Rosetta@home, проектирование новых белков Налаштування

[Dimych]

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст

CODE

<account>
    <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url>
    <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator>
    <project_name>rosetta@home</project_name>
</account>

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12

[gladiator_maximus]

Rilian,
В Диспетчере задач имя пользователя проектов от БОИНКА те же, что и папка в которой они находятся.
Как можно проверить права на запись?
А что значит "не качать новый софт"?

[uNiUs]

gladiator_maximus,
можно поступить проще - просто запусти boincmgr.exe под админом и посмотри, повторится ли проблема.
А антивирь случайно не ESET NOD32 Smart Security?
ЗЫ: Если ось - ХР проблема может быть в лимите на 10 коннектов, особенно учитывая кучу запущенного софта + торренты.

[xapaktep]

У мене теж нещодавно почалися якісь трабли. Раніше на завдання йшло до 6 годин - а тепер від 30 до 70 годин. Жодних змін в залізі не відбувалось. При цьому іноді час йде, а процент завдання не змінюється. Хелп!

[corsar83]

6 часов это потому, что в профиле стоко стоит. Максимум можно 24 часа поставить. Но у меня на версии 2.14 тоже такая же фигня. Время идет, а процент не увеличивается. Задание просто какбы перестаёт считатся. Помогает пауза и снова запуск. Но постоянно тыкать это слишком

[gladiator_maximus]

uNiUs,
Антивир Нод32 не Smart Security, обычный , фаер Комодо 4.0, минирозетту тоже добавил в список разрешенных приложений.
Лимит у меня на 100 коннектов.
Вот уже 15 часов считается еще одно задание-посмотрим,отпишусь.

[Rilian]

uNiUs,
Антивир Нод32 не Smart Security, обычный , фаер Комодо 4.0, минирозетту тоже добавил в список разрешенных приложений.
Лимит у меня на 100 коннектов.
Вот уже 15 часов считается еще одно задание-посмотрим,отпишусь.

минирозетту добавил только сейчас?

с виду, задание досчиталось успешно http://boinc.bakerlab.org/rosetta/results.php?hostid=1276956

[gladiator_maximus]

Rilian,
В список разрешенных приложений Комодо минирозетту и базы добавил как раз перед просчетом этой успешной вюхи.
Может случайность, а может и нет.
Щас космологию считаю, завтра к вечеру досчитаю, перейду на розетту-посмотрим.

[gladiator_maximus]

Еще два задания успешно засчитались.
Видимо все таки фаервол порол задания.
А может и нет. Посмотрим.

[Rilian]

Еще два задания успешно засчитались.
Видимо все таки фаервол порол задания.
А может и нет. Посмотрим.

а все начиналось с того что "проект кривой"

[gladiator_maximus]

Rilian,
Да ладно, с кем не бывает.
Главное найти корень проблемы и решить ее.

[G.R.Max]

Странная ситуация.
Я Розету не считал уже год, тут решил опять её попробовать.
Раньше был в другой команде. Перевёл розету в вашу команду, и просчитал задание одно на сутки.
Странное дело, но на сайте http://stat.polarseti.ru/index.php?t=11&p=0 не появилась моя статистика.
Хотя Розета засчитала 183 поинта. По другим проэктам проблем не было, они высвечиваются, а розеты нету(((

[Rilian]

G.R.Max, смотри статистику по BoincStats. Поларсети глючит, особенно в новых аккаунтах и при переходах из команд

[corsar83]

Aug 8, 2010
Rosetta@home related advances have been featured in the national media twice in the last month. The first advance was the design of a protein catalyst that joins two molecules in a way not found in Nature; this was reported in Science magazine in July. The second advance is the finding that FoldIt players can solve hard structure prediction problems; this was reported in Nature magazine this week. These advances were covered in the New York Times, the LA times, and likely in your local newspaper. Thanks to all of you for your contributions to Rosetta@home!

[corsar83]

Sep 21, 2010
The minirosetta application has been updated to version 2.15.

Проснулись после отпуска

upd: add new protocols for symmetrical oligomers and membrane proteins.

[Brodyaga]

Как командное ППД за вчера вверх стрельнуло. WCG отвалился, так все, кто заданиями не запасся, сюда перешли