Rosetta@home, проектирование новых белков Налаштування

[Dimych]

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст

CODE

<account>
    <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url>
    <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator>
    <project_name>rosetta@home</project_name>
</account>

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12

[Bel]

Кусок поста из форума TSC! Russia... обсуждение CASP 10.

Так CASP10 закончился? Начался нормальный просчет новых молекул, а не чемпионат, кто быстрее предскажет уже известное?
Мне сейчас идут в основном требующие мало памяти задания типа "Tc734_ab_relax_cst_t000___dekim_08_08". Что это приблизительно может считаться?

Еще не закончился, но подоходит к концу. Крайний срок сдачи последних предсказаний - 18 августа:
http://predictioncenter.org/casp10/targetlist.cgi (кстати по этой ссылке - по тем белкам у которых срок сдачи прошел в последнем столбце можно найти ссылки на подробную информацию с описанием что это был за белок)
А в R@H по-моему уже дейсвительно считать CASP перестали, тем что осталось robetta сервера занимаются + ручная обработка.

Небольшая статистика с CASP10.
Все на соревнование было выставлено 114 белков с полностью неизвестной структурой(+43 цели, где нужно было работать по частично известным данным). По ним получено 65000 предсказаний - каждая команда может несколько(если правильно помню 5) лучших своих моделей прислать по каждой цели.
Причем не совсем правильно говорить, что это еще раз перемалывают "старое и известное". Особенность CASP в том, что считаются белки стуктура которых была опеределена (экспериментально) совсем недавно(от дней до 1-2 года) и еще нигде не была опубликована. Т.е. в отличии от обычных "тренировок" и тестирований алгоритмов поиск идет полностью в слепую(двойной слепой метод). А оценивает все это независимая(от участников) команда. Что позволит достоверно сказать кто есть ху? На данный момент. Так что это не просто "чемпионат", а и метод оценки эффективности работы разных научных групп. Который может влиять в т.ч. на распределие грантов, пожертвований и т.д. в т.ч. поддержку РВ в у тех групп, которые РВ используют (а то каждый хвалит себя конечно в первую очередь, а как не будучи специалистом понять, где серьезная и эффективная наука, а где больше пиара? например Бейкер заявляет, что по их собственной оценке за последние 2 года они продвинулись в качестве моделирования больше, чем за предыдущие 6 лет - посмотрим как это отразится на результатах независимой проверки)
Кстати проме собственно предсказания структуры там есть и другие категории "соревнования", например поиск активных центров белка (так же только по линейной аминокислотной формуле)

Да, отыскал результаты с предыдущего CASP9( http://predictioncenter.org/casp9/groups_analysis.cgi )
В категории скоростной(результат возвращался в среднем через 2.4 суток после получения задания при предельно допустимых 3) автоматизированный поиск структуры Розетта тогда заняла 11е место (из 79 участвовавших команд).
В открытой смешанной категории (как полность автоматизированный так и машина+человек на кот. дается гораздо больше времени) лаба бейкер заняла
36е (полный авто) и 29е (с участием человека) места из 174 участвовавших групп
Для сравнения например POEM занял тогда 119/174 место (и в условных попугаях результаты где-то в 3 раза слабее/хуже чем у лабы Бейкера).
F@H как понимаю вообще не участвовал.

Так что осенью(когда будут подведены результаты CASP10) посмотрим кто как продвинулся за прошедшие 2 года.