Биологический проект Налаштування

[Alien]

Как насчет сделать клиенты для громакса\намда с практическим применением в НИИ академии наук Украины?

[Alien]

Algon, согласен с тобой...наблюдается проблема недопониманий.. Но вроде бы я все изложил понятно, что необходимо по технической части... и что еще важнее я наблюдаю понимание с твоей стороны проблематику наших расчетов.
Лично для нашей лаборатории, которая использует крупные объекты исследований в 500 тыщ атомов в системе (в отличии от F@H, в пару сотен или тысяч) существует проблема в ресурсах... Как ты заметил есть условный лимит - 4 ядра в пределах месяца... Я понимаю, что мало кто сможет продержать свой комп даже на такой период.. На благо есть чекпоинты...возможно исходя из этого можно как-то перенаправлять и продолжать расчеты..
Нужно реально подумать, со своей стороны я готов расписать весь технический процесс..

К примеру в качестве оптимизации, я могу пройти все 12 этапов до самой молекулярной динамики (МД), даже пройти саму МД до 30-40 нс, что будет отвечать уравновешенному участку, таким образом сэкономим пару месяцев времени, используя расчеты на кластерах УАГ.
С моей точки зрения F@H считают пустышки... я не уверен, но у меня подозрения, что они не проводят расчеты в водно-солевом растворе, таким образом экономя процессорное время ну и существенно добавляют погрешности в свои исследования.
У нас как бы более серьезный уровень, который соответственно и требователен к ресурсам..
Пару практический цифр.
Динамика моей системы в 300 тысяч атомов на 32 ядрах при интерконекте инфинибенд занимает около 3х недель, для 100 нс динамики. Меньше чем 100 нс считать сегодня не интересно.

Исходя из всего этого...
Если расчет при BOINC займет около полу года, но я получу статистику из тысяч траекторий игра будет стоить свеч.... Потому что за пол года при расчетах на кластерах я получу около 10 траекторий..
Вот тут сразу видна польза.