Simap, создаем базу данных сходств протеинов Налаштування

[Waldhausen]

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Позиция команды в рейтинге
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"
• Статистика polarSETI по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Статус подсчета блоков ВЮ (work units)

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

02.02.2009

CODE

Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603

2.03.2009

CODE

140    Ukraine    0    0    628    0    90    628    7,664    126    287,642

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome

CODE

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

https://distributed.ru/wiki/pro:simap

[LSA]

підключу 16 ядер.

[Death]

чой-то они в середине месяца заданий кинули?

[re_SET]

чой-то они в середине месяца заданий кинули?

С начала месяца считаем. Просто больше обычного накидали...

[Bel]

Ещё докинули заданий за ноябрь!

[LSA]

Поки я пас.

[corsar83]

Перевалил за 500 тыщ очей. Пойду чото другое уже посчитаю

[Rilian]

Проект участвует в BOINC Pentathlon 2013

Из последних новостей:

SIMAP integrates the human microbiome project. We are not alone: our body contains about as many microbial as human cells. Most of these microbes are concentrated in the intestinal tract. But microorganisms are also found on our skin and on many other locations of our body. These microbial are crucial for our health, as they support our organism and prevent us from infections by pathogens. Due to the high diversity of the human microbiome its biological and medical investigation has just started during the last years. Modern research technologies, such as DNA sequencing, play a key role in this research. Sequences, e.g. from healthy and sick patients or from different body locations, are analyzed by sophisticated computational methods. SIMAP supports the researchers studying the human microbiome by integrating the sequences from HMPDACC into its exhaustive similarity matrix. This will help to understand the evolution and function of the microbes living with us.

[Rilian]

Project status: running
Hosts active: 10,868
Work distributed: 39 %
Remaining: 25 days

а еще с утра было 32 дня

пентатлон рулит!

[Rilian]

Hi CharlesL,

indeed a GPU based SIMAP would be fine. The reason why it is not yet available is that the underlying FASTA algorithmus is only available for CPUs. There is no GPU implementation of FASTA yet.

Alternative algorithms (Smith-Waterman) have been implemented on GPUs and show remarkable speedup there. For FASTA it is not yet clear if we can expect any speedup from GPUs. It seems that during the database search phase, transfer of data between CPU and GPU might even slow down the search compared to CPU only. In this case only parts of the final alignment algorithm might go through the GPU. This needs to be investigated in detail and we have applied for funding to work on this topic. If the GPU-based implementation should be faster than CPU only, we will provide such an app here. We hope to finish our work on this later next year.

Best regards
Thomas

в конце 2013 обещают пояснить возможно ли ускорение алгоритма FASTA с помощью GPU

[Morlock]

А в этом проекте участвует CPU или и видеосистема тоже?

[CrazyBigCat]

А в этом проекте участвует CPU или и видеосистема тоже?

В этом проекте задействован только CPU, видеокарты не используются...

[Rilian]

Судя по статусу сервера http://boincsimap.org/boincsimap/ и http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php -- , в этом месяце работы еще на 38 дней

подключайтесь!

[Rilian]

Недельное соревнование в СИМАПе

http://boincstats.com/en/bam/teamChallenge/detail/385

[Rilian]

С 1 июня стартует 7-дневный CPU челендж

http://boincstats.com/en/stats/challenge/team/chat/385

цель челенджа - досчитать пачку метагеномов http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php

[Death]

извините у нас сети. хоть и гпу но всё же