Rosetta@home, проектирование новых белков Налаштування

[Dimych]

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст

CODE

<account>
    <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url>
    <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator>
    <project_name>rosetta@home</project_name>
</account>

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12

[corsar83]

Вроде нормально все, последний раз скачал задание сёдня в 12. Может поставь в настройках розетта счёт на максимальные 24 часа. А то наверно 3 стоит.

[corsar83]

Чото глючная какаето версия розетта 2.14. Эти новые задания CASP, считает считает часами, потом в любой момент может остановится расчет, время идет, а прогрес не движется. Пошол я опять считать WCG.

[gladiator_maximus]

про себя я этот проект назвал error@home.
слишком много заданий слетает в эррор.Пустая трата процессорного времени...

[ShNurik]

розетта 2.14 отлично работает. скачивает.. отправляет.. ошибок не было

[uNiUs]

про себя я этот проект назвал error@home.
слишком много заданий слетает в эррор.Пустая трата процессорного времени...

Специально проверил резалты своего разогнанного компа - из сотни заданий всего два в ошибках, один сабортился на 15-й секунде, другой на 16-й. О каких часах затраченного времени впустую речь? Дело, скорее, в конкретном компе (переразгон, перегрев, мало памяти, програмные глюки etc.)

[gladiator_maximus]

uNiUs,
Проц не разогнан, ОЗУ 3 Гб, перегрева нету, в других проектах (космология,эйнстейн) задания в эррор не валились.
Вот посмотрите - http://boinc.bakerlab.org/rosetta/results.php?userid=378965 (ДОСТУП ЗАПРЕЩЕН)
из шести-два в эрроре, и это спустя несколько часов расчетов.

[Rilian]

gladiator_maximus,

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/results.php?hostid=1276956

в двух ошибочных заданиях на компе

[2010- 5-16 20:38:47:] :: BOINC:: Initializing ... ok.
Can't acquire lockfile - exiting
[2010- 5-16 20:39:28:] :: BOINC:: Initializing ... ok.
Can't acquire lockfile - exiting

значит проблемы с доступом на компе. антивирусами балуешься? диск чем-то занят?

[gladiator_maximus]

Rilian,
антивир нод32 стоит,попробую в нем добавить розетту в список исключений.
хотя розетта не мой основной проект, её я периодически посчитываю.
Еще в этом проекте, ну не то чтобы напрягает, но не очень нравится то, что когда закончил считать вюху , розетта из памяти не выгружается, продолжая занимать ОЗУ, только ребут компа помогает освободить ОЗУ от розетты.

[Rilian]

Еще в этом проекте, ну не то чтобы напрягает, но не очень нравится то, что когда закончил считать вюху , розетта из памяти не выгружается, продолжая занимать ОЗУ, только ребут компа помогает освободить ОЗУ от розетты.

каким образом ты это вычислил?
вообще на оф форуме на каждую версию минирозетты есть топик, где нужно сообщать о багах

[Algon]

А может в настройках Boinc просто стоит "Оставлять неактивные приложения в памяти"? Вот она и оставляет...
За время пентатлона (и после него) посчитал 104 задания, из них 2 вылетели с ошибками, остальные нормально посчитались.

[gladiator_maximus]

Algon,
"Оставлять неактивные приложения в памяти" ,галочка на этом пункте не стоит и не была никогда активирована.
Rilian,
легко вычислил в Диспетчере задач.И что странно, каждое посчитанное задание остается в памяти,занимает мегабайт так 250.
В других проектах подобных странностей нет.

[Rilian]

Algon,
"Оставлять неактивные приложения в памяти" ,галочка на этом пункте не стоит и не была никогда активирована.
Rilian,
легко вычислил в Диспетчере задач.И что странно, каждое посчитанное задание остается в памяти,занимает мегабайт так 250.
В других проектах подобных странностей нет.

покажи скриншот с боинка и одновременно с диспетчера задач.

не может быть что посчитанное задание где-то может висеть

[gladiator_maximus]

Rilian,
как буду опять считать розетту, покажу скриншоты.

[gladiator_maximus]

Вот скрин
Задания благополучно ушли в эррор, и так же благополучно висят в ОЗУ.
Минирозетта 2.14. добавлена в список исключения Нод32. Дело не в антивире значит.
Тогда в чем?

[Rilian]

что-то явно помешало процессу

попробуй день не качать новый софт, отключи нод, и запусти розетту еще раз.

кстати, ты запускаешь боинк от другого юзера. проверь его права на запись в тех папках