариант, но количество таких машин не очень большое. Нужно учитывать тот факт, что большинство участников РВ считают не на выделенных машинах. На этих-же компьютерах могут параллельно работать в Интернет, играть в игры и т.д. Наконец банально могут отключить электричество или может пропасть связь с Интернет.

P.S. Возможно стоит обратиться за помощью к вашим западным коллегам? Они наверняка уже сталкивались с большинством этих проблем, возможно имеют и готовые пути их обхода или решения. Gromacs используют несколько действующих проектов РВ, даже если они не дадут готового решения - возможно подскажут, куда двигаться стоит, а куда нет, что избавит нас от многих ошибок и проблем.