Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 [intermittent], Поиска лекарств от лихорадки Денге и сопутствующих болезней Налаштування

[kornq]

(логотип не у нас!)

Поиск Лекарств от Лихорадки Денге, 2 фаза / Discovering Dengue Drugs - Together, Phase 2
17.02.2010

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

• Официальный сайт
• Официальный форум
• Обзор проекта
• Новости проекта
• Команда исследователей
• Часто задаваемые вопросы (англ)
• Статистика по команде "Ukraine"
• Топ-50 участников команды
• Общая статистика проекта

О проекте

Организаторы системы распределенных вычислений World Community Grid объявили о начале проекта Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2, в котором продолжится поиск новых лекарств от опасных заболеваний, вызываемых флавивирусами (Flaviviridae). Проект поддерживается Медицинским отделением Техасского университета (University of Texas Medical Branch, UTMB) в Галвестоне и Университетом Чикаго (University of Chicago) в Иллинойсе, США.

Проект призван обнаружить потенциальные лекарственные соединения, которые блокируют размножение в организме человека вирусов семейства Flaviviridae. К ним относятся вирусы, вызывающие такие опасные заболевания, как лихорадка Денге, желтая лихорадка, лихорадка Западного Нила, гепатит С и пр. Около 40% населения Земли проживают в регионах, где высока вероятность заразиться одним из перечисленных вирусов. Ежегодно более 1,5 млн людей лечат от лихорадки Денге. По некоторым оценкам, гепатитом С в мире заражено до 2% населения. Большой вред развивающимся странам наносят желтая лихорадка и лихорадка Западного Нила. К сожалению, эффективных препаратов для лечения этих заболеваний не существует, а паллиативная терапия обходится слишком дорого и при этом способна лишь ненамного снизить показатели летальности среди больных.

В рамках проекта Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2 ученые сделали ставку на поиск ингибиторов вирусной протеазы NS3.

Ингибиторами (лат. inhibere – сдерживать, останавливать) называют вещества, замедляющее или предотвращающее развитие какого-либо процесса или химической реакции.

Протеаза NS3 – фермент, играющий ключевую роль в репликации (размножении) вируса в организме человека. Последовательность аминокислот и атомная структура NS3 практически одинаковы для всех флавивирусов. К тому же строение протеазы прекрасно известно, поэтому исследователи надеются с помощью вычислительных методов найти эффективные лекарственные средства – химические соединения, блокирующие работу NS3.

Ученые из UTMB и Чикагского университета уже обнаружили вещества, замедляющие в клеточных культурах работу протеазы вирусов, вызывающих лихорадки Денге и Западного Нила. Однако необходим дополнительный поиск перспективных лекарственных средств, к которым флавивирусы имеют минимальную резистентность. В этом вопросе ученые активно сотрудничают с сообществом World Community Grid, многотысячная армия участников которого предоставляет вычислительные ресурсы своих компьютеров для проведения научных исследований.

В августе 2009 года закончилась первая фаза проекта. Вычисления производились с помощью специализированной программы для молекулярного докинга – AutoDock, разработанной доктором Олсоном (Olson) и его сотрудниками из Научно-исследовательского института Скриппса).

Молекулярный докинг (стыковка) – метод компьютерного моделирования, который позволяет предсказать наиболее выгодную для образования устойчивого комплекса ориентацию и положение одной молекулы по отношению к другой, в т.ч. для комплексов низкомолекулярных соединений и активных центров белковых молекул.

В ходе вычислений было произведено моделирование взаимодействия с протеазой NS3 около 3 млн потенциально эффективных малых молекул, из которых было отобрано несколько тысяч самых перспективных.

К сожалению, чаще всего до 90-95% соединений, отобранных на первом этапе виртуального (”in silico”) скрининга веществ-кандидатов, оказываются бесполезными при лабораторных исследованиях. Поэтому до начала тестирования in vitro необходимо выбрать из найденных молекул наиболее эффективные. Для этого и предназначена вторая фаза проекта. (Впрочем, в UTMB уже приступили к «пробирочным» испытаниям некоторых из найденных веществ, показавших высокую активность в биохимических тестах.)

В ходе работы Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2 планируется отсеять ложноположительные соединения, найденные в первой фазе проекта, с помощью еще одной программы для молекулярного докинга – CHARMM, разработанной Мартином Карплюсом (Martin Karplus) и его сотрудниками в Гарварде. По итогам вычислений будут отобраны молекулы, показывающие наибольшее сродство с протеазой флавивирусов. Именно по результатам второй фазы проекта в лабораторию UTMB попадут химические соединения, которым суждено со временем стать новыми лекарствами от смертельно опасных лихорадок.

Для контроля качества вычисленій будут проведены исследования на таких целях:
The naming conventions for our quality control systems are:
ts01 = HIV protease and its known binders/non-binders
ts02 = trypsin and its known binders/non-binders
ts03 = HIV reverse transcriptase and its known binders/non-binders
ts04 = influenza virus neuraminidase and its known binders/non-binders
ts05 = human estrogen receptor and its known binders/non-binders
ts06 = lysozyme and a small set of known binders/non-binders - Mar 22, 2010
(this is a control set to compare with some supercomputer runs)

Плюс еще будет 18 "реальных" целей проекта

Как получить больше рассчетных заданий

В проекте редко бывают задания и необходимо набирать их в кэш БОИНКа. как это сделать:

1) сделайте новый профиль тут в Device Profiles

2) Выберите DDDT2 и уберите галку "If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project."

3) Выставьте этот новый профиль для нужной машины открыв Device Manager, и выбрав там нужный хост.

4) Выставьте в БОИНК-менеджере на машине кэш на 9 дней.

Удачного улова и рассчетов

Карта распространения болезней


Информация
В проекте надо посчитать 22,108,000 заданий (кворум 2), что примерно равно 6,500 процессорных лет!

График проекта


Скриншот проекта


Полезные ссылки
* Распределенные вычисления: поиск лекарств от лихорадки и гепатита

Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 12 2011, 17:36

[corsar83]

А мне чото за эти пару недель не одной не перепало . Говорит заданий нет и шлёт другие проекты.

[Rilian]

А мне чото за эти пару недель не одной не перепало . Говорит заданий нет и шлёт другие проекты.

аналогично.

заданий пока еще очень мало, и новые порции успевают разобраться 400000 юзерами за несколько минут

[Rilian]

проект официально переведен из "Активного" в "Работающий с перерывами" (то есть задания будут выдаваться периодически). Поэтому если у вас выбран только DDDT2, рекомендую поставить галку "If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project."

[tiss]

08/12/10 17:57:44 World Community Grid Starting task ts05_a091_pqb010_1 using dddt2 version 617


Поймал целых 7 заданий!

[Rilian]

08/12/10 17:57:44 World Community Grid Starting task ts05_a091_pqb010_1 using dddt2 version 617


Поймал целых 7 заданий!

угу. я тоже штук 5-10

и даже парочку CEP2

[corsar83]

Уряя, и мне одно перепало

[Brodyaga]

Похоже, пора править карту распространения болезней:
Во Франции зарегистрированы первые в Европе случаи заражения лихорадкой Денге

Два случая заражения лихорадкой Денге зарегистрированы в окрестностях Ниццы (департамент Приморские Альпы, Франция). Об этом сообщает AFP со ссылкой на пресс-службу французского Минздрава.
Как подчеркивается в сообщении Минздрава Франции, выявленные случаи являются первыми не завозными случаями инфекции в Европе. Тем не менее, риск дальнейшего распространения лихорадки денге на территории станы оценивается как незначительный, поскольку очаг инфекции находился в географически изолированном районе.

[corsar83]

Похоже, пора править карту распространения болезней:
Во Франции зарегистрированы первые в Европе случаи заражения лихорадкой Денге

Два случая заражения лихорадкой Денге зарегистрированы в окрестностях Ниццы (департамент Приморские Альпы, Франция). Об этом сообщает AFP со ссылкой на пресс-службу французского Минздрава.
Как подчеркивается в сообщении Минздрава Франции, выявленные случаи являются первыми не завозными случаями инфекции в Европе. Тем не менее, риск дальнейшего распространения лихорадки денге на территории станы оценивается как незначительный, поскольку очаг инфекции находился в географически изолированном районе.

На нашей карте как раз в том месте есть точечка . А вобще зараза всякая бегает уже где попало, глобализация млин

[Rilian]

Во Францию едет много народа из северной и западной Африки. Не думаю что оно распространится по европе, учитывая что уже начинается осень и похолодание.

[Rilian]

Обещают 4000 ВЮ завтра выдать ...

[Salmonella]

Во Францию едет много народа из северной и западной Африки. Не думаю что оно распространится по европе, учитывая что уже начинается осень и похолодание.

А что нам Франция в этом году, например, в Волгограде была вспышка Лихорадки Западного Нила. Переносчик наш родной живучий комар Кулекс. И в 1999 году тоже была вспышка. Всех комаров не перебьёшь. Лекарств, вакцин нет. Такие дела.
http://34.rospotrebnadzor.ru/epidemiologic_situation/32496/

[Rilian]

Отримав 1 ВЮ, під Linux

[Brodyaga]

Есть задания!

[Rilian]

Thu Dec 16 15:58:34 2010 World Community Grid Message from server: Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 needs 750.00 MB RAM but only 696.32 MB is available for use.




Накачал 6 ВЮх

[Rilian]

последние дни идут стабильно задания под все системы. чтобы набрать кэш:

1) сделайте новый профиль тут в Device Profiles

2) Выберите DDDT2 и уберите галку "If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project."

3) Выставьте этот новый профиль для нужной машины открыв Device Manager, и выбрав там нужный хост.

4) Выставьте в БОИНК-менеджере на машине кэш на 9 дней.

Удачного улова и рассчетов