Rosetta@home, проектирование новых белков Налаштування

[Dimych]

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст

CODE

<account>
    <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url>
    <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator>
    <project_name>rosetta@home</project_name>
</account>

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12

[Death]

реальные результаты. тваюмать как долго я этого ждал

Posted 7 Nov 2008 7:27:53 UTC

Please see Sarel's post today on protein-protein interface design about to start up on rosetta@home. Sarel is designing proteins to block the action of pathogens like cholera, and we are excited that with your help we can make inhibitors for many proteins causing disease. We are also starting large scale tests of brand new structure prediction methods, including some that I have been developing myself. This is a very exciting time at rosetta@home!

[(_KoDAk_)]

November 14, 2008
Outage Notice: the project will be down for maintenance starting at 2:00 PST today.

On an unrelated note: WE ARE PLANNING TO INCREASE THE DEFAULT RUN TIME TO 6 HOURS AND THE MINIMUM TO 3 TO REDUCE THE LOAD ON OUR SERVERS. When and how this will occur has not yet been decided. If you have any concerns or would like to add to the discussion please post to this thread.


November 14, 2008
Our fileserver crashed last night. We are planning to upgrade the system very soon. Sorry for any inconvenience.

[Zedus]

интересный прожект... И сюда внесу свою лепту
Плохо только, что задания такие "тяжелые" (
когда интернет по траффику, с этим приходится считаться...

[(_KoDAk_)]

интересный прожект... И сюда внесу свою лепту
Плохо только, что задания такие "тяжелые" (
когда интернет по траффику, с этим приходится считаться...

высвляешь растектное время задания 24 часа и трафик становится меньше))

[(_KoDAk_)]

такое событие пропустили

Jul 14, 2008
Predictor of the day: Congratulations to Admin (Team Ukraine) for predicting the lowest energy structure for workunit FR_298_relax_3292_0 !

[tribal]

прикольненько - считается розета 6 с копейками часов, остается 20 минут и 3% соответсвено, потом бах - посчитано 4 с копейками часа и всего лишь 73%... и заново считаем ))

[Rilian]

какая версия проги? чето пишет БОИНК, что пишет розетта?

[tribal]

07.01.2009 17:53:01|rosetta@home|Restarting task cc2_1_8_mammoth_mix_cen_cst_hb_t322__IGNORE_THE_REST_2CY9A_3_5882_55_0 using minirosetta version 147

боинк 6.4.2.... а никто и не ругалси.. просто он его остановил и перезапустил почему-то с меньших процентов... вопщем боинк у мя живет своей жизнью

[Rilian]

ненене должен быть подробный лог в БОИНКЕ. скопируй все что есть

[tribal]

Rilian,
да фиг с ним, вчера просмотрел весь лог ниче кроме paused и restart про розету не было... досчитался и хорошо, главно что очки начислили

[Rilian]

tribal, ну ок

пока вцг в отключке, считаю Rosett-у

[tribal]

Rilian,

пока вцг в отключке, считаю Rosett-у

ну ненаю... я домой пришел а wcg мене 2 задания подтянул, с подозрительными названиями в теле ....rosetta.... гм, я так понимаю два проекта пересеклись?

[Rilian]

если ты подключен к проекту Human Proteonome Folding то да, там на алгоритма розетты фолдятся белки

[(_KoDAk_)]

скачет процентов бывает если ты менял время расчета заданий
но они обычно пролоджает считать....

[(_KoDAk_)]

так перебои с заданиями закончились

и вот что бывает если ошибится в одну букву

http://www.youtube.com/watch?v=W3aN6-xGjMw