Help Conquer Cancer, исследование структуры белков в раковых клетках Налаштування

[Rilian]

Читайте статьи о проекте на нашем сайте:
* Официальная статистика
* FAQ по проекту help conquer cancer
* Help Conquer Cancer
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, январь 2008
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, май 2008 (в переводе) :onpc:
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, октябрь 2008 (в переводе) :onpc:
* Сайт Института Рака в Онтарио

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

WCG запускает новый проект "Помоги Победить Рак", занимающийся улучшением результатов исследований белков методом рентгеновской кристаллографии. Это поможет не только записать части протеономы человека, но и улучшает понимание возникновения, развития и методы борьбы с раком. Проект спонсирует Институт Рака в Онтарио, Канада. Перейти на официальную страницу



Если Вы желаете помочь ученым в понимании такой сложной, многогранной и беспощадной болезни как Рак — присоединяйтесь к проекту распределенных вычислений "Help Conquer Cancer" (Помоги Победить Рак) основанный учеными из "Ontario Cancer Institute (OCI)" (Институт Рака в Онтарио), "Princess Margaret Hospital" (Госпиталь Принцессы Маргарет» и "University Health Network" (Университетская Сеть Здоровья).
Смысл помощи в том, чтобы предоставить ученым неиспользованное процессорное время вашего ПК для анализа фотографий белков сделанных методом "X-ray Crystallography" (Рентген кристаллография) с целью определения структуры этих белков и в дальнейшем понимания их роли в инициировании, течении и лечении Рака.

Миссия
Миссия проекта ПОМОГИ ПОБЕДИТЬ РАК состоит в том, чтобы улучшить результаты рентгеновской кристаллографии, которая помогает исследователям не только описать неизвестные структуры протеономы человека, но и большим образом понять как образуется рак, как он развивается, и как на него можно повлиять.

Важность проекта
Для того чтобы существенным образом повлиять на понимание рака и на его лечение, нужно не только открыть новые терапевтические подходы нацеленные на исследование метастаз (процесс распространения рака на другие органы тела), но и найти некие маркеры или структурные метки, с помощью которых можно было бы провести раннюю диагностику

Во время изучения многих форм рака, исследователи смогли сделать некоторые открытия даже имея ограниченное представление об участвующих в образовании рака белках. Однако, чтобы глубже понять и найти более эффективные способы лечения, необходимо исследовать все вовлеченные в процесс белки, их структуру и функции, чем и занимается данный проект. В основном это белки, характерные для раковых клеток, а также белки которые в них подавляются. Также исследуются белки которые были модифицированы и изменили свою структуру под воздействием рака.

С помощью рентгеновской кристаллографии исследователи смогут получить более точные данные о структуре этих белков. Это должно привести к более глубокому пониманию функций ракообразующих белков, и позволит найти потенциальные лекарства от смертельной болезни.

С начала проекта обрабатывалось 85 млн изображений.
По данным на 30 июня 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 115 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 230 млн заданий.
По уточненным данным на 20 октября 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 105 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 210 млн заданий.

Более 560 (на 1 января 2011) человек из украинской команды распределенных вычислений отдают свободные мощности своих компьютеров на эти исследования.

(Show/Hide)

Help Conquer Cancer project announcement:

World Community Grid takes great pleasure in announcing its newest research project: Help Conquer Cancer, sponsored by the Ontario Cancer Institute in Canada. The mission of Help Conquer Cancer is to improve the results of protein X-ray crystallography, which helps researchers not only annotate parts of the human proteome, but importantly improves their understanding of cancer initiation, progression, and treatment. For more information about this research project, click here. For additional announcement information about this project, please click here.

Help Conquer Cancer runs only on the BOINC client. For more information about BOINC see the last article in this newsletter.

Other Research Projects:

The Help Conquer Cancer project is the fifth research project that is currently active on World Community Grid. The other four projects include: Human Proteome Folding - Phase II, FightAIDS@Home, Discovering Dengue Drugs - Together, and AfricanClimate@Home. We hope that you are participating in one or more of these projects. For more information about all five projects, please click here.

Time to Go BOINC!

In the October 2007 newsletter, World Community Grid announced that it was migrating entirely to BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), a software platform for volunteer computing and desktop grid computing. The move is being made to provide a better experience for all our members.

This is a reminder to all users of the United Devices client that you must migrate to the BOINC client before it sunsets in 2008 by visiting the website and downloading and installing the BOINC client. The BOINC installer will detect if a computer is running the UD client and if it is found, will help you uninstall it. Details on downloading and installing the BOINC agent for Windows may be found here.

To determine whether you are currently on the BOINC or UD client, double click on the World Community Grid icon in your system tray. If you are running the BOINC client, you will see "BOINC Client" at the top of the information panel. If you are running the United Devices client it will say United Devices in the lower right hand corner.

More details about the migration are available in the member news forum.

Are you active?

As we start this new project, the World Community Grid team wants to make sure that everyone who has signed up is actively contributing. To check out if you are actively contributing, sign in on the website and go to My Grid. In the middle of that page you will see a field for "Last Results Returned". If the last time you returned a result was more than 30 days ago, you are probably not active. The easiest way to become active again is to check that the software is installed and running properly.

To see if the software is installed, check for the World Community Grid logo in your system tray. Here is an example of what the logo looks like in the system tray:

Double-clicking on the logo will bring up the client. If the client does not appear to be running correctly (i.e., the numbers for Task Run Time or Elapsed Time are not increasing, examples below), please use the Contact Us feature on the bottom of most pages of the World Community Grid website, and a World Community Grid team member will help you to figure out how to become active again.

If the World Community Grid logo is not in your system tray, you will need to install the software. For instructions, click here. If you have any questions about this, please ask in the forums or send an email via Contact Us.

------------------------------

Для большей скорости (прирост 40%) используйте 64-битную ОС!

график проекта


видео о проекте


Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 6 2011, 09:26

[Tamagoch]

vitalidze1,
АТИшкой можно Фолдинг кранчить, но он и проц жрет, вроде
а ВЦГ пока я смотрю даже платформу х64 не пытается обживать

[vitalidze1]

vitalidze1,
АТИшкой можно Фолдинг кранчить, но он и проц жрет, вроде
а ВЦГ пока я смотрю даже платформу х64 не пытается обживать

Так, але фолдінг це не боінковий проект, хз.

[Rilian]

25 Jul 2009 – Presentation at Annual Meeting of the American Crystallographic Association, Toronto Ontario - "Crystallization image analysis on the World Community Grid"

Презентация на Ежегодном Собрании американской Кристаллографической Ассоциации, Торонто, Онтарио (Канада) - Анализ кристализационных изображений на World Community Grid

Файл с презентацией тут:

http://www.chtsb.org/Images/Results/Presen...I_08_Cumbaa.ppt

[Rilian]

Посчитано 63,517,942 тасков из 84000000 ВЮ (с кворумом в 2 ВЮ), и осталось досчитать 105,000,000 тасков

Средняя скорость 73,686 тасков в день.

пс: Один core2duo 2.5Ghz считает 12 ВЮ в день

[Death]

1400 дней. фаааааааак.
стоко грантов и не пітаются куду и 64 подрубить.
денег на программистов не хватате чтоли????

[Rilian]

64 нужно для эффективного хранения больших чисел. В HCC обрабатываются изображения с меньшей битностью, и в существующем алгоритме 64bit пользы не приносит. Где-то на оф форуме уже про это писали

[Rilian]

Посчитано 64,342,210 тасков из 84000000 ВЮ (с кворумом в 2 таска на ВЮ), и осталось досчитать 103,500,000 тасков

Вчерашняя скорость 79,757 в день, с такой скоростью проект завершится через 1300 дней

пс: Один core2duo 2.5Ghz считает 12 ВЮ в день

[Rilian]

ООООООООММММММММГГГГГГГГГ

Ученые из проекта Help Conquer Cancer нашли способ оптимизировать процессорный клиент! Альфа тестирование завершено, и показало что скорость вычислений повысилась почти в 2 раза! Сейчас проводится Beta тестирование и если все будет хорошо, приложение будет обновлено

Greetings all,

The researchers for Help Conquer Cancer project have figured out a way to speed up the calculations for this project! We had been testing the updated application on Alpha for a little bit. The speed increase has caused the work units to run in about 1/2 the time of the original application.

We are excited to get this tested in a broader set of machines and hope to promote it to production when the tests come back positive.

Thanks,
-Uplinger

Это значит что вторая фаза проекта завершится примерно через 600 дней! (конечно, при текущем темпе вычислений и если не выпустят GPU клиент)

Интересно какой прорыв в исследованиях рака будет, когда наконец-то построят таблицу классификации типов раковых белков ?

[tiss]

Ученые из проекта Help Conquer Cancer нашли способ оптимизировать процессорный клиент! Альфа тестирование завершено, и показало что скорость вычислений повысилась почти в 2 раза! Сейчас проводится Beta тестирование и если все будет хорошо, приложение будет обновлено

Я поймал это бета задание - 2 часа считается в отличии от HFCC которое считается 5

[Rilian]

Ученые из проекта Help Conquer Cancer нашли способ оптимизировать процессорный клиент! Альфа тестирование завершено, и показало что скорость вычислений повысилась почти в 2 раза! Сейчас проводится Beta тестирование и если все будет хорошо, приложение будет обновлено

Я поймал это бета задание - 2 часа считается в отличии от HFCC которое считается 5

Повезло, а я ни одной беты не поймал

Тока не HFCC а HCC

Средняя скорость за вчера в HCC - 5.5 часов. Если бета посчиталась за 2 часа, то прирост производительности - больше 50%

Посмотрим когда официально выпустят.

[tiss]

Повезло, а я ни одной беты не поймал

Тока не HFCC а HCC

Средняя скорость за вчера в HCC - 5.5 часов. Если бета посчиталась за 2 часа, то прирост производительности - больше 50%

Посмотрим когда официально выпустят.

Ну я же сейчас считаю HFCC и поэтому не знаю за сколько считается HCC на моем процике. Просто предполагаю что HCC и HFCC считаются практически одинаково.

[Rilian]

HFCC считается от 4 до 27 часов. HCC - обработка изображений, HFCC - докинг.

[Rilian]

В ветке про этот бета-тест пишут что скорость обработки увеличилась почти в 3 раза

[EKONOMIST]

И мне одно упало, за 31 мин - 22 % Не слишком и революционно, они так и считаются обычно 3-3.5 часа

UPD Кто хочет беток - почаще давите апдейт, их все еще раздают

Це повідомлення відредагував EKONOMIST: Mar 23 2010, 22:25

[Rilian]

И мне одно упало, за 31 мин - 22 % Не слишком и революционно, они так и считаются обычно 3-3.5 часа

скажешь за сколько досчитается

учитывая что в проекте 168000000+ тасков в среднем по 5.5 часов -- довольно революционно